More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_3981 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_3981  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 320 aa  664    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3242  LysR family transcriptional regulator  78.93 
 
 		 320 aa  531  1e-150  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0243  LysR family transcriptional regulator  39.68 
 
 		 321 aa  265  5.999999999999999e-70  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4210  LysR family transcriptional regulator  40.19 
 
 		 335 aa  263  4e-69  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3657  LysR family transcriptional regulator  39.38 
 
 		 320 aa  260  2e-68  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2551  LysR family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 320 aa  259  5.0000000000000005e-68  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0288  LysR family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 320 aa  258  7e-68  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0237  LysR family transcriptional regulator  27.2 
 
 		 323 aa  92.8  6e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3970  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 317 aa  89.7  6e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0512  transcriptional regulator-like protein  29.2 
 
 		 314 aa  88.6  1e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1311  LysR family transcriptional regulator  25.18 
 
 		 321 aa  83.2  0.000000000000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.20499  normal  0.840284 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1485  LysR family transcriptional regulator  26.1 
 
 		 314 aa  82.8  0.000000000000007  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.397513  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0912  LysR family transcriptional regulator  24.76 
 
 		 311 aa  82.4  0.000000000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00635337  normal  0.114981 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0238  LysR family transcriptional regulator  23.97 
 
 		 321 aa  82  0.00000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2838  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  24.91 
 
 		 328 aa  80.5  0.00000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0311  LysR family transcriptional regulator  25.53 
 
 		 322 aa  80.9  0.00000000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3566  LysR family transcriptional regulator  22.9 
 
 		 332 aa  80.5  0.00000000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2235  LysR family transcriptional regulator  31.61 
 
 		 314 aa  80.1  0.00000000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.130762  decreased coverage  0.000140411 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2352  transcriptional regulator, LysR family protein  31.61 
 
 		 314 aa  80.1  0.00000000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000117377  decreased coverage  0.00000015924 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3154  LysR family transcriptional regulator  25.3 
 
 		 324 aa  80.1  0.00000000000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01325  transcriptional regulator, LysR family protein  30.26 
 
 		 314 aa  79.7  0.00000000000006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0111496  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1735  LysR family transcriptional regulator  26.41 
 
 		 297 aa  79.3  0.00000000000007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.73522  normal  0.158282 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3589  transcriptional regulator-like protein  24.68 
 
 		 318 aa  79.3  0.00000000000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6130  LysR family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 300 aa  79  0.0000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.733212  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1214  LysR family transcriptional regulator  29.61 
 
 		 314 aa  79  0.0000000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.134847  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6418  LysR family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 300 aa  79  0.0000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.461632  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2748  transcription regulator protein  26.16 
 
 		 347 aa  77.8  0.0000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3964  LysR family transcriptional regulator  24.82 
 
 		 322 aa  78.2  0.0000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0084  leucine transcriptional activator  21.97 
 
 		 314 aa  78.2  0.0000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3766  LysR family transcriptional regulator  24.82 
 
 		 322 aa  78.2  0.0000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3839  LysR family transcriptional regulator  24.82 
 
 		 322 aa  78.2  0.0000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4108  LysR family transcriptional regulator  27.85 
 
 		 312 aa  77.8  0.0000000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3111  LysR family transcriptional regulator  24.66 
 
 		 319 aa  77.8  0.0000000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3138  transcriptional regulator, LysR family protein  29.68 
 
 		 316 aa  77.8  0.0000000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.27318  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1535  LysR family transcriptional regulator  29.76 
 
 		 301 aa  77  0.0000000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.418397  hitchhiker  0.00238453 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2618  LysR family transcriptional regulator  32.28 
 
 		 306 aa  77  0.0000000000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00078  leucine transcriptional activator  21.09 
 
 		 314 aa  76.3  0.0000000000007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3523  transcriptional regulator, LysR family  21.09 
 
 		 314 aa  76.3  0.0000000000007  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00077  hypothetical protein  21.09 
 
 		 314 aa  76.3  0.0000000000007  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3581  leucine transcriptional activator  21.09 
 
 		 314 aa  76.3  0.0000000000007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.313803  hitchhiker  0.000946626 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0081  leucine transcriptional activator  21.36 
 
 		 314 aa  75.9  0.0000000000008  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.669516  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0078  leucine transcriptional activator  21.36 
 
 		 314 aa  75.9  0.0000000000008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6019  LysR family transcriptional regulator  27.19 
 
 		 303 aa  75.9  0.0000000000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.176233  normal  0.34418 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2744  transcriptional regulator, LysR family  29.02 
 
 		 309 aa  75.5  0.000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.546413  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2635  LysR family transcriptional regulator  24.32 
 
 		 297 aa  75.1  0.000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3874  LysR family transcriptional regulator  25.08 
 
 		 323 aa  74.7  0.000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2900  hypothetical protein  23.42 
 
 		 324 aa  74.3  0.000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2977  LysR family transcriptional regulator  25.53 
 
 		 333 aa  74.3  0.000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3572  LysR family transcriptional regulator  24.03 
 
 		 325 aa  74.7  0.000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0081  leucine transcriptional activator  21.36 
 
 		 314 aa  75.1  0.000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0163  LysR family transcriptional regulator  32.34 
 
 		 303 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2042  LysR family transcriptional regulator  29.68 
 
