More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17025_4274 on replicon NC_009431
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025



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Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009431  Rsph17025_4274  hypothetical protein  100 
 
 		 368 aa  719    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4144  MscS mechanosensitive ion channel  92.28 
 
 		 311 aa  545  1e-154  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.789982 
 
 
-
 
NC_009008  RSP_4255  mechanosensitive (MS) ion channel protein  91.96 
 
 		 311 aa  543  1e-153  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3145  MscS Mechanosensitive ion channel  52.48 
 
 		 304 aa  227  3e-58  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.243267  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4726  MscS mechanosensitive ion channel  50.48 
 
 		 325 aa  205  1e-51  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.440183  normal  0.105448 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1770  MscS mechanosensitive ion channel  27.49 
 
 		 406 aa  115  2.0000000000000002e-24  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1867  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  27.62 
 
 		 480 aa  112  9e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0456814  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6888  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  29.67 
 
 		 506 aa  112  9e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1178  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  30.69 
 
 		 505 aa  109  9.000000000000001e-23  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.811879  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5823  MscS mechanosensitive ion channel  26.5 
 
 		 345 aa  108  1e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.63499  normal  0.440829 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1968  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  29.07 
 
 		 475 aa  108  2e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.805203  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2790  MscS mechanosensitive ion channel  27.6 
 
 		 335 aa  106  8e-22  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.756482  normal  0.557915 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3071  hypothetical protein  28.69 
 
 		 366 aa  105  1e-21  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.962312  normal  0.378174 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2332  MscS Mechanosensitive ion channel  24.07 
 
 		 362 aa  105  1e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1534  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  27.31 
 
 		 501 aa  103  3e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.231252  normal  0.283254 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2775  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  28.51 
 
 		 493 aa  104  3e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.85719 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1250  MscS mechanosensitive ion channel  25.33 
 
 		 361 aa  102  8e-21  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  decreased coverage  0.00000000000414305  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1888  MscS Mechanosensitive ion channel  22.79 
 
 		 362 aa  100  3e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2519  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  29.25 
 
 		 492 aa  100  5e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.806579  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5308  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  29.2 
 
 		 508 aa  99.8  7e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.119708 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2712  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  28 
 
 		 507 aa  99.8  8e-20  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0470198  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0360  MscS mechanosensitive ion channel  29.21 
 
 		 393 aa  99.4  9e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5166  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  29.6 
 
 		 475 aa  99  1e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0740457  normal  0.0860349 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5256  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  29.6 
 
 		 475 aa  98.6  2e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.584441  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6131  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  28.87 
 
 		 489 aa  98.6  2e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1460  MscS mechanosensitive ion channel  28.77 
 
 		 493 aa  96.3  7e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6368  MscS mechanosensitive ion channel  28.77 
 
 		 493 aa  96.3  7e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0767  small-conductance mechanosensitive ion channel  28.52 
 
 		 401 aa  95.5  1e-18  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.967765  normal  0.366005 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5283  MscS Mechanosensitive ion channel  30.05 
 
 		 376 aa  95.9  1e-18  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1633  hypothetical protein  24.07 
 
 		 364 aa  94.4  3e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.246622  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0773  MscS mechanosensitive ion channel  28.12 
 
 		 401 aa  94  4e-18  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7035  MscS mechanosensitive ion channel  29.27 
 
 		 493 aa  93.6  5e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.666416  normal  0.218312 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1189  MscS Mechanosensitive ion channel  27.61 
 
 		 445 aa  92.8  8e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1942  MscS mechanosensitive ion channel  24.75 
 
 		 360 aa  92.8  9e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2229  MscS Mechanosensitive ion channel  29.89 
 
 		 400 aa  92.4  1e-17  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.224666  normal  0.568068 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1140  MscS mechanosensitive ion channel  29.34 
 
 		 274 aa  91.7  2e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.15609  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2065  MscS mechanosensitive ion channel  24.58 
 
