More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_0440 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_0440  regulatory protein LuxR  100 
 
 		 246 aa  501  1e-141  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0539143 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0918  transcriptional regulator LuxR family  48.43 
 
 		 230 aa  221  6e-57  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0548  transcriptional regulator, LuxR family  45.09 
 
 		 244 aa  204  9e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.216848  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0505  transcriptional regulator, LuxR family  45.54 
 
 		 244 aa  204  2e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0441  regulatory protein LuxR  37 
 
 		 286 aa  156  4e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.923746  normal  0.0183899 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0797  transcriptional regulator, LuxR family  34.29 
 
 		 240 aa  150  2e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.205827  normal  0.24043 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1003  transcriptional regulator, LuxR family  37.56 
 
 		 245 aa  131  7.999999999999999e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.383688  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2818  transcriptional regulator, LuxR family  35.35 
 
 		 241 aa  129  6e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0185947 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2601  regulatory protein LuxR  34.21 
 
 		 247 aa  126  3e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3087  transcriptional regulator, LuxR family  34.88 
 
 		 241 aa  126  4.0000000000000003e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010517  Mrad2831_6408  LuxR family transcriptional regulator  33.48 
 
 		 248 aa  119  3e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010514  Mrad2831_6378  LuxR family transcriptional regulator  33.48 
 
 		 248 aa  119  3e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3273  transcriptional regulator LuxR family  30.97 
 
 		 241 aa  112  4.0000000000000004e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0702  LuxR family transcriptional regulator  31.22 
 
 		 245 aa  102  4e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0460  transcriptional regulator, LuxR family  32.99 
 
 		 253 aa  92.4  5e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.343765 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2330  transcriptional regulator, LuxR family  30.05 
 
 		 240 aa  88.6  8e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.20021  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2174  regulatory protein, LuxR  30.05 
 
 		 240 aa  88.2  1e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.795683 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0282  transcriptional regulator, LuxR family  34.29 
 
 		 246 aa  88.2  1e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.419752  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5762  LuxR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 242 aa  85.1  9e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.225342  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0244  response regulator receiver protein  36.93 
 
 		 247 aa  84  0.000000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.50277 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0287  transcriptional regulator, LuxR family  36.97 
 
 		 234 aa  83.2  0.000000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0318  transcriptional regulator, LuxR family  36.97 
 
 		 234 aa  82.4  0.000000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3321  LuxR family transcriptional regulator  26.58 
 
 		 240 aa  82.8  0.000000000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.214587 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2417  LuxR family transcriptional regulator  27.51 
 
 		 244 aa  82  0.000000000000007  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7112  LuxR family transcriptional regulator  30.99 
 
 		 242 aa  81.3  0.00000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0985225  normal  0.773577 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0323  transcriptional regulator, LuxR family  31.28 
 
 		 243 aa  79.3  0.00000000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4435  LuxR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 231 aa  79  0.00000000000008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0627  LuxR family transcriptional regulator  26.11 
 
 		 241 aa  78.2  0.0000000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.253164  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0339  transcriptional regulator, LuxR family  32.6 
 
 		 248 aa  77.8  0.0000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.872821  normal  0.0558568 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0307  transcriptional regulator, LuxR family  40.34 
 
 		 248 aa  77.8  0.0000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0418  LuxR family transcriptional regulator  29.81 
 
 		 242 aa  76.3  0.0000000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4114  putative transcriptional activator  31.51 
 
 		 213 aa  76.3  0.0000000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.605496  normal  0.314154 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4065  transcriptional regulator LuxR family  28.21 
 
 		 251 aa  75.9  0.0000000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3549  regulatory protein, LuxR  32.61 
 
 		 255 aa  75.9  0.0000000000006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0402  regulatory protein, LuxR  29.77 
 
 		 242 aa  75.1  0.0000000000009  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0359  LuxR family transcriptional regulator  25.44 
 
 		 248 aa  74.7  0.000000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.870907  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1443  ATP-dependent transcription regulator LuxR  29.25 
 
 		 238 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0444  ATP-dependent transcription regulator LuxR  29.25 
 
 		 238 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.853961  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0965  transcriptional activator protein LuxR  24.87 
 
 		 248 aa  74.3  0.000000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.266935  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0854  ATP-dependent transcription regulator LuxR  29.25 
 
 		 238 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.777865  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2171  ATP-dependent transcription regulator LuxR  29.25 
 
 		 238 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0944598  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3098  transcriptional regulator, LuxR family  29.03 
 
 		 254 aa  73.9  0.000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.521704  normal  0.269359 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4374  transcriptional regulator LuxR family  25.89 
 
 		 246 aa  74.3  0.000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.307061  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0542  ATP-dependent transcription regulator LuxR  29.25 
 
 		 238 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2087  ATP-dependent transcription regulator LuxR  28.57 
 
 		 425 aa  73.6  0.000000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.417065  n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4396  LuxR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 228 aa  72.4  0.000000000007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1863  ATP-dependent transcription regulator LuxR  29.25 
 
 		 394 aa  72  0.000000000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00465528  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5725  DNA-binding HTH domain-containing protein  28.7 
 
 		 307 aa  72  0.000000000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  unclonable  0.000726612  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3500  LuxR family transcriptional regulator  25.33 
 
 		 247 aa  71.2  0.00000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.547243 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0963  transcriptional regulator, LuxR family  25.4 
 
 		 237 aa  70.9  0.00000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.27907  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5781  response regulator receiver protein  25.96 
 
