More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Spea_1118 on replicon NC_009901
Organism: Shewanella pealeana ATCC 700345



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009901  Spea_1118  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 298 aa  613  1e-175  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04895  transcriptional regulator  27.97 
 
 		 296 aa  126  4.0000000000000003e-28  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3428  LysR family transcriptional regulator  27.08 
 
 		 303 aa  119  6e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000186024  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000752  transcriptional regulator  27.34 
 
 		 276 aa  118  9.999999999999999e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00374891  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2072  LysR family transcriptional regulator  29.24 
 
 		 305 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0341772  normal  0.872543 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1903  LysR family transcriptional regulator  28.9 
 
 		 305 aa  115  6e-25  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000892  transcriptional regulators LysR family  25.17 
 
 		 304 aa  99  8e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4455  LysR family transcriptional regulator  27.42 
 
 		 307 aa  92.4  8e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.326178 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000283  transcriptional regulator  24.45 
 
 		 295 aa  91.3  2e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0642  LysR family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 309 aa  89.4  8e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.915851  normal  0.108834 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4311  transcriptional regulator, LysR family  26.09 
 
 		 309 aa  88.6  1e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.386764  normal  0.967846 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05276  transcriptional regulator  22.71 
 
 		 313 aa  85.9  7e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3131  LysR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 308 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2834  hypothetical protein  26.92 
 
 		 309 aa  85.1  0.000000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2999  transcriptional regulator, LysR family  26.25 
 
 		 333 aa  84.3  0.000000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.4449  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0044  LysR family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 307 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5744  LysR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 308 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.205378 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5115  LysR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 308 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.337357  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4479  LysR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 308 aa  83.2  0.000000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05843  transcriptional regulator  24.81 
 
 		 303 aa  83.2  0.000000000000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5290  LysR family transcriptional regulator  28.74 
 
 		 327 aa  82.4  0.000000000000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3156  LysR family transcriptional regulator  28.74 
 
 		 308 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1198  LysR family transcriptional regulator  24.75 
 
 		 307 aa  80.1  0.00000000000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.601339  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0044  LysR family transcriptional regulator  24.75 
 
 		 307 aa  80.1  0.00000000000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1550  LysR family transcriptional regulator  24.75 
 
 		 307 aa  80.1  0.00000000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0065  LysR family transcriptional regulator  24.75 
 
 		 307 aa  80.5  0.00000000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.363781  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0054  LysR family transcriptional regulator  24.75 
 
 		 307 aa  80.1  0.00000000000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0052  LysR family transcriptional regulator  24.75 
 
 		 307 aa  80.1  0.00000000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1481  LysR family transcriptional regulator  24.75 
 
 		 308 aa  80.1  0.00000000000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3365  LysR family transcriptional regulator  27.71 
 
 		 314 aa  79.7  0.00000000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.599311  normal  0.494502 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0820  transcriptional regulator, LysR family  23.97 
 
 		 310 aa  79.3  0.00000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.24868  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4139  LysR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 323 aa  78.2  0.0000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0195  LysR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 323 aa  78.2  0.0000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4272  LysR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 323 aa  78.6  0.0000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0731118 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2222  LysR family transcriptional regulator  31.08 
 
 		 314 aa  78.2  0.0000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.176511  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3988  putative transcriptional regulator SyrB  24.66 
 
 		 301 aa  78.2  0.0000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.859636  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2605  LysR family transcriptional regulator  32.48 
 
 		 264 aa  77.4  0.0000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.182093  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6977  LysR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 324 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5015  LysR family transcriptional regulator  27.94 
 
 		 308 aa  77.4  0.0000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.357265  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0195  transcriptional regulator, LysR family  35.37 
 
 		 323 aa  78.2  0.0000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00357  transcriptional regulator  26.91 
 
 		 323 aa  77.4  0.0000000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3164  LysR family transcriptional regulator  31.08 
 
 		 314 aa  77  0.0000000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.293544  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000551  transcriptional regulator  33.6 
 
 		 304 aa  76.6  0.0000000000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0253  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 318 aa  76.6  0.0000000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.88055 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0324  LysR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 323 aa  77  0.0000000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2551  LysR family transcriptional regulator  31.08 
 
 		 314 aa  76.6  0.0000000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.521467  decreased coverage  0.00635729 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3260  LysR family transcriptional regulator  28.85 
 
 		 300 aa  75.9  0.0000000000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00487315  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1735  LysR family transcriptional regulator  22.22 
 
 		 297 aa  75.9  0.0000000000008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.73522  normal  0.158282 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0544  transcriptional regulator, substrate-binding, LysR family protein  38.84 
 
 		 285 aa  75.5  0.000000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00000427319  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001963  putative transcriptional regulator LysR family  30.94 
 
 		 311 aa  75.5  0.000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.974844  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0296  transcriptional regulator, LysR family protein  34.01 
 
