More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_3242 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_3242  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 320 aa  664    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3981  LysR family transcriptional regulator  78.93 
 
 		 320 aa  531  1e-150  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0243  LysR family transcriptional regulator  41.51 
 
 		 321 aa  268  1e-70  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4210  LysR family transcriptional regulator  42.09 
 
 		 335 aa  263  4e-69  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3657  LysR family transcriptional regulator  40.38 
 
 		 320 aa  260  2e-68  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0288  LysR family transcriptional regulator  40.38 
 
 		 320 aa  260  2e-68  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2551  LysR family transcriptional regulator  40.5 
 
 		 320 aa  258  1e-67  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0512  transcriptional regulator-like protein  27.91 
 
 		 314 aa  82.8  0.000000000000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0238  LysR family transcriptional regulator  22.08 
 
 		 321 aa  81.6  0.00000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0912  LysR family transcriptional regulator  30.91 
 
 		 311 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00635337  normal  0.114981 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0311  LysR family transcriptional regulator  25.62 
 
 		 322 aa  78.6  0.0000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1214  LysR family transcriptional regulator  29.43 
 
 		 314 aa  79  0.0000000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.134847  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3138  transcriptional regulator, LysR family protein  23.55 
 
 		 316 aa  78.2  0.0000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.27318  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3154  LysR family transcriptional regulator  25.86 
 
 		 324 aa  77.4  0.0000000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2618  LysR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 306 aa  77  0.0000000000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4108  LysR family transcriptional regulator  24.44 
 
 		 312 aa  76.6  0.0000000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01325  transcriptional regulator, LysR family protein  30.82 
 
 		 314 aa  75.9  0.0000000000009  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0111496  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0237  LysR family transcriptional regulator  23.94 
 
 		 323 aa  75.9  0.000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1735  LysR family transcriptional regulator  30.91 
 
 		 297 aa  75.1  0.000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.73522  normal  0.158282 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2165  LysR family transcriptional regulator  29.14 
 
 		 310 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0776573  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1626  LysR family transcriptional regulator  26.14 
 
 		 329 aa  74.3  0.000000000003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.11884 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1859  LysR family transcriptional regulator  25.6 
 
 		 329 aa  73.9  0.000000000004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0738691 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1485  LysR family transcriptional regulator  23.92 
 
 		 314 aa  73.6  0.000000000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.397513  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1311  LysR family transcriptional regulator  22.7 
 
 		 321 aa  73.2  0.000000000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.20499  normal  0.840284 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0163  LysR family transcriptional regulator  31.74 
 
 		 303 aa  72.8  0.000000000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2352  transcriptional regulator, LysR family protein  27.33 
 
 		 314 aa  72.8  0.000000000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000117377  decreased coverage  0.00000015924 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2748  transcription regulator protein  28.7 
 
 		 347 aa  72.4  0.000000000009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6130  LysR family transcriptional regulator  24.75 
 
 		 300 aa  72.4  0.00000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.733212  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2235  LysR family transcriptional regulator  27.33 
 
 		 314 aa  72  0.00000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.130762  decreased coverage  0.000140411 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6418  LysR family transcriptional regulator  24.75 
 
 		 300 aa  72.4  0.00000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.461632  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1231  LysR family transcriptional regulator  28 
 
 		 315 aa  71.6  0.00000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.864061  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2838  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  25.62 
 
 		 328 aa  71.2  0.00000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4287  LysR family transcriptional regulator  25.53 
 
 		 322 aa  71.6  0.00000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.128947 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0180  transcriptional regulator, LysR family  25.18 
 
 		 322 aa  71.2  0.00000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0179  LysR family transcriptional regulator  25.18 
 
 		 322 aa  71.2  0.00000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1325  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 294 aa  71.6  0.00000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.138863  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6019  LysR family transcriptional regulator  28 
 
 		 303 aa  71.6  0.00000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.176233  normal  0.34418 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1755  LysR family transcriptional regulator  26.9 
 
 		 317 aa  71.2  0.00000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2008  transcriptional regulator, LysR family  23.04 
 
 		 316 aa  70.9  0.00000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0820401  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2900  hypothetical protein  23.78 
 
 		 324 aa  70.9  0.00000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0352  transcriptional regulator, LysR family  27.33 
 
 		 299 aa  70.9  0.00000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1767  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 336 aa  70.9  0.00000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.406374  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3766  LysR family transcriptional regulator  23.94 
 
 		 322 aa  70.5  0.00000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0266  LysR family transcriptional regulator  24 
 
 		 311 aa  70.5  0.00000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0296308 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3964  LysR family transcriptional regulator  23.94 
 
 		 322 aa  70.5  0.00000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3839  LysR family transcriptional regulator  23.94 
 
 		 322 aa  70.1  0.00000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2977  LysR family transcriptional regulator  26.41 
 
 		 333 aa  70.1  0.00000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2042  LysR family transcriptional regulator  23.08 
 
 		 314 aa  69.7  0.00000000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.557762  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3111  LysR family transcriptional regulator  23.47 
 
 		 319 aa  69.7  0.00000000007  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3566  LysR family transcriptional regulator  25.13 
 
 		 332 aa  68.9  0.00000000009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3385  LysR family transcriptional regulator  27.39 
 
