More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_2570 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007492  Pfl01_2570  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 304 aa  613  9.999999999999999e-175  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0619  LysR family transcriptional regulator  63.64 
 
 		 306 aa  374  1e-102  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.56904  normal  0.89546 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3789  LysR family transcriptional regulator  61.87 
 
 		 306 aa  368  1e-101  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3696  transcriptional regulator, LysR family  58.47 
 
 		 325 aa  364  1e-100  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.643345  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0594  LysR family transcriptional regulator  61.95 
 
 		 306 aa  365  1e-100  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0354843  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0703  LysR family transcriptional regulator  62.88 
 
 		 306 aa  358  5e-98  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.497833  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0219  LysR family transcriptional regulator  62.88 
 
 		 306 aa  358  5e-98  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2681  LysR family transcriptional regulator  62.54 
 
 		 306 aa  358  6e-98  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0670  LysR family transcriptional regulator  62.54 
 
 		 306 aa  357  9.999999999999999e-98  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.155019  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2289  transcriptional regulator, LysR family  57.38 
 
 		 311 aa  318  5e-86  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.317043  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3025  transcriptional regulator MexT  36.69 
 
 		 308 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.21276  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0163  LysR family transcriptional regulator  37.58 
 
 		 432 aa  159  7e-38  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000224126 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2956  LysR family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 304 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.801513 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2978  LysR family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 304 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0300552 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0801  LysR family transcriptional regulator  37.16 
 
 		 309 aa  147  2.0000000000000003e-34  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2863  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 304 aa  145  6e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2826  transcriptional regulator MexT  33.44 
 
 		 304 aa  145  7.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.663633  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1157  LysR family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 320 aa  145  8.000000000000001e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0192755  normal  0.578291 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0902  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 321 aa  142  5e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3376  transcriptional regulator, LysR family  33.68 
 
 		 310 aa  143  5e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1036  transcriptional regulator, LysR family  35.03 
 
 		 320 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2913  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.35 
 
 		 304 aa  138  8.999999999999999e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0160728 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2746  transcriptional regulator MexT  32.12 
 
 		 304 aa  138  1e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3040  transcriptional regulator, LysR family  32.35 
 
 		 304 aa  138  1e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.120446  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3889  transcriptional regulator, LysR family  34.52 
 
 		 300 aa  138  1e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.246193  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2666  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 304 aa  138  1e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.380766 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0979  LysR family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 301 aa  138  1e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00025121 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32410  transcriptional regulator MexT  32.12 
 
 		 304 aa  138  1e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.282605  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1145  LysR family transcriptional regulator  35.41 
 
 		 304 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.610214  normal  0.415034 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2460  LysR family transcriptional regulator  34.14 
 
 		 324 aa  135  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0044  LysR family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 307 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5350  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 		 304 aa  135  9.999999999999999e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.57185  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4718  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.02 
 
 		 300 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1481  LysR family transcriptional regulator  33.12 
 
 		 308 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0044  LysR family transcriptional regulator  33.12 
 
 		 307 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1550  LysR family transcriptional regulator  33.12 
 
 		 307 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0052  LysR family transcriptional regulator  33.12 
 
 		 307 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2352  transcriptional regulator, LysR family protein  28.8 
 
 		 314 aa  132  6.999999999999999e-30  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000117377  decreased coverage  0.00000015924 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1198  LysR family transcriptional regulator  33.12 
 
 		 307 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.601339  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0054  LysR family transcriptional regulator  33.12 
 
 		 307 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0065  LysR family transcriptional regulator  33.12 
 
 		 307 aa  132  7.999999999999999e-30  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.363781  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1092  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  30.92 
 
 		 300 aa  131  1.0000000000000001e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2234  LysR family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 300 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0095  transcriptional regulator, LysR family  31.97 
 
 		 323 aa  131  2.0000000000000002e-29  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.329429  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3713  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 320 aa  130  2.0000000000000002e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0764365 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33850  Transcriptional regulator MexT  33.92 
 
 		 314 aa  131  2.0000000000000002e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.5603  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0076  LysR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 323 aa  130  3e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3620  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 305 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00938056  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5744  LysR family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 308 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.205378 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0674  LysR family transcriptional regulator  31.73 
 
