More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_0554 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_0554  transcriptional regulator LysR family  100 
 
 		 291 aa  586  1e-166  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0936885  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1413  transcriptional regulator, LysR family  39.47 
 
 		 295 aa  187  1e-46  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.258464  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0210  transcriptional regulator, LysR family  32.91 
 
 		 305 aa  119  6e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2004  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 292 aa  116  3e-25  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.079664 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2395  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  27.87 
 
 		 291 aa  114  3e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0377245  normal  0.580313 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01483  predicted DNA-binding transcriptional regulator  27.76 
 
 		 293 aa  112  5e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2120  transcriptional regulator, LysR family  27.76 
 
 		 293 aa  112  5e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0296049  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01494  hypothetical protein  27.76 
 
 		 293 aa  112  5e-24  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1608  LysR family transcriptional regulator  27.76 
 
 		 293 aa  112  5e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2132  LysR family transcriptional regulator  27.76 
 
 		 293 aa  112  5e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.54811  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1646  LysR family transcriptional regulator  27.76 
 
 		 293 aa  112  9e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7088  LysR family transcriptional regulator  28.85 
 
 		 314 aa  110  3e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1312  LysR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 305 aa  110  3e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0843658  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2661  transcriptional regulator, LysR family  28.25 
 
 		 292 aa  109  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.826395  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1726  LysR family transcriptional regulator  28.11 
 
 		 293 aa  109  5e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2139  transcriptional regulator, LysR family  28.11 
 
 		 293 aa  109  6e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.487971  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2410  transcriptional regulator, LysR family  27.7 
 
 		 287 aa  108  7.000000000000001e-23  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.975942  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1680  transcriptional regulator, LysR family  28.11 
 
 		 293 aa  108  9.000000000000001e-23  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3275  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 295 aa  107  2e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0812122 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3012  LysR family substrate-binding transcriptional regulator  28.22 
 
 		 289 aa  107  3e-22  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.450438  hitchhiker  0.000703378 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2472  LysR family substrate binding transcriptional regulator  28.22 
 
 		 289 aa  107  3e-22  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2570  LysR family transcriptional regulator  28.22 
 
 		 289 aa  107  3e-22  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3677  transcriptional regulator, LysR family  28.1 
 
 		 292 aa  106  4e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.307485  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1628  putative LysR substrate binding domain  26.55 
 
 		 290 aa  106  5e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1647  putative LysR substrate binding domain  26.55 
 
 		 290 aa  106  5e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0636291  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1812  putative LysR substrate binding domain-containing protein  26.55 
 
 		 290 aa  106  5e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1695  putative LysR substrate binding domain  26.55 
 
 		 290 aa  106  5e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.165039  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2893  LysR family transcriptional regulator  27.07 
 
 		 288 aa  106  5e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0897253  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1636  putative LysR substrate binding domain  26.55 
 
 		 290 aa  106  5e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3152  LysR family transcriptional regulator  27.07 
 
 		 288 aa  106  6e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2703  LysR family transcriptional regulator  27.07 
 
 		 289 aa  105  6e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.664835 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2562  LysR family transcriptional regulator  27.07 
 
 		 288 aa  106  6e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2823  transcriptional regulator, LysR family  29.35 
 
 		 305 aa  105  7e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.135524  normal  0.141091 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1450  LysR family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 297 aa  104  2e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1905  LysR family transcriptional regulator  29.96 
 
 		 304 aa  103  3e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.204877 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4032  LysR family transcriptional regulator  27.52 
 
 		 297 aa  102  6e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.660064  normal  0.177868 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1558  LysR family transcriptional regulator  28.03 
 
 		 305 aa  102  7e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1612  LysR family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 301 aa  102  7e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4554  LysR family transcriptional regulator  29.52 
 
 		 305 aa  102  1e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1668  transcriptional regulator, LysR family  26.88 
 
 		 296 aa  101  1e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2646  LysR family transcriptional regulator  32.66 
 
 		 289 aa  102  1e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.774595 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1388  LysR family transcriptional regulator  30.18 
 
 		 304 aa  100  2e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.275315 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1939  transcriptional regulator, LysR family  26.3 
 
 		 290 aa  101  2e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.514267  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2310  transcriptional regulator, LysR family  28.42 
 
 		 287 aa  100  2e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1385  LysR family transcriptional regulator  27.97 
 
 		 297 aa  101  2e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.134108  normal  0.498861 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3818  LysR family transcriptional regulator  27.97 
 
 		 297 aa  99.8  5e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.493989  normal  0.173651 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0486  LysR substrate-binding  29.69 
 
 		 298 aa  99.8  5e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0071  putative transcriptional regulator LysR-type  28.15 
 
 		 292 aa  99.4  6e-20  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000120497  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0928  LysR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 304 aa  99  7e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.830783  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1410  LysR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 304 aa  99  7e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.807333  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46170  LysR family transcriptional regulator  28.41 
 
