More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_3302 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_0815  TonB-dependent receptor domain-containing protein  93.26 
 
 		 653 aa  1261    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3559  TonB-dependent receptor  69.36 
 
 		 665 aa  937    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00145171  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2990  TonB-dependent receptor  66.87 
 
 		 656 aa  899    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.235083  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2631  TonB-dependent receptor domain-containing protein  57.42 
 
 		 646 aa  736    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.221793  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3644  TonB-dependent receptor  91.12 
 
 		 653 aa  1207    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.388894  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3767  TonB-dependent receptor  90.51 
 
 		 653 aa  1193    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0729  TonB-dependent receptor, plug  57.84 
 
 		 656 aa  767    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000181168  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3576  TonB-dependent receptor  90.81 
 
 		 653 aa  1204    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.313951  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3302  TonB-dependent siderophore receptor  100 
 
 		 653 aa  1333    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00384842  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3176  TonB-dependent siderophore receptor  91.42 
 
 		 653 aa  1235    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0651  TonB-dependent siderophore receptor  99.08 
 
 		 653 aa  1323    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.68611  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0824  TonB-dependent receptor, plug  61.99 
 
 		 659 aa  808    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0663  TonB-dependent receptor  89.13 
 
 		 652 aa  1201    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.136044  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3472  TonB-dependent siderophore receptor  97.09 
 
 		 653 aa  1274    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0503687  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4030  TonB-dependent receptor:Lipocalin  27.73 
 
 		 713 aa  216  8e-55  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4390  TonB-dependent receptor  28.24 
 
 		 704 aa  184  4.0000000000000006e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4681  TonB-dependent receptor  26.69 
 
 		 704 aa  172  2e-41  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0656736  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0628  TonB-dependent receptor  28.2 
 
 		 688 aa  171  5e-41  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2309  TonB-dependent outer membrane cobalamin receptor  29.23 
 
 		 666 aa  165  2.0000000000000002e-39  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2625  TonB-dependent receptor  27.09 
 
 		 657 aa  152  2e-35  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.980205  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2666  TonB-dependent receptor  26.41 
 
 		 638 aa  150  6e-35  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2786  TonB-dependent receptor  25.48 
 
 		 644 aa  145  2e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.934768  normal  0.0544871 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0635  TonB-dependent receptor, plug  24.27 
 
 		 706 aa  136  9.999999999999999e-31  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0582  TonB-dependent receptor plug  24.52 
 
 		 664 aa  119  9.999999999999999e-26  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  decreased coverage  0.000848459  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0651  tonB-dependent receptor  24.04 
 
 		 656 aa  114  5e-24  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0646495  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3133  TonB-dependent siderophore receptor  25.18 
 
 		 776 aa  114  8.000000000000001e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.989614  normal  0.593866 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2099  TonB-dependent siderophore receptor  23.74 
 
 		 728 aa  110  7.000000000000001e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0104822  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3206  TonB-dependent receptor plug  25.79 
 
 		 617 aa  108  3e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00965358  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2886  putative outer membrane associated TonB dependent receptor  35.41 
 
 		 618 aa  108  4e-22  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0141972  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1720  TonB-dependent receptor  24.51 
 
 		 700 aa  106  1e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000201404 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1632  TonB-dependent receptor  24.51 
 
 		 700 aa  106  1e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1723  TonB-dependent receptor  24.51 
 
 		 700 aa  105  2e-21  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2057  TonB-dependent receptor  24.07 
 
 		 700 aa  105  3e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.980298  hitchhiker  0.0003174 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2926  TonB-dependent receptor  24.89 
 
 		 715 aa  105  3e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.0000000198793  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2195  TonB-dependent receptor  24.32 
 
 		 700 aa  105  4e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0192314  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2208  TonB-dependent receptor  24.18 
 
 		 700 aa  104  5e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.346262  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1538  TonB-dependent receptor  24.18 
 
 		 700 aa  104  5e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5579  TonB-dependent siderophore receptor  27.94 
 
 		 812 aa  104  6e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.761851 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0576  TonB-dependent receptor plug  33.91 
 
 		 621 aa  103  7e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1651  TonB-dependent receptor  25.76 
 
 		 648 aa  102  2e-20  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.613844 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0118  TonB-dependent receptor  23.73 
 
 		 633 aa  102  3e-20  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1561  TonB-dependent receptor plug  39.2 
 
 		 681 aa  102  3e-20  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.00000105774  n/a   
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5758  TonB-dependent siderophore receptor  23.71 
 
 		 815 aa  101  3e-20  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1968  TonB-dependent heme receptor  22.95 
 
 		 690 aa  101  4e-20  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01408  predicted iron outer membrane transporter  24.18 
 
 		 700 aa  101  6e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01419  hypothetical protein  24.18 
 
 		 700 aa  101  6e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2735  TonB-dependent receptor, plug  30.57 
 
 		 650 aa  100  8e-20  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3287  TonB-dependent siderophore receptor  22.58 
 
 		 720 aa  100  1e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3329  TonB-dependent siderophore receptor  22.19 
 
 		 720 aa  100  1e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1964  TonB-dependent receptor, plug  31.44 
 
 		 618 aa  100  1e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0049  TonB-dependent siderophore receptor  23.7 
 
 		 703 aa  99.4  2e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.627674  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0273  TonB-dependent receptor  37.23 
 
