More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Slin_0623 on replicon NC_013730
Organism: Spirosoma linguale DSM 74



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013730  Slin_0623  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 306 aa  633  1e-180  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.378679  normal  0.22981 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1550  transcriptional regulator, AraC family  44.26 
 
 		 306 aa  268  1e-70  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0774112  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0180  helix-turn-helix domain-containing protein  33.98 
 
 		 259 aa  160  2e-38  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0833  hypothetical protein  45.68 
 
 		 169 aa  154  1e-36  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.724766  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5794  transcriptional regulator, AraC family  32.1 
 
 		 301 aa  145  1e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2506  transcriptional regulator, AraC family  29.37 
 
 		 294 aa  97.1  3e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.108721 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0383  transcriptional regulator, AraC family  31.01 
 
 		 299 aa  97.4  3e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.28252 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0470  transcriptional regulator, AraC family  29.81 
 
 		 314 aa  96.7  4e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6725  transcriptional regulator, AraC family  30.62 
 
 		 300 aa  96.3  6e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.342699  normal  0.64784 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0485  transcriptional regulator, AraC family  31.25 
 
 		 309 aa  95.9  8e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.233629 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3253  AraC family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 289 aa  95.9  8e-19  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0388  transcriptional regulator, AraC family  26.77 
 
 		 290 aa  95.5  1e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.75747  normal  0.230203 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6236  transcriptional regulator, AraC family  27.8 
 
 		 307 aa  94.4  2e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.573894  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0702  AraC family transcriptional regulator  25.16 
 
 		 293 aa  94  3e-18  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.737092  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1158  transcriptional regulator, AraC family  25.6 
 
 		 303 aa  94  3e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.365252 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4132  transcriptional regulator, AraC family  29.02 
 
 		 299 aa  94  3e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0973484 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1694  transcriptional regulator, AraC family  28.4 
 
 		 309 aa  92.8  6e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5379  transcriptional regulator, AraC family  27.67 
 
 		 295 aa  92.8  7e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1732  AraC family transcriptional regulator  26.02 
 
 		 286 aa  91.7  1e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5549  transcriptional regulator, AraC family  29.2 
 
 		 295 aa  91.7  1e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2298  transcriptional regulator, AraC family  26.34 
 
 		 310 aa  92  1e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000152227  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6379  transcriptional regulator, AraC family  26.92 
 
 		 297 aa  90.9  2e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2097  hypothetical protein  28.52 
 
 		 298 aa  89.7  6e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.154487  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0275  transcriptional regulator, AraC family  26.39 
 
 		 314 aa  88.6  1e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4762  transcriptional regulator, AraC family  27.69 
 
 		 311 aa  88.6  1e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0640871  normal  0.0124247 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3374  helix-turn-helix domain-containing protein  30.28 
 
 		 289 aa  87.8  2e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4826  helix-turn-helix domain-containing protein  23.53 
 
 		 296 aa  87.8  2e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4278  helix-turn-helix domain-containing protein  29.61 
 
 		 307 aa  87.4  3e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6594  transcriptional regulator, AraC family  29.39 
 
 		 283 aa  86.7  4e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.981144 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2240  transcriptional regulator, AraC family  25.93 
 
 		 312 aa  86.7  5e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3777  transcriptional regulator, AraC family  25.49 
 
 		 294 aa  85.1  0.000000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.15946 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4329  transcriptional regulator, AraC family  31.8 
 
 		 319 aa  84.3  0.000000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.925614  normal  0.0225103 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2965  transcriptional regulator, AraC family  44.21 
 
 		 274 aa  84.3  0.000000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000197043  hitchhiker  0.00000564139 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1839  helix-turn-helix domain-containing protein  27.73 
 
 		 302 aa  84  0.000000000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.357373  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2696  transcriptional regulator, AraC family  25.39 
 
 		 302 aa  84  0.000000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1497  transcriptional regulator, AraC family  34.76 
 
 		 285 aa  83.6  0.000000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.909298  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2789  transcriptional regulator, AraC family  24.71 
 
 		 295 aa  83.6  0.000000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.221879 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03070  putative transcriptional regulator  40.19 
 
 		 288 aa  83.2  0.000000000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00675677  hitchhiker  0.00000142232 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0334  putative transcriptional regulator  28.85 
 
 		 288 aa  82.8  0.000000000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0769  transcriptional regulator, AraC family  29.68 
 
 		 292 aa  82.4  0.000000000000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0636487  normal  0.216955 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7190  transcriptional regulator, AraC family  24.44 
 
 		 305 aa  82  0.00000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3804  transcriptional regulator, AraC family  25.81 
 
 		 301 aa  82  0.00000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.476681  normal  0.0667593 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5912  transcriptional regulator, AraC family  28.57 
 
 		 290 aa  82  0.00000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.264328  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2782  transcriptional regulator, AraC family  26.27 
 
 		 293 aa  81.3  0.00000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0157891 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5414  transcriptional regulator, AraC family  27.09 
 
 		 296 aa  81.6  0.00000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00395268  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0346  AraC family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 295 aa  81.3  0.00000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3768  transcriptional regulator, AraC family  39.45 
 
 		 297 aa  81.6  0.00000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3758  transcriptional regulator, AraC family  35.38 
 
 		 289 aa  81.3  0.00000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.30972  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4441  helix-turn-helix domain-containing protein  23.3 
 
 		 308 aa  80.1  0.00000000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2106  hypothetical protein  28.02 
 
 		 291 aa  79.7  0.00000000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.89932  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2146  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 286 aa  79.3  0.00000000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00502673  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3787  transcriptional regulator, AraC family  26.32 
 
