More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sked_36980 on replicon NC_013521
Organism: Sanguibacter keddieii DSM 10542



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013521  Sked_36980  transcriptional regulator  100 
 
 		 199 aa  397  9.999999999999999e-111  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.79172 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_37080  transcriptional regulator  50.52 
 
 		 212 aa  175  4e-43  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1784  TetR family transcriptional regulator  45.6 
 
 		 242 aa  93.6  2e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.12964 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6345  transcriptional regulator, TetR family  32.52 
 
 		 241 aa  62.8  0.000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4583  putative transcriptional regulator, TetR family  42.22 
 
 		 200 aa  60.1  0.00000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.181423  normal  0.302497 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5563  transcriptional regulator, TetR family  40.16 
 
 		 246 aa  58.5  0.00000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.811394 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5885  TetR family transcriptional regulator  38.95 
 
 		 203 aa  58.5  0.00000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.687121 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5284  transcriptional regulator, TetR family  40.66 
 
 		 217 aa  58.2  0.00000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3095  transcriptional regulator, TetR family  33.72 
 
 		 192 aa  57.4  0.0000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000942813  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4473  putative transcriptional regulator, TetR family  50 
 
 		 208 aa  56.2  0.0000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.446518  normal  0.220039 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8533  putative transcriptional regulator, TetR family  45.45 
 
 		 199 aa  55.8  0.0000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.00958176  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1827  regulatory protein, TetR  31.13 
 
 		 196 aa  55.8  0.0000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1242  TetR family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 212 aa  55.5  0.0000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.000000000053734  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2308  transcriptional regulator, TetR family  42.42 
 
 		 200 aa  55.1  0.0000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.594902 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5636  transcriptional regulator, TetR family  50 
 
 		 202 aa  54.7  0.0000008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.500793 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2175  TetR family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 218 aa  54.7  0.0000009  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3172  transcriptional regulator, TetR family  32.28 
 
 		 198 aa  53.9  0.000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0178  TetR family transcriptional regulator  48.33 
 
 		 239 aa  54.3  0.000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0999  transcriptional regulator, TetR family  28.72 
 
 		 204 aa  54.3  0.000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.372995  normal  0.0457994 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0780  transcriptional regulator, TetR family  33.06 
 
 		 205 aa  54.3  0.000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.00331259  decreased coverage  0.000414604 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6254  putative transcriptional regulator, TetR family  46.67 
 
 		 208 aa  53.5  0.000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.170118  normal  0.0153866 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1045  TetR family transcriptional regulator  32.97 
 
 		 226 aa  53.1  0.000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.446098  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0871  transcriptional regulator, TetR family  45.61 
 
 		 219 aa  52.8  0.000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5273  TetR family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 241 aa  52.8  0.000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0264263  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2499  transcriptional regulator, TetR family  36.11 
 
 		 208 aa  52.8  0.000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2716  TetR family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 212 aa  52.8  0.000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.448471  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1039  TetR family transcriptional regulator  27.56 
 
 		 213 aa  52.8  0.000004  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0390412  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3533  TetR family transcriptional regulator  33.61 
 
 		 237 aa  52.4  0.000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0909277  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5559  transcriptional regulator, TetR family  49.02 
 
 		 289 aa  52  0.000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3827  putative transcriptional regulator  30.77 
 
 		 216 aa  52  0.000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3984  transcriptional regulator, TetR family  30.69 
 
 		 200 aa  52.4  0.000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.562971  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1867  transcriptional regulator, TetR family  34.91 
 
 		 201 aa  52.4  0.000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.129849  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44980  TetR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 216 aa  52  0.000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3896  transcriptional regulator, TetR family  34.75 
 
 		 202 aa  52.4  0.000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.673039  normal  0.0314346 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6173  transcriptional regulator, TetR family  35.35 
 
 		 202 aa  52  0.000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2165  putative transcriptional regulator, TetR family  43.94 
 
 		 215 aa  52  0.000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.367605  normal  0.919137 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6288  transcriptional regulator, TetR family  48.28 
 
 		 237 aa  52.4  0.000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1012  transcriptional regulator, TetR family  29.06 
 
 		 212 aa  52  0.000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.156612  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5804  TetR family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 254 aa  52  0.000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.000000100556  hitchhiker  0.000892453 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6443  transcriptional regulator, TetR family  44.64 
 
 		 202 aa  52  0.000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0740  TetR family transcriptional regulator  34.95 
 
 		 205 aa  51.6  0.000007  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.891023  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5390  transcriptional regulator, TetR family  49.02 
 
 		 291 aa  52  0.000007  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.787919  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5281  TetR family transcriptional regulator  29.31 
 
 		 257 aa  51.6  0.000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1275  transcriptional regulator, TetR family  41.27 
 
 		 200 aa  51.6  0.000008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5567  TetR family transcriptional regulator  49.02 
 
 		 290 aa  51.2  0.00001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5288  TetR family transcriptional regulator  49.02 
 
 		 290 aa  51.2  0.00001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5228  TetR family transcriptional regulator  49.02 
 
 		 290 aa  51.2  0.00001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5113  TetR family transcriptional regulator  49.02 
 
 		 290 aa  51.2  0.00001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5130  TetR family transcriptional regulator  49.02 
 
