130 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_3589 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_3589  transcriptional regulator-like protein  100 
 
 		 318 aa  655    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3572  LysR family transcriptional regulator  48.41 
 
 		 325 aa  299  5e-80  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3969  LysR family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 321 aa  127  3e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0238  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 321 aa  123  5e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0239  LysR family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 321 aa  121  9.999999999999999e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4571  LysR family transcriptional regulator  27.73 
 
 		 319 aa  118  1.9999999999999998e-25  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3839  LysR family transcriptional regulator  25.08 
 
 		 322 aa  113  5e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3766  LysR family transcriptional regulator  24.76 
 
 		 322 aa  112  7.000000000000001e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3964  LysR family transcriptional regulator  24.76 
 
 		 322 aa  112  7.000000000000001e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0311  LysR family transcriptional regulator  25.72 
 
 		 322 aa  111  1.0000000000000001e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0520  LysR family transcriptional regulator  27.39 
 
 		 321 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0997  LysR family transcriptional regulator  25.93 
 
 		 321 aa  108  2e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3590  transcriptional regulator-like protein  26.38 
 
 		 316 aa  107  3e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0179  LysR family transcriptional regulator  24.44 
 
 		 322 aa  105  1e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4287  LysR family transcriptional regulator  24.44 
 
 		 322 aa  105  1e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.128947 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0180  transcriptional regulator, LysR family  24.44 
 
 		 322 aa  104  2e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3970  LysR family transcriptional regulator  25.28 
 
 		 317 aa  102  1e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0917  LysR family transcriptional regulator  26.78 
 
 		 321 aa  100  3e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0292456  normal  0.707414 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0237  LysR family transcriptional regulator  26.36 
 
 		 323 aa  99.8  6e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3153  LysR family transcriptional regulator  26.94 
 
 		 334 aa  99  9e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3571  LysR family transcriptional regulator  27.04 
 
 		 316 aa  99  9e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3565  LysR family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 326 aa  96.3  5e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0912  transcriptional regulator, LysR family protein  24.58 
 
 		 318 aa  95.5  1e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.000235744  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1661  LysR family transcriptional regulator  23.87 
 
 		 328 aa  94.7  2e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1381  LysR family transcriptional regulator  25.19 
 
 		 324 aa  94.4  2e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2919  LysR family transcriptional regulator  23.57 
 
 		 321 aa  94.7  2e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2899  transcriptional regulator-like protein  25.09 
 
 		 327 aa  93.2  6e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0617  transcriptional regulator, LysR family protein  26.39 
 
 		 319 aa  92.4  1e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.468918  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2900  hypothetical protein  25.32 
 
 		 324 aa  90.1  5e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2679  LysR family transcriptional regulator  23.73 
 
 		 350 aa  89  1e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.245615  hitchhiker  0.000486304 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2227  LysR family transcriptional regulator  23.99 
 
 		 330 aa  89  1e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000157838  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2612  LysR family transcriptional regulator  23.42 
 
 		 350 aa  87.8  2e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.13871  hitchhiker  0.00000334013 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3566  LysR family transcriptional regulator  26.26 
 
 		 332 aa  85.9  9e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3154  LysR family transcriptional regulator  25.55 
 
 		 324 aa  85.1  0.000000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0238  transcriptional regulator-like protein  23.08 
 
 		 332 aa  84.3  0.000000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3981  LysR family transcriptional regulator  24.68 
 
 		 320 aa  84.3  0.000000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2786  LysR family transcriptional regulator  22.22 
 
 		 337 aa  83.2  0.000000000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.989304  hitchhiker  0.00367325 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1510  LysR family transcriptional regulator  22.77 
 
 		 324 aa  82.4  0.000000000000009  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.000904227  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1479  LysR family transcriptional regulator  22.77 
 
 		 324 aa  82.4  0.00000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000211446  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1474  LysR family transcriptional regulator  22.77 
 
 		 324 aa  82.4  0.00000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000000979777  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2873  transcriptional regulator, LysR family  23.86 
 
 		 324 aa  80.9  0.00000000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000342278  hitchhiker  0.00000105997 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4210  LysR family transcriptional regulator  23.44 
 
 		 335 aa  76.6  0.0000000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0512  transcriptional regulator-like protein  28.21 
 
 		 314 aa  74.7  0.000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3242  LysR family transcriptional regulator  22.59 
 
 		 320 aa  69.7  0.00000000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0243  LysR family transcriptional regulator  20.07 
 
 		 321 aa  68.6  0.0000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3657  LysR family transcriptional regulator  19.85 
 
 		 320 aa  64.7  0.000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0288  LysR family transcriptional regulator  19.85 
 
 		 320 aa  63.5  0.000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2551  LysR family transcriptional regulator  18.73 
 
 		 320 aa  60.1  0.00000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000302  transcriptional regulator LysR family  23.76 
 
 		 301 aa  55.8  0.0000009  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1609  LysR family transcriptional regulator  22.67 
 