 		 359 aa  91.7  2e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2122  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  33.33 
 
 		 489 aa  91.3  3e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.510942  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2387  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  37.33 
 
 		 490 aa  91.3  3e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.178532  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1709  small conductance mechanosensitive channel  25.78 
 
 		 494 aa  90.9  3e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0466336 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1940  MscS mechanosensitive ion channel  27.73 
 
 		 489 aa  89.7  6e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2440  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  29.71 
 
 		 509 aa  89.4  9e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00769093 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3862  MscS mechanosensitive ion channel  31.33 
 
 		 830 aa  89.4  9e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.725538  normal  0.276406 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2105  MscS Mechanosensitive ion channel  25.18 
 
 		 414 aa  89.4  1e-16  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0600957  normal  0.059013 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0258  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  25.87 
 
 		 492 aa  89  1e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.986681 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1530  MscS Mechanosensitive ion channel  25.45 
 
 		 372 aa  88.2  2e-16  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.421553 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3659  MscS mechanosensitive ion channel  28.51 
 
 		 439 aa  87.8  3e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.19276  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2479  MscS Mechanosensitive ion channel  28.22 
 
 		 383 aa  87.4  4e-16  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.827266 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1647  MscS Mechanosensitive ion channel  27.2 
 
 		 429 aa  87  5e-16  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1797  mechanosensitive ion channel  29.02 
 
 		 561 aa  87  5e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.433096  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1438  MscS mechanosensitive ion channel  26.45 
 
 		 840 aa  87  5e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.139296  normal  0.137989 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2696  MscS Mechanosensitive ion channel  24.65 
 
 		 369 aa  87  5e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.415509  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1546  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  25 
 
 		 479 aa  86.7  5e-16  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.514924  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0914  MscS mechanosensitive ion channel  27.49 
 
 		 842 aa  86.3  7e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00707445 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1093  MscS Mechanosensitive ion channel  23.57 
 
 		 389 aa  86.3  8e-16  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.464677  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1124  MscS Mechanosensitive ion channel  22.41 
 
 		 345 aa  86.3  8e-16  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.745547  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3626  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  35.9 
 
 		 489 aa  86.3  8e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6057  MscS Mechanosensitive ion channel  25.71 
 
 		 779 aa  86.3  8e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1775  MscS mechanosensitive ion channel  28.47 
 
 		 283 aa  85.9  0.000000000000001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03062  hypothetical protein  27.96 
 
 		 563 aa  85.9  0.000000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2837  MscS Mechanosensitive ion channel  27.76 
 
 		 366 aa  85.1  0.000000000000002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.426677  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0938  MscS Mechanosensitive ion channel  30.4 
 
 		 433 aa  84.7  0.000000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.466834  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0935  MscS Mechanosensitive ion channel  31.75 
 
 		 433 aa  84.7  0.000000000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.940167  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2303  MscS Mechanosensitive ion channel  25.42 
 
 		 512 aa  84.7  0.000000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.697138  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1599  MscS Mechanosensitive ion channel  26.06 
 
 		 862 aa  84.3  0.000000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1345  MscS mechanosensitive ion channel  27.62 
 
 		 274 aa  84.3  0.000000000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000767633  hitchhiker  0.0000248019 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1350  hypothetical protein  25.27 
 
 		 292 aa  84.3  0.000000000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.136839  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2581  MscS mechanosensitive ion channel  28.65 
 
 		 298 aa  84.3  0.000000000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.391196  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4142  MscS mechanosensitive ion channel  24.89 
 
 		 384 aa  84  0.000000000000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.93898  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3468  MscS mechanosensitive ion channel  26.78 
 
 		 550 aa  84  0.000000000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0955  MscS mechanosensitive ion channel  30.77 
 
 		 298 aa  83.6  0.000000000000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1486  MscS Mechanosensitive ion channel  26.48 
 
