198 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_0617 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_0617  transcriptional regulator, LysR family protein  100 
 
 		 319 aa  661    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.468918  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0180  transcriptional regulator, LysR family  48.11 
 
 		 322 aa  325  5e-88  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0179  LysR family transcriptional regulator  47.8 
 
 		 322 aa  324  1e-87  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4287  LysR family transcriptional regulator  47.8 
 
 		 322 aa  323  2e-87  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.128947 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3839  LysR family transcriptional regulator  46.54 
 
 		 322 aa  320  1.9999999999999998e-86  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0311  LysR family transcriptional regulator  47.8 
 
 		 322 aa  320  1.9999999999999998e-86  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3766  LysR family transcriptional regulator  46.54 
 
 		 322 aa  318  6e-86  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3964  LysR family transcriptional regulator  46.54 
 
 		 322 aa  318  6e-86  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0239  LysR family transcriptional regulator  43.57 
 
 		 321 aa  286  4e-76  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3969  LysR family transcriptional regulator  41.56 
 
 		 321 aa  273  3e-72  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0238  LysR family transcriptional regulator  40.63 
 
 		 321 aa  271  1e-71  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0520  LysR family transcriptional regulator  33.86 
 
 		 321 aa  211  1e-53  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3565  LysR family transcriptional regulator  33.54 
 
 		 326 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2900  hypothetical protein  33.23 
 
 		 324 aa  179  4e-44  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3154  LysR family transcriptional regulator  33.54 
 
 		 324 aa  177  2e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4571  LysR family transcriptional regulator  27.14 
 
 		 319 aa  101  2e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1510  LysR family transcriptional regulator  25.17 
 
 		 324 aa  98.2  1e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.000904227  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1479  LysR family transcriptional regulator  25.17 
 
 		 324 aa  98.2  2e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000211446  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2873  transcriptional regulator, LysR family  25.17 
 
 		 324 aa  97.8  2e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000342278  hitchhiker  0.00000105997 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1474  LysR family transcriptional regulator  25.17 
 
 		 324 aa  98.2  2e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000000979777  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1661  LysR family transcriptional regulator  25.17 
 
 		 328 aa  90.1  4e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3589  transcriptional regulator-like protein  26.18 
 
 		 318 aa  88.2  2e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0512  transcriptional regulator-like protein  30.43 
 
 		 314 aa  85.9  8e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3970  LysR family transcriptional regulator  24.09 
 
 		 317 aa  85.9  9e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0238  transcriptional regulator-like protein  26.84 
 
 		 332 aa  84.3  0.000000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2786  LysR family transcriptional regulator  23.84 
 
 		 337 aa  84.3  0.000000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.989304  hitchhiker  0.00367325 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2612  LysR family transcriptional regulator  25.66 
 
 		 350 aa  84.3  0.000000000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.13871  hitchhiker  0.00000334013 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2899  transcriptional regulator-like protein  26.54 
 
 		 327 aa  84.3  0.000000000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2679  LysR family transcriptional regulator  25.33 
 
 		 350 aa  82.8  0.000000000000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.245615  hitchhiker  0.000486304 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2227  LysR family transcriptional regulator  27.04 
 
 		 330 aa  82.8  0.000000000000007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000157838  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3153  LysR family transcriptional regulator  26.54 
 
 		 334 aa  80.9  0.00000000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1381  LysR family transcriptional regulator  24.92 
 
 		 324 aa  79.7  0.00000000000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2551  LysR family transcriptional regulator  26.17 
 
 		 320 aa  80.1  0.00000000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2919  LysR family transcriptional regulator  25.15 
 
 		 321 aa  77.8  0.0000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3572  LysR family transcriptional regulator  25.64 
 
 		 325 aa  78.2  0.0000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3657  LysR family transcriptional regulator  24.61 
 
 		 320 aa  75.1  0.000000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0288  LysR family transcriptional regulator  24.61 
 
 		 320 aa  75.5  0.000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0997  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 321 aa  74.3  0.000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3566  LysR family transcriptional regulator  24.26 
 
 		 332 aa  74.3  0.000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0243  LysR family transcriptional regulator  24.32 
 
 		 321 aa  71.6  0.00000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4210  LysR family transcriptional regulator  26.24 
 
 		 335 aa  69.7  0.00000000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3590  transcriptional regulator-like protein  22.68 
 
 		 316 aa  68.9  0.0000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0237  LysR family transcriptional regulator  39.08 
 
 		 323 aa  68.6  0.0000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3428  LysR family transcriptional regulator  28.22 
 
 		 303 aa  68.6  0.0000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000186024  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0917  LysR family transcriptional regulator  22.9 
 
 		 321 aa  66.2  0.0000000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0292456  normal  0.707414 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4020  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  25.98 
 
 		 321 aa  64.7  0.000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3586  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  25.37 
 
 		 321 aa  64.3  0.000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3981  LysR family transcriptional regulator  21.74 
 
 		 320 aa  63.2  0.000000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0912  transcriptional regulator, LysR family protein  23.62 
 
 		 318 aa  61.2  0.00000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.000235744  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1773  LysR family transcriptional regulator  25.11 
 
 		 306 aa  61.2  0.00000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0342  LysR family transcriptional regulator  23.33 
 
