More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dd703_1413 on replicon NC_012880
Organism: Dickeya dadantii Ech703



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012880  Dd703_1413  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 295 aa  600  1.0000000000000001e-171  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.258464  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0554  transcriptional regulator LysR family  39.47 
 
 		 291 aa  187  1e-46  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0936885  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7088  LysR family transcriptional regulator  26.01 
 
 		 314 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0486  LysR substrate-binding  29.71 
 
 		 298 aa  105  7e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3677  transcriptional regulator, LysR family  25.61 
 
 		 292 aa  104  1e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.307485  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3818  LysR family transcriptional regulator  25.46 
 
 		 297 aa  104  2e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.493989  normal  0.173651 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0396  LysR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 300 aa  100  2e-20  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.21777  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0071  putative transcriptional regulator LysR-type  23.95 
 
 		 292 aa  100  4e-20  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000120497  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4032  LysR family transcriptional regulator  23.99 
 
 		 297 aa  99  7e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.660064  normal  0.177868 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3213  LysR family transcriptional regulator  30.32 
 
 		 283 aa  98.6  1e-19  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.146504  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0121  transcriptional regulator, LysR family  26.94 
 
 		 304 aa  97.8  2e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0210  transcriptional regulator, LysR family  26.76 
 
 		 305 aa  96.3  5e-19  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3501  transcriptional regulator, LysR family  26.2 
 
 		 283 aa  96.3  5e-19  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1385  LysR family transcriptional regulator  24.35 
 
 		 297 aa  96.3  6e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.134108  normal  0.498861 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1612  LysR family transcriptional regulator  27.11 
 
 		 301 aa  95.9  8e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4525  LysR family transcriptional regulator  24.35 
 
 		 297 aa  95.5  1e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1747  transcriptional regulator, LysR family  26.2 
 
 		 283 aa  94.4  2e-18  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.337394  normal  0.482419 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1450  LysR family transcriptional regulator  26.47 
 
 		 297 aa  94  3e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3522  transcriptional regulator, LysR family  27.21 
 
 		 283 aa  94  3e-18  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8516  transcriptional regulator, LysR family  26.86 
 
 		 312 aa  93.2  5e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3211  LysR family transcriptional regulator  25.46 
 
 		 283 aa  93.2  5e-18  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3514  transcriptional regulator, LysR family  25.09 
 
 		 283 aa  92.8  6e-18  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3297  LysR family transcriptional regulator  25.09 
 
 		 283 aa  92.8  6e-18  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3557  LysR family transcriptional regulator  25.09 
 
 		 283 aa  92.8  6e-18  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.423553  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55150  transcriptional regulator  25.84 
 
 		 284 aa  92.8  6e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000391017 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3267  LysR family transcriptional regulator  25.09 
 
 		 283 aa  92.4  7e-18  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.486644  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09570  LysR family transcriptional regulator  25.82 
 
 		 284 aa  91.7  1e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0895  putative transcriptional regulator  25.82 
 
 		 284 aa  91.7  1e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0899891  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2410  transcriptional regulator, LysR family  24.3 
 
 		 287 aa  91.7  1e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.975942  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2823  transcriptional regulator, LysR family  27.43 
 
 		 305 aa  91.7  1e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.135524  normal  0.141091 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3511  LysR family transcriptional regulator  24.72 
 
 		 283 aa  90.9  2e-17  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5097  transcriptional regulator, LysR family  26.33 
 
 		 288 aa  91.3  2e-17  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3060  transcriptional regulator, LysR family  27.62 
 
 		 293 aa  90.5  3e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000262954  decreased coverage  0.0000000999677 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0750  transcriptional regulator, LysR family  29.64 
 
 		 302 aa  90.1  4e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.467939 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0205  LysR family transcriptional regulator  25.98 
 
 		 288 aa  89  8e-17  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0230  transcriptional regulator, LysR family  25.98 
 
 		 288 aa  89  8e-17  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0208  LysR family transcriptional regulator  25.98 
 
 		 288 aa  89  8e-17  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1081  LysR family transcriptional regulator  24.37 
 
 		 300 aa  89  9e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.440964  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5945  transcriptional regulator, LysR family  26.26 
 
 		 307 aa  89  1e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.626175  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0226  LysR family transcriptional regulator  25.62 
 
 		 288 aa  88.2  2e-16  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0191  LysR family transcriptional regulator  25.62 
 
 		 288 aa  87.8  2e-16  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0195  LysR family transcriptional regulator  25.62 
 
 		 288 aa  88.2  2e-16  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0223  transcriptional regulator, LysR family  25.62 
 
 		 288 aa  88.2  2e-16  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0854  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  27.56 
 
 		 297 aa  87.4  2e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0188  LysR family transcriptional regulator  25.27 
 
 		 288 aa  87.4  2e-16  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46170  LysR family transcriptional regulator  23.21 
 
 		 290 aa  88.2  2e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0324298 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1312  LysR family transcriptional regulator  26.99 
 
 		 305 aa  87.4  3e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0843658  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1558  LysR family transcriptional regulator  22.79 
 
 		 305 aa  87  3e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0214  transcription regulator protein  25.62 
 
 		 288 aa  86.3  5e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.526816 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0820  transcriptional regulator, LysR family  29.29 
 
