More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_3988 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_3988  putative transcriptional regulator SyrB  100 
 
 		 301 aa  622  1e-177  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.859636  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0360  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  45.58 
 
 		 301 aa  274  1.0000000000000001e-72  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.132599  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3428  LysR family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 303 aa  145  9e-34  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000186024  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000892  transcriptional regulators LysR family  29.37 
 
 		 304 aa  127  3e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1903  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 305 aa  103  3e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2072  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 305 aa  102  5e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0341772  normal  0.872543 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05276  transcriptional regulator  24.91 
 
 		 313 aa  100  2e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4479  LysR family transcriptional regulator  27.8 
 
 		 308 aa  100  3e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5115  LysR family transcriptional regulator  27.48 
 
 		 308 aa  97.4  2e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.337357  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5744  LysR family transcriptional regulator  27.48 
 
 		 308 aa  97.8  2e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.205378 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3131  LysR family transcriptional regulator  27.48 
 
 		 308 aa  96.3  6e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3156  LysR family transcriptional regulator  27.63 
 
 		 308 aa  95.5  8e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1481  LysR family transcriptional regulator  31.32 
 
 		 308 aa  93.2  4e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1198  LysR family transcriptional regulator  31.32 
 
 		 307 aa  93.2  5e-18  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.601339  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0044  LysR family transcriptional regulator  31.32 
 
 		 307 aa  93.2  5e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1550  LysR family transcriptional regulator  31.32 
 
 		 307 aa  93.2  5e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0044  LysR family transcriptional regulator  31.32 
 
 		 307 aa  93.2  5e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0065  LysR family transcriptional regulator  31.32 
 
 		 307 aa  93.2  5e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.363781  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0052  LysR family transcriptional regulator  31.32 
 
 		 307 aa  93.2  5e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0054  LysR family transcriptional regulator  31.32 
 
 		 307 aa  93.2  5e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0642  LysR family transcriptional regulator  32.42 
 
 		 309 aa  92  1e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.915851  normal  0.108834 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4311  transcriptional regulator, LysR family  32.42 
 
 		 309 aa  91.7  1e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.386764  normal  0.967846 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5015  LysR family transcriptional regulator  26.97 
 
 		 308 aa  91.7  2e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.357265  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5290  LysR family transcriptional regulator  27.69 
 
 		 327 aa  90.1  4e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0257  LysR family transcriptional regulator  26.95 
 
 		 331 aa  89  1e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.885703 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2445  HTH-type transcriptional regulator, LysR family  24.58 
 
 		 308 aa  88.2  2e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.333927  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1118  LysR family transcriptional regulator  26.16 
 
 		 298 aa  88.2  2e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001963  putative transcriptional regulator LysR family  24.05 
 
 		 311 aa  85.5  0.000000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.974844  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4455  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 307 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.326178 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3259  LysR family transcriptional regulator  24.09 
 
 		 307 aa  84.7  0.000000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.48256  normal  0.503791 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2436  LysR family transcriptional regulator  24.09 
 
 		 308 aa  83.6  0.000000000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2473  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  24.16 
 
 		 309 aa  83.6  0.000000000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.470422  normal  0.100008 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2248  transcriptional regulator, LysR family  25.44 
 
 		 316 aa  83.6  0.000000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0456314  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3064  LysR family transcriptional regulator  23.1 
 
 		 308 aa  82.8  0.000000000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.935651  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2081  LysR family transcriptional regulator  23.76 
 
 		 308 aa  82.4  0.000000000000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4718  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  23.38 
 
 		 300 aa  81.6  0.00000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4622  LysR family transcriptional regulator  23.57 
 
 		 314 aa  81.3  0.00000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2685  putative transcriptional regulator  23.28 
 
 		 310 aa  80.5  0.00000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0437278  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3446  LysR family transcriptional regulator  22.45 
 
 		 312 aa  80.9  0.00000000000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000932924  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3874  LysR family transcriptional regulator  24.58 
 
 		 323 aa  80.1  0.00000000000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008538  Arth_4269  LysR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 301 aa  80.1  0.00000000000004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4020  LysR family transcriptional regulator  24.58 
 
 		 324 aa  79.3  0.00000000000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2744  transcriptional regulator, LysR family  23.84 
 
 		 309 aa  79  0.00000000000009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.546413  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1773  LysR family transcriptional regulator  26.58 
 
 		 306 aa  78.6  0.0000000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1852  transcriptional regulator, LysR family  23.08 
 
 		 314 aa  78.6  0.0000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0106414 
 
 
-
 
NC_003296  RS05202  transcription regulator protein  24.01 
 
 		 304 aa  77.8  0.0000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.0000103081  normal  0.0105317 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0420  LysR family transcriptional regulator  25.87 
 
 		 309 aa  78.2  0.0000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2448  transcriptional regulator, LysR family  25.91 
 
 		 325 aa  77.4  0.0000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2165  LysR family transcriptional regulator  25.41 
 
 		 310 aa  78.2  0.0000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0776573  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1311  LysR family transcriptional regulator  24.91 
 
 		 321 aa  78.2  0.0000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.20499  normal  0.840284 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1751  LysR family transcriptional regulator  28.16 
 