 		 272 aa  83.2  0.000000000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2326  MscS mechanosensitive ion channel  27.23 
 
 		 1127 aa  83.2  0.000000000000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0663  MscS Mechanosensitive ion channel  27.69 
 
 		 336 aa  83.2  0.000000000000008  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2273  MscS mechanosensitive ion channel  25.34 
 
 		 258 aa  82.8  0.000000000000009  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2608  mechanosensitive ion channel family protein  26.38 
 
 		 825 aa  82  0.00000000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.349131  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1245  MscS mechanosensitive ion channel  28.63 
 
 		 274 aa  82.4  0.00000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.016266  normal  0.622604 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0890  MscS mechanosensitive ion channel  25.44 
 
 		 330 aa  82.4  0.00000000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000201965 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0057  MscS Mechanosensitive ion channel  26.46 
 
 		 421 aa  82  0.00000000000001  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.185804  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2842  MscS mechanosensitive ion channel  26.11 
 
 		 369 aa  82.4  0.00000000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0940  MscS mechanosensitive ion channel  29.37 
 
 		 275 aa  82.4  0.00000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.546965 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2829  MscS mechanosensitive ion channel  27.59 
 
 		 294 aa  82  0.00000000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009667  Oant_2137  MscS mechanosensitive ion channel  25.09 
 
 		 288 aa  82  0.00000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.857102  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1529  MscS Mechanosensitive ion channel  24.6 
 
 		 385 aa  81.6  0.00000000000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
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NC_008255  CHU_3343  mechanosensitive ion channel protein  31.76 
 
 		 813 aa  81.6  0.00000000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.183155 
 
 
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NC_009092  Shew_1152  MscS mechanosensitive ion channel  25.73 
 
 		 274 aa  82  0.00000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0163398  normal  0.0148083 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0743  MscS Mechanosensitive ion channel  27.04 
 
 		 460 aa  80.9  0.00000000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_002939  GSU2316  mechanosensitive ion channel family protein  27.98 
 
 		 291 aa  81.3  0.00000000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.176359  n/a   
 
 
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NC_011769  DvMF_2529  MscS Mechanosensitive ion channel  27.51 
 
 		 864 aa  80.9  0.00000000000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
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NC_009524  PsycPRwf_0102  MscS mechanosensitive ion channel  28.81 
 
 		 537 aa  80.9  0.00000000000003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.102568  normal  1 
 
 
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NC_011138  MADE_01983  MscS Mechanosensitive ion channel ei VT8  27.35 
 
 		 279 aa  80.9  0.00000000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.865643  n/a   
 
 
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NC_008321  Shewmr4_0562  MscS mechanosensitive ion channel  28.33 
 
 		 551 aa  80.5  0.00000000000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_008577  Shewana3_0561  MscS mechanosensitive ion channel  28.33 
 
 		 551 aa  80.5  0.00000000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_013501  Rmar_0951  MscS Mechanosensitive ion channel  28.46 
 
 		 341 aa  80.9  0.00000000000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009975  MmarC6_0359  MscS mechanosensitive ion channel  28.18 
 
 		 360 aa  80.5  0.00000000000005  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.821631  n/a   
 
 
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NC_009441  Fjoh_1674  MscS mechanosensitive ion channel  26.07 
 
 		 270 aa  80.1  0.00000000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.702305  n/a   
 
 
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NC_011663  Sbal223_3747  MscS Mechanosensitive ion channel  27.5 
 
 		 549 aa  80.1  0.00000000000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009665  Shew185_3803  MscS mechanosensitive ion channel  27.5 
 
 		 549 aa  80.1  0.00000000000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.717222  n/a   
 
 
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NC_013061  Phep_3392  MscS Mechanosensitive ion channel  25.15 
 
 		 833 aa  79.7  0.00000000000007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009997  Sbal195_3929  MscS mechanosensitive ion channel  27.5 
 
 		 549 aa  79.7  0.00000000000007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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