More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sked_37970 on replicon NC_013521
Organism: Sanguibacter keddieii DSM 10542



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013521  Sked_37970  D-alanine--D-alanine ligase  100 
 
 
317 aa  623  1e-177  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2550  D-alanine--D-alanine ligase  68.14 
 
 
319 aa  429  1e-119  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.352521  normal  0.520823 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3371  D-alanine/D-alanine ligase  71.57 
 
 
349 aa  419  1e-116  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0642922  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4215  D-alanine--D-alanine ligase  68.3 
 
 
313 aa  390  1e-107  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4691  D-alanine--D-alanine ligase  60.13 
 
 
323 aa  345  8e-94  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9380  D-alanine--D-alanine ligase  59.29 
 
 
318 aa  343  2e-93  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3582  D-alanine/D-alanine ligase  57.37 
 
 
316 aa  342  5e-93  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.301963  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4976  D-alanine/D-alanine ligase  59.41 
 
 
319 aa  340  2e-92  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_9048  D-alanine/D-alanine ligase  58.58 
 
 
315 aa  338  5.9999999999999996e-92  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.499515  normal  0.480227 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_39720  D-alanine--D-alanine ligase  56.27 
 
 
316 aa  338  8e-92  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4584  D-alanine--D-alanine ligase  59.61 
 
 
326 aa  333  2e-90  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.984407  hitchhiker  0.000547053 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_5088  D-alanine--D-alanine ligase  56.52 
 
 
329 aa  315  6e-85  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1640  D-alanine--D-alanine ligase  56.49 
 
 
329 aa  313  1.9999999999999998e-84  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6426  D-alanine/D-alanine ligase  53.99 
 
 
317 aa  311  6.999999999999999e-84  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5406  D-alanine--D-alanine ligase  52.44 
 
 
315 aa  304  2.0000000000000002e-81  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_7091  D-alanine--D-alanine ligase  54.4 
 
 
314 aa  303  2.0000000000000002e-81  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.581394  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_5102  D-alanine--D-alanine ligase  57.05 
 
 
327 aa  303  4.0000000000000003e-81  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.842129  unclonable  0.0000000223224 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2236  D-alanine--D-alanine ligase  55.34 
 
 
326 aa  298  6e-80  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0429667  normal  0.174652 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6711  D-alanine--D-alanine ligase  53.67 
 
 
321 aa  287  2e-76  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2153  D-alanine--D-alanine ligase  50.32 
 
 
333 aa  268  1e-70  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3914  D-alanine--D-alanine ligase  41.37 
 
 
308 aa  204  2e-51  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.536039  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3887  D-alanine--D-alanine ligase  40.39 
 
 
308 aa  204  2e-51  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0809283  normal  0.435651 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1155  D-alanine--D-alanine ligase  39.48 
 
 
309 aa  203  3e-51  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.112058  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3830  D-alanine--D-alanine ligase  41.04 
 
 
308 aa  202  5e-51  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2329  D-alanine--D-alanine ligase  40.76 
 
 
318 aa  202  5e-51  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.304126  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1108  D-alanine--D-alanine ligase  39.61 
 
 
308 aa  196  4.0000000000000005e-49  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_14120  D-alanine--D-alanine ligase  40.51 
 
 
313 aa  196  4.0000000000000005e-49  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0319  D-alanine--D-alanine ligase  38.41 
 
 
333 aa  196  4.0000000000000005e-49  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0126271  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3774  D-alanine--D-alanine ligase  42.07 
 
 
308 aa  196  4.0000000000000005e-49  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0952  D-alanine/D-alanine ligase  35.46 
 
 
311 aa  192  5e-48  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1240  D-alanine--D-alanine ligase  40.33 
 
 
306 aa  192  6e-48  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2199  D-alanine--D-alanine ligase  37.79 
 
 
305 aa  192  7e-48  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.171774  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_28460  D-alanine--D-alanine ligase  38.59 
 
 
317 aa  192  7e-48  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.289482  hitchhiker  0.00300353 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1588  D-alanyl-alanine synthetase A  34.82 
 