 		 287 aa  79.3  0.00000000000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0471905 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0598  transcriptional regulator, AraC family  40.95 
 
 		 294 aa  78.6  0.0000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5517  transcriptional regulator, AraC family  28.57 
 
 		 303 aa  79  0.0000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0042541  normal  0.0106671 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5626  transcriptional regulator, AraC family  24.4 
 
 		 285 aa  77.4  0.0000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.808973  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3181  transcriptional regulator, AraC family  30.11 
 
 		 296 aa  77.8  0.0000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.587215 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6000  transcriptional regulator, AraC family  32.89 
 
 		 278 aa  78.2  0.0000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1949  transcriptional regulator, AraC family  28.72 
 
 		 289 aa  78.2  0.0000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.129512 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4477  AraC family transcriptional regulator  26.45 
 
 		 298 aa  77.4  0.0000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.219682 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2752  transcriptional regulator, AraC family  24.81 
 
 		 294 aa  77  0.0000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.612701  hitchhiker  0.00970108 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4042  transcriptional regulator, AraC family  25.09 
 
 		 295 aa  76.6  0.0000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.600459  normal  0.0950634 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1751  transcriptional regulator, AraC family  36.84 
 
 		 299 aa  76.6  0.0000000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.381228  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0706  AraC family transcriptional regulator  25.36 
 
 		 300 aa  77  0.0000000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6334  AraC family transcriptional regulator  38.68 
 
 		 301 aa  76.6  0.0000000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.186192  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3376  transcriptional regulator, AraC family  38.82 
 
 		 282 aa  76.6  0.0000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.125379 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2115  transcriptional regulator, AraC family  31.37 
 
 		 279 aa  76.3  0.0000000000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.189992  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4897  transcriptional regulator, AraC family  26.17 
 
 		 289 aa  76.3  0.0000000000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3298  transcriptional regulator, AraC family  28.22 
 
 		 300 aa  76.3  0.0000000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00023155 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4030  helix-turn-helix domain-containing protein  23.39 
 
 		 282 aa  76.3  0.0000000000007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2462  AraC family transcriptional regulator  34.27 
 
 		 268 aa  75.9  0.0000000000008  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.529684  hitchhiker  0.000432103 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2448  AraC family transcription regulator  37.89 
 
 		 299 aa  75.9  0.0000000000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0683308  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0263  transcriptional regulator, AraC family  23.55 
 
 		 292 aa  75.5  0.000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3534  transcriptional regulator, AraC family  30.58 
 
 		 309 aa  75.1  0.000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0611769  normal  0.445851 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4019  transcriptional regulator, AraC family  45.24 
 
 		 292 aa  75.1  0.000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.992917  hitchhiker  0.00536454 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6221  AraC family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 295 aa  74.7  0.000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0890  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  26.79 
 
 		 283 aa  74.7  0.000000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00312138 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2683  helix-turn-helix domain-containing protein  41.46 
 
 		 321 aa  74.7  0.000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.421098  normal  0.349304 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3388  transcriptional regulator, AraC family  24.56 
 
 		 328 aa  74.3  0.000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.470852  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7085  transcriptional regulator, AraC family  35.9 
 
 		 295 aa  74.7  0.000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.425365  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2717  AraC family transcriptional regulator  26.56 
 
 		 290 aa  75.1  0.000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1116  transcriptional regulator, AraC family  25.7 
 
 		 300 aa  73.9  0.000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.49707  normal  0.304596 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2572  AraC family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 319 aa  74.3  0.000000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6120  transcriptional regulator, AraC family  36.84 
 
 		 291 aa  73.9  0.000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4362  helix-turn-helix domain-containing protein  26.98 
 
 		 289 aa  73.9  0.000000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.272956  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3473  transcriptional regulator, AraC family  37.86 
 
 		 296 aa  74.3  0.000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.368579 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4655  AraC family transcriptional regulator  24.71 
 
 		 291 aa  73.6  0.000000000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.70214  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6108  transcriptional regulator, AraC family  36.46 
 
 		 294 aa  73.6  0.000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1608  transcriptional regulator, AraC family  27.84 
 
 		 279 aa  73.6  0.000000000004  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.322364  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5575  transcriptional regulator, AraC family  26.07 
 
 		 320 aa  73.6  0.000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.229982 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4330  transcriptional regulator, AraC family  27.38 
 
 		 305 aa  73.2  0.000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0359782 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3499  helix-turn-helix, AraC type  25.56 
 
 		 289 aa  72.8  0.000000000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.525441 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3306  helix-turn-helix domain-containing protein  32.82 
 
 		 281 aa  72.8  0.000000000006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0580  transcriptional regulator, AraC family  22.75 
 
 		 280 aa  73.2  0.000000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3722  helix-turn-helix domain-containing protein  36.46 
 
 		 305 aa  73.2  0.000000000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1834  transcriptional regulator, AraC family  33.63 
 
 		 282 aa  72.8  0.000000000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.73118  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2714  transcriptional regulator, AraC family  23.51 
 
 		 290 aa  72.4  0.000000000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.50523  normal  0.456872 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3180  helix-turn-helix domain-containing protein  34.23 
 
 		 300 aa  72.8  0.000000000008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1908  transcriptional regulator PobR  37.11 
 
 		 289 aa  72.4  0.000000000009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.104323  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7131  transcriptional regulator, AraC family  35.16 
 
 		 283 aa  72.4  0.000000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6183  transcriptional regulator, AraC family  23.81 
 
 		 302 aa  72  0.00000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0614415 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>