 		 299 aa  78.2  0.0000000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.4326  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31560  LysR family transcriptional regulator  22.95 
 
 		 310 aa  78.2  0.0000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.574653  hitchhiker  0.00349034 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5074  LysR family transcriptional regulator  25.24 
 
 		 306 aa  77.4  0.0000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.322448 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0216  transcriptional regulator, LysR family  25.4 
 
 		 313 aa  77.4  0.0000000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000946054  normal  0.293728 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00508  transcriptional regulator  23.28 
 
 		 308 aa  77.4  0.0000000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4244  LysR family transcriptional regulator  25.49 
 
 		 313 aa  77  0.0000000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000170817  hitchhiker  0.00215615 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1167  LysR family transcriptional regulator  25.24 
 
 		 309 aa  76.6  0.0000000000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.136839  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2175  transcriptional regulator, LysR family  23.08 
 
 		 314 aa  76.6  0.0000000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.415931  normal  0.0244247 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0214  LysR family transcriptional regulator  25.4 
 
 		 313 aa  76.6  0.0000000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000152565  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4123  LysR family transcriptional regulator  25.16 
 
 		 313 aa  76.3  0.0000000000007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000527418  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3652  LysR family transcriptional regulator  22.26 
 
 		 314 aa  75.9  0.0000000000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0641656 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3805  LysR family transcriptional regulator  25.41 
 
 		 311 aa  75.9  0.0000000000009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.829403  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3589  LysR family transcriptional regulator  24.52 
 
 		 330 aa  75.1  0.000000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3734  LysR family transcriptional regulator  25.41 
 
 		 311 aa  75.5  0.000000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.457361 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2441  hypothetical protein  25.33 
 
 		 305 aa  74.3  0.000000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3382  LysR family transcriptional regulator  24.48 
 
 		 295 aa  74.3  0.000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0997  transcriptional regulator, LysR family  26.21 
 
 		 302 aa  74.7  0.000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.940452  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3932  transcriptional regulator  24.59 
 
 		 311 aa  75.1  0.000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00420556  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0902  transcriptional regulator, LysR family  34.75 
 
 		 321 aa  73.9  0.000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000752  transcriptional regulator  25.84 
 
 		 276 aa  73.6  0.000000000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00374891  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3500  LysR family transcriptional regulator  24.59 
 
 		 313 aa  73.6  0.000000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0910886  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2331  LysR family transcriptional regulator  22.64 
 
 		 307 aa  73.6  0.000000000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2999  transcriptional regulator, LysR family  22.76 
 
 		 333 aa  73.6  0.000000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.4449  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2677  LysR family transcriptional regulator  26.06 
 
 		 314 aa  73.6  0.000000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.297592  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1036  transcriptional regulator, LysR family  34.75 
 
 		 320 aa  73.2  0.000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01658  transcriptional regulator transcription regulator protein  23.2 
 
 		 308 aa  72.8  0.000000000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.121304  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3586  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  25.87 
 
 		 321 aa  72.8  0.000000000007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00357  transcriptional regulator  29.84 
 
 		 323 aa  72.4  0.000000000009  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0112  LysR family transcriptional regulator  26.5 
 
 		 319 aa  72.4  0.000000000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4829  LysR family transcriptional regulator  25.93 
 
 		 301 aa  71.6  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.732539 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2997  LysR family transcriptional regulator  29.07 
 
 		 299 aa  71.6  0.00000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00848262 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5043  LysR family transcriptional regulator  23.65 
 
 		 303 aa  72  0.00000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002079  LysR-family transcriptional regulator  30.89 
 
 		 313 aa  72  0.00000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05338  transcriptional regulator  26.62 
 
 		 304 aa  72  0.00000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2696  LysR family transcriptional regulator  29.07 
 
 		 310 aa  71.2  0.00000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.600213  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1974  LysR family transcriptional regulator  21.28 
 
 		 317 aa  71.2  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0253  LysR family transcriptional regulator  25.99 
 
 		 320 aa  71.6  0.00000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4889  LysR family transcriptional regulator  27.42 
 
 		 309 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0145  transcriptional regulator, LysR family  22.7 
 
 		 326 aa  71.6  0.00000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.300421  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000551  transcriptional regulator  24.66 
 
 		 304 aa  71.6  0.00000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6630  LysR family transcriptional regulator  24.41 
 
 		 320 aa  70.9  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.466638  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6397  LysR family transcriptional regulator  24.41 
 
 		 320 aa  70.9  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6130  LysR family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 300 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.733212  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2055  transcriptional regulator, LysR family  26.67 
 
 		 325 aa  71.2  0.00000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6418  LysR family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 300 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.461632  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0195  transcriptional regulator, LysR family  24.19 
 
 		 323 aa  70.9  0.00000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2446  LysR family transcriptional regulator  25.17 
 
 		 327 aa  70.9  0.00000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2971  HTH-type transcriptional regulator, LysR family  27.33 
 
 		 313 aa  70.9  0.00000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.554453  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0270  putative transcriptional regulator  23.39 
 
 		 305 aa  70.9  0.00000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5440  LysR family transcriptional regulator  25.4 
 
 		 301 aa  70.5  0.00000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.792139 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>