More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_0238 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_0238  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 321 aa  651    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3969  LysR family transcriptional regulator  68.85 
 
 		 321 aa  471  1e-132  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0239  LysR family transcriptional regulator  62.31 
 
 		 321 aa  439  9.999999999999999e-123  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0520  LysR family transcriptional regulator  53.27 
 
 		 321 aa  362  4e-99  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0311  LysR family transcriptional regulator  47.13 
 
 		 322 aa  322  4e-87  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3964  LysR family transcriptional regulator  46.18 
 
 		 322 aa  319  3e-86  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3766  LysR family transcriptional regulator  46.18 
 
 		 322 aa  319  3.9999999999999996e-86  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3839  LysR family transcriptional regulator  46.18 
 
 		 322 aa  318  6e-86  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4287  LysR family transcriptional regulator  45.86 
 
 		 322 aa  317  1e-85  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.128947 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0179  LysR family transcriptional regulator  45.86 
 
 		 322 aa  317  2e-85  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0180  transcriptional regulator, LysR family  45.54 
 
 		 322 aa  315  5e-85  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3565  LysR family transcriptional regulator  43.43 
 
 		 326 aa  261  1e-68  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0617  transcriptional regulator, LysR family protein  40.63 
 
 		 319 aa  243  3.9999999999999997e-63  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.468918  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2900  hypothetical protein  37.73 
 
 		 324 aa  226  4e-58  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3154  LysR family transcriptional regulator  36.5 
 
 		 324 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3589  transcriptional regulator-like protein  30 
 
 		 318 aa  114  3e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2873  transcriptional regulator, LysR family  25.93 
 
 		 324 aa  112  8.000000000000001e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000342278  hitchhiker  0.00000105997 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1479  LysR family transcriptional regulator  25.93 
 
 		 324 aa  111  1.0000000000000001e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000211446  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1474  LysR family transcriptional regulator  25.93 
 
 		 324 aa  111  1.0000000000000001e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000000979777  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1510  LysR family transcriptional regulator  25.93 
 
 		 324 aa  111  1.0000000000000001e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.000904227  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4571  LysR family transcriptional regulator  23.76 
 
 		 319 aa  110  3e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2227  LysR family transcriptional regulator  26.85 
 
 		 330 aa  105  8e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000157838  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3970  LysR family transcriptional regulator  22.85 
 
 		 317 aa  103  3e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0997  LysR family transcriptional regulator  26.23 
 
 		 321 aa  103  4e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1381  LysR family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 324 aa  103  5e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3657  LysR family transcriptional regulator  22.22 
 
 		 320 aa  102  8e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0288  LysR family transcriptional regulator  22.22 
 
 		 320 aa  101  1e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2786  LysR family transcriptional regulator  25.93 
 
 		 337 aa  102  1e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.989304  hitchhiker  0.00367325 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0237  LysR family transcriptional regulator  26.1 
 
 		 323 aa  100  4e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1661  LysR family transcriptional regulator  26.45 
 
 		 328 aa  99.4  8e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2679  LysR family transcriptional regulator  25.75 
 
 		 350 aa  98.2  1e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.245615  hitchhiker  0.000486304 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2612  LysR family transcriptional regulator  25.75 
 
 		 350 aa  97.8  2e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.13871  hitchhiker  0.00000334013 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0917  LysR family transcriptional regulator  26.18 
 
 		 321 aa  97.1  3e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0292456  normal  0.707414 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2551  LysR family transcriptional regulator  21.59 
 
 		 320 aa  96.7  4e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2899  transcriptional regulator-like protein  24.36 
 
 		 327 aa  97.1  4e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3572  LysR family transcriptional regulator  27.22 
 
 		 325 aa  95.5  1e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3590  transcriptional regulator-like protein  24.2 
 
 		 316 aa  92.4  8e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3566  LysR family transcriptional regulator  23.1 
 
 		 332 aa  92.4  9e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3153  LysR family transcriptional regulator  25.17 
 
 		 334 aa  92  1e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2919  LysR family transcriptional regulator  26.07 
 
 		 321 aa  92  1e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0238  transcriptional regulator-like protein  28.42 
 
 		 332 aa  91.3  2e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0512  transcriptional regulator-like protein  24.84 
 
 		 314 aa  89  1e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3571  LysR family transcriptional regulator  22.47 
 
 		 316 aa  86.3  6e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0912  transcriptional regulator, LysR family protein  26.07 
 
 		 318 aa  85.9  8e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.000235744  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0243  LysR family transcriptional regulator  21.34 
 
 		 321 aa  85.5  0.000000000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4210  LysR family transcriptional regulator  21.9 
 
 		 335 aa  82.8  0.000000000000007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3981  LysR family transcriptional regulator  23.97 
 
 		 320 aa  82  0.00000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3242  LysR family transcriptional regulator  22.08 
 
 		 320 aa  81.6  0.00000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3666  LysR family transcriptional regulator  25.74 
 
 		 326 aa  76.3  0.0000000000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0496532  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1092  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  28 
 
 		 300 aa  68.6  0.0000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1311  LysR family transcriptional regulator  24.19 
 
 		 321 aa  68.9  0.0000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.20499  normal  0.840284 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1894  LysR family transcriptional regulator  25.45 
 
 		 315 aa  67.4  0.0000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.534737  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2032  LysR family transcriptional regulator  25.45 
 
