More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sked_12750 on replicon NC_013521
Organism: Sanguibacter keddieii DSM 10542



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013521  Sked_12750  geranylgeranyl pyrophosphate synthase  100 
 
 		 361 aa  707    Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.315144  normal  0.841822 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04470  geranylgeranyl pyrophosphate synthase  47.81 
 
 		 382 aa  261  1e-68  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0342  Polyprenyl synthetase  42.38 
 
 		 345 aa  199  6e-50  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.249196 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0970  Polyprenyl synthetase  38.73 
 
 		 366 aa  187  2e-46  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0268682 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1125  Polyprenyl synthetase  30.41 
 
 		 350 aa  145  1e-33  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.0728299  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_21240  geranylgeranyl pyrophosphate synthase  41.67 
 
 		 358 aa  131  2.0000000000000002e-29  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3308  Polyprenyl synthetase  36.27 
 
 		 375 aa  126  6e-28  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.816432  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1430  Polyprenyl synthetase  33.82 
 
 		 368 aa  123  5e-27  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.28506  normal  0.583365 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3084  polyprenyl synthetase  34.19 
 
 		 358 aa  120  3.9999999999999996e-26  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_27930  geranylgeranyl pyrophosphate synthase  38.21 
 
 		 361 aa  116  5e-25  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.496263  normal  0.0148812 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1344  polyprenyl synthetase  34.52 
 
 		 358 aa  115  1.0000000000000001e-24  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.522192  decreased coverage  0.000335452 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2975  polyprenyl synthetase  36.43 
 
 		 359 aa  114  2.0000000000000002e-24  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.465028  normal  0.846295 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1388  polyprenyl synthetase  38.05 
 
 		 634 aa  115  2.0000000000000002e-24  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.196896  hitchhiker  0.00569212 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2787  putative farnesyltranstransferase  32.04 
 
 		 355 aa  114  2.0000000000000002e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.518698  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2550  Polyprenyl synthetase  35.58 
 
 		 377 aa  114  2.0000000000000002e-24  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.152577  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3227  Polyprenyl synthetase  33.54 
 
 		 365 aa  114  3e-24  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.274483  normal  0.0178795 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3810  Polyprenyl synthetase  34.44 
 
 		 361 aa  114  4.0000000000000004e-24  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1911  Polyprenyl synthetase  35.15 
 
 		 362 aa  113  7.000000000000001e-24  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000671619 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3536  polyprenyl synthetase  35.16 
 
 		 359 aa  112  7.000000000000001e-24  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  decreased coverage  0.00519723  normal  0.472476 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2662  Polyprenyl synthetase  34.94 
 
 		 362 aa  112  1.0000000000000001e-23  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3027  Polyprenyl synthetase  34.18 
 
 		 353 aa  111  2.0000000000000002e-23  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.2268  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3269  polyprenyl synthetase  35.96 
 
 		 359 aa  111  2.0000000000000002e-23  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3280  polyprenyl synthetase  35.96 
 
 		 359 aa  111  2.0000000000000002e-23  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.75227  normal  0.786831 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5028  Polyprenyl synthetase  32.12 
 
 		 357 aa  111  2.0000000000000002e-23  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.8812  normal  0.206356 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3331  polyprenyl synthetase  35.96 
 
 		 359 aa  111  2.0000000000000002e-23  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.232682  normal  0.219199 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0471  Polyprenyl synthetase  37.23 
 
 		 362 aa  109  6e-23  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.25272  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1995  Polyprenyl synthetase  36.36 
 
 		 365 aa  108  1e-22  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.465551  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_14310  geranylgeranyl pyrophosphate synthase  33.79 
 
 		 377 aa  108  1e-22  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0533  polyprenyl synthetase  34.64 
 
 		 338 aa  108  1e-22  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.506738 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16070  geranylgeranyl pyrophosphate synthase  35.4 
 
 		 362 aa  108  1e-22  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.00352979  normal  0.115981 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3478  polyprenyl synthetase  36.36 
 
