More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Slin_0974 on replicon NC_013730
Organism: Spirosoma linguale DSM 74



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013730  Slin_0974  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  100 
 
 
190 aa  395  1e-109  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.082273  normal  0.0344411 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2934  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  65.78 
 
 
180 aa  265  2.9999999999999995e-70  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.690007  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0872  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  65.24 
 
 
186 aa  253  8e-67  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.028729  hitchhiker  0.00270858 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0184  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  52.49 
 
 
183 aa  207  7e-53  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.688137  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4775  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  50.27 
 
 
180 aa  192  2e-48  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.253897  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10283  RNA polymerase ECF-type sigma factor  49.72 
 
 
181 aa  189  2e-47  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1318  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  50.84 
 
 
188 aa  188  5e-47  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0459  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.21 
 
 
199 aa  107  1e-22  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1083  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.52 
 
 
191 aa  105  4e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1736  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.67 
 
 
215 aa  105  5e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1956  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.24 
 
 
193 aa  105  5e-22  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.26962  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1182  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.53 
 
 
191 aa  102  3e-21  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0314169  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1129  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.53 
 
 
191 aa  102  3e-21  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0822674  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3604  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.53 
 
 
191 aa  102  3e-21  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0116592  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2938  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.93 
 
 
191 aa  102  4e-21  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.497445  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1062  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.53 
 
 
191 aa  102  4e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000160674  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2832  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.93 
 
 
191 aa  101  6e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2850  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.93 
 
 
191 aa  101  6e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.718935  normal  0.190623 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2966  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.93 
 
 
191 aa  101  6e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2750  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.93 
 
 
191 aa  101  6e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.405161  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2854  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.93 
 
 
191 aa  101  6e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.249889 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3077  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.93 
 
 
191 aa  101  7e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.0022477  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3676  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.93 
 
 
191 aa  101  7e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.302795  normal  0.408035 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1198  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.93 
 
 
191 aa  101  7e-21  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00000152256  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02467  RNA polymerase, sigma 24 (sigma E) factor  35.93 
 
 
191 aa  101  8e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1095  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.93 
 
 
191 aa  101  8e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.066922  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1104  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.93 
 
 
191 aa  101  8e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.451168  normal  0.962862 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02431  hypothetical protein  35.93 
 
 
191 aa  101  8e-21  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3060  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.33 
 
 
191 aa  101  8e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.26324  hitchhiker  0.000187341 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2859  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.93 
 
 
191 aa  101  8e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0265071  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2726  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.93 
 
 
191 aa  101  8e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.11882  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2728  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.93 
 
 
191 aa  101  8e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.134182  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2263  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.72 
 
 
205 aa  101  8e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.228052  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3810  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.93 
 
 
191 aa  101  8e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0374939  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1394  RNA polymerase sigma-E factor  34.08 
 
 
208 aa  100  9e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0732931  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1115  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.08 
 
 
208 aa  100  9e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.37407  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1471  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.5 
 
 
192 aa  100  1e-20  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1272  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.76 
 
 
192 aa  100  1e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.178396  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3118  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.76 
 
 
192 aa  100  1e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.239779  normal  0.0316292 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2286  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.46 
 
 
200 aa  100  1e-20  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0540242  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1195  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.76 
 
 
192 aa  100  1e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000180886  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1239  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.76 
 
 
192 aa  100  1e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00674389  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2854  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.76 
 
 
192 aa  100  1e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0729603  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2936  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.76 
 
 
192 aa  100  1e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0097263  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3032  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.76 
 
 
192 aa  100  1e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0207774  normal  0.587259 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1031  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.76 
 
 
192 aa  99.8  2e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000464646  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1342  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.76 
 
 
192 aa  100  2e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0635  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.85 
 
 
211 aa  99.8  2e-20  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002491  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.91 
 
 
192 aa  99.8  2e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.012541  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1467  RNA polymerase sigma factor AlgU  33.94 
 
 
193 aa  99.8  2e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.000401501  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2772  RNA polymerase sigma factor AlgU  34.52 
 
