More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr7_1903 on replicon NC_008322
Organism: Shewanella sp. MR-7



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008322  Shewmr7_1903  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 305 aa  633  1e-180  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2072  LysR family transcriptional regulator  99.34 
 
 		 305 aa  629  1e-179  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0341772  normal  0.872543 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000892  transcriptional regulators LysR family  41.2 
 
 		 304 aa  251  1e-65  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3428  LysR family transcriptional regulator  34.71 
 
 		 303 aa  186  3e-46  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000186024  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1485  LysR family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 314 aa  120  3.9999999999999996e-26  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.397513  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1118  LysR family transcriptional regulator  28.9 
 
 		 298 aa  115  6e-25  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05276  transcriptional regulator  25.75 
 
 		 313 aa  114  2.0000000000000002e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3988  putative transcriptional regulator SyrB  25.08 
 
 		 301 aa  95.9  7e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.859636  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3365  LysR family transcriptional regulator  26.42 
 
 		 314 aa  95.1  1e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.599311  normal  0.494502 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2222  LysR family transcriptional regulator  25.5 
 
 		 314 aa  95.1  1e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.176511  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2834  hypothetical protein  25.91 
 
 		 309 aa  94.4  2e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4622  LysR family transcriptional regulator  26.33 
 
 		 314 aa  94  3e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6630  LysR family transcriptional regulator  30.4 
 
 		 320 aa  92  1e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.466638  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6397  LysR family transcriptional regulator  30.4 
 
 		 320 aa  92  1e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6228  LysR family transcriptional regulator  30.4 
 
 		 345 aa  91.3  2e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.196745  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2008  transcriptional regulator, LysR family  26.17 
 
 		 316 aa  89.4  7e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0820401  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0642  LysR family transcriptional regulator  27.74 
 
 		 309 aa  89.4  8e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.915851  normal  0.108834 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3153  LysR family transcriptional regulator  28.23 
 
 		 334 aa  88.6  1e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3164  LysR family transcriptional regulator  25.59 
 
 		 314 aa  87.4  2e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.293544  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2445  HTH-type transcriptional regulator, LysR family  24.49 
 
 		 308 aa  87.8  2e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.333927  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6276  LysR family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 317 aa  88.2  2e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0594796  normal  0.485366 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1230  LysR family transcriptional regulator  28.46 
 
 		 332 aa  87  3e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.121818  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3932  transcriptional regulator  26.24 
 
 		 311 aa  87  3e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00420556  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1081  HTH-type transcriptional regulator, LysR family  25.58 
 
 		 302 aa  87  3e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0296  transcriptional regulator, LysR family protein  26.95 
 
 		 327 aa  87  4e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.35272  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4455  LysR family transcriptional regulator  26.38 
 
 		 307 aa  87  4e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.326178 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3495  regulatory protein, LysR  31.38 
 
 		 322 aa  86.7  5e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.268712  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4032  LysR family transcriptional regulator  27.93 
 
 		 314 aa  86.7  5e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.522955  normal  0.224362 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00357  transcriptional regulator  23.23 
 
 		 323 aa  86.3  6e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3588  LysR family transcriptional regulator  25.31 
 
 		 301 aa  85.9  7e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.443778 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2899  transcriptional regulator-like protein  27.42 
 
 		 327 aa  85.9  7e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1973  LysR family transcriptional regulator  30.24 
 
 		 308 aa  85.9  8e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0253  LysR family transcriptional regulator  29.44 
 
 		 320 aa  85.5  9e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0076  LysR family transcriptional regulator  24.29 
 
 		 323 aa  85.5  9e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4139  LysR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 323 aa  85.5  0.000000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2490  LysR family transcriptional regulator  26.44 
 
 		 318 aa  85.1  0.000000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.234951  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0195  transcriptional regulator, LysR family  29.73 
 
 		 323 aa  85.5  0.000000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002079  LysR-family transcriptional regulator  23.45 
 
 		 313 aa  85.5  0.000000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0195  LysR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 323 aa  85.1  0.000000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1198  LysR family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 307 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.601339  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4272  LysR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 323 aa  84.3  0.000000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0731118 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0044  LysR family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 307 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2441  hypothetical protein  27.96 
 
 		 305 aa  84.7  0.000000000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2824  LysR family transcriptional regulator  26.46 
 
 		 302 aa  84.3  0.000000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1811  transcriptional regulator, LysR family  28.33 
 
 		 297 aa  84.7  0.000000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.193528  hitchhiker  0.00243987 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1550  LysR family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 307 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0054  LysR family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 307 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0052  LysR family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 307 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1481  LysR family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 308 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0065  LysR family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 307 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.363781  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2551  LysR family transcriptional regulator  25.25 
 
 		 314 aa  84  0.000000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.521467  decreased coverage  0.00635729 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0214  LysR family transcriptional regulator  26.98 
 
 		 313 aa  83.6  0.000000000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000152565  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1092  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  28.1 
 