 		 302 aa  86.3  6e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.378943  normal  0.194336 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0896  LysR family transcriptional regulator  26.22 
 
 		 321 aa  86.3  6e-16  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0937961  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0247  transcriptional regulator, LysR family  25.27 
 
 		 288 aa  86.3  6e-16  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1817  hypothetical protein  26.22 
 
 		 321 aa  86.3  6e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.504025  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0454  LysR family transcriptional regulator  26.22 
 
 		 341 aa  85.9  7e-16  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.499714  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1638  transcriptional regulator  26.22 
 
 		 341 aa  85.9  7e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.511589  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1661  LysR family transcriptional regulator  26.22 
 
 		 341 aa  85.9  7e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.557878  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1424  LysR family transcriptional regulator  26.22 
 
 		 337 aa  85.9  7e-16  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.18619  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0706  LysR family transcriptional regulator  26.22 
 
 		 341 aa  85.9  7e-16  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.897426  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1650  LysR family transcriptional regulator  26.75 
 
 		 301 aa  85.9  7e-16  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3926  putative transcriptional regulator  23.21 
 
 		 290 aa  85.9  8e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.366969  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2203  LysR family transcriptional regulator  26.12 
 
 		 287 aa  85.9  8e-16  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.460556  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0281  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 307 aa  85.1  0.000000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2215  LysR family transcriptional regulator  32.02 
 
 		 293 aa  84.3  0.000000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1410  LysR family transcriptional regulator  26.87 
 
 		 304 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.807333  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5293  transcriptional regulator, LysR family  24.81 
 
 		 297 aa  84.7  0.000000000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0928  LysR family transcriptional regulator  26.87 
 
 		 304 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.830783  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1290  LysR family transcriptional regulator  25.11 
 
 		 309 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.109093  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01483  predicted DNA-binding transcriptional regulator  24.16 
 
 		 293 aa  84  0.000000000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2120  transcriptional regulator, LysR family  24.16 
 
 		 293 aa  84  0.000000000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0296049  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2523  LysR family transcriptional regulator  26.19 
 
 		 298 aa  84  0.000000000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0665746  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0804  transcription regulator protein  28.74 
 
 		 302 aa  84  0.000000000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.540321 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1905  LysR family transcriptional regulator  25.99 
 
 		 304 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.204877 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4969  LysR family transcriptional regulator  25.97 
 
 		 297 aa  84  0.000000000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2660  LysR family transcriptional regulator  25.88 
 
 		 321 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0456  LysR family transcriptional regulator  24.9 
 
 		 294 aa  84  0.000000000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01494  hypothetical protein  24.16 
 
 		 293 aa  84  0.000000000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1608  LysR family transcriptional regulator  24.16 
 
 		 293 aa  84  0.000000000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4716  LysR family transcriptional regulator  24.63 
 
 		 296 aa  84  0.000000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2132  LysR family transcriptional regulator  24.16 
 
 		 293 aa  84  0.000000000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.54811  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5338  transcriptional regulator, LysR family  24.81 
 
 		 297 aa  83.6  0.000000000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5280  LysR family transcriptional regulator  25.19 
 
 		 297 aa  83.6  0.000000000000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1388  LysR family transcriptional regulator  26.87 
 
 		 304 aa  83.6  0.000000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.275315 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6329  transcriptional regulator, LysR family  25.97 
 
 		 299 aa  83.2  0.000000000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0290063  hitchhiker  0.00524783 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1749  LysR family transcriptional regulator  27.52 
 
 		 262 aa  83.6  0.000000000000004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.136733  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3406  transcriptional regulator, LysR family  27.97 
 
 		 262 aa  83.2  0.000000000000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000245138 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5664  transcriptional regulator, LysR family  24.42 
 
 		 297 aa  82.8  0.000000000000006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5025  LysR family transcriptional regulator  24.42 
 
 		 297 aa  82.8  0.000000000000006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4855  LysR family transcriptional regulator  24.42 
 
 		 297 aa  82.8  0.000000000000006  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5406  LysR family transcriptional regulator  24.42 
 
 		 297 aa  82.8  0.000000000000006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3716  LysR family transcriptional regulator  27.31 
 
 		 297 aa  82.8  0.000000000000006  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2646  LysR family transcriptional regulator  27.02 
 
 		 289 aa  82.8  0.000000000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.774595 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1589  transcriptional regulator, LysR family  24.44 
 
 		 307 aa  82.4  0.000000000000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.323043  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1726  LysR family transcriptional regulator  24.16 
 
 		 293 aa  81.6  0.00000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1148  transcriptional regulator, LysR family  26.98 
 
 		 303 aa  82  0.00000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000219344  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1769  LysR family transcriptional regulator  27.08 
 
 		 291 aa  81.6  0.00000000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0244764  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5263  transcriptional regulator, LysR family  24.42 
 
 		 297 aa  82  0.00000000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1936  transcriptional regulator, LysR family  28.81 
 
 		 262 aa  82  0.00000000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0666  LysR family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 295 aa  82  0.00000000000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4870  LysR family transcriptional regulator  24.42 
 
 		 297 aa  81.3  0.00000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2395  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  23.05 
 
 		 291 aa  81.3  0.00000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0377245  normal  0.580313 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>