More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VIBHAR_04895 on replicon NC_009784
Organism: Vibrio harveyi ATCC BAA-1116



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009784  VIBHAR_04895  transcriptional regulator  100 
 
 		 296 aa  619  1e-176  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000752  transcriptional regulator  73.45 
 
 		 276 aa  442  1e-123  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00374891  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1118  LysR family transcriptional regulator  27.97 
 
 		 298 aa  126  4.0000000000000003e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3428  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 303 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000186024  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05843  transcriptional regulator  28.93 
 
 		 303 aa  95.9  7e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000283  transcriptional regulator  24.1 
 
 		 295 aa  91.3  2e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05276  transcriptional regulator  24.26 
 
 		 313 aa  88.2  1e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00508  transcriptional regulator  27.84 
 
 		 308 aa  85.9  7e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2222  LysR family transcriptional regulator  26.91 
 
 		 314 aa  85.9  7e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.176511  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0820  transcriptional regulator, LysR family  25.99 
 
 		 310 aa  80.9  0.00000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.24868  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3164  LysR family transcriptional regulator  25.56 
 
 		 314 aa  80.9  0.00000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.293544  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001963  putative transcriptional regulator LysR family  27.27 
 
 		 311 aa  80.9  0.00000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.974844  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2551  LysR family transcriptional regulator  25.56 
 
 		 314 aa  80.5  0.00000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.521467  decreased coverage  0.00635729 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2445  HTH-type transcriptional regulator, LysR family  25.11 
 
 		 308 aa  79.3  0.00000000000006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.333927  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3365  LysR family transcriptional regulator  25.66 
 
 		 314 aa  77.8  0.0000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.599311  normal  0.494502 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4123  LysR family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 313 aa  76.3  0.0000000000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000527418  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0216  transcriptional regulator, LysR family  28.19 
 
 		 313 aa  76.3  0.0000000000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000946054  normal  0.293728 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4244  LysR family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 313 aa  76.3  0.0000000000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000170817  hitchhiker  0.00215615 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0214  LysR family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 313 aa  75.9  0.0000000000008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000152565  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3500  LysR family transcriptional regulator  27.66 
 
 		 313 aa  74.7  0.000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0910886  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3734  LysR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 311 aa  74.3  0.000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.457361 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3805  LysR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 311 aa  74.3  0.000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.829403  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4643  LysR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 315 aa  73.2  0.000000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000892  transcriptional regulators LysR family  22.62 
 
 		 304 aa  73.6  0.000000000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00357  transcriptional regulator  23.91 
 
 		 323 aa  73.6  0.000000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3932  transcriptional regulator  28.72 
 
 		 311 aa  73.2  0.000000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00420556  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4525.1  LysR family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 243 aa  71.6  0.00000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4311  transcriptional regulator, LysR family  29.38 
 
 		 309 aa  72  0.00000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.386764  normal  0.967846 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2605  LysR family transcriptional regulator  21.99 
 
 		 264 aa  70.5  0.00000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.182093  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1773  LysR family transcriptional regulator  29.65 
 
 		 306 aa  70.5  0.00000000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0360  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  22.92 
 
 		 301 aa  69.7  0.00000000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.132599  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0642  LysR family transcriptional regulator  28.25 
 
 		 309 aa  69.7  0.00000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.915851  normal  0.108834 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002079  LysR-family transcriptional regulator  26.13 
 
 		 313 aa  69.7  0.00000000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1092  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  24.75 
 
 		 300 aa  69.3  0.00000000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4455  LysR family transcriptional regulator  25.99 
 
 		 307 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.326178 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0044  LysR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 307 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1481  LysR family transcriptional regulator  26.78 
 
 		 308 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1198  LysR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 307 aa  67  0.0000000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.601339  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0052  LysR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 307 aa  67  0.0000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0044  LysR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 307 aa  67  0.0000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1550  LysR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 307 aa  67  0.0000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0054  LysR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 307 aa  67  0.0000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0065  LysR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 307 aa  67.4  0.0000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.363781  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2999  transcriptional regulator, LysR family  23.17 
 
 		 333 aa  66.6  0.0000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.4449  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5290  LysR family transcriptional regulator  26.82 
 
 		 327 aa  67  0.0000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5015  LysR family transcriptional regulator  26.11 
 
 		 308 aa  66.6  0.0000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.357265  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1311  LysR family transcriptional regulator  22.79 
 
 		 321 aa  65.9  0.0000000008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.20499  normal  0.840284 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2667  LysR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 301 aa  65.9  0.0000000009  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2446  LysR family transcriptional regulator  22.26 
 
 		 327 aa  65.9  0.0000000009  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4532  transcriptional regulator, LysR family  23.84 
 
 		 305 aa  65.5  0.0000000009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.695585 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4664  transcriptional regulator, LysR family  23.84 
 
 		 305 aa  65.5  0.0000000009  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0610677 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2243  transcription regulator protein  22.53 
 
 		 326 aa  64.3  0.000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.145641  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3321  helix-turn-helix, Fis-type  37.25 
 
