More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_3192 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008321  Shewmr4_3192  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 265 aa  546  1e-154  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0961443  hitchhiker  0.0000817621 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0746  extracellular solute-binding protein  86.81 
 
 		 275 aa  485  1e-136  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0305191 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0772  extracellular solute-binding protein  95.38 
 
 		 238 aa  469  1.0000000000000001e-131  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.025527 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3860  hypothetical protein  81.4 
 
 		 265 aa  443  1e-123  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3638  extracellular solute-binding protein  70.72 
 
 		 265 aa  394  1e-109  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.055561  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3761  extracellular solute-binding protein  69.81 
 
 		 265 aa  392  1e-108  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3570  extracellular solute-binding protein family 3  74.38 
 
 		 252 aa  389  1e-107  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2990  extracellular solute-binding protein  58.48 
 
 		 263 aa  284  1.0000000000000001e-75  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.604366  normal  0.133749 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3523  extracellular solute-binding protein  50 
 
 		 268 aa  283  3.0000000000000004e-75  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2978  extracellular solute-binding protein  50.43 
 
 		 248 aa  254  7e-67  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2624  hypothetical protein  48.02 
 
 		 271 aa  240  2e-62  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.547677 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0967  extracellular solute-binding protein  37.2 
 
 		 255 aa  192  3e-48  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1005  hypothetical protein  36.8 
 
 		 255 aa  191  1e-47  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.69065  normal  0.921286 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1143  hypothetical protein  37.19 
 
 		 255 aa  188  7e-47  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0969  extracellular solute-binding protein  37.6 
 
 		 255 aa  186  3e-46  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3302  extracellular solute-binding protein  35.1 
 
 		 257 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1054  extracellular solute-binding protein family 3  35.1 
 
 		 257 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0164866  hitchhiker  0.000017747 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3523  extracellular solute-binding protein, family 3  36.29 
 
 		 257 aa  183  2.0000000000000003e-45  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3398  extracellular solute-binding protein  36.29 
 
 		 257 aa  182  5.0000000000000004e-45  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2937  hypothetical protein  35.53 
 
 		 257 aa  180  2e-44  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0733  amino acid ABC transporter periplasmic protein  36.65 
 
 		 255 aa  155  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.263143  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3830  extracellular solute-binding protein  31.58 
 
 		 248 aa  125  9e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000366277 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0687  extracellular solute-binding protein  28.51 
 
 		 255 aa  122  5e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0350  extracellular solute-binding protein family 3  27.27 
 
 		 321 aa  108  1e-22  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0133156 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0629  extracellular solute-binding protein  27.73 
 
 		 257 aa  105  7e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3305  extracellular solute-binding protein  27.56 
 
 		 244 aa  103  3e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5873  hypothetical protein  30.09 
 
 		 250 aa  101  2e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0921  extracellular solute-binding protein  27.15 
 
 		 260 aa  100  3e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0424  hypothetical protein  30.66 
 
 		 256 aa  99.8  4e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67850  putative ABC-type amino acid transport protein, periplasmic component  30.09 
 
 		 250 aa  99.8  4e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.349677 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1477  extracellular solute-binding protein family 3  27.71 
 
 		 254 aa  97.1  2e-19  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4249  extracellular solute-binding protein  26.02 
 
 		 251 aa  93.6  3e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00199527 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1683  hypothetical protein  26.46 
 
 		 251 aa  93.6  3e-18  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1595  extracellular solute-binding protein  26.59 
 
 		 262 aa  91.7  1e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.614347  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1918  putative cache sensor protein  25.83 
 
 		 632 aa  91.3  2e-17  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.149363  normal  0.217415 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1208  hypothetical protein  27.92 
 
 		 258 aa  90.5  3e-17  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000699317  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1916  extracellular solute-binding protein family 3  25.53 
 
 		 483 aa  90.1  3e-17  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.114513 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0328  hypothetical protein  27.57 
 
 		 251 aa  89.7  4e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.397197 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4250  amino acid ABC transporter periplasmic protein  27.91 
 
 		 251 aa  89.4  6e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00190529 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0881  extracellular solute-binding protein  25 
 
 		 269 aa  88.2  1e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5872  hypothetical protein  27.31 
 
 		 251 aa  87.4  2e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67840  putative ABC-type amino acid transporter  27.31 
 
 		 251 aa  87.4  2e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.288914 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2767  extracellular solute-binding protein family 3  26.98 
 
 		 238 aa  86.7  3e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3031  extracellular solute-binding protein family 3  26.13 
 
 		 237 aa  86.3  4e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.516858  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5333  hypothetical protein  27.31 
 
 		 269 aa  85.1  0.000000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4891  hypothetical protein  26.39 
 
 		 251 aa  84.7  0.000000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0619  hypothetical protein  24.59 
 
 		 248 aa  85.1  0.000000000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.566502  normal  0.917839 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2115  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  26.17 
 
 		 604 aa  84.3  0.000000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00123104  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3188  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  27.04 
 
 		 228 aa  83.6  0.000000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.484393  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4251  amino acid ABC transporter periplasmic protein  25.74 
 