 		 314 aa  73.9  0.000000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.557762  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0352  transcriptional regulator, LysR family  30.67 
 
 		 299 aa  73.9  0.000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4287  LysR family transcriptional regulator  25.18 
 
 		 322 aa  73.9  0.000000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.128947 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0131  leucine transcriptional activator  23.57 
 
 		 341 aa  73.9  0.000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2577  transcriptional regulator, LysR family  25.15 
 
 		 347 aa  74.3  0.000000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0126  leucine transcriptional activator  23.57 
 
 		 314 aa  73.9  0.000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.44493  hitchhiker  0.00376656 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0180  transcriptional regulator, LysR family  24.82 
 
 		 322 aa  73.6  0.000000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0623  leucine transcriptional activator  24.42 
 
 		 314 aa  73.6  0.000000000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0252202 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2165  LysR family transcriptional regulator  29.8 
 
 		 310 aa  73.6  0.000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0776573  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0127  leucine transcriptional activator  23.57 
 
 		 314 aa  73.9  0.000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0179  LysR family transcriptional regulator  24.82 
 
 		 322 aa  73.6  0.000000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2018  transcription regulator protein  26.6 
 
 		 321 aa  73.2  0.000000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.416664  normal  0.213867 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2987  transcriptional regulator, LysR family  24.85 
 
 		 347 aa  73.2  0.000000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.217571  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6400  LysR family transcriptional regulator  26.74 
 
 		 306 aa  72.8  0.000000000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.245407 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3385  LysR family transcriptional regulator  30.46 
 
 		 316 aa  72.8  0.000000000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.521059  normal  0.192926 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1626  LysR family transcriptional regulator  28.29 
 
 		 329 aa  72.8  0.000000000008  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.11884 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2436  LysR family transcriptional regulator  27.08 
 
 		 308 aa  72.4  0.000000000009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1859  LysR family transcriptional regulator  28.29 
 
 		 329 aa  72.4  0.000000000009  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0738691 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1231  LysR family transcriptional regulator  28 
 
 		 315 aa  72.4  0.00000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.864061  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0124  leucine transcriptional activator  23.47 
 
 		 314 aa  72  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.442889  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3064  LysR family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 308 aa  72.4  0.00000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.935651  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0069  leucine transcriptional activator  25.23 
 
 		 314 aa  72  0.00000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3544  LysR family transcriptional regulator  26.85 
 
 		 304 aa  72.4  0.00000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0131  leucine transcriptional activator  23.47 
 
 		 314 aa  72  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0678941 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2081  LysR family transcriptional regulator  27.6 
 
 		 308 aa  72  0.00000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5507  transcriptional regulator, LysR family  26.75 
 
 		 301 aa  71.6  0.00000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.242052  normal  0.462948 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6242  LysR family transcriptional regulator  26.11 
 
 		 301 aa  71.6  0.00000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4508  LysR family transcriptional regulator  26.41 
 
 		 306 aa  71.2  0.00000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.872153  normal  0.61755 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1852  transcriptional regulator, LysR family  27.32 
 
 		 314 aa  71.2  0.00000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0106414 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6527  LysR family transcriptional regulator  25.88 
 
 		 306 aa  71.6  0.00000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2448  transcriptional regulator, LysR family  29.44 
 
 		 325 aa  71.2  0.00000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3259  LysR family transcriptional regulator  27.08 
 
 		 307 aa  71.6  0.00000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.48256  normal  0.503791 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001991  transcriptional regulator  26.88 
 
 		 314 aa  70.9  0.00000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00357  transcriptional regulator  25.7 
 
 		 323 aa  70.5  0.00000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5527  LysR family transcriptional regulator  26.74 
 
 		 306 aa  70.9  0.00000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2227  LysR family transcriptional regulator  25.78 
 
 		 330 aa  70.5  0.00000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000157838  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5891  LysR family transcriptional regulator  26.74 
 
 		 306 aa  70.9  0.00000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.384931  normal  0.980568 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0239  LysR family transcriptional regulator  22.65 
 
 		 321 aa  70.5  0.00000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1325  LysR family transcriptional regulator  30.52 
 
 		 294 aa  70.5  0.00000000004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.138863  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2473  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.8 
 
 		 309 aa  69.7  0.00000000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.470422  normal  0.100008 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00455  transcriptional regulator  25.08 
 
 		 341 aa  69.7  0.00000000007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1550  LysR family transcriptional regulator  23.33 
 
 		 333 aa  69.3  0.00000000008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.135746  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3969  LysR family transcriptional regulator  23.25 
 
 		 321 aa  69.3  0.00000000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2175  transcriptional regulator, LysR family  27.32 
 
 		 314 aa  69.3  0.00000000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.415931  normal  0.0244247 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0642  LysR family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 309 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.915851  normal  0.108834 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1767  LysR family transcriptional regulator  29.61 
 
 		 336 aa  68.6  0.0000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.406374  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1381  LysR family transcriptional regulator  23.86 
 
 		 324 aa  68.2  0.0000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1447  LysR family transcriptional regulator  29.61 
 
 		 329 aa  67.8  0.0000000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000494272  normal  0.226871 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0746  leucine transcriptional activator  23.46 
 
 		 315 aa  67.8  0.0000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>