More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_0917 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_0917  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 321 aa  662    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0292456  normal  0.707414 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0997  LysR family transcriptional regulator  58.31 
 
 		 321 aa  396  1e-109  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2919  LysR family transcriptional regulator  55.35 
 
 		 321 aa  372  1e-102  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1381  LysR family transcriptional regulator  48.88 
 
 		 324 aa  310  2e-83  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1510  LysR family transcriptional regulator  48.73 
 
 		 324 aa  309  4e-83  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.000904227  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1474  LysR family transcriptional regulator  48.73 
 
 		 324 aa  309  4e-83  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000000979777  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1479  LysR family transcriptional regulator  48.73 
 
 		 324 aa  309  4e-83  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000211446  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2873  transcriptional regulator, LysR family  48.73 
 
 		 324 aa  308  1.0000000000000001e-82  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000342278  hitchhiker  0.00000105997 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2786  LysR family transcriptional regulator  48.56 
 
 		 337 aa  306  3e-82  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.989304  hitchhiker  0.00367325 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1661  LysR family transcriptional regulator  49.04 
 
 		 328 aa  305  5.0000000000000004e-82  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2679  LysR family transcriptional regulator  47.92 
 
 		 350 aa  300  3e-80  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.245615  hitchhiker  0.000486304 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2612  LysR family transcriptional regulator  47.92 
 
 		 350 aa  298  6e-80  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.13871  hitchhiker  0.00000334013 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0912  transcriptional regulator, LysR family protein  45.14 
 
 		 318 aa  296  3e-79  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.000235744  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2227  LysR family transcriptional regulator  40.31 
 
 		 330 aa  248  1e-64  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000157838  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4571  LysR family transcriptional regulator  26.28 
 
 		 319 aa  114  3e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3839  LysR family transcriptional regulator  24.33 
 
 		 322 aa  102  7e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3964  LysR family transcriptional regulator  24.33 
 
 		 322 aa  102  8e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3766  LysR family transcriptional regulator  24.33 
 
 		 322 aa  102  8e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0311  LysR family transcriptional regulator  25.17 
 
 		 322 aa  102  1e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0239  LysR family transcriptional regulator  27.33 
 
 		 321 aa  101  2e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0238  LysR family transcriptional regulator  26.18 
 
 		 321 aa  97.1  3e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3589  transcriptional regulator-like protein  26.44 
 
 		 318 aa  97.1  4e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3969  LysR family transcriptional regulator  26.62 
 
 		 321 aa  94.7  2e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0180  transcriptional regulator, LysR family  24.15 
 
 		 322 aa  94  3e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0179  LysR family transcriptional regulator  24.15 
 
 		 322 aa  94  3e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4287  LysR family transcriptional regulator  24.15 
 
 		 322 aa  92.8  6e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.128947 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3572  LysR family transcriptional regulator  27.15 
 
 		 325 aa  89.4  7e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3565  LysR family transcriptional regulator  26.38 
 
 		 326 aa  87.4  3e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3970  LysR family transcriptional regulator  26.99 
 
 		 317 aa  80.1  0.00000000000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2900  hypothetical protein  25.23 
 
 		 324 aa  77.8  0.0000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2899  transcriptional regulator-like protein  25.45 
 
 		 327 aa  77  0.0000000000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3154  LysR family transcriptional regulator  24.62 
 
 		 324 aa  76.3  0.0000000000007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001149  putative LysR-family transcriptional regulator YidZ  33.1 
 
 		 322 aa  75.1  0.000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0365295  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0238  transcriptional regulator-like protein  25.4 
 
 		 332 aa  73.6  0.000000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0520  LysR family transcriptional regulator  22.59 
 
 		 321 aa  73.2  0.000000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3590  transcriptional regulator-like protein  21.8 
 
 		 316 aa  72.8  0.000000000007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3657  LysR family transcriptional regulator  25.36 
 
 		 320 aa  72.8  0.000000000008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0237  LysR family transcriptional regulator  25.7 
 
 		 323 aa  72  0.00000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0288  LysR family transcriptional regulator  25.36 
 
 		 320 aa  72  0.00000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4210  LysR family transcriptional regulator  26.13 
 
 		 335 aa  70.5  0.00000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2445  HTH-type transcriptional regulator, LysR family  30.27 
 
 		 308 aa  70.9  0.00000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.333927  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3566  LysR family transcriptional regulator  22.65 
 
 		 332 aa  70.5  0.00000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2551  LysR family transcriptional regulator  24.64 
 
 		 320 aa  70.5  0.00000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3153  LysR family transcriptional regulator  25.53 
 
 		 334 aa  70.1  0.00000000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3571  LysR family transcriptional regulator  21.43 
 
 		 316 aa  69.3  0.00000000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3666  LysR family transcriptional regulator  27.8 
 
 		 326 aa  68.9  0.0000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0496532  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2018  transcription regulator protein  32.84 
 
 		 321 aa  67.4  0.0000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.416664  normal  0.213867 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1974  LysR family transcriptional regulator  32.16 
 
 		 317 aa  67.4  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3412  regulatory protein, LysR  31.58 
 
 		 317 aa  66.6  0.0000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.366877  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03595  predicted DNA-binding transcriptional regulator  29.41 
 
