More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_0420 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003910  CPS_0420  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 309 aa  621  1e-177  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31560  LysR family transcriptional regulator  31.35 
 
 		 310 aa  135  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.574653  hitchhiker  0.00349034 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2834  hypothetical protein  28.81 
 
 		 309 aa  134  1.9999999999999998e-30  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2685  putative transcriptional regulator  31.02 
 
 		 310 aa  134  3e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0437278  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4556  LysR family transcriptional regulator  30.03 
 
 		 321 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2473  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.23 
 
 		 309 aa  130  3e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.470422  normal  0.100008 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0216  transcriptional regulator, LysR family  31.55 
 
 		 313 aa  130  4.0000000000000003e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000946054  normal  0.293728 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3652  LysR family transcriptional regulator  29.57 
 
 		 314 aa  129  6e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0641656 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4123  LysR family transcriptional regulator  31.55 
 
 		 313 aa  129  8.000000000000001e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000527418  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4244  LysR family transcriptional regulator  31.55 
 
 		 313 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000170817  hitchhiker  0.00215615 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2744  transcriptional regulator, LysR family  29.47 
 
 		 309 aa  127  3e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.546413  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3751  LysR family transcriptional regulator  30.13 
 
 		 319 aa  127  3e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3824  LysR family transcriptional regulator  30.13 
 
 		 319 aa  127  3e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0296  transcriptional regulator, LysR family protein  30.67 
 
 		 327 aa  127  3e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.35272  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2436  LysR family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 308 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3589  LysR family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 330 aa  126  5e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0253  LysR family transcriptional regulator  30.35 
 
 		 318 aa  126  5e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.88055 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0214  LysR family transcriptional regulator  30.89 
 
 		 313 aa  126  5e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000152565  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3949  LysR family transcriptional regulator  30.13 
 
 		 319 aa  125  7e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3259  LysR family transcriptional regulator  29.43 
 
 		 307 aa  125  8.000000000000001e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.48256  normal  0.503791 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2222  LysR family transcriptional regulator  28.71 
 
 		 314 aa  125  1e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.176511  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3064  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 308 aa  125  1e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.935651  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2971  HTH-type transcriptional regulator, LysR family  32.14 
 
 		 313 aa  124  2e-27  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.554453  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4139  LysR family transcriptional regulator  30.94 
 
 		 323 aa  124  2e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2081  LysR family transcriptional regulator  29.43 
 
 		 308 aa  124  2e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4272  LysR family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 323 aa  123  3e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0731118 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0324  LysR family transcriptional regulator  29.49 
 
 		 323 aa  123  4e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0195  LysR family transcriptional regulator  30.09 
 
 		 323 aa  122  5e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00357  transcriptional regulator  30.19 
 
 		 323 aa  123  5e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002079  LysR-family transcriptional regulator  31.45 
 
 		 313 aa  123  5e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0195  transcriptional regulator, LysR family  29.62 
 
 		 323 aa  122  7e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0253  LysR family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 320 aa  122  9e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3495  regulatory protein, LysR  29.02 
 
 		 322 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.268712  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2446  LysR family transcriptional regulator  29.43 
 
 		 327 aa  120  1.9999999999999998e-26  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3932  transcriptional regulator  29.52 
 
 		 311 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00420556  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3734  LysR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 311 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.457361 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3500  LysR family transcriptional regulator  30.6 
 
 		 313 aa  120  3e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0910886  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2991  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  32.27 
 
 		 321 aa  120  3e-26  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3805  LysR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 311 aa  120  3e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.829403  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1311  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 321 aa  120  3.9999999999999996e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.20499  normal  0.840284 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2440  LysR family transcriptional regulator  28.9 
 
 		 311 aa  119  6e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.554767  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00455  transcriptional regulator  30.55 
 
 		 341 aa  118  9.999999999999999e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2551  LysR family transcriptional regulator  29.04 
 
 		 314 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.521467  decreased coverage  0.00635729 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3164  LysR family transcriptional regulator  28.71 
 
 		 314 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.293544  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3796  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.72 
 
 		 299 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00027848 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1859  LysR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 329 aa  118  1.9999999999999998e-25  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0738691 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3138  transcriptional regulator, LysR family protein  29.08 
 
 		 316 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.27318  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4063  LysR family transcriptional regulator  31.89 
 
 		 310 aa  117  3e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.444174  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1626  LysR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 329 aa  117  3.9999999999999997e-25  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.11884 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3365  LysR family transcriptional regulator  27.39 
 
 		 314 aa  116  5e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.599311  normal  0.494502 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4143  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 318 aa  115  7.999999999999999e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00216178  hitchhiker  0.000662316 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2696  LysR family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 322 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5043  LysR family transcriptional regulator  26.86 
 