 		 244 aa  80.9  0.00000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000526957 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3879  putative ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  25.46 
 
 		 235 aa  80.5  0.00000000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2765  amino acid ABC transporter periplasmic protein  23.81 
 
 		 401 aa  79.3  0.00000000000005  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0258  extracellular solute-binding protein  24.59 
 
 		 236 aa  79.7  0.00000000000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67860  putative ABC-type amino acid transporter  29.1 
 
 		 248 aa  79.7  0.00000000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.339144 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5874  hypothetical protein  28.57 
 
 		 248 aa  78.2  0.0000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0585  amino acid ABC transporter periplasmic protein  21.82 
 
 		 274 aa  76.6  0.0000000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1009  hypothetical protein  25.12 
 
 		 242 aa  72.8  0.000000000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.815562  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2915  amino acid ABC transporter periplasmic protein  22.27 
 
 		 247 aa  72  0.00000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5282  extracellular solute-binding protein  25.62 
 
 		 270 aa  71.2  0.00000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3893  amino acid ABC transporter periplasmic protein  24.78 
 
 		 252 aa  71.6  0.00000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1302  histidine kinase  24.55 
 
 		 596 aa  70.9  0.00000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000333005 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0486  extracellular solute-binding protein  22.05 
 
 		 262 aa  70.1  0.00000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2923  histidine kinase  24.55 
 
 		 598 aa  70.1  0.00000000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1844  extracellular solute-binding protein  25.57 
 
 		 260 aa  69.3  0.00000000005  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  decreased coverage  0.000362453  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4130  histidine kinase  25.91 
 
 		 572 aa  69.3  0.00000000007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.964997 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1312  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  23.29 
 
 		 584 aa  67.8  0.0000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4039  histidine kinase  23.85 
 
 		 572 aa  66.2  0.0000000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1845  extracellular solute-binding protein  24.14 
 
 		 262 aa  63.9  0.000000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00294253  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1707  extracellular solute-binding protein  27.16 
 
 		 483 aa  63.9  0.000000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2487  extracellular solute-binding protein  25.93 
 
 		 259 aa  63.9  0.000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2439  extracellular solute-binding protein  25.93 
 
 		 259 aa  63.9  0.000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.732764  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0702  extracellular solute-binding protein  24.79 
 
 		 244 aa  63.2  0.000000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0691872 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1142  extracellular solute-binding protein  23.32 
 
 		 292 aa  62.8  0.000000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3228  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  23.42 
 
 		 609 aa  62.4  0.000000008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1802  histidine kinase  27.27 
 
 		 540 aa  60.8  0.00000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.963501  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1213  extracellular solute-binding protein  23.32 
 
 		 292 aa  61.2  0.00000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.354605  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1585  hypothetical protein  23.11 
 
 		 248 aa  60.5  0.00000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1037  histidine kinase  22.97 
 
 		 608 aa  60.5  0.00000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2005  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  23.45 
 
 		 262 aa  59.7  0.00000005  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1919  amino acid ABC transporter periplasmic protein  24.54 
 
 		 247 aa  59.7  0.00000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0371115  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1761  histidine kinase  24.2 
 
 		 578 aa  59.3  0.00000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0407  putative ABC transporter binding protein subunit  25 
 
 		 256 aa  59.3  0.00000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0687  extracellular solute-binding protein  26.94 
 
 		 265 aa  58.5  0.0000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0413327  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1143  extracellular solute-binding protein  23.02 
 
 		 291 aa  58.5  0.0000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00243654  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2113  extracellular solute-binding protein  24.55 
 
 		 290 aa  57.4  0.0000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04090  putative binding protein component of ABC transporter  24.55 
 
 		 256 aa  57.4  0.0000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1566  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  26.03 
 
 		 1047 aa  57  0.0000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3526  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  22.67 
 
 		 584 aa  56.6  0.0000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0947  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  25.69 
 
 		 265 aa  55.8  0.0000006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0759  extracellular solute-binding protein  27.85 
 
 		 265 aa  55.8  0.0000006  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.221068  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0812  amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  25.69 
 
 		 265 aa  55.8  0.0000006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.00534966  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0855  amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  25.69 
 
 		 265 aa  55.8  0.0000006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4430  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  25.69 
 
 		 265 aa  55.8  0.0000006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.10616  normal  0.255053 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1200  hypothetical protein  30.49 
 
 		 274 aa  55.8  0.0000007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.285337  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0421  extracellular solute-binding protein  22.71 
 
 		 252 aa  55.8  0.0000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2669  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  25 
 
 		 1047 aa  55.5  0.0000008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1728  histidine kinase  26.15 
 
 		 560 aa  55.5  0.0000009  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.864697  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6986  extracellular solute-binding protein family 3  23.67 
 
 		 271 aa  55.5  0.0000009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.821047  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0760  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  25.69 
 
 		 265 aa  55.1  0.000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1064  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  23.39 
 
 		 289 aa  54.7  0.000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00655066  normal  0.28594 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>