 		 243 aa  70.1  0.00000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.305702  hitchhiker  0.00700374 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0958  transcriptional activator protein LuxR  24.29 
 
 		 247 aa  69.3  0.00000000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4359  regulatory protein, LuxR  53.97 
 
 		 301 aa  68.9  0.00000000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9665  two-component transcriptional regulator LuxR family  23.56 
 
 		 240 aa  68.6  0.00000000009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.024682  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4116  LuxR family transcriptional regulator  50.79 
 
 		 239 aa  65.9  0.0000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0201758  hitchhiker  0.00877352 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5910  LuxR family transcriptional regulator  26.53 
 
 		 237 aa  65.9  0.0000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0531603  decreased coverage  0.00148471 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1559  regulatory protein LuxR  35.88 
 
 		 246 aa  64.7  0.000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.509292 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3779  regulatory protein, LuxR  31.64 
 
 		 248 aa  64.7  0.000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4168  transcriptional regulator, LuxR family  25.7 
 
 		 251 aa  65.1  0.000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1890  transcriptional regulator LuxR family  50.77 
 
 		 246 aa  64.3  0.000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.546749  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3971  LuxR family transcriptional regulator  49.21 
 
 		 239 aa  63.5  0.000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.000126265  normal  0.0321799 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3840  transcriptional regulator, LuxR family  24.67 
 
 		 251 aa  63.5  0.000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1052  LuxR family transcriptional regulator  50 
 
 		 239 aa  63.2  0.000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00000000445716  normal  0.182523 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1547  LuxR family transcriptional regulator  23.76 
 
 		 245 aa  63.2  0.000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3643  LuxR family transcriptional regulator  50 
 
 		 239 aa  63.5  0.000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00106494  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5576  LuxR family transcriptional regulator  50 
 
 		 239 aa  63.5  0.000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000012464  normal  0.015154 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1715  LuxR family transcriptional regulator  23.76 
 
 		 245 aa  63.2  0.000000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00270807  hitchhiker  0.000116776 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4724  LuxR family transcriptional regulator  50 
 
 		 239 aa  63.5  0.000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000522863  hitchhiker  0.00659366 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1655  LuxR family transcriptional regulator  23.76 
 
 		 245 aa  63.2  0.000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1345  N-acyl homoserine lactone transcriptional regulator  26.23 
 
 		 239 aa  62.8  0.000000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1295  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  26.23 
 
 		 239 aa  62.8  0.000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.312538  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2485  BpsR  26.23 
 
 		 239 aa  62.8  0.000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1223  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  26.23 
 
 		 239 aa  62.8  0.000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0962  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  26.23 
 
 		 239 aa  62.8  0.000000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1407  LuxR family transcriptional regulator  25.21 
 
 		 241 aa  63.2  0.000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.959158  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4581  LuxR family transcriptional regulator  49.21 
 
 		 239 aa  63.2  0.000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00000141763  hitchhiker  0.0000089809 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0329  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  26.23 
 
 		 239 aa  62.8  0.000000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0607  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  26.23 
 
 		 239 aa  62.8  0.000000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.83559  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0920  LuxR family transcriptional regulator  47.62 
 
 		 268 aa  62.8  0.000000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.81926  normal  0.148698 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1510  ATP-dependent transcription regulator LuxR  25.62 
 
 		 239 aa  62.4  0.000000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.08907  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5323  transcriptional regulator two component heavy metal regulatory response ZniR  37.78 
 
 		 206 aa  62.4  0.000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.844748 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1622  LuxR transcriptional regulator  26.15 
 
 		 247 aa  62  0.000000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.831315  normal  0.816592 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1576  LuxR family transcriptional regulator  22.75 
 
 		 230 aa  62  0.000000008  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.893939  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0617  LuxR family transcriptional regulator  22.75 
 
 		 230 aa  62  0.000000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0241474  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0702  autoinducer-binding transcriptional regulator BmpR  22.75 
 
 		 230 aa  62  0.000000008  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.669136  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2215  autoinducer-binding transcriptional regulator BmpR  22.75 
 
 		 230 aa  62  0.000000008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.311283  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2128  autoinducer-binding transcriptional regulator BmpR  22.75 
 
 		 230 aa  62  0.000000008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.423434  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2024  ATP-dependent transcription regulator LuxR  22.75 
 
 		 230 aa  62  0.000000008  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.896026  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3118  transcriptional regulator, LuxR family  53.23 
 
 		 391 aa  62  0.000000009  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6040  LuxR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 228 aa  62  0.000000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.917081 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5810  LuxR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 228 aa  62  0.000000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.809704  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3810  LuxR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 242 aa  62  0.000000009  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1575  transcriptional regulator, LuxR family  31.84 
 
 		 234 aa  61.2  0.00000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.629023  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1815  putative transcriptional regulator  29.19 
 
 		 265 aa  61.6  0.00000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.319475  normal  0.33301 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0142  N-acyl-homoserine lactone dependent regulatory protein  45.9 
 
 		 234 aa  61.2  0.00000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0163426  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1997  regulatory protein, LuxR  29.35 
 
 		 278 aa  61.6  0.00000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4224  regulatory protein LuxR  47.54 
 
 		 260 aa  61.2  0.00000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.525332  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1570  ATP-dependent transcription regulator LuxR  45.9 
 
 		 236 aa  61.2  0.00000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.778317  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0243  regulatory protein LuxR  27.27 
 
 		 245 aa  61.2  0.00000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.537224 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3140  regulatory protein LuxR  23.75 
 
 		 246 aa  61.6  0.00000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>