 		 311 aa  64.7  0.000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.270973 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5115  LysR family transcriptional regulator  25.56 
 
 		 308 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.337357  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5744  LysR family transcriptional regulator  25.56 
 
 		 308 aa  64.7  0.000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.205378 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2055  transcriptional regulator, LysR family  22.3 
 
 		 325 aa  63.9  0.000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4479  LysR family transcriptional regulator  25.7 
 
 		 308 aa  63.9  0.000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3131  LysR family transcriptional regulator  25.7 
 
 		 308 aa  63.5  0.000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3156  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 308 aa  63.2  0.000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0258  LysR family transcriptional regulator  23.37 
 
 		 313 aa  62.4  0.000000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.461765  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2448  transcriptional regulator, LysR family  21.97 
 
 		 325 aa  62.4  0.000000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3242  LysR family transcriptional regulator  25.91 
 
 		 320 aa  62.8  0.000000008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01757  transcription regulator transcription regulator protein  23.76 
 
 		 321 aa  60.8  0.00000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.354836 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4556  LysR family transcriptional regulator  25.95 
 
 		 321 aa  61.2  0.00000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3949  LysR family transcriptional regulator  25.41 
 
 		 319 aa  60.8  0.00000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3751  LysR family transcriptional regulator  25.41 
 
 		 319 aa  61.2  0.00000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3988  putative transcriptional regulator SyrB  21.18 
 
 		 301 aa  60.8  0.00000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.859636  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3824  LysR family transcriptional regulator  25.41 
 
 		 319 aa  61.2  0.00000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0195  LysR family transcriptional regulator  25.41 
 
 		 323 aa  60.5  0.00000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5043  LysR family transcriptional regulator  24.56 
 
 		 303 aa  60.5  0.00000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3547  transcriptional regulator, LysR family  40.79 
 
 		 311 aa  60.8  0.00000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.570181  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0324  LysR family transcriptional regulator  25.27 
 
 		 323 aa  60.8  0.00000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2834  hypothetical protein  23.46 
 
 		 309 aa  60.5  0.00000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007641  Rru_B0017  LysR family transcriptional regulator  24.73 
 
 		 301 aa  60.5  0.00000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3501  LysR family transcriptional regulator  22.99 
 
 		 301 aa  60.5  0.00000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.356591  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4139  LysR family transcriptional regulator  25.41 
 
 		 323 aa  60.8  0.00000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3588  LysR family transcriptional regulator  25.89 
 
 		 301 aa  60.8  0.00000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.443778 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0195  transcriptional regulator, LysR family  25.41 
 
 		 323 aa  60.8  0.00000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4272  LysR family transcriptional regulator  25.41 
 
 		 323 aa  60.8  0.00000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0731118 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3088  LysR family transcriptional regulator  23.59 
 
 		 301 aa  60.1  0.00000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.991899 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03530  transcriptional regulator  34.12 
 
 		 310 aa  59.7  0.00000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0369459  hitchhiker  0.0000000000000400126 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2991  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  24.56 
 
 		 321 aa  59.7  0.00000006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2577  transcriptional regulator, LysR family  22.9 
 
 		 347 aa  59.3  0.00000007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3883  LysR family transcriptional regulator  27.87 
 
 		 326 aa  59.3  0.00000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2748  transcription regulator protein  22.9 
 
 		 347 aa  58.5  0.0000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1917  LysR family transcriptional regulator  25.6 
 
 		 310 aa  58.5  0.0000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000018485  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6126  LysR family transcriptional regulator  25.17 
 
 		 301 aa  58.5  0.0000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.936354  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0912  LysR family transcriptional regulator  23.65 
 
 		 311 aa  58.5  0.0000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00635337  normal  0.114981 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2419  LysR family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 342 aa  58.5  0.0000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.349153  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3957  LysR family transcriptional regulator  25.68 
 
 		 322 aa  58.9  0.0000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3111  LysR family transcriptional regulator  26.18 
 
 		 319 aa  58.2  0.0000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0296  transcriptional regulator, LysR family protein  23.96 
 
 		 327 aa  58.5  0.0000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.35272  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2987  transcriptional regulator, LysR family  22.9 
 
 		 347 aa  58.5  0.0000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.217571  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32410  transcriptional regulator MexT  23.15 
 
 		 304 aa  58.5  0.0000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.282605  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4256  transcriptional regulator, LysR family  22.74 
 
 		 319 aa  58.2  0.0000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0796  transcriptional regulator, LysR family  28.09 
 
 		 326 aa  58.2  0.0000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.473428  normal  0.137552 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2746  transcriptional regulator MexT  23.15 
 
 		 304 aa  58.2  0.0000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2008  transcriptional regulator, LysR family  23.53 
 
 		 316 aa  58.2  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0820401  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3589  LysR family transcriptional regulator  25.41 
 
 		 330 aa  58.2  0.0000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3981  LysR family transcriptional regulator  26.1 
 
 		 320 aa  58.2  0.0000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>