 
192 aa  99.4  3e-20  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.133926  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4757  RNA polymerase sigma factor AlgU  35.15 
 
 
193 aa  99  3e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2791  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.33 
 
 
191 aa  99.4  3e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00850329  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54430  RNA polymerase sigma factor AlgU  35.15 
 
 
193 aa  99  3e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00000031272  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1153  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.15 
 
 
192 aa  99  4e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.0000609864  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1142  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.55 
 
 
192 aa  99  4e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000720782  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03542  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.91 
 
 
192 aa  99  4e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1427  RNA polymerase sigma factor AlgU  34.55 
 
 
193 aa  98.6  5e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0770858  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1362  RNA polymerase sigma factor AlgU  34.55 
 
 
193 aa  98.6  5e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00625661  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4294  RNA polymerase sigma factor AlgU  34.55 
 
 
193 aa  98.6  5e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.55493  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1067  RNA polymerase sigma factor AlgU  34.55 
 
 
193 aa  98.6  5e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0360661  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4380  RNA polymerase sigma factor AlgU  34.55 
 
 
193 aa  98.6  5e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.200849 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1048  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.15 
 
 
192 aa  98.2  7e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00110624  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2045  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.94 
 
 
190 aa  97.8  7e-20  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1237  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.94 
 
 
192 aa  97.8  7e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000109114  hitchhiker  0.0000153595 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0149  RNA polymerase factor sigma-70  31.82 
 
 
340 aa  97.8  9e-20  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4224  RNA polymerase sigma-24 factor  34.55 
 
 
193 aa  97.4  1e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3958  RNA polymerase sigma factor AlgU  34.55 
 
 
193 aa  97.4  1e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0486119  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1098  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.52 
 
 
216 aa  97.1  1e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.0618642 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3155  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.55 
 
 
192 aa  97.1  1e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000329481  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1796  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.13 
 
 
199 aa  96.3  2e-19  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.7113  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4129  RNA polymerase sigma factor RpoE  37.18 
 
 
208 aa  96.7  2e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.131676  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0536  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.13 
 
 
199 aa  96.3  2e-19  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.543409  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2901  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.13 
 
 
199 aa  96.3  2e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2466  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.53 
 
 
192 aa  96.7  2e-19  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2786  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.13 
 
 
199 aa  96.3  2e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1723  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.13 
 
 
199 aa  96.3  2e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1339  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.73 
 
 
191 aa  96.7  2e-19  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.148968  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2473  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.13 
 
 
199 aa  96.3  2e-19  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2808  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.13 
 
 
199 aa  96.3  2e-19  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3246  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.73 
 
 
208 aa  96.3  3e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0104683 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0701  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.34 
 
 
208 aa  95.9  3e-19  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.212033  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1395  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.75 
 
 
224 aa  95.5  4e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1746  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.33 
 
 
200 aa  95.5  4e-19  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.30228  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1894  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.58 
 
 
206 aa  95.5  4e-19  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2252  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  29.38 
 
 
193 aa  95.1  5e-19  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.708239  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2848  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.13 
 
 
392 aa  95.1  5e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03970  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.73 
 
 
195 aa  95.1  6e-19  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000171758  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0856  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.98 
 
 
205 aa  94.7  7e-19  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.0000000380767  normal  0.0292756 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1000  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.98 
 
 
205 aa  94.7  7e-19  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000000231343  normal  0.0259336 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3840  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  30.54 
 
 
177 aa  94.4  1e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2259  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.33 
 
 
199 aa  94.4  1e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.033618  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2177  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.53 
 
 
199 aa  94.4  1e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.242833 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1078  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.53 
 
 
199 aa  94  1e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.478507  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1133  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.72 
 
 
195 aa  94  1e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2935  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.71 
 
 
192 aa  94  1e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0799622  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2981  RNA polymerase sigma factor RpoE  29.34 
 
 
206 aa  94  1e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.000395274  normal  0.05783 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3468  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.18 
 
 
185 aa  94  1e-18  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.88792 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0834  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.53 
 
 
199 aa  94  1e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1189  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.6 
 
 
209 aa  93.6  1e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.209698  normal  0.0286964 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>