 		 360 aa  107  2e-22  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.395312  normal  0.0269783 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3033  Polyprenyl synthetase  33.83 
 
 		 376 aa  106  5e-22  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3312  Polyprenyl synthetase  31.49 
 
 		 347 aa  105  1e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1557  polyprenyl synthetase  35.42 
 
 		 364 aa  105  1e-21  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2503  Polyprenyl synthetase  33.02 
 
 		 385 aa  105  1e-21  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000233784  hitchhiker  0.00819501 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1400  Polyprenyl synthetase  33.8 
 
 		 356 aa  105  1e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4440  polyprenyl synthetase  35.35 
 
 		 384 aa  104  2e-21  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4930  polyprenyl synthetase  35.58 
 
 		 384 aa  104  3e-21  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.654302 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1571  Polyprenyl synthetase  34.59 
 
 		 367 aa  102  1e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.40444 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1051  putative polyprenyl synthase / dimethylallyltranstransferase  32.88 
 
 		 356 aa  102  1e-20  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.154231  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0312  polyprenyl synthetase  30.53 
 
 		 326 aa  102  1e-20  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.440979 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1286  polyprenyl synthetase  32.52 
 
 		 338 aa  102  1e-20  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.916051  normal  0.252037 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1577  polyprenyl synthetase  32.3 
 
 		 1155 aa  102  1e-20  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.141416 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2135  geranyltranstransferase  32.44 
 
 		 327 aa  100  4e-20  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.0551821  decreased coverage  0.00000978796 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1042  Dimethylallyltranstransferase  30.12 
 
 		 332 aa  99.8  7e-20  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3476  Polyprenyl synthetase  30.95 
 
 		 350 aa  99.8  7e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19620  geranylgeranyl pyrophosphate synthase  29.25 
 
 		 364 aa  99.4  8e-20  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.0263779 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3110  Polyprenyl synthetase  30.55 
 
 		 360 aa  99.4  8e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.645285  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01980  putative isoprenoid biosynthesis related protein  29.73 
 
 		 324 aa  99.4  9e-20  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.586835  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0557  octaprenyl diphosphate synthase  31.88 
 
 		 323 aa  99.4  9e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000813107  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5487  polyprenyl synthetase  37.72 
 
 		 359 aa  98.6  1e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.057481  normal  0.26211 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0763  Polyprenyl synthetase  33.12 
 
 		 346 aa  99  1e-19  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.830605 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0792  octaprenyl diphosphate synthase  31.87 
 
 		 323 aa  99  1e-19  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00000411512  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2399  farnesyltranstransferase  28.83 
 
 		 322 aa  98.2  2e-19  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.0453989  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03052  octaprenyl diphosphate synthase  30.4 
 
 		 323 aa  97.4  3e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0077638  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0520  Polyprenyl synthetase  30.4 
 
 		 323 aa  97.4  3e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000996752  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3673  octaprenyl diphosphate synthase  30.4 
 
 		 323 aa  97.4  3e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000447788  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03003  hypothetical protein  30.4 
 
 		 323 aa  97.4  3e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00507808  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0513  octaprenyl diphosphate synthase  30.4 
 
 		 323 aa  97.4  3e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000265793  normal  0.0203333 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4219  Trans-hexaprenyltranstransferase  35.27 
 
 		 345 aa  97.1  4e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.830845  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3380  octaprenyl diphosphate synthase  30.4 
 
 		 323 aa  97.1  4e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  1.3954399999999998e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1042  polyprenyl synthetase  26.87 
 
 		 317 aa  97.1  4e-19  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.623686 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3583  octaprenyl diphosphate synthase  30.4 
 
 		 323 aa  97.4  4e-19  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000015877  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3483  octaprenyl diphosphate synthase  30.04 
 
 		 323 aa  97.1  4e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000000324786  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1558  Polyprenyl synthetase  35.43 
 
 		 364 aa  97.1  5e-19  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2351  polyprenyl synthetase  34.75 
 
 		 386 aa  96.7  6e-19  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.777136 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0577  Polyprenyl synthetase  35.1 
 