 		 290 aa  51.2  0.00001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00759  transcriptional regulator, TetR family protein  26.67 
 
 		 224 aa  51.2  0.00001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3406  putative transcriptional regulator, TetR family  46.55 
 
 		 222 aa  51.2  0.00001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.209005  normal  0.472724 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2367  TetR family transcriptional regulator  44.62 
 
 		 202 aa  50.8  0.00001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.445055  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3953  TetR family transcriptional regulator  43.08 
 
 		 232 aa  51.2  0.00001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0396138  normal  0.024229 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5685  TetR family transcriptional regulator  49.02 
 
 		 290 aa  51.2  0.00001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5529  transcriptional regulator, TetR family  49.02 
 
 		 290 aa  51.2  0.00001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1971  transcriptional regulator, TetR family  43.86 
 
 		 196 aa  50.8  0.00001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3952  TetR family transcriptional regulator  49.02 
 
 		 291 aa  51.2  0.00001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5615  transcriptional regulator, TetR family  49.02 
 
 		 291 aa  51.2  0.00001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2991  TetR family transcriptional regulator  38.27 
 
 		 188 aa  50.1  0.00002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0384605  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2951  transcriptional regulator, TetR family  39.51 
 
 		 188 aa  50.1  0.00002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.418779999999999e-31 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2742  TetR family transcriptional regulator  39.51 
 
 		 188 aa  50.1  0.00002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.845467  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2692  TetR family transcriptional regulator  39.51 
 
 		 188 aa  50.1  0.00002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0469224  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2671  TetR family transcriptional regulator  39.51 
 
 		 188 aa  50.1  0.00002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.083497  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2743  TetR family transcriptional regulator  38.27 
 
 		 188 aa  50.4  0.00002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.673676  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0882  transcriptional regulator, TetR family  28.06 
 
 		 233 aa  50.4  0.00002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2997  transcriptional regulator, TetR family  38.27 
 
 		 188 aa  50.1  0.00002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000711023  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2951  TetR family transcriptional regulator  39.51 
 
 		 188 aa  50.1  0.00002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1118  transcriptional regulator, TetR family  43.86 
 
 		 201 aa  50.1  0.00002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00548751  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2708  TetR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 266 aa  50.1  0.00002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4515  TetR family transcriptional regulator  44.83 
 
 		 221 aa  50.4  0.00002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0458  transcriptional regulator, TetR family  40 
 
 		 205 aa  50.1  0.00002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0635  transcription regulator protein  34 
 
 		 216 aa  49.7  0.00003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1759  transcriptional regulator, TetR family  38.96 
 
 		 217 aa  49.7  0.00003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0334  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 226 aa  49.3  0.00003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.202617  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2495  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 287 aa  49.7  0.00003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0937177  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2774  transcriptional regulator, TetR family  50 
 
 		 205 aa  49.3  0.00004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0349028  normal  0.98242 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6580  transcriptional regulator, TetR family  38.14 
 
 		 242 aa  48.9  0.00004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.603144 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2286  transcriptional regulator, TetR family  38.27 
 
 		 188 aa  49.3  0.00004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000280215 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0172  TetR family transcriptional regulator  41.33 
 
 		 208 aa  49.3  0.00004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.143032  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25800  TetR family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 212 aa  48.9  0.00004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.2464 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0439  transcriptional regulator, TetR family  40.58 
 
 		 205 aa  48.9  0.00004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2954  transcriptional regulator, TetR family  38.27 
 
 		 188 aa  49.3  0.00004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.68265  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1218  TetR family transcriptional regulator  39.68 
 
 		 206 aa  49.3  0.00004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0550  TetR family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 229 aa  48.9  0.00005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.345828  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3822  transcriptional regulator, TetR family  40.91 
 
 		 219 aa  48.9  0.00005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.526815  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1534  TetR family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 211 aa  48.9  0.00005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.114781  normal  0.468022 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1657  regulatory protein, TetR  40.91 
 
 		 220 aa  48.9  0.00005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.184352 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4148  TetR family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 212 aa  48.9  0.00005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.190862  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4463  transcriptional regulator, TetR family  48.28 
 
 		 204 aa  48.9  0.00005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2204  putative transcriptional regulator  40.91 
 
 		 212 aa  48.9  0.00005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.546979  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1049  TetR family transcriptional regulator  57.78 
 
 		 230 aa  48.9  0.00005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0599696  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1499  TetR family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 211 aa  48.9  0.00005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.508077  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1638  TetR family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 206 aa  48.9  0.00005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.181149  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1968  TetR family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 211 aa  48.5  0.00006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000902359 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5385  transcriptional regulator, TetR family  38.67 
 
 		 213 aa  48.9  0.00006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0901691 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3792  TetR family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 211 aa  48.5  0.00006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.161831 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2628  transcriptional regulator, TetR family  27.47 
 
 		 194 aa  48.1  0.00008  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00732346  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2460  transcriptional regulator, TetR family  34.23 
 
 		 214 aa  48.1  0.00008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.953634  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2438  transcriptional regulator, TetR family  27.62 
 
 		 208 aa  48.1  0.00008  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3508  TetR family transcriptional regulator  28.06 
 
 		 227 aa  48.1  0.00009  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.343043  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>