More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Jden_0342 on replicon NC_013174
Organism: Jonesia denitrificans DSM 20603



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013174  Jden_0342  Polyprenyl synthetase  100 
 
 
345 aa  690    Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.249196 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_12750  geranylgeranyl pyrophosphate synthase  42.38 
 
 
361 aa  199  6e-50  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.315144  normal  0.841822 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04470  geranylgeranyl pyrophosphate synthase  42.07 
 
 
382 aa  181  1e-44  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0970  Polyprenyl synthetase  34.81 
 
 
366 aa  132  9e-30  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.0268682 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_27930  geranylgeranyl pyrophosphate synthase  34.89 
 
 
361 aa  103  5e-21  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.496263  normal  0.0148812 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1125  Polyprenyl synthetase  25.17 
 
 
350 aa  100  3e-20  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.0728299  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0510  dimethylallyltransferase  32.79 
 
 
330 aa  100  3e-20  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0303508 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2550  Polyprenyl synthetase  35.37 
 
 
377 aa  99  1e-19  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.152577  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2975  polyprenyl synthetase  32.49 
 
 
359 aa  98.2  2e-19  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.465028  normal  0.846295 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1388  polyprenyl synthetase  38.28 
 
 
634 aa  98.2  2e-19  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.196896  hitchhiker  0.00569212 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3536  polyprenyl synthetase  33.76 
 
 
359 aa  97.4  3e-19  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  decreased coverage  0.00519723  normal  0.472476 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_21240  geranylgeranyl pyrophosphate synthase  34.84 
 
 
358 aa  97.4  3e-19  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3027  Polyprenyl synthetase  32.38 
 
 
353 aa  95.9  9e-19  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.2268  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2662  Polyprenyl synthetase  30.39 
 
 
362 aa  95.5  1e-18  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0471  Polyprenyl synthetase  38.89 
 
 
362 aa  94  3e-18  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.25272  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1651  Trans-hexaprenyltranstransferase  31.36 
 
 
322 aa  92.8  8e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00299697  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4513  octaprenyl-diphosphate synthase  29.68 
 
 
327 aa  92.4  9e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3810  Polyprenyl synthetase  30.03 
 
 
361 aa  92.4  1e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1400  Polyprenyl synthetase  30.06 
 
 
356 aa  92  1e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3758  octaprenyl diphosphate synthase  34.18 
 
 
323 aa  92  1e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000253501  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3973  octaprenyl diphosphate synthase  34.18 
 
 
323 aa  92.4  1e-17  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000000694297  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0211  Polyprenyl synthetase  30.89 
 
 
334 aa  92  1e-17  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.301992 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3613  octaprenyl diphosphate synthase  34.18 
 
 
323 aa  92  1e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000738852  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2787  putative farnesyltranstransferase  29.43 
 
 
355 aa  91.3  2e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.518698  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1577  polyprenyl synthetase  32.02 
 
 
1155 aa  91.7  2e-17  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.141416 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1344  polyprenyl synthetase  31.1 
 
 
358 aa  91.3  3e-17  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.522192  decreased coverage  0.000335452 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3478  polyprenyl synthetase  31.1 
 
 
360 aa  90.9  3e-17  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.395312  normal  0.0269783 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0193  farnesyltranstransferase  30.89 
 
 
334 aa  90.1  5e-17  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000332441  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5028  Polyprenyl synthetase  29.08 
 
 
357 aa  89.7  6e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.8812  normal  0.206356 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3269  polyprenyl synthetase  35.05 
 
 
359 aa  89.4  7e-17  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3331  polyprenyl synthetase  35.05 
 
 
359 aa  89.4  7e-17  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.232682  normal  0.219199 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3280  polyprenyl synthetase  35.05 
 
 
359 aa  89.4  7e-17  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.75227  normal  0.786831 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0472  octaprenyl diphosphate synthase  33.05 
 
 
323 aa  89  1e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000437093  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3361  octaprenyl diphosphate synthase  31.23 
 