 		 602 aa  99.4  2e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0292443  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3531  TonB-dependent receptor plug  25.6 
 
 		 678 aa  98.6  3e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0790413  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1080  TonB-dependent siderophore receptor  22.45 
 
 		 720 aa  98.6  4e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000210628 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3039  TonB-dependent siderophore receptor  23.65 
 
 		 825 aa  97.8  5e-19  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001068  vibrioferrin receptor PvuA  24.48 
 
 		 712 aa  97.8  6e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3082  TonB-dependent siderophore receptor  23.46 
 
 		 825 aa  97.4  7e-19  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.213327  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3465  TonB-dependent siderophore receptor  22.18 
 
 		 720 aa  97.1  8e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.47616  normal  0.0124574 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2795  TonB-dependent receptor  23.77 
 
 		 701 aa  96.7  1e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0102  TonB-dependent siderophore receptor  22.57 
 
 		 795 aa  96.3  1e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1786  TonB-dependent heme receptor  22.46 
 
 		 718 aa  96.3  2e-18  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02166  TonB-dependent outer membrane Receptor  35.98 
 
 		 619 aa  95.9  2e-18  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0562  TonB-dependent receptor  25.35 
 
 		 634 aa  95.9  2e-18  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.222662 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1760  TonB-dependent heme receptor  24.04 
 
 		 664 aa  96.3  2e-18  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3613  TonB-dependent siderophore receptor  29.67 
 
 		 789 aa  95.5  3e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.187378 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1474  TonB-dependent siderophore receptor  24.57 
 
 		 715 aa  95.5  3e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.052337 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2952  putative lipoprotein  25.2 
 
 		 710 aa  94.7  5e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.130559  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01528  TonB-dependent receptor  24.2 
 
 		 720 aa  94  8e-18  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1044  TonB-dependent siderophore receptor  21.55 
 
 		 724 aa  94  9e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00225756 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4786  TonB-dependent siderophore receptor  22.82 
 
 		 712 aa  93.2  1e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.789588  normal  0.608467 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34990  putative TonB-dependent receptor  25.37 
 
 		 706 aa  93.2  1e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.275223  normal  0.836539 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0028  TonB-dependent receptor  30.95 
 
 		 641 aa  92.4  2e-17  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2276  TonB-dependent receptor  41.43 
 
 		 751 aa  93.2  2e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0883  ferric enterobactin receptor, putative  31.16 
 
 		 627 aa  92  3e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.277897  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3612  TonB-dependent siderophore receptor  24.96 
 
 		 770 aa  92  3e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.565753  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1925  TonB-dependent receptor  25.96 
 
 		 642 aa  92  3e-17  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.55144  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1629  TonB-dependent siderophore receptor  24.79 
 
 		 712 aa  92  3e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00385709 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3109  TonB-dependent siderophore receptor  24.96 
 
 		 710 aa  92  3e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1156  TonB-dependent receptor  22.3 
 
 		 715 aa  90.9  6e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1005  TonB-dependent receptor  39.86 
 
 		 699 aa  90.9  7e-17  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.828736  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1028  TonB-dependent siderophore receptor  24.68 
 
 		 718 aa  90.9  7e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.289591  normal  0.407367 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2729  putative ferrichrome-iron receptor protein  24.29 
 
 		 689 aa  90.5  8e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0154  ferrichrome outer membrane transporter  22.96 
 
 		 729 aa  90.5  8e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5806  ferric citrate outer membrane transporter  29.02 
 
 		 731 aa  90.5  8e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2303  TonB-dependent siderophore receptor  23.87 
 
 		 710 aa  90.1  1e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.470584  normal  0.447365 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0509  TonB-dependent outer membrane cobalamin receptor  27.04 
 
 		 614 aa  90.1  1e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.194967  normal  0.193806 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5364  TonB-dependent receptor plug  30.1 
 
 		 729 aa  90.1  1e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2389  TonB-dependent receptor plug  30.17 
 
 		 615 aa  89.7  1e-16  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.000607441  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3851  TonB-dependent siderophore receptor  23.44 
 
 		 711 aa  89.7  1e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1537  TonB-dependent receptor  37.11 
 
 		 593 aa  89  2e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00891985  normal  0.735799 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0142  ferrichrome outer membrane transporter  22.96 
 
 		 729 aa  89.7  2e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003321  ferrichrome-iron receptor  23.22 
 
 		 711 aa  89  2e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1830  TonB-dependent receptor plug  30.6 
 
 		 616 aa  89.7  2e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000821839 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0241  TonB-dependent receptor  22.76 
 
 		 675 aa  89.7  2e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.571494  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2815  TonB-dependent receptor  31.1 
 
 		 619 aa  89.7  2e-16  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.186668  normal  0.478128 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3519  TonB-dependent siderophore receptor  23.94 
 
 		 681 aa  88.6  3e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.302801  normal  0.288365 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1702  putative TonB-dependent receptor yncD  24.47 
 
 		 706 aa  88.6  3e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.770108  normal  0.940102 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1766  TonB-dependent receptor yncD  24.54 
 
 		 706 aa  88.6  3e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0208  ferrichrome outer membrane transporter  22.73 
 
 		 703 aa  88.2  4e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3556  TonB-dependent receptor plug  25.04 
 
 		 634 aa  88.2  4e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000211979  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>