 
316 aa  191  2e-47  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000341303  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1796  D-alanine--D-alanine ligase  36.89 
 
 
312 aa  189  5e-47  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2148  D-alanine--D-alanine ligase  34.74 
 
 
314 aa  187  1e-46  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.628633  normal  0.0222251 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3590  D-alanine--D-alanine ligase  36.89 
 
 
306 aa  188  1e-46  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.224564  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_3114  D-alanine/D-alanine ligase  38.83 
 
 
307 aa  186  3e-46  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.188134  hitchhiker  0.0000000168198 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3971  D-alanine--D-alanine ligase  36.81 
 
 
310 aa  186  3e-46  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2491  D-alanine--D-alanine ligase  38.82 
 
 
306 aa  186  5e-46  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1140  D-alanine--D-alanine ligase  37.01 
 
 
309 aa  186  6e-46  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000909084  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_03490  ATP-grasp enzyme, D-alanine-D-alanine ligase  38.53 
 
 
327 aa  185  7e-46  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal  0.160227 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3778  D-alanine--D-alanine ligase  37.62 
 
 
306 aa  185  1.0000000000000001e-45  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.078673  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1360  D-alanine/D-alanine ligase  38.91 
 
 
319 aa  184  2.0000000000000003e-45  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0360  D-alanine--D-alanine ligase  35.81 
 
 
308 aa  180  2.9999999999999997e-44  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0689  D-alanyl-alanine synthetase A  35.48 
 
 
303 aa  179  4e-44  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  unclonable  0.00000234965  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3492  D-alanine--D-alanine ligase  40.95 
 
 
307 aa  179  5.999999999999999e-44  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0665  D-alanyl-alanine synthetase A  35.81 
 
 
303 aa  179  7e-44  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000619225  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0947  D-alanine--D-alanine ligase  41.59 
 
 
302 aa  179  8e-44  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0325942  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3066  D-alanine--D-alanine ligase  37.88 
 
 
316 aa  178  9e-44  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0667  D-alanine/D-alanine ligase  35.95 
 
 
313 aa  177  1e-43  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.621467  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2589  D-alanine--D-alanine ligase  38.66 
 
 
308 aa  178  1e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0183  D-alanine--D-alanine ligase  39.46 
 
 
337 aa  178  1e-43  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.0000736036  normal  0.566039 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0638  D-alanine--D-alanine ligase  36.77 
 
 
306 aa  177  2e-43  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00195193  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0850  D-alanine--D-alanine ligase  37.66 
 
 
314 aa  176  3e-43  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.868675  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0511  D-alanine/D-alanine ligase  37.74 
 
 
305 aa  176  4e-43  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4671  D-alanine--D-alanine ligase  37.17 
 
 
324 aa  176  5e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0129578  normal  0.448814 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0366  D-alanine--D-alanine ligase  39.35 
 
 
308 aa  176  5e-43  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2848  D-alanine--D-alanine ligase  37.58 
 
 
308 aa  176  6e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.67822  normal  0.0145718 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1426  D-alanine--D-alanine ligase  39.23 
 
 
313 aa  175  9.999999999999999e-43  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0420  D-alanine/D-alanine ligase  32.26 
 
 
299 aa  175  9.999999999999999e-43  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000379989  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0695  D-alanine--D-alanine ligase  40.51 
 
 
307 aa  175  9.999999999999999e-43  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.686209  normal  0.293576 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3516  D-alanine--D-alanine ligase  38.8 
 
 
306 aa  174  1.9999999999999998e-42  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.730478  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2916  D-alanine--D-alanine ligase  38.8 
 
 
306 aa  174  1.9999999999999998e-42  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.253667  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3385  D-alanine--D-alanine ligase  38.8 
 
 
306 aa  174  1.9999999999999998e-42  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0172099  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3496  D-alanine--D-alanine ligase  37.06 
 
 
301 aa  174  1.9999999999999998e-42  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.303259  normal  0.188396 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4102  D-alanine--D-alanine ligase  37.78 
 