 
323 aa  87.8  2e-16  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  unclonable  0.000000777945  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3227  Polyprenyl synthetase  31.58 
 
 
365 aa  87.8  3e-16  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.274483  normal  0.0178795 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0868  trans-hexaprenyltranstransferase  30.4 
 
 
323 aa  87.4  3e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000612724  normal 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0690  polyprenyl synthetase  28.25 
 
 
368 aa  87  4e-16  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2503  Polyprenyl synthetase  29.17 
 
 
385 aa  87  4e-16  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000233784  hitchhiker  0.00819501 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2830  trans-hexaprenyltranstransferase  30.38 
 
 
333 aa  87  4e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000446804  normal  0.601872 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3481  octaprenyl diphosphate synthase  31.65 
 
 
323 aa  86.3  7e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000172444  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1848  polyprenyl synthetase  28.99 
 
 
371 aa  86.3  8e-16  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3110  Polyprenyl synthetase  29.43 
 
 
360 aa  85.9  0.000000000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.645285  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16070  geranylgeranyl pyrophosphate synthase  31.56 
 
 
362 aa  85.5  0.000000000000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.00352979  normal  0.115981 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1849  trans-hexaprenyltranstransferase  32.77 
 
 
323 aa  85.5  0.000000000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3199  Polyprenyl synthetase  33.19 
 
 
377 aa  84.7  0.000000000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000000246433  hitchhiker  0.000997068 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0851  polyprenyl synthetase  30.68 
 
 
323 aa  84.7  0.000000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000684066  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1430  Polyprenyl synthetase  28.96 
 
 
368 aa  84.3  0.000000000000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.28506  normal  0.583365 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3084  polyprenyl synthetase  34.2 
 
 
358 aa  84.7  0.000000000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3308  Polyprenyl synthetase  35.03 
 
 
375 aa  85.1  0.000000000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.816432  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4440  polyprenyl synthetase  29.58 
 
 
384 aa  84  0.000000000000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0953  trans-hexaprenyltranstransferase  30.4 
 
 
323 aa  84.3  0.000000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0940385  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3574  Polyprenyl synthetase  35.05 
 
 
380 aa  84.3  0.000000000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.504985  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1003  polyprenyl synthetase  30.38 
 
 
323 aa  84  0.000000000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000127512  decreased coverage  0.00000500836 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0295  geranylgeranyl pyrophosphate synthase  33.33 
 
 
360 aa  84  0.000000000000004  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0106667  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3324  Polyprenyl synthetase  29.96 
 
 
331 aa  83.6  0.000000000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000403675  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0966  polyprenyl synthetase  29.96 
 
 
331 aa  83.6  0.000000000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000309131  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3090  trans-hexaprenyltranstransferase  29.11 
 
 
323 aa  83.6  0.000000000000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1068  polyprenyl synthetase  29.96 
 
 
331 aa  83.6  0.000000000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00000253104  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1035  polyprenyl synthetase  29.96 
 
 
331 aa  83.6  0.000000000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000000587704  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0863  trans-hexaprenyltranstransferase  29.06 
 
 
343 aa  83.2  0.000000000000006  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0603068  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0557  octaprenyl diphosphate synthase  32.07 
 
 
323 aa  83.2  0.000000000000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000813107  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3278  polyprenyl synthetase  31.03 
 
 
313 aa  83.2  0.000000000000006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000293097 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0792  octaprenyl diphosphate synthase  32.49 
 
 
323 aa  82.8  0.000000000000008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00000411512  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3623  octaprenyl diphosphate synthase  30.08 
 
 
323 aa  82.4  0.000000000000009  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00000129591  normal  0.282199 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0978  trans-hexaprenyltranstransferase  29.24 
 
 
331 aa  82  0.00000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.0000000234439  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0461  geranyltranstransferase (farnesyl-diphosphate synthase)  28.29 
 
 
325 aa  82  0.00000000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.215839  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0244  octaprenyl-diphosphate synthase  30.64 
 
