More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_3096 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_3096  regulatory protein, LuxR  100 
 
 		 222 aa  458  9.999999999999999e-129  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.735562  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0560  transcriptional regulator, LuxR family protein  84.23 
 
 		 222 aa  397  9.999999999999999e-111  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0720  LuxR family transcriptional regulator  84.09 
 
 		 221 aa  389  1e-107  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0333677  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3414  LuxR family transcriptional regulator  84.09 
 
 		 221 aa  389  1e-107  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.295313  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0863  transcriptional regulator, LuxR family  81.36 
 
 		 221 aa  384  1e-106  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0864  LuxR family transcriptional regulator  82.88 
 
 		 255 aa  382  1e-105  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3500  response regulator receiver protein  80 
 
 		 249 aa  382  1e-105  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0875  LuxR family transcriptional regulator  80.91 
 
 		 221 aa  381  1e-105  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0840  response regulator receiver protein  80.45 
 
 		 221 aa  380  1e-104  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3945  LuxR family transcriptional regulator  78.64 
 
 		 221 aa  365  1e-100  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00801334  normal  0.811932 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3137  response regulator receiver protein  80.38 
 
 		 209 aa  363  1e-99  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2948  response regulator receiver protein  75.91 
 
 		 221 aa  355  3.9999999999999996e-97  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.126231 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3194  LuxR family transcriptional regulator  75.23 
 
 		 220 aa  350  1e-95  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0232917  normal  0.227391 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3302  LuxR family transcriptional regulator  72.73 
 
 		 221 aa  336  9.999999999999999e-92  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3887  LuxR family transcriptional regulator  72.73 
 
 		 221 aa  334  5e-91  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000207134 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0644  LuxR family transcriptional regulator  68.35 
 
 		 221 aa  314  7e-85  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0140532  unclonable  0.00000001613 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0633  LuxR family transcriptional regulator  62.39 
 
 		 224 aa  302  3.0000000000000004e-81  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01507  putative transcriptional regulator, LuxR family protein  35.81 
 
 		 159 aa  89.7  3e-17  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.993499  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0287  LuxR family transcriptional regulator  38.26 
 
 		 224 aa  83.2  0.000000000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.1053  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3306  LuxR family transcriptional regulator  37.19 
 
 		 238 aa  79.7  0.00000000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1248  transcriptional regulator, LuxR family  27.78 
 
 		 232 aa  79  0.00000000000006  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001275  transcriptional regulator VpsT  33.04 
 
 		 222 aa  76.3  0.0000000000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3355  two component LuxR family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 232 aa  75.9  0.0000000000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2858  probable CsgAB operon transcriptional regulatory protein  31.93 
 
 		 215 aa  74.3  0.000000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.256874  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2905  transcriptional regulator, LuxR family  33.81 
 
 		 335 aa  74.7  0.000000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06533  hypothetical protein  32.76 
 
 		 217 aa  74.3  0.000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05152  protein-glutamate methylesterase  34.19 
 
 		 222 aa  73.2  0.000000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3704  LuxR family transcriptional regulator  32.23 
 
 		 220 aa  72.4  0.000000000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0339608  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0994  response regulator receiver domain-containing protein  34.82 
 
 		 221 aa  71.6  0.00000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.16925  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05153  hypothetical protein  32.76 
 
 		 218 aa  70.5  0.00000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1602  two component transcriptional regulator, LuxR family  39.06 
 
 		 226 aa  70.5  0.00000000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5788  two component transcriptional regulator, LuxR family  35.9 
 
 		 214 aa  70.5  0.00000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.785726 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001276  transcriptional regulator VpsT  33.33 
 
 		 210 aa  69.3  0.00000000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2518  two component transcriptional regulator, LuxR family  40.98 
 
 		 225 aa  68.9  0.00000000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1531  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.55 
 
 		 229 aa  68.6  0.00000000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02940  putative LuxR-family transcriptional regulator  31.39 
 
 		 198 aa  67.8  0.0000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.775864  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0602  nitrate/nitrite response regulator  33.83 
 
 		 219 aa  67.8  0.0000000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.790372  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4577  response regulator receiver protein  32.52 
 
 		 223 aa  68.2  0.0000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.172592 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2717  two component transcriptional regulator, LuxR family  34.38 
 
 		 223 aa  67  0.0000000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0268  two component LuxR family transcriptional regulator  37.17 
 
 		 217 aa  66.6  0.0000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.289536  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0956  two component transcriptional regulator, LuxR family  36.8 
 
 		 221 aa  65.9  0.0000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0287  LuxR family transcriptional regulator  56.25 
 
 		 92 aa  65.5  0.0000000006  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002362  DNA-binding HTH domain-containing protein  28.85 
 
 		 214 aa  65.5  0.0000000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0501055  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2449  two component transcriptional regulator, LuxR family  35.04 
 
 		 220 aa  65.5  0.0000000007  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.729355  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2472  two component transcriptional regulator, LuxR family  29.13 
 
 		 221 aa  65.5  0.0000000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0113125  hitchhiker  0.00367669 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0972  two component LuxR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 227 aa  65.1  0.0000000008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.299836  normal  0.0302219 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3598  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.56 
 
 		 218 aa  64.7  0.000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.329097  normal  0.731815 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4675  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.56 
 
 		 218 aa  64.7  0.000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.760252  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6525  two component transcriptional regulator, LuxR family  48.68 
 
 		 216 aa  64.3  0.000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3891  two component transcriptional regulator, LuxR family  34.04 
 
 		 221 aa  64.7  0.000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3745  two component transcriptional regulator, LuxR family  31.71 
 