 		 319 aa  65.5  0.000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4283  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  29.41 
 
 		 319 aa  65.5  0.000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01658  transcriptional regulator transcription regulator protein  36.28 
 
 		 308 aa  65.5  0.000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.121304  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4078  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  29.41 
 
 		 319 aa  65.5  0.000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1724  transcriptional regulator  27.84 
 
 		 304 aa  65.5  0.000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000109192 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4211  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  29.41 
 
 		 319 aa  65.5  0.000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3925  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  29.41 
 
 		 319 aa  65.5  0.000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4220  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  29.41 
 
 		 319 aa  65.5  0.000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03539  hypothetical protein  29.41 
 
 		 319 aa  65.5  0.000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000892  transcriptional regulators LysR family  29.25 
 
 		 304 aa  65.9  0.000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002079  LysR-family transcriptional regulator  29.94 
 
 		 313 aa  64.7  0.000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1003  LysR family transcriptional regulator  42.65 
 
 		 315 aa  64.3  0.000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3428  LysR family transcriptional regulator  26.89 
 
 		 303 aa  64.3  0.000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000186024  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0969  LysR family transcriptional regulator  42.65 
 
 		 313 aa  63.9  0.000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.233069  normal  0.0392284 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4256  transcriptional regulator, LysR family  28.88 
 
 		 319 aa  63.5  0.000000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2175  transcriptional regulator, LysR family  26.1 
 
 		 314 aa  63.9  0.000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.415931  normal  0.0244247 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1164  putative DNA-binding transcriptional regulator  24.76 
 
 		 317 aa  63.2  0.000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.898654  normal  0.0943675 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0307  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 308 aa  63.5  0.000000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.291876  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4146  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  27.27 
 
 		 289 aa  63.2  0.000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.690758  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1852  transcriptional regulator, LysR family  25.76 
 
 		 314 aa  63.2  0.000000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0106414 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5142  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  28.88 
 
 		 319 aa  63.2  0.000000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.276657 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3242  LysR family transcriptional regulator  22.94 
 
 		 320 aa  62.8  0.000000007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4643  LysR family transcriptional regulator  21.67 
 
 		 315 aa  62.4  0.000000009  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0512  transcriptional regulator-like protein  42.25 
 
 		 314 aa  62.4  0.000000009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3981  LysR family transcriptional regulator  23.3 
 
 		 320 aa  61.6  0.00000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3586  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  29.07 
 
 		 321 aa  62.4  0.00000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4718  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.65 
 
 		 300 aa  62  0.00000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1735  LysR family transcriptional regulator  23.66 
 
 		 297 aa  62.4  0.00000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.73522  normal  0.158282 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00357  transcriptional regulator  29.49 
 
 		 323 aa  62.4  0.00000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1092  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  26.97 
 
 		 300 aa  61.2  0.00000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0699  LysR family transcriptional regulator  26.94 
 
 		 317 aa  61.6  0.00000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0791561  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64780  putative transcriptional regulator  34.29 
 
 		 298 aa  61.6  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.166653  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4664  transcriptional regulator, LysR family  41.1 
 
 		 305 aa  60.8  0.00000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0610677 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4532  transcriptional regulator, LysR family  41.1 
 
 		 305 aa  60.8  0.00000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.695585 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0750  putative DNA-binding transcriptional regulator  25.85 
 
 		 317 aa  60.5  0.00000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.261288  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0676  putative DNA-binding transcriptional regulator  25.85 
 
 		 317 aa  60.5  0.00000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000759051  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0794  putative DNA-binding transcriptional regulator  25.85 
 
 		 317 aa  60.5  0.00000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.659097  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5625  putative transcriptional regulator  34.29 
 
 		 298 aa  60.5  0.00000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.290257  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4139  LysR family transcriptional regulator  25.93 
 
 		 323 aa  60.1  0.00000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0736  putative DNA-binding transcriptional regulator  25.85 
 
 		 317 aa  60.5  0.00000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.13566  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0690  putative DNA-binding transcriptional regulator  25.85 
 
 		 317 aa  60.5  0.00000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.869609  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0195  LysR family transcriptional regulator  25.93 
 
 		 323 aa  60.1  0.00000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0324  LysR family transcriptional regulator  26.38 
 
 		 323 aa  60.1  0.00000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0195  transcriptional regulator, LysR family  25.93 
 
 		 323 aa  60.1  0.00000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2590  LysR family transcriptional regulator  31.41 
 
 		 338 aa  59.7  0.00000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.614241  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2241  LysR, substrate-binding  29.56 
 
 		 309 aa  59.7  0.00000007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3696  transcriptional regulator, LysR family  26.48 
 
 		 325 aa  59.7  0.00000007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.643345  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4020  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  27.91 
 
 		 321 aa  59.3  0.00000009  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4556  LysR family transcriptional regulator  25.77 
 
 		 321 aa  58.5  0.0000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3182  LysR family transcriptional regulator  37.78 
 
 		 300 aa  59.3  0.0000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0999  LysR family transcriptional regulator  29.33 
 
 		 315 aa  58.9  0.0000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.913515  normal  0.929233 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>