 		 290 aa  98.6  1e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0324298 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4525  LysR family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 297 aa  97.4  2e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1329  LysR family transcriptional regulator  29.28 
 
 		 304 aa  96.3  5e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3926  putative transcriptional regulator  28.04 
 
 		 290 aa  95.5  1e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.366969  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0121  transcriptional regulator, LysR family  27.01 
 
 		 304 aa  94.7  2e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0188  LysR family transcriptional regulator  27.88 
 
 		 288 aa  93.6  3e-18  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5097  transcriptional regulator, LysR family  27.88 
 
 		 288 aa  93.6  4e-18  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0247  transcriptional regulator, LysR family  27.51 
 
 		 288 aa  92.8  6e-18  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0214  transcription regulator protein  29.96 
 
 		 288 aa  92.8  6e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.526816 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0205  LysR family transcriptional regulator  27.88 
 
 		 288 aa  92.8  6e-18  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0208  LysR family transcriptional regulator  27.88 
 
 		 288 aa  92.8  6e-18  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1290  LysR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 309 aa  92.8  6e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.109093  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0230  transcriptional regulator, LysR family  27.88 
 
 		 288 aa  92.8  7e-18  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5687  LysR family transcriptional regulator  30.62 
 
 		 295 aa  92.4  8e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.145424 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0226  LysR family transcriptional regulator  27.51 
 
 		 288 aa  91.7  1e-17  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0191  LysR family transcriptional regulator  27.51 
 
 		 288 aa  92  1e-17  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0195  LysR family transcriptional regulator  27.51 
 
 		 288 aa  91.7  1e-17  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0223  transcriptional regulator, LysR family  27.51 
 
 		 288 aa  91.7  1e-17  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0896  LysR family transcriptional regulator  30.27 
 
 		 321 aa  90.9  2e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0937961  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1817  hypothetical protein  30.27 
 
 		 321 aa  90.9  2e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.504025  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1638  transcriptional regulator  30.27 
 
 		 341 aa  90.5  3e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.511589  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1424  LysR family transcriptional regulator  30.27 
 
 		 337 aa  90.5  3e-17  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.18619  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0706  LysR family transcriptional regulator  30.27 
 
 		 341 aa  90.5  3e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.897426  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1749  LysR family transcriptional regulator  27.54 
 
 		 262 aa  90.1  3e-17  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.136733  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5516  LysR family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 291 aa  90.1  3e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0587498  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0454  LysR family transcriptional regulator  30.27 
 
 		 341 aa  90.5  3e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.499714  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5880  LysR family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 291 aa  90.1  3e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.311857  normal  0.281069 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1661  LysR family transcriptional regulator  30.27 
 
 		 341 aa  90.5  3e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.557878  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0281  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 307 aa  90.1  4e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0820  transcriptional regulator, LysR family  28.79 
 
 		 302 aa  89.7  5e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.378943  normal  0.194336 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2660  LysR family transcriptional regulator  28.26 
 
 		 321 aa  89.4  6e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1936  transcriptional regulator, LysR family  27.27 
 
 		 262 aa  89  8e-17  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6389  LysR family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 291 aa  89  9e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0907959  normal  0.0995777 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1278  LysR family transcriptional regulator  38.16 
 
 		 316 aa  89  9e-17  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2015  LysR family transcriptional regulator  26.89 
 
 		 262 aa  88.2  1e-16  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.253751  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0750  transcriptional regulator, LysR family  28.74 
 
 		 302 aa  88.6  1e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.467939 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0804  transcription regulator protein  27.05 
 
 		 302 aa  87.8  2e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.540321 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3406  transcriptional regulator, LysR family  26.34 
 
 		 262 aa  87.8  2e-16  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000245138 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3829  LysR family transcriptional regulator  28.16 
 
 		 289 aa  87  3e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.19019  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3522  transcriptional regulator, LysR family  27.14 
 
 		 283 aa  86.7  4e-16  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3213  LysR family transcriptional regulator  26.22 
 
 		 283 aa  86.7  4e-16  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.146504  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1867  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 306 aa  86.7  5e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0639  LysR family transcriptional regulator  26.43 
 
 		 319 aa  85.9  7e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1652  LysR family transcriptional regulator  29.12 
 
 		 299 aa  85.5  9e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0547251  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3511  LysR family transcriptional regulator  27.14 
 
 		 283 aa  85.1  0.000000000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09570  LysR family transcriptional regulator  29.32 
 
 		 284 aa  85.1  0.000000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1096  transcriptional regulator, LysR family  27.8 
 
 		 297 aa  84.3  0.000000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.000448558  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3211  LysR family transcriptional regulator  26.12 
 
 		 283 aa  84.3  0.000000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4716  LysR family transcriptional regulator  27.37 
 
 		 296 aa  84.7  0.000000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0835  LysR family transcriptional regulator  24.22 
 
 		 282 aa  84  0.000000000000003  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>