More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_0243 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_0243  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 321 aa  672    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4210  LysR family transcriptional regulator  81 
 
 		 335 aa  533  1e-150  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3657  LysR family transcriptional regulator  59.31 
 
 		 320 aa  403  1e-111  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0288  LysR family transcriptional regulator  58.99 
 
 		 320 aa  401  1e-111  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2551  LysR family transcriptional regulator  58.04 
 
 		 320 aa  395  1e-109  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3242  LysR family transcriptional regulator  41.51 
 
 		 320 aa  273  3e-72  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3981  LysR family transcriptional regulator  39.68 
 
 		 320 aa  269  5e-71  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0512  transcriptional regulator-like protein  27.31 
 
 		 314 aa  101  2e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0311  LysR family transcriptional regulator  27.74 
 
 		 322 aa  93.6  4e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1735  LysR family transcriptional regulator  34.76 
 
 		 297 aa  92.4  9e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.73522  normal  0.158282 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3565  LysR family transcriptional regulator  24.47 
 
 		 326 aa  92.4  1e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0238  LysR family transcriptional regulator  21.66 
 
 		 321 aa  91.7  1e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2618  LysR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 306 aa  91.3  2e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3969  LysR family transcriptional regulator  22.8 
 
 		 321 aa  89.7  5e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1311  LysR family transcriptional regulator  28.79 
 
 		 321 aa  87.8  2e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.20499  normal  0.840284 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3766  LysR family transcriptional regulator  24.22 
 
 		 322 aa  87.4  3e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3839  LysR family transcriptional regulator  24.22 
 
 		 322 aa  87  3e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3964  LysR family transcriptional regulator  24.22 
 
 		 322 aa  87  4e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3154  LysR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 324 aa  86.3  6e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2900  hypothetical protein  30.2 
 
 		 324 aa  85.1  0.000000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0179  LysR family transcriptional regulator  23.96 
 
 		 322 aa  83.6  0.000000000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0180  transcriptional regulator, LysR family  23.96 
 
 		 322 aa  83.6  0.000000000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0239  LysR family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 321 aa  81.3  0.00000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4287  LysR family transcriptional regulator  23.61 
 
 		 322 aa  81.6  0.00000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.128947 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3572  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 325 aa  79.7  0.00000000000007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0520  LysR family transcriptional regulator  23.08 
 
 		 321 aa  78.6  0.0000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3153  LysR family transcriptional regulator  26.77 
 
 		 334 aa  78.6  0.0000000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3874  LysR family transcriptional regulator  25.99 
 
 		 323 aa  77.4  0.0000000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2899  transcriptional regulator-like protein  26.26 
 
 		 327 aa  77  0.0000000000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1325  LysR family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 294 aa  77  0.0000000000004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.138863  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2018  transcription regulator protein  27.59 
 
 		 321 aa  75.5  0.000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.416664  normal  0.213867 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3138  transcriptional regulator, LysR family protein  30.77 
 
 		 316 aa  75.5  0.000000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.27318  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0342  LysR family transcriptional regulator  26.52 
 
 		 335 aa  74.3  0.000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2175  transcriptional regulator, LysR family  29.47 
 
 		 314 aa  74.3  0.000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.415931  normal  0.0244247 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3970  LysR family transcriptional regulator  24.5 
 
 		 317 aa  74.3  0.000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1852  transcriptional regulator, LysR family  29.47 
 
 		 314 aa  73.9  0.000000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0106414 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0237  LysR family transcriptional regulator  24.9 
 
 		 323 aa  73.6  0.000000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1767  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 336 aa  73.6  0.000000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.406374  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2289  transcriptional regulator, LysR family  29.09 
 
 		 311 aa  73.6  0.000000000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.317043  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3566  LysR family transcriptional regulator  24.87 
 
 		 332 aa  73.2  0.000000000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3111  LysR family transcriptional regulator  25.84 
 
 		 319 aa  72  0.00000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2352  transcriptional regulator, LysR family protein  28.49 
 
 		 314 aa  70.9  0.00000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000117377  decreased coverage  0.00000015924 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3501  LysR family transcriptional regulator  22.67 
 
 		 301 aa  71.6  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.356591  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2206  LysR family transcriptional regulator  28.8 
 
 		 300 aa  71.2  0.00000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3696  transcriptional regulator, LysR family  29.48 
 
 		 325 aa  71.2  0.00000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.643345  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1878  LysR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 305 aa  71.2  0.00000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1773  LysR family transcriptional regulator  22.92 
 
 		 306 aa  70.9  0.00000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3589  transcriptional regulator-like protein  19.8 
 
 		 318 aa  70.1  0.00000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0594  LysR family transcriptional regulator  27.14 
 
 		 306 aa  69.7  0.00000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0354843  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0746  leucine transcriptional activator  24.53 
 
 		 315 aa  69.7  0.00000000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5526  LysR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 306 aa  69.7  0.00000000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2704  transcriptional regulator, LysR family  28.57 
 
