More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_3338 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_3338  inner-membrane translocator  100 
 
 		 377 aa  743    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.945315  normal  0.666399 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3653  inner-membrane translocator  74.31 
 
 		 379 aa  509  1e-143  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.483101  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4172  inner-membrane translocator  67.87 
 
 		 367 aa  492  9.999999999999999e-139  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0259  ABC transporter membrane spanning protein (sugar/ribonucleotide)  67.48 
 
 		 376 aa  488  1e-137  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4460  inner-membrane translocator  67.04 
 
 		 367 aa  474  1e-133  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.628382  normal  0.531923 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0634  inner-membrane translocator  62.4 
 
 		 365 aa  442  1e-123  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000284112 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3585  ABC transporter inner-membrane translocator  51.89 
 
 		 376 aa  393  1e-108  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2844  integral inner-membrane protein  55.89 
 
 		 372 aa  390  1e-107  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.746022  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0727  inner-membrane translocator  54.32 
 
 		 376 aa  391  1e-107  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.1031  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1299  ABC transporter inner-membrane translocator  50.67 
 
 		 377 aa  385  1e-106  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0859  inner-membrane translocator  55.74 
 
 		 362 aa  375  1e-103  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0464439 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2284  inner-membrane translocator  57.42 
 
 		 364 aa  364  1e-99  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.332581  normal  0.870366 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3096  inner-membrane translocator  52.47 
 
 		 364 aa  362  7.0000000000000005e-99  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2209  ABC sugar transporter, inner membrane subunit  55.49 
 
 		 364 aa  347  2e-94  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0526  inner-membrane translocator  55.49 
 
 		 392 aa  344  1e-93  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0884  inner-membrane translocator  55.22 
 
 		 364 aa  343  2e-93  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.758855  normal  0.73747 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0563  inner-membrane translocator  54.72 
 
 		 367 aa  306  5.0000000000000004e-82  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0808252 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1154  inner-membrane translocator  40.96 
 
 		 367 aa  241  1e-62  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.426445  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08790  inner-membrane translocator  38.53 
 
 		 365 aa  210  3e-53  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000274602  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0422  inner-membrane translocator  37.15 
 
 		 391 aa  208  1e-52  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.975365  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1632  inner-membrane translocator  37.63 
 
 		 371 aa  204  3e-51  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0105884 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0750  inner-membrane translocator  34.96 
 
 		 362 aa  196  5.000000000000001e-49  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00540188  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0018  inner-membrane translocator  36.42 
 
 		 344 aa  194  3e-48  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0157  inner-membrane translocator  43.69 
 
 		 370 aa  193  4e-48  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.700557  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1319  inner-membrane translocator  38.06 
 
 		 371 aa  189  8e-47  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.471951 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0820  inner-membrane translocator  34.83 
 
 		 344 aa  187  2e-46  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0843  inner-membrane translocator  34.83 
 
 		 344 aa  187  2e-46  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6737  inner-membrane translocator  40.76 
 
 		 340 aa  184  2.0000000000000003e-45  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.520538  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1447  inner-membrane translocator  34.51 
 
 		 338 aa  182  1e-44  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.375364  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_3177  inner-membrane translocator  35.71 
 
 		 358 aa  180  4e-44  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.290387  normal  0.329303 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1780  inner-membrane translocator  33.43 
 
 		 357 aa  175  9.999999999999999e-43  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000259791  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3052  inner-membrane translocator  34.56 
 
 		 442 aa  174  1.9999999999999998e-42  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0006  inner-membrane translocator  35.87 
 
 		 344 aa  172  9e-42  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0191826  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1550  ABC transporter permease  34.52 
 
 		 365 aa  169  8e-41  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.405583  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1830  ABC transporter, permease protein  36.2 
 
 		 365 aa  168  1e-40  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.590478  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0403  inner-membrane translocator  33.61 
 
 		 352 aa  166  9e-40  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00495406  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1580  inner-membrane translocator  32.4 
 
 		 372 aa  164  3e-39  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0212662  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4193  inner-membrane translocator  38.31 
 
 		 426 aa  163  4.0000000000000004e-39  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1951  inner-membrane translocator  32.63 
 
 		 373 aa  163  5.0000000000000005e-39  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00563372 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3539  inner-membrane translocator  34.94 
 
 		 371 aa  162  1e-38  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1787  inner-membrane translocator  34.56 
 
 		 354 aa  161  2e-38  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1148  inner-membrane translocator  34.56 
 
 		 354 aa  161  2e-38  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0992  inner-membrane translocator  36.7 
 
 		 342 aa  159  9e-38  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3691  inner-membrane translocator  31.86 
 
 		 338 aa  159  1e-37  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.83673 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_05410  nucleoside ABC transporter membrane protein  34.23 
 
 		 364 aa  158  2e-37  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0505  inner-membrane translocator  31.3 
 
 		 363 aa  154  2e-36  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1499  membrane protein  35.06 
 
 		 345 aa  154  2.9999999999999998e-36  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.700858  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1690  inner-membrane translocator  32.87 
 
 		 665 aa  154  2.9999999999999998e-36  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1948  ABC transporter, permease protein  34.49 
 
 		 365 aa  153  5e-36  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.476576  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1271  sugar ABC transporter, permease protein  32.42 
 
 		 383 aa  153  5.9999999999999996e-36  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.745875  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2602  inner-membrane translocator  34.98 
 