 		 303 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3209  LysR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 312 aa  114  3e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.487782 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0912  LysR family transcriptional regulator  27.8 
 
 		 311 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00635337  normal  0.114981 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001991  transcriptional regulator  30.55 
 
 		 314 aa  113  4.0000000000000004e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68550  LysR family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 302 aa  113  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.505107 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1036  transcriptional regulator of LysR family protein  32.78 
 
 		 313 aa  112  7.000000000000001e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2175  transcriptional regulator, LysR family  27.81 
 
 		 314 aa  112  7.000000000000001e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.415931  normal  0.0244247 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1852  transcriptional regulator, LysR family  27.81 
 
 		 314 aa  112  9e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0106414 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0144  transcription regulator protein  28.62 
 
 		 321 aa  112  1.0000000000000001e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01325  transcriptional regulator, LysR family protein  29.37 
 
 		 314 aa  111  1.0000000000000001e-23  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0111496  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4870  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 313 aa  112  1.0000000000000001e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.42222  normal  0.01712 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3957  LysR family transcriptional regulator  40.67 
 
 		 322 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3501  LysR family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 301 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.356591  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1214  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 314 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.134847  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2111  LysR family transcriptional regulator  27.42 
 
 		 297 aa  110  3e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0674  LysR family transcriptional regulator  28.15 
 
 		 334 aa  110  3e-23  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0775947  normal  0.69232 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1231  LysR family transcriptional regulator  27.07 
 
 		 315 aa  110  4.0000000000000004e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.864061  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20790  transcriptional regulator, LysR family  28.53 
 
 		 298 aa  110  4.0000000000000004e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.596943  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03220  Transcriptional regulator  27.24 
 
 		 347 aa  109  5e-23  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0969  LysR family transcriptional regulator  27.39 
 
 		 313 aa  109  6e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.233069  normal  0.0392284 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3428  LysR family transcriptional regulator  27.57 
 
 		 303 aa  108  9.000000000000001e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000186024  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000551  transcriptional regulator  27.4 
 
 		 304 aa  108  1e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5932  putative transcriptional regulator  29.57 
 
 		 302 aa  108  1e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2042  LysR family transcriptional regulator  28.48 
 
 		 314 aa  108  2e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.557762  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1003  LysR family transcriptional regulator  26.73 
 
 		 315 aa  107  3e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2635  LysR family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 297 aa  107  3e-22  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2459  LysR family transcriptional regulator  28.66 
 
 		 298 aa  106  4e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.57263  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2857  LysR family transcriptional regulator  29.33 
 
 		 298 aa  106  6e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3446  LysR family transcriptional regulator  25.32 
 
 		 312 aa  106  6e-22  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000932924  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2235  LysR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 314 aa  106  6e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.130762  decreased coverage  0.000140411 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4514  LysR family transcriptional regulator  39.19 
 
 		 317 aa  106  6e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.17802  normal  0.303471 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2248  transcriptional regulator, LysR family  28.57 
 
 		 316 aa  105  7e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0456314  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0145  transcriptional regulator, LysR family  28.06 
 
 		 326 aa  105  8e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.300421  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2352  transcriptional regulator, LysR family protein  38.55 
 
 		 314 aa  105  9e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000117377  decreased coverage  0.00000015924 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2018  transcription regulator protein  28.48 
 
 		 321 aa  105  1e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.416664  normal  0.213867 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00823  leucine transcriptional activator  28.06 
 
 		 319 aa  105  1e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3382  LysR family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 295 aa  105  1e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2165  LysR family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 310 aa  105  1e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0776573  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3449  regulatory protein, LysR  31.13 
 
 		 326 aa  105  1e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6130  LysR family transcriptional regulator  29.57 
 
 		 300 aa  103  2e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.733212  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3940  LysR family transcriptional regulator  29.22 
 
 		 310 aa  104  2e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0902  transcriptional regulator, LysR family  29.57 
 
 		 321 aa  104  2e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6418  LysR family transcriptional regulator  29.57 
 
 		 300 aa  103  2e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.461632  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5440  LysR family transcriptional regulator  27.45 
 
 		 301 aa  103  3e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.792139 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4829  LysR family transcriptional regulator  27.45 
 
 		 301 aa  103  3e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.732539 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5495  LysR family transcriptional regulator  27.99 
 
 		 297 aa  103  3e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.663771 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0274  LysR family transcriptional regulator  29.1 
 
 		 306 aa  103  4e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000255624 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3666  LysR family transcriptional regulator  26.05 
 
 		 326 aa  103  4e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0496532  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>