 		 334 aa  129  5.0000000000000004e-29  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0775947  normal  0.69232 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0144  transcription regulator protein  35.74 
 
 		 321 aa  129  6e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1751  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 299 aa  129  6e-29  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.4326  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2230  LysR family transcriptional regulator  32.13 
 
 		 300 aa  129  7.000000000000001e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.474451  normal  0.423702 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0136  LysR family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 333 aa  129  8.000000000000001e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0532671 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3526  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 306 aa  129  9.000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0893193 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3900  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 305 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.447965 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2495  LysR family transcriptional regulator  32.75 
 
 		 306 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.025453  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0328  LysR family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 306 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3131  LysR family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 308 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1762  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 		 321 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0378  LysR family transcriptional regulator  32.01 
 
 		 298 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2994  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 310 aa  127  3e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3150  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 299 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.266522  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5030  transcriptional regulator, LysR family  29.53 
 
 		 316 aa  126  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.381817  normal  0.43412 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2155  transcriptional regulator, LysR family  32.53 
 
 		 316 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4479  LysR family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 308 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4518  LysR substrate-binding  29.53 
 
 		 319 aa  126  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5356  LysR family transcriptional regulator  32.75 
 
 		 306 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.556999 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3588  LysR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 301 aa  126  5e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.443778 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4455  LysR family transcriptional regulator  32.57 
 
 		 307 aa  126  5e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.326178 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4978  transcriptional regulator, LysR family  29.9 
 
 		 319 aa  126  5e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00475669  normal  0.0695462 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1214  LysR family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 314 aa  126  5e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.134847  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0158  LysR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 342 aa  126  6e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0000138303  normal  0.930835 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5115  LysR family transcriptional regulator  32.47 
 
 		 308 aa  126  6e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.337357  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0352  transcriptional regulator, LysR family  32.18 
 
 		 299 aa  125  6e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64780  putative transcriptional regulator  29.22 
 
 		 298 aa  125  9e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.166653  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2046  LysR family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 307 aa  125  1e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.663633  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3669  LysR family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 301 aa  124  1e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0729055 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2060  LysR family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 301 aa  124  1e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2201  LysR family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 300 aa  125  1e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00946947 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5625  putative transcriptional regulator  29.22 
 
 		 298 aa  124  1e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.290257  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3695  LysR family transcriptional regulator  31.77 
 
 		 326 aa  124  2e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4744  LysR family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 314 aa  123  3e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3517  LysR family transcriptional regulator  32.38 
 
 		 308 aa  123  3e-27  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.147017 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0138  LysR family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 305 aa  123  4e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1859  LysR family transcriptional regulator  27.36 
 
 		 329 aa  122  5e-27  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0738691 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4622  LysR family transcriptional regulator  30.27 
 
 		 314 aa  123  5e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2635  LysR family transcriptional regulator  30.87 
 
 		 297 aa  122  5e-27  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1626  LysR family transcriptional regulator  27.36 
 
 		 329 aa  122  6e-27  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.11884 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2106  LysR family transcriptional regulator  32.17 
 
 		 317 aa  122  6e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.544571  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1595  transcriptional regulator, LysR family  30.72 
 
 		 313 aa  122  6e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.654422  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20790  transcriptional regulator, LysR family  31.86 
 
 		 298 aa  122  7e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.596943  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1767  LysR family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 336 aa  122  7e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.406374  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2241  LysR, substrate-binding  28.9 
 
 		 309 aa  122  7e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1383  LysR family transcriptional regulator  29.53 
 
 		 308 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0145  transcriptional regulator, LysR family  31.08 
 
 		 326 aa  120  1.9999999999999998e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.300421  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4664  transcriptional regulator, LysR family  32.47 
 
 		 305 aa  121  1.9999999999999998e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0610677 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4532  transcriptional regulator, LysR family  32.47 
 
 		 305 aa  121  1.9999999999999998e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.695585 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2111  LysR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 297 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3138  transcriptional regulator, LysR family protein  26.45 
 
 		 316 aa  120  3e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.27318  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>