 		 350 aa  151  2e-35  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.815607  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1530  inner-membrane translocator  35.76 
 
 		 345 aa  151  2e-35  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3175  inner-membrane translocator  36.95 
 
 		 379 aa  150  3e-35  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.390246  normal  0.626931 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3656  inner-membrane translocator  32.35 
 
 		 365 aa  150  5e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.106074 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1411  sugar ABC transporter, permease protein  34.2 
 
 		 352 aa  148  1.0000000000000001e-34  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.222594  normal  0.0344411 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3888  sugar ABC transporter, permease protein  34.2 
 
 		 352 aa  148  1.0000000000000001e-34  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.253623  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1987  inner-membrane translocator  34.02 
 
 		 347 aa  148  1.0000000000000001e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.426969 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3560  inner-membrane translocator  33.33 
 
 		 352 aa  148  2.0000000000000003e-34  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.317487  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1678  inner-membrane translocator  37.22 
 
 		 365 aa  147  3e-34  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.662274  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2036  inner-membrane translocator  29.21 
 
 		 403 aa  146  5e-34  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0809  inner-membrane translocator  34.88 
 
 		 437 aa  146  7.0000000000000006e-34  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0996  inner-membrane translocator  37.54 
 
 		 451 aa  144  2e-33  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1183  inner-membrane translocator  36.23 
 
 		 340 aa  144  2e-33  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.555245 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1946  permease component of branched-chain amino acid transport system  34.06 
 
 		 349 aa  144  2e-33  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.251355  hitchhiker  0.000358209 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2070  inner-membrane translocator  35.53 
 
 		 348 aa  144  3e-33  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_07940  nucleoside ABC transporter membrane protein  37.33 
 
 		 427 aa  143  5e-33  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_04910  ABC-type uncharacterized transport system, permease component  37.46 
 
 		 471 aa  142  7e-33  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0343  putative ABC sugar transporter, inner membrane subunit  34.31 
 
 		 347 aa  142  9e-33  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1022  inner-membrane translocator  38.23 
 
 		 454 aa  142  9e-33  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1212  inner-membrane translocator  35.51 
 
 		 462 aa  142  9.999999999999999e-33  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000448619 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0074  ABC-type uncharacterized transport system, permease component  34.6 
 
 		 373 aa  140  3.9999999999999997e-32  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0784  inner-membrane translocator  37.28 
 
 		 410 aa  139  4.999999999999999e-32  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0138  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  35.05 
 
 		 360 aa  139  1e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.619056  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0858  ABC-type uncharacterized transport system, permease component  31.4 
 
 		 355 aa  138  1e-31  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2767  inner-membrane translocator  33.43 
 
 		 365 aa  138  1e-31  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4401  inner-membrane translocator  36.45 
 
 		 400 aa  137  2e-31  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0678  inner-membrane translocator  33.04 
 
 		 380 aa  138  2e-31  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.606458  normal  0.506985 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0953  inner-membrane translocator  35.46 
 
 		 347 aa  137  2e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.267238  normal  0.301742 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0680  inner-membrane translocator  29.01 
 
 		 368 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00660304  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1139  inner-membrane translocator  35.13 
 
 		 417 aa  137  4e-31  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0911886  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6452  inner-membrane translocator  32.94 
 
 		 357 aa  137  4e-31  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3237  inner-membrane translocator  33.33 
 
 		 528 aa  136  7.000000000000001e-31  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.941278  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1925  inner-membrane translocator  27.46 
 
 		 355 aa  135  9.999999999999999e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.633833  normal  0.690286 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3165  inner-membrane translocator  29.41 
 
 		 351 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.786716  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0826  inner-membrane translocator  40.38 
 
 		 414 aa  135  9.999999999999999e-31  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.632593 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1178  inner-membrane translocator  34.12 
 
 		 356 aa  135  9.999999999999999e-31  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1415  inner-membrane translocator  34.43 
 
 		 448 aa  135  9.999999999999999e-31  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0217944  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1939  ABC transporter, inner membrane subunit  30.49 
 
 		 368 aa  134  3e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.244718  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1077  inner-membrane translocator  27.71 
 
 		 360 aa  133  3.9999999999999996e-30  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0753  inner-membrane translocator  33.33 
 
 		 441 aa  134  3.9999999999999996e-30  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0178702 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0031  inner-membrane translocator  31.16 
 
 		 357 aa  133  5e-30  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2441  inner-membrane translocator  32.76 
 
 		 352 aa  133  6e-30  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0141444  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1453  ABC-type uncharacterized transport system, permease component  31.25 
 
 		 364 aa  132  6.999999999999999e-30  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1302  inner-membrane translocator  33.33 
 
 		 347 aa  132  1.0000000000000001e-29  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.00194364  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3947  inner-membrane translocator  38.36 
 
 		 408 aa  132  1.0000000000000001e-29  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0070874 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2320  inner-membrane translocator  29.7 
 
 		 368 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.434306 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_25740  nucleoside ABC transporter membrane protein  35.71 
 
 		 419 aa  131  2.0000000000000002e-29  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.718562  normal  0.424748 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1408  inner-membrane translocator  28.75 
 
 		 359 aa  131  2.0000000000000002e-29  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0027167  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3241  inner-membrane translocator  29.82 
 
 		 360 aa  131  2.0000000000000002e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.366513  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0768  ABC transporter, permease protein, putative  28.77 
 
 		 366 aa  130  3e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>