 		 335 aa  60.1  0.00000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3571  LysR family transcriptional regulator  24.41 
 
 		 316 aa  59.7  0.00000007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3796  LysR family transcriptional regulator  34.57 
 
 		 303 aa  59.3  0.00000009  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3242  LysR family transcriptional regulator  19.94 
 
 		 320 aa  56.6  0.0000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3666  LysR family transcriptional regulator  25.53 
 
 		 326 aa  56.6  0.0000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0496532  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4123  LysR family transcriptional regulator  23.15 
 
 		 313 aa  56.2  0.0000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000527418  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4244  LysR family transcriptional regulator  23.15 
 
 		 313 aa  56.6  0.0000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000170817  hitchhiker  0.00215615 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0216  transcriptional regulator, LysR family  23.15 
 
 		 313 aa  56.6  0.0000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000946054  normal  0.293728 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3500  LysR family transcriptional regulator  23.15 
 
 		 313 aa  56.6  0.0000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0910886  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2977  LysR family transcriptional regulator  22.77 
 
 		 333 aa  56.2  0.0000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2987  transcriptional regulator, LysR family  24.69 
 
 		 347 aa  55.5  0.000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.217571  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1385  LysR family transcriptional regulator  39.47 
 
 		 311 aa  55.8  0.000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0214  LysR family transcriptional regulator  23.15 
 
 		 313 aa  55.5  0.000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000152565  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6857  LysR family transcriptional regulator  21.88 
 
 		 307 aa  55.1  0.000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.561705  normal  0.826149 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3805  LysR family transcriptional regulator  23.92 
 
 		 311 aa  53.9  0.000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.829403  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3734  LysR family transcriptional regulator  23.92 
 
 		 311 aa  53.9  0.000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.457361 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1917  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 310 aa  53.9  0.000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000018485  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2577  transcriptional regulator, LysR family  24.27 
 
 		 347 aa  53.1  0.000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2748  transcription regulator protein  24.47 
 
 		 347 aa  52.4  0.000009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0219  LysR family transcriptional regulator  26.98 
 
 		 306 aa  52.4  0.000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0703  LysR family transcriptional regulator  26.98 
 
 		 306 aa  52.4  0.000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.497833  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0670  LysR family transcriptional regulator  26.98 
 
 		 306 aa  52  0.00001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.155019  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0649  putative DNA-binding transcriptional regulator  24.62 
 
 		 317 aa  51.6  0.00002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00471226  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2838  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  23.02 
 
 		 328 aa  51.6  0.00002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2681  LysR family transcriptional regulator  25.38 
 
 		 306 aa  51.6  0.00002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0307  LysR family transcriptional regulator  21.59 
 
 		 308 aa  52  0.00002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.291876  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3932  transcriptional regulator  23.44 
 
 		 311 aa  51.2  0.00002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00420556  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05276  transcriptional regulator  25 
 
 		 313 aa  51.2  0.00002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4525.1  LysR family transcriptional regulator  23.81 
 
 		 243 aa  50.8  0.00003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3696  transcriptional regulator, LysR family  32.61 
 
 		 325 aa  50.8  0.00003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.643345  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3789  LysR family transcriptional regulator  26.15 
 
 		 306 aa  50.8  0.00003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3713  LysR family transcriptional regulator  21.24 
 
 		 320 aa  50.8  0.00003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0764365 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0594  LysR family transcriptional regulator  26.15 
 
 		 306 aa  50.8  0.00003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0354843  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0717  putative DNA-binding transcriptional regulator  24.05 
 
 		 317 aa  50.4  0.00004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000430698  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2570  LysR family transcriptional regulator  24.43 
 
 		 304 aa  50.1  0.00005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0619  LysR family transcriptional regulator  26.15 
 
 		 306 aa  50.1  0.00005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.56904  normal  0.89546 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2094  transcription regulator protein  24.51 
 
 		 316 aa  49.7  0.00006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3957  LysR family transcriptional regulator  29.14 
 
 		 322 aa  49.7  0.00006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0916  LysR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 339 aa  49.7  0.00006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0349962  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1282  LysR family transcriptional regulator  21.34 
 
 		 306 aa  49.7  0.00007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.526163  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1118  LysR family transcriptional regulator  27.91 
 
 		 305 aa  49.3  0.00008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00136  transcriptional regulator, LysR family protein  22.13 
 
 		 311 aa  49.3  0.00008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.262446  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4063  LysR family transcriptional regulator  22.58 
 
 		 310 aa  49.3  0.00008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.444174  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2997  transcriptional regulator, LysR family  25.38 
 
 		 317 aa  49.3  0.00009  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000483673  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3016  putative DNA-binding transcriptional regulator  25.38 
 
 		 317 aa  49.3  0.00009  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.094496  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2547  transcriptional regulator, LysR family  26.67 
 
 		 334 aa  49.3  0.00009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0253  LysR family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 318 aa  49.3  0.00009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.88055 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0681  putative DNA-binding transcriptional regulator  25.38 
 
 		 317 aa  49.3  0.00009  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000214808  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3547  transcriptional regulator, LysR family  30.28 
 
 		 311 aa  48.9  0.0001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.570181  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0674  LysR family transcriptional regulator  22.27 
 
 		 334 aa  48.9  0.0001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0775947  normal  0.69232 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>