 		 323 aa  69.7  0.00000000007  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.613515 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1381  LysR family transcriptional regulator  24.73 
 
 		 324 aa  69.3  0.00000000008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2042  LysR family transcriptional regulator  29.48 
 
 		 314 aa  69.3  0.00000000009  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.557762  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01749  Transcriptional Regulator, LysR family protein  26.51 
 
 		 300 aa  69.3  0.00000000009  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.122215  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0420  LysR family transcriptional regulator  25.5 
 
 		 309 aa  68.9  0.0000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4571  LysR family transcriptional regulator  21.43 
 
 		 319 aa  68.6  0.0000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1094  LysR family transcriptional regulator  29.88 
 
 		 304 aa  68.6  0.0000000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.154385 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0219  LysR family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 306 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2679  LysR family transcriptional regulator  23.1 
 
 		 350 aa  68.6  0.0000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.245615  hitchhiker  0.000486304 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0703  LysR family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 306 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.497833  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2409  LysR family transcriptional regulator  26.84 
 
 		 306 aa  68.2  0.0000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2402  LysR family transcriptional regulator  26.84 
 
 		 306 aa  68.2  0.0000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.298095  unclonable  0.0000087148 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0881  LysR family transcriptional regulator  29.28 
 
 		 306 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.995576 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1003  LysR family transcriptional regulator  26.06 
 
 		 315 aa  68.2  0.0000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2612  LysR family transcriptional regulator  23.1 
 
 		 350 aa  68.2  0.0000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.13871  hitchhiker  0.00000334013 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3690  LysR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 306 aa  68.6  0.0000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.996067 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2413  LysR family transcriptional regulator  28.96 
 
 		 307 aa  67.8  0.0000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00812709 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0623  leucine transcriptional activator  23.55 
 
 		 314 aa  67.4  0.0000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0252202 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1797  LysR family transcriptional regulator  28.96 
 
 		 308 aa  67.4  0.0000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.764878  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2409  LysR family transcriptional regulator  28.96 
 
 		 308 aa  67.4  0.0000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0488071  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1724  transcriptional regulator  23.62 
 
 		 304 aa  67  0.0000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000109192 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3988  LysR family transcriptional regulator  25.37 
 
 		 324 aa  67  0.0000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3640  LysR family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 327 aa  66.6  0.0000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.525425  normal  0.47067 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0642  LysR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 309 aa  66.6  0.0000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.915851  normal  0.108834 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0081  leucine transcriptional activator  25.29 
 
 		 314 aa  66.6  0.0000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1024  LysR family transcriptional regulator  24.64 
 
 		 305 aa  66.6  0.0000000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.849003  normal  0.711621 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2749  leucine transcriptional activator  25.62 
 
 		 324 aa  66.6  0.0000000006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2060  transcriptional regulator, LysR family  26.84 
 
 		 306 aa  66.2  0.0000000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.670506  unclonable  0.00000000000294805 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0969  LysR family transcriptional regulator  26.04 
 
 		 313 aa  66.2  0.0000000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.233069  normal  0.0392284 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1544  LysR family transcriptional regulator  25.87 
 
 		 309 aa  66.2  0.0000000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0454  LysR family transcriptional regulator  29.14 
 
 		 312 aa  65.9  0.0000000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2454  LysR family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 342 aa  65.9  0.0000000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00089328  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0136  LysR family transcriptional regulator  23.97 
 
 		 333 aa  65.9  0.0000000009  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0532671 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3789  LysR family transcriptional regulator  28.74 
 
 		 306 aa  65.9  0.0000000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5736  LysR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 308 aa  65.9  0.0000000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.401426  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00078  leucine transcriptional activator  25.29 
 
 		 314 aa  65.5  0.000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3523  transcriptional regulator, LysR family  25.29 
 
 		 314 aa  65.5  0.000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0081  leucine transcriptional activator  25.29 
 
 		 314 aa  65.5  0.000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.669516  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3571  LysR family transcriptional regulator  23.66 
 
 		 316 aa  65.5  0.000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4311  transcriptional regulator, LysR family  29.69 
 
 		 309 aa  65.5  0.000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.386764  normal  0.967846 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3581  leucine transcriptional activator  25.29 
 
 		 314 aa  65.5  0.000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.313803  hitchhiker  0.000946626 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0619  LysR family transcriptional regulator  26.63 
 
 		 306 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.56904  normal  0.89546 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2235  LysR family transcriptional regulator  28.4 
 
 		 314 aa  65.9  0.000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.130762  decreased coverage  0.000140411 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00077  hypothetical protein  25.29 
 
 		 314 aa  65.5  0.000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2222  LysR family transcriptional regulator  27.39 
 
 		 314 aa  65.5  0.000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.176511  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0078  leucine transcriptional activator  25.29 
 
 		 314 aa  65.5  0.000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2319  LysR family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 310 aa  65.5  0.000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.253365  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0084  leucine transcriptional activator  25.29 
 
 		 314 aa  65.5  0.000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3590  transcriptional regulator-like protein  25.66 
 
 		 316 aa  65.5  0.000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>