 		 327 aa  75.1  0.000000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.35272  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4556  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 321 aa  74.7  0.000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3495  regulatory protein, LysR  33.33 
 
 		 322 aa  74.7  0.000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.268712  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3751  LysR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 319 aa  74.7  0.000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3824  LysR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 319 aa  74.7  0.000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3949  LysR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 319 aa  74.3  0.000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1094  LysR family transcriptional regulator  22.15 
 
 		 304 aa  73.6  0.000000000003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.154385 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3526  LysR family transcriptional regulator  28.11 
 
 		 306 aa  73.9  0.000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0893193 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2445  HTH-type transcriptional regulator, LysR family  21.55 
 
 		 308 aa  73.6  0.000000000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.333927  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1811  transcriptional regulator, LysR family  24.48 
 
 		 297 aa  73.2  0.000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.193528  hitchhiker  0.00243987 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3382  LysR family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 295 aa  73.2  0.000000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3666  LysR family transcriptional regulator  31.08 
 
 		 326 aa  73.2  0.000000000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0496532  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8471  transcriptional regulator, LysR family  29 
 
 		 341 aa  73.2  0.000000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.376066  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68550  LysR family transcriptional regulator  35.38 
 
 		 302 aa  73.2  0.000000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.505107 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1724  transcriptional regulator  31.08 
 
 		 304 aa  72.8  0.000000000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000109192 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002079  LysR-family transcriptional regulator  31.47 
 
 		 313 aa  72.8  0.000000000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5932  putative transcriptional regulator  35.38 
 
 		 302 aa  72.8  0.000000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2696  LysR family transcriptional regulator  25.93 
 
 		 322 aa  72.4  0.000000000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00508  transcriptional regulator  31.65 
 
 		 308 aa  72.4  0.000000000008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0310  LysR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 308 aa  72.4  0.000000000009  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3589  LysR family transcriptional regulator  23.79 
 
 		 330 aa  72.4  0.000000000009  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01658  transcriptional regulator transcription regulator protein  25.74 
 
 		 308 aa  72  0.00000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.121304  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3957  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 322 aa  72  0.00000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0253  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 320 aa  72  0.00000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0144  transcription regulator protein  25.72 
 
 		 321 aa  70.9  0.00000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3900  LysR family transcriptional regulator  28.23 
 
 		 305 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.447965 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2005  transcriptional regulator, LysR family  24.32 
 
 		 298 aa  71.6  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.140319 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2248  transcriptional regulator, LysR family  33.82 
 
 		 316 aa  71.2  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0456314  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5074  LysR family transcriptional regulator  26.44 
 
 		 306 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.322448 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5356  LysR family transcriptional regulator  27.31 
 
 		 306 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.556999 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2243  transcription regulator protein  23.26 
 
 		 326 aa  70.1  0.00000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.145641  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2448  transcriptional regulator, LysR family  23.26 
 
 		 325 aa  70.5  0.00000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3588  LysR family transcriptional regulator  27.2 
 
 		 301 aa  70.1  0.00000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.443778 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2490  LysR family transcriptional regulator  27.05 
 
 		 318 aa  70.5  0.00000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.234951  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1157  LysR family transcriptional regulator  26.42 
 
 		 320 aa  70.1  0.00000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0192755  normal  0.578291 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2495  LysR family transcriptional regulator  27.82 
 
 		 306 aa  69.7  0.00000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.025453  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05202  transcription regulator protein  28.25 
 
 		 304 aa  69.3  0.00000000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.0000103081  normal  0.0105317 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2055  transcriptional regulator, LysR family  22.81 
 
 		 325 aa  69.3  0.00000000007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008538  Arth_4269  LysR family transcriptional regulator  24.1 
 
 		 301 aa  69.3  0.00000000007  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3620  LysR family transcriptional regulator  26.61 
 
 		 305 aa  68.9  0.00000000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00938056  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3449  regulatory protein, LysR  28.29 
 
 		 326 aa  68.9  0.00000000009  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3883  LysR family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 326 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2419  LysR family transcriptional regulator  33.87 
 
 		 342 aa  68.9  0.0000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.349153  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2618  LysR family transcriptional regulator  24.26 
 
 		 306 aa  68.2  0.0000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3874  LysR family transcriptional regulator  24.01 
 
 		 323 aa  68.2  0.0000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0328  LysR family transcriptional regulator  26.51 
 
 		 306 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0796  transcriptional regulator, LysR family  33.87 
 
 		 326 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.473428  normal  0.137552 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2311  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 316 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00615396  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1325  LysR family transcriptional regulator  20.76 
 
 		 294 aa  67.8  0.0000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.138863  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1852  transcriptional regulator, LysR family  26.02 
 
 		 314 aa  67.4  0.0000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0106414 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>