 		 235 aa  64.3  0.000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.627677  normal  0.255424 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2557  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.91 
 
 		 224 aa  64.3  0.000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.231398  normal  0.0978001 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2814  LuxR family transcriptional regulator  32.61 
 
 		 214 aa  64.3  0.000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3502  two component LuxR family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 228 aa  63.5  0.000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1255  two component transcriptional regulator, LuxR family  50 
 
 		 219 aa  63.9  0.000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.490147  normal  0.40644 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4479  two component transcriptional regulator, LuxR family  35.25 
 
 		 224 aa  63.9  0.000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.518456  normal  0.598935 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2620  response regulator receiver protein  31.43 
 
 		 239 aa  63.5  0.000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.649971  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9329  response regulator receiver protein  35.2 
 
 		 217 aa  63.2  0.000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2406  LuxR family transcriptional regulator  58.18 
 
 		 92 aa  63.5  0.000000003  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01701  LuxR family regulatory protein  53.45 
 
 		 90 aa  63.2  0.000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_04820  response regulator containing a CheY-like receiver domain protein and an HTH DNA-binding domain protein  49.33 
 
 		 229 aa  63.5  0.000000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.465009  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2317  LuxR family transcriptional regulator  33.6 
 
 		 201 aa  63.2  0.000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000209491  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0663  two component LuxR family transcriptional regulator  34.07 
 
 		 219 aa  63.5  0.000000003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5384  two component response regulator  33.61 
 
 		 216 aa  62.8  0.000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0649  LuxR family two component transcriptional regulator  50 
 
 		 212 aa  62.8  0.000000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.93281  normal  0.368826 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00210  response regulator containing a CheY-like receiver domain protein and an HTH DNA-binding domain protein  34.92 
 
 		 221 aa  62.8  0.000000004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.133182 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3331  response regulator receiver protein  33.62 
 
 		 227 aa  62.4  0.000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.832029  normal  0.250763 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0757  LuxR family transcriptional regulator  26.61 
 
 		 210 aa  62.4  0.000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1208  DNA-binding transcriptional regulator CsgD  31.9 
 
 		 216 aa  62  0.000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.316434  normal  0.419874 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1238  DNA-binding transcriptional regulator CsgD  31.9 
 
 		 216 aa  62  0.000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.147361  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01821  LuxR family regulatory protein  51.72 
 
 		 92 aa  62  0.000000006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1253  DNA-binding transcriptional regulator CsgD  31.9 
 
 		 216 aa  62  0.000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.705931 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1817  LuxR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 211 aa  62  0.000000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.596206  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2048  DNA-binding transcriptional regulator CsgD  31.9 
 
 		 216 aa  62  0.000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0804096  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2231  DNA-binding transcriptional regulator CsgD  31.9 
 
 		 216 aa  62  0.000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.750523  normal  0.99411 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4688  two component transcriptional regulator, LuxR family  31.45 
 
 		 252 aa  62  0.000000007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.898869  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0544  two component transcriptional regulator, LuxR family  30.43 
 
 		 215 aa  62  0.000000007  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3846  two component LuxR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 249 aa  62  0.000000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.525033  normal  0.770826 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4433  two component transcriptional regulator, LuxR family  30.48 
 
 		 215 aa  62  0.000000007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03706  hypothetical protein  26.38 
 
 		 214 aa  62  0.000000007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0648  two component transcriptional regulator, LuxR family  34.75 
 
 		 211 aa  62  0.000000007  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0377209  hitchhiker  0.00104431 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2130  DNA-binding response regulator, LuxR family  29.06 
 
 		 222 aa  61.6  0.000000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0670  two component LuxR family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 265 aa  61.6  0.000000008  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.998369  normal  0.706802 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0404  two component transcriptional regulator, LuxR family  31.16 
 
 		 218 aa  61.6  0.000000008  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0987348  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_26831  LuxR transcriptional regulator  51.72 
 
 		 92 aa  61.6  0.000000008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1940  LuxR response regulator receiver  29.06 
 
 		 222 aa  61.6  0.000000009  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.95717  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_02261  LuxR family regulatory protein  53.45 
 
 		 90 aa  61.6  0.000000009  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.0250136  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3528  transcriptional regulator, LuxR family  44.59 
 
 		 178 aa  60.8  0.00000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.993919  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1520  LuxR transcriptional regulator  51.72 
 
 		 91 aa  60.8  0.00000001  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2028  two component LuxR family transcriptional regulator  33.59 
 
 		 219 aa  61.2  0.00000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.515359  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0156  LuxR family transcriptional regulator  54.55 
 
 		 92 aa  61.6  0.00000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.749313  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7105  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.03 
 
 		 241 aa  61.6  0.00000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.106023  normal  0.469545 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6963  two component transcriptional regulator, LuxR family  31.71 
 
 		 225 aa  61.2  0.00000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.029709  normal  1 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4902  response regulator receiver  33.05 
 
 		 216 aa  60.8  0.00000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.443208  normal  0.676579 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3672  transcriptional regulator, LuxR family  54.55 
 
 		 90 aa  60.8  0.00000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1300  two component transcriptional regulator, LuxR family  35.54 
 
 		 215 aa  60.8  0.00000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.145336  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_01711  LuxR family regulatory protein  54.55 
 
 		 92 aa  61.2  0.00000001  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_01731  LuxR family regulatory protein  54.55 
 
 		 92 aa  61.2  0.00000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0180  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.09 
 
 		 216 aa  61.2  0.00000001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.245465  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3596  transcriptional regulator, LuxR family  44.59 
 
 		 178 aa  60.8  0.00000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.445896  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>