 
326 aa  82.4  0.00000000000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.0000222684  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3033  Polyprenyl synthetase  31.95 
 
 
376 aa  82  0.00000000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1363  polyprenyl synthetase  24.84 
 
 
332 aa  81.3  0.00000000000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.36149  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_13720  geranylgeranyl pyrophosphate synthase  34.27 
 
 
373 aa  81.3  0.00000000000002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5074  polyprenyl synthetase  28.41 
 
 
374 aa  81.6  0.00000000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5162  polyprenyl synthetase  28.41 
 
 
374 aa  81.6  0.00000000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.18985  normal  0.559036 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1995  Polyprenyl synthetase  31.95 
 
 
365 aa  80.9  0.00000000000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.465551  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1051  putative polyprenyl synthase / dimethylallyltranstransferase  32.3 
 
 
356 aa  80.5  0.00000000000004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.154231  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2220  trans-hexaprenyltranstransferase  30.8 
 
 
322 aa  80.5  0.00000000000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.0000000307661  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03052  octaprenyl diphosphate synthase  30.08 
 
 
323 aa  80.1  0.00000000000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0077638  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0520  Polyprenyl synthetase  30.08 
 
 
323 aa  80.1  0.00000000000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000996752  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3380  octaprenyl diphosphate synthase  30.08 
 
 
323 aa  80.1  0.00000000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  1.3954399999999998e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03003  hypothetical protein  30.08 
 
 
323 aa  80.1  0.00000000000005  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00507808  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3673  octaprenyl diphosphate synthase  30.08 
 
 
323 aa  80.1  0.00000000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000447788  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4509  octaprenyl diphosphate synthase  30.08 
 
 
323 aa  80.1  0.00000000000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000000159787  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3251  polyprenyl synthetase  30.28 
 
 
360 aa  80.1  0.00000000000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.698392  normal  0.34714 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0513  octaprenyl diphosphate synthase  30.08 
 
 
323 aa  80.1  0.00000000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000265793  normal  0.0203333 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0316  polyprenyl synthetase  26.38 
 
 
341 aa  79.7  0.00000000000006  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0314791  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3583  octaprenyl diphosphate synthase  30.08 
 
 
323 aa  79.7  0.00000000000006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000015877  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2351  polyprenyl synthetase  31.78 
 
 
386 aa  80.1  0.00000000000006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.777136 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5453  polyprenyl synthetase  27.82 
 
 
374 aa  79.7  0.00000000000006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3483  octaprenyl diphosphate synthase  29.66 
 
 
323 aa  79.7  0.00000000000007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000000324786  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2312  polyprenyl synthetase  31.78 
 
 
386 aa  79.7  0.00000000000007  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2359  polyprenyl synthetase  31.78 
 
 
386 aa  79.7  0.00000000000007  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.852076  normal  0.554984 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0514  trans-hexaprenyltranstransferase  30.4 
 
 
337 aa  79.3  0.00000000000009  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.655757 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_15850  geranylgeranyl pyrophosphate synthase  29.84 
 
 
369 aa  79  0.0000000000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.250165  normal  0.207317 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0894  trans-hexaprenyltranstransferase  28.39 
 
 
331 aa  79  0.0000000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000000238398  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3126  trans-hexaprenyltranstransferase  28.39 
 
 
331 aa  79  0.0000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000273118  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12201  geranylgeranyl pyrophosphate synthetase idsA2  30.58 
 
 
352 aa  78.6  0.0000000000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4930  polyprenyl synthetase  28.8 
 
 
384 aa  79  0.0000000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.654302 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3602  octaprenyl diphosphate synthase  29.66 
 
 
370 aa  78.6  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0102331  normal  0.778789 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4219  Trans-hexaprenyltranstransferase  30.4 
 
 
345 aa  77.8  0.0000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.830845  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0360  octaprenyl-diphosphate synthase  28.69 
 
 
323 aa  78.6  0.0000000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00089716  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3497  octaprenyl diphosphate synthase  29.66 
 
 
370 aa  78.6  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000502837  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>