 
311 aa  174  1.9999999999999998e-42  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.422713 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2077  D-alanine--D-alanine ligase  37.03 
 
 
308 aa  174  1.9999999999999998e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.335568  hitchhiker  0.00112188 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13270  D-alanine--D-alanine ligase  37.83 
 
 
315 aa  173  2.9999999999999996e-42  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.122637  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1074  D-alanine/D-alanine ligase  38.34 
 
 
302 aa  173  2.9999999999999996e-42  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.254672  normal  0.307992 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0169  D-alanine--D-alanine ligase  38.1 
 
 
337 aa  173  2.9999999999999996e-42  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.0022958  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0494  D-alanine--D-alanine ligase  37.18 
 
 
305 aa  173  3.9999999999999995e-42  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.922593  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3286  D-alanine--D-alanine ligase  38.46 
 
 
310 aa  172  5e-42  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4490  D-alanine--D-alanine ligase  40.26 
 
 
311 aa  172  5e-42  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6870  D-alanine--D-alanine ligase  36.28 
 
 
342 aa  172  6.999999999999999e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1244  D-alanine/D-alanine ligase  39.94 
 
 
316 aa  172  7.999999999999999e-42  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00234913  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0697  D-alanine--D-alanine ligase  40.38 
 
 
307 aa  172  7.999999999999999e-42  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.389866 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0142  D-alanine--D-alanine ligase  36.77 
 
 
306 aa  172  9e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.696174  hitchhiker  0.00000371528 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0147  D-alanine--D-alanine ligase  36.77 
 
 
306 aa  172  9e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000287396  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0142  D-alanine--D-alanine ligase  36.77 
 
 
306 aa  172  9e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.0090881  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2111  D-alanine--D-alanine ligase  39.87 
 
 
307 aa  172  1e-41  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3301  D-alanine--D-alanine ligase  38.99 
 
 
308 aa  172  1e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0787  D-alanine--D-alanine ligase  39.87 
 
 
307 aa  172  1e-41  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.722961  normal  0.289278 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2649  D-alanine--D-alanine ligase  38.34 
 
 
303 aa  171  1e-41  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4463  D-alanine--D-alanine ligase  31.72 
 
 
317 aa  170  2e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.816615  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0146  D-alanine--D-alanine ligase  36.45 
 
 
306 aa  171  2e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.302602  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4917  D-alanine/D-alanine ligase  37.83 
 
 
309 aa  169  4e-41  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.912808  normal  0.0828736 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4160  D-alanine/D-alanine ligase  36.93 
 
 
333 aa  169  5e-41  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.190227  normal  0.261244 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0750  D-alanine--D-alanine ligase  36.77 
 
 
310 aa  169  6e-41  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3508  D-alanine/D-alanine ligase  35.48 
 
 
306 aa  167  2e-40  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00134071  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0098  D-alanine--D-alanine ligase  35.48 
 
 
306 aa  167  2e-40  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000699622  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3565  D-alanine--D-alanine ligase  35.48 
 
 
306 aa  167  2e-40  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00231129  hitchhiker  0.00551648 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0085  D-alanine--D-alanine ligase  35.48 
 
 
306 aa  167  2e-40  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.34447  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0094  D-alanine--D-alanine ligase  35.48 
 
 
306 aa  167  2e-40  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000101829  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3087  D-alanine--D-alanine ligase  37.5 
 
 
331 aa  167  2e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.807087  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1149  D-alanine--D-alanine ligase  34.09 
 
 
306 aa  167  2e-40  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.927057  normal  0.917542 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00093  D-alanylalanine synthetase  35.16 
 
 
306 aa  166  2.9999999999999998e-40  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.149308  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0100  D-alanine--D-alanine ligase  35.81 
 
 
306 aa  167  2.9999999999999998e-40  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0814155  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1077  D-alanine--D-alanine ligase  35.58 
 
 
338 aa  166  2.9999999999999998e-40  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0742794  normal  0.822876 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00092  hypothetical protein  35.16 
 
 
306 aa  166  2.9999999999999998e-40  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.144888  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>