 		 315 aa  67.8  0.0000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.412764  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2716  LysR family transcriptional regulator  25.45 
 
 		 315 aa  67.4  0.0000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3205  LysR family regulatory protein  25.45 
 
 		 315 aa  67.4  0.0000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0882  LysR family transcriptional regulator  25.45 
 
 		 315 aa  67.4  0.0000000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.493693  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3150  LysR family transcriptional regulator  25.45 
 
 		 315 aa  67.4  0.0000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3189  transcriptional regulator  25.45 
 
 		 315 aa  67.4  0.0000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.576069  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1416  LysR family transcriptional regulator  25.56 
 
 		 315 aa  67  0.0000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3428  LysR family transcriptional regulator  25.48 
 
 		 303 aa  66.6  0.0000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000186024  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1773  LysR family transcriptional regulator  22.22 
 
 		 306 aa  65.9  0.0000000008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3874  LysR family transcriptional regulator  23.36 
 
 		 323 aa  65.5  0.000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0715  LysR family transcriptional regulator  26.96 
 
 		 315 aa  65.5  0.000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.829765  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2704  transcriptional regulator, LysR family  25.24 
 
 		 323 aa  65.1  0.000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.613515 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0216  transcriptional regulator, LysR family  25.56 
 
 		 313 aa  64.3  0.000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000946054  normal  0.293728 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2994  LysR family transcriptional regulator  24.05 
 
 		 310 aa  63.9  0.000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0214  LysR family transcriptional regulator  25.19 
 
 		 313 aa  63.2  0.000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000152565  n/a   
 
 
-
 
NC_008538  Arth_4269  LysR family transcriptional regulator  26.17 
 
 		 301 aa  63.2  0.000000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2311  LysR family transcriptional regulator  22.93 
 
 		 316 aa  63.2  0.000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00615396  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0352  LysR family transcriptional regulator  26.34 
 
 		 314 aa  63.2  0.000000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.139438  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0836  LysR family transcriptional regulator  26.34 
 
 		 314 aa  63.2  0.000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4519  LysR family transcriptional regulator  26.85 
 
 		 312 aa  63.2  0.000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.624104  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4123  LysR family transcriptional regulator  25.19 
 
 		 313 aa  62.8  0.000000007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000527418  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2605  LysR family transcriptional regulator  30.97 
 
 		 264 aa  62.8  0.000000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.182093  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4244  LysR family transcriptional regulator  25.19 
 
 		 313 aa  63.2  0.000000007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000170817  hitchhiker  0.00215615 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3547  transcriptional regulator, LysR family  28.39 
 
 		 311 aa  62  0.00000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.570181  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0732  LysR family transcriptional regulator  26.6 
 
 		 315 aa  62.4  0.00000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.635056  normal  0.128447 
 
 
-
 
NC_003296  RS01658  transcriptional regulator transcription regulator protein  27.7 
 
 		 308 aa  61.6  0.00000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.121304  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05276  transcriptional regulator  26.45 
 
 		 313 aa  61.2  0.00000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2802  LysR family transcriptional regulator  27.49 
 
 		 305 aa  61.6  0.00000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2913  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  24.38 
 
 		 304 aa  60.8  0.00000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0160728 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1036  transcriptional regulator of LysR family protein  28.97 
 
 		 313 aa  60.8  0.00000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1550  LysR family transcriptional regulator  25.52 
 
 		 333 aa  60.8  0.00000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.135746  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3928  LysR family transcriptional regulator  25.98 
 
 		 315 aa  60.8  0.00000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.250342  normal  0.0702681 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000302  transcriptional regulator LysR family  22.83 
 
 		 301 aa  60.8  0.00000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3501  LysR family transcriptional regulator  21.43 
 
 		 301 aa  60.8  0.00000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.356591  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1118  LysR family transcriptional regulator  24.06 
 
 		 305 aa  60.8  0.00000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1755  transcriptional regulator, LysR family  20.39 
 
 		 305 aa  60.5  0.00000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6114  transcriptional regulator, LysR family  20.78 
 
 		 316 aa  60.5  0.00000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.689302  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2677  LysR family transcriptional regulator  23.05 
 
 		 314 aa  60.5  0.00000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.297592  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0808  LysR family transcriptional regulator  26.11 
 
 		 315 aa  60.5  0.00000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0112  LysR family transcriptional regulator  25.84 
 
 		 319 aa  60.5  0.00000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2548  LysR family transcriptional regulator  26.63 
 
 		 315 aa  60.1  0.00000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.591994 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3040  transcriptional regulator, LysR family  24.38 
 
 		 304 aa  60.1  0.00000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.120446  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0420  LysR family transcriptional regulator  22.88 
 
 		 309 aa  59.7  0.00000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1003  LysR family transcriptional regulator  22.41 
 
 		 315 aa  59.7  0.00000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6857  LysR family transcriptional regulator  21.26 
 
 		 307 aa  59.7  0.00000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.561705  normal  0.826149 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1921  transcriptional regulator, LysR family  23.48 
 
 		 315 aa  59.7  0.00000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.84327 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2245  transcriptional regulator, LysR family  23.48 
 
 		 315 aa  59.7  0.00000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0796  transcriptional regulator, LysR family  23.25 
 
 		 326 aa  59.7  0.00000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.473428  normal  0.137552 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>