 		 297 aa  54.7  0.000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0273727  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004316  transcriptional regulator LysR family  24.91 
 
 		 293 aa  53.5  0.000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.610995  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3547  transcriptional regulator, LysR family  36.52 
 
 		 311 aa  53.1  0.000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.570181  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3416  LysR family transcriptional regulator  22.71 
 
 		 320 aa  53.1  0.000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1864  transcriptional regulator, LysR family  23.11 
 
 		 297 aa  52  0.00001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1311  LysR family transcriptional regulator  23.74 
 
 		 321 aa  52  0.00001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.20499  normal  0.840284 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1810  LysR family transcriptional regulator  23.11 
 
 		 297 aa  50.4  0.00004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1903  LysR family transcriptional regulator  23.63 
 
 		 305 aa  49.7  0.00006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2072  LysR family transcriptional regulator  23.43 
 
 		 305 aa  49.3  0.00008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0341772  normal  0.872543 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1570  LysR family transcriptional regulator  22.71 
 
 		 297 aa  48.9  0.0001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.147449  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1561  LysR family transcriptional regulator  22.71 
 
 		 297 aa  48.9  0.0001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.314715  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1413  transcriptional regulator, LysR family  26.82 
 
 		 295 aa  48.9  0.0001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.258464  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3321  helix-turn-helix, Fis-type  31.58 
 
 		 311 aa  48.5  0.0002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.270973 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0307  LysR family transcriptional regulator  22.69 
 
 		 308 aa  47.4  0.0003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.291876  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4313  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 302 aa  47.4  0.0003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4053  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 302 aa  47.4  0.0003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0287  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  24.8 
 
 		 294 aa  47.8  0.0003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.125086 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001149  putative LysR-family transcriptional regulator YidZ  26.24 
 
 		 322 aa  47.4  0.0004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0365295  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0486  transcriptional regulator CatR  21.05 
 
 		 295 aa  47  0.0004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1784  transcriptional regulator, LysR family  22.31 
 
 		 297 aa  47  0.0004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4959  LysR family transcriptional regulator  19.61 
 
 		 298 aa  47  0.0004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2748  transcription regulator protein  34.33 
 
 		 347 aa  47  0.0005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2577  transcriptional regulator, LysR family  34.33 
 
 		 347 aa  46.6  0.0005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2987  transcriptional regulator, LysR family  34.33 
 
 		 347 aa  47  0.0005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.217571  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2605  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 264 aa  46.6  0.0006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.182093  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2242  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  24.6 
 
 		 303 aa  46.6  0.0006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1726  LysR family transcriptional regulator  21.31 
 
 		 294 aa  46.2  0.0007  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.000000302117  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5500  LysR family transcriptional regulator  22.44 
 
 		 296 aa  46.2  0.0007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1369  transcriptional regulator, LysR family  20.78 
 
 		 302 aa  46.2  0.0008  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2999  LysR family transcriptional regulator  19.52 
 
 		 305 aa  46.2  0.0008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0222348  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3663  LysR family transcriptional regulator  21.95 
 
 		 296 aa  45.1  0.001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.148857  normal  0.207098 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1385  LysR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 311 aa  45.8  0.001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3472  LysR family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 297 aa  45.4  0.001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.106111 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1454  LysR family transcriptional regulator  20.08 
 
 		 294 aa  45.8  0.001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0215589  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0820  transcriptional regulator, LysR family  34.38 
 
 		 310 aa  45.8  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.24868  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2276  regulatory protein LysR  19.43 
 
 		 299 aa  45.4  0.001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0300565  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1183  LysR family transcriptional regulator  21.72 
 
 		 297 aa  45.8  0.001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3552  LysR family transcriptional regulator  21.72 
 
 		 297 aa  45.8  0.001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.964874  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04895  transcriptional regulator  21.27 
 
 		 296 aa  45.8  0.001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1909  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  22.33 
 
 		 334 aa  44.7  0.002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2838  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.84 
 
 		 328 aa  44.7  0.002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3696  transcriptional regulator, LysR family  22.09 
 
 		 325 aa  44.7  0.002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.643345  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4324  LysR family transcriptional regulator  27.91 
 
 		 278 aa  45.1  0.002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.446377 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2327  LysR family transcriptional regulator  20.59 
 
 		 296 aa  44.7  0.002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0243  LysR family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 302 aa  45.1  0.002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2977  LysR family transcriptional regulator  32.84 
 
 		 333 aa  44.7  0.002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0219  LysR family transcriptional regulator  24.49 
 
 		 306 aa  45.1  0.002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0086  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  23.35 
 
 		 294 aa  45.1  0.002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0703  LysR family transcriptional regulator  24.49 
 
 		 306 aa  45.1  0.002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.497833  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0953  transcriptional regulator, LysR family  22.22 
 
 		 311 aa  44.7  0.002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0145345  decreased coverage  0.00704929 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2222  LysR family transcriptional regulator  18.8 
 
 		 314 aa  43.9  0.003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.176511  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>