 		 300 aa  84  0.000000000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0095  transcriptional regulator, LysR family  23.97 
 
 		 323 aa  84  0.000000000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.329429  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0044  LysR family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 307 aa  83.6  0.000000000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4514  LysR family transcriptional regulator  25.57 
 
 		 317 aa  83.2  0.000000000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.17802  normal  0.303471 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3500  LysR family transcriptional regulator  26.19 
 
 		 313 aa  82.8  0.000000000000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0910886  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1595  transcriptional regulator, LysR family  30.97 
 
 		 313 aa  82.8  0.000000000000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.654422  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5440  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 301 aa  82.8  0.000000000000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.792139 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4311  transcriptional regulator, LysR family  27.1 
 
 		 309 aa  82.8  0.000000000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.386764  normal  0.967846 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5422  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 295 aa  82.8  0.000000000000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.906945  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3734  LysR family transcriptional regulator  25.26 
 
 		 311 aa  82.8  0.000000000000007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.457361 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0324  LysR family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 323 aa  82.4  0.000000000000008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2535  transcriptional regulator, LysR family  25.5 
 
 		 307 aa  82.4  0.000000000000008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.799798 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3805  LysR family transcriptional regulator  25.26 
 
 		 311 aa  82.4  0.000000000000008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.829403  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0216  transcriptional regulator, LysR family  26.59 
 
 		 313 aa  82.4  0.000000000000009  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000946054  normal  0.293728 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4556  LysR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 321 aa  81.6  0.00000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4829  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 301 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.732539 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1167  LysR family transcriptional regulator  28.41 
 
 		 309 aa  82  0.00000000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.136839  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4244  LysR family transcriptional regulator  26.07 
 
 		 313 aa  82  0.00000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000170817  hitchhiker  0.00215615 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1317  transcriptional regulator, LysR family  32.18 
 
 		 304 aa  81.6  0.00000000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.631225  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3445  LysR family transcriptional regulator  23.01 
 
 		 322 aa  81.6  0.00000000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000626744  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68550  LysR family transcriptional regulator  26.91 
 
 		 302 aa  81.6  0.00000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.505107 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4123  LysR family transcriptional regulator  25.68 
 
 		 313 aa  81.3  0.00000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000527418  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1799  putative transcriptional regulator  26.86 
 
 		 304 aa  81.6  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21080  LysR family transcriptional activator  26.45 
 
 		 304 aa  81.6  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0253  LysR family transcriptional regulator  29.19 
 
 		 318 aa  80.5  0.00000000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.88055 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3608  LysR family transcriptional regulator  26.01 
 
 		 309 aa  80.5  0.00000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.592433  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2005  transcriptional regulator, LysR family  26.67 
 
 		 298 aa  80.5  0.00000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.140319 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5282  LysR family transcriptional regulator  26.03 
 
 		 310 aa  80.5  0.00000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.560852  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3824  LysR family transcriptional regulator  29.95 
 
 		 319 aa  80.5  0.00000000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0158  LysR family transcriptional regulator  26.98 
 
 		 342 aa  79.7  0.00000000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0000138303  normal  0.930835 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3874  LysR family transcriptional regulator  25.58 
 
 		 323 aa  79.7  0.00000000000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3262  LysR family transcriptional regulator  27.09 
 
 		 304 aa  79.3  0.00000000000008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.4347 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1528  LysR family transcriptional regulator  26.56 
 
 		 298 aa  79.3  0.00000000000008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2802  LysR family transcriptional regulator  25.08 
 
 		 305 aa  79.3  0.00000000000008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3105  LysR family transcriptional regulator  25.56 
 
 		 302 aa  79.3  0.00000000000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.253115  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4499  LysR family transcriptional regulator  28.05 
 
 		 314 aa  79  0.00000000000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0112  LysR family transcriptional regulator  25.89 
 
 		 319 aa  78.6  0.0000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3382  LysR family transcriptional regulator  29.19 
 
 		 295 aa  78.6  0.0000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3949  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 319 aa  78.6  0.0000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3751  LysR family transcriptional regulator  29.95 
 
 		 319 aa  78.2  0.0000000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3589  LysR family transcriptional regulator  28.11 
 
 		 330 aa  79  0.0000000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007641  Rru_B0017  LysR family transcriptional regulator  26.98 
 
 		 301 aa  77.4  0.0000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0328  LysR family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 306 aa  78.2  0.0000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0978  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 298 aa  78.2  0.0000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00024266 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1325  LysR family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 294 aa  78.2  0.0000000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.138863  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4567  LysR family transcriptional regulator  25.93 
 
 		 332 aa  77  0.0000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.227329  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3501  LysR family transcriptional regulator  24.74 
 
 		 301 aa  77.4  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.356591  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6199  transcriptional regulator, LysR family  32.3 
 
 		 308 aa  77.4  0.0000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.2151  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>