 		 316 aa  69.3  0.00000000009  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.521059  normal  0.192926 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4664  transcriptional regulator, LysR family  24.89 
 
 		 305 aa  68.9  0.0000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0610677 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2744  transcriptional regulator, LysR family  29.8 
 
 		 309 aa  68.9  0.0000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.546413  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4532  transcriptional regulator, LysR family  24.89 
 
 		 305 aa  68.9  0.0000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.695585 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3833  LysR family transcriptional regulator  26.63 
 
 		 308 aa  68.6  0.0000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2577  transcriptional regulator, LysR family  28.43 
 
 		 347 aa  68.6  0.0000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00357  transcriptional regulator  29.22 
 
 		 323 aa  67.8  0.0000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002079  LysR-family transcriptional regulator  26 
 
 		 313 aa  67.8  0.0000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2987  transcriptional regulator, LysR family  27.94 
 
 		 347 aa  67.8  0.0000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.217571  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2473  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.14 
 
 		 309 aa  67.4  0.0000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.470422  normal  0.100008 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0239  LysR family transcriptional regulator  21.79 
 
 		 321 aa  67.4  0.0000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1535  LysR family transcriptional regulator  27.32 
 
 		 301 aa  67.4  0.0000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.418397  hitchhiker  0.00238453 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6126  LysR family transcriptional regulator  28.35 
 
 		 301 aa  66.6  0.0000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.936354  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1094  LysR family transcriptional regulator  26.56 
 
 		 304 aa  66.6  0.0000000005  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.154385 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2440  LysR family transcriptional regulator  21.71 
 
 		 311 aa  67  0.0000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.554767  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0623  leucine transcriptional activator  24.29 
 
 		 314 aa  66.6  0.0000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0252202 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1544  LysR family transcriptional regulator  24.31 
 
 		 309 aa  66.2  0.0000000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6527  LysR family transcriptional regulator  30.71 
 
 		 306 aa  66.6  0.0000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3970  LysR family transcriptional regulator  21.99 
 
 		 317 aa  66.2  0.0000000007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6242  LysR family transcriptional regulator  30.71 
 
 		 301 aa  66.2  0.0000000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3589  transcriptional regulator-like protein  22.59 
 
 		 318 aa  65.9  0.0000000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5527  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 306 aa  66.2  0.0000000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6400  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 306 aa  66.2  0.0000000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.245407 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5891  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 306 aa  66.2  0.0000000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.384931  normal  0.980568 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5507  transcriptional regulator, LysR family  30.4 
 
 		 301 aa  65.5  0.000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.242052  normal  0.462948 
 
 
-
 
NC_003296  RS01757  transcription regulator transcription regulator protein  29.14 
 
 		 321 aa  65.5  0.000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.354836 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0642  LysR family transcriptional regulator  23.32 
 
 		 309 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.915851  normal  0.108834 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2446  LysR family transcriptional regulator  25.25 
 
 		 327 aa  65.5  0.000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2073  transcriptional regulator, LysR family protein  23.53 
 
 		 303 aa  65.1  0.000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1852  transcriptional regulator, LysR family  25.77 
 
 		 314 aa  64.7  0.000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0106414 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4571  LysR family transcriptional regulator  23.55 
 
 		 319 aa  65.1  0.000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3969  LysR family transcriptional regulator  21.15 
 
 		 321 aa  64.7  0.000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2248  transcriptional regulator, LysR family  25.12 
 
 		 316 aa  65.1  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0456314  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3572  LysR family transcriptional regulator  25.46 
 
 		 325 aa  65.1  0.000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3365  LysR family transcriptional regulator  21.61 
 
 		 314 aa  64.3  0.000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.599311  normal  0.494502 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4622  LysR family transcriptional regulator  26.71 
 
 		 314 aa  64.7  0.000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2749  leucine transcriptional activator  26.7 
 
 		 324 aa  63.9  0.000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0420  LysR family transcriptional regulator  28.26 
 
 		 309 aa  64.3  0.000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2222  LysR family transcriptional regulator  21.94 
 
 		 314 aa  63.9  0.000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.176511  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2409  LysR family transcriptional regulator  23.36 
 
 		 306 aa  64.3  0.000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3209  LysR family transcriptional regulator  24.87 
 
 		 312 aa  63.9  0.000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.487782 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3501  LysR family transcriptional regulator  19.19 
 
 		 301 aa  64.3  0.000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.356591  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4024  transcriptional regulator, LysR family  25.81 
 
 		 308 aa  63.5  0.000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.715762  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2547  transcriptional regulator, LysR family  22.68 
 
 		 334 aa  63.9  0.000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2227  LysR family transcriptional regulator  23.7 
 
 		 330 aa  63.5  0.000000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000157838  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1447  LysR family transcriptional regulator  24.7 
 
 		 329 aa  63.5  0.000000004  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000494272  normal  0.226871 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4311  transcriptional regulator, LysR family  25.74 
 
 		 309 aa  63.2  0.000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.386764  normal  0.967846 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3544  LysR family transcriptional regulator  27.75 
 
 		 304 aa  63.2  0.000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0917  LysR family transcriptional regulator  22.94 
 
 		 321 aa  62.8  0.000000007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0292456  normal  0.707414 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2685  putative transcriptional regulator  27.81 
 
 		 310 aa  62.8  0.000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0437278  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>