 		 349 aa  96.7  6e-19  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.25249  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00798  octaprenyl-diphosphate synthase  32.09 
 
 		 323 aa  96.7  6e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0164  Trans-hexaprenyltranstransferase  33.7 
 
 		 325 aa  96.3  7e-19  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0195554  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0904  polyprenyl synthetase  26.87 
 
 		 317 aa  96.3  7e-19  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.28863  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0193  farnesyltranstransferase  33.78 
 
 		 334 aa  96.3  8e-19  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000332441  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0316  polyprenyl synthetase  25.68 
 
 		 341 aa  96.3  8e-19  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0314791  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1060  polyprenyl synthetase  25.15 
 
 		 317 aa  96.3  8e-19  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4509  octaprenyl diphosphate synthase  30.04 
 
 		 323 aa  95.9  9e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000000159787  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001674  octaprenyl-diphosphate synthase/dimethylallyltransferase/geranyltranstransferase/ geranylgeranyl pyrophosphate synthetase  32.32 
 
 		 323 aa  95.9  9e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000010929  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0769  Polyprenyl synthetase  33.77 
 
 		 327 aa  95.5  1e-18  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3566  octaprenyl diphosphate synthase  30.4 
 
 		 370 aa  95.9  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.000499434  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3495  octaprenyl diphosphate synthase  30.4 
 
 		 370 aa  95.9  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.00000000000567296  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1848  polyprenyl synthetase  31.79 
 
 		 371 aa  95.5  1e-18  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3664  octaprenyl diphosphate synthase  30.4 
 
 		 370 aa  95.9  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.000479372  normal  0.0578061 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3602  octaprenyl diphosphate synthase  30.4 
 
 		 370 aa  95.9  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0102331  normal  0.778789 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3497  octaprenyl diphosphate synthase  30.4 
 
 		 370 aa  95.9  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000502837  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2312  polyprenyl synthetase  34.75 
 
 		 386 aa  95.9  1e-18  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3251  polyprenyl synthetase  34.41 
 
 		 360 aa  95.5  1e-18  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.698392  normal  0.34714 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1363  polyprenyl synthetase  25.09 
 
 		 332 aa  95.5  1e-18  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.36149  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2359  polyprenyl synthetase  34.75 
 
 		 386 aa  95.9  1e-18  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.852076  normal  0.554984 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1635  dimethylallyltranstransferase  26.57 
 
 		 317 aa  94.7  2e-18  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.750047  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0244  octaprenyl-diphosphate synthase  29.78 
 
 		 326 aa  94.7  2e-18  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.0000222684  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0840  dimethylallyltranstransferase  35.37 
 
 		 327 aa  94.7  2e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.440008 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3574  Polyprenyl synthetase  33.61 
 
 		 380 aa  94.4  3e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.504985  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_03940  geranylgeranyl pyrophosphate synthase  32.67 
 
 		 354 aa  94  3e-18  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.530934 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0461  geranyltranstransferase (farnesyl-diphosphate synthase)  26.05 
 
 		 325 aa  94  3e-18  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.215839  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3361  octaprenyl diphosphate synthase  31.67 
 
 		 323 aa  93.6  4e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  unclonable  0.000000777945  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3918  dimethylallyltranstransferase  34.19 
 
 		 342 aa  92.8  7e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00996484 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1186  polyprenyl synthetase  27.76 
 
 		 320 aa  92.8  8e-18  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3623  octaprenyl diphosphate synthase  30.04 
 
 		 323 aa  92.4  9e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00000129591  normal  0.282199 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3199  Polyprenyl synthetase  38.56 
 
 		 377 aa  92.8  9e-18  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000000246433  hitchhiker  0.000997068 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5018  Polyprenyl synthetase  32.5 
 
 		 346 aa  92.8  9e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.61988  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0360  octaprenyl-diphosphate synthase  28.67 
 
 		 323 aa  92  1e-17  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00089716  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_13720  geranylgeranyl pyrophosphate synthase  34.18 
 
 		 373 aa  92  1e-17  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>