More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_0743 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009952  Dshi_0743  MscS Mechanosensitive ion channel  100 
 
 
460 aa  907    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1940  MscS mechanosensitive ion channel  42.83 
 
 
489 aa  345  8e-94  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1189  MscS Mechanosensitive ion channel  42.21 
 
 
445 aa  345  8e-94  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2989  Ricin B lectin  36.13 
 
 
474 aa  325  7e-88  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000129425 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0308  MscS mechanosensitive ion channel  37.65 
 
 
459 aa  252  1e-65  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4142  MscS mechanosensitive ion channel  39.17 
 
 
384 aa  245  9.999999999999999e-64  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.93898  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02489  putative mechanosensitive channel protein (MscS family)  41.5 
 
 
367 aa  228  2e-58  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3659  MscS mechanosensitive ion channel  37.22 
 
 
439 aa  204  3e-51  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.19276  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0102  MscS mechanosensitive ion channel  29.91 
 
 
537 aa  181  2.9999999999999997e-44  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.102568  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0293  MscS mechanosensitive ion channel  32.41 
 
 
447 aa  177  4e-43  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2422  MscS mechanosensitive ion channel  27.59 
 
 
572 aa  164  3e-39  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5986  MscS Mechanosensitive ion channel  36.44 
 
 
337 aa  156  7e-37  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10253  hypothetical protein  32.2 
 
 
307 aa  154  4e-36  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  decreased coverage  0.00229932  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0890  MscS mechanosensitive ion channel  29.84 
 
 
330 aa  145  1e-33  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  unclonable  0.000000201965 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4090  MscS mechanosensitive ion channel  29.26 
 
 
349 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01752  putative mechanosensitive channel protein (MscS family)  30.04 
 
 
328 aa  132  1.0000000000000001e-29  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.249612  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00500  MscS Mechanosensitive ion channel  27.14 
 
 
334 aa  126  6e-28  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3168  MscS Mechanosensitive ion channel  26.06 
 
 
311 aa  126  7e-28  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0116515  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1417  MscS Mechanosensitive ion channel  28.83 
 
 
304 aa  126  1e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3719  MscS mechanosensitive ion channel  30.22 
 
 
538 aa  125  2e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00173633  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0663  MscS Mechanosensitive ion channel  32.57 
 
 
336 aa  125  2e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1689  MscS mechanosensitive ion channel  29.81 
 
 
356 aa  123  8e-27  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2771  MscS Mechanosensitive ion channel  28.68 
 
 
296 aa  122  9.999999999999999e-27  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1036  putative mechanosensitive ion channel protein  29.14 
 
 
534 aa  121  3e-26  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014249  Aazo_5329  mechanosensitive ion channel protein MscS  28.74 
 
 
331 aa  121  3e-26  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0047  MscS mechanosensitive ion channel  26.36 
 
 
270 aa  118  1.9999999999999998e-25  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4521  MscS Mechanosensitive ion channel  26.55 
 
 
291 aa  117  3.9999999999999997e-25  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.958869 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2128  MscS mechanosensitive ion channel  32.64 
 
 
270 aa  117  5e-25  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0955  MscS mechanosensitive ion channel  28.71 
 
 
298 aa  117  5e-25  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0914  MscS mechanosensitive ion channel  27.72 
 
 
842 aa  115  2.0000000000000002e-24  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00707445 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1853  MscS mechanosensitive ion channel  28.42 
 
 
290 aa  114  3e-24  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3803  MscS mechanosensitive ion channel  27.14 
 
 
549 aa  114  4.0000000000000004e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.717222  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3929  MscS mechanosensitive ion channel  27.14 
 
 
549 aa  114  4.0000000000000004e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1775  MscS mechanosensitive ion channel  32.59 
 
 
283 aa  114  4.0000000000000004e-24  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3747  MscS Mechanosensitive ion channel  27.14 
 
 
549 aa  114  4.0000000000000004e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4382  MscS mechanosensitive ion channel  32.26 
 
 
262 aa  114  4.0000000000000004e-24  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.496887  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0613  MscS mechanosensitive ion channel  27.62 
 
 
547 aa  113  6e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000873032  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0476  MscS mechanosensitive ion channel  27.68 
 
 
279 aa  111  3e-23  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.139506  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0562  MscS mechanosensitive ion channel  26.43 
 
 
551 aa  111  3e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0561  MscS mechanosensitive ion channel  26.43 
 
 
551 aa  111  3e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2469  putative transport protein  27.94 
 
 
269 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0359  MscS mechanosensitive ion channel  28.98 
 
 
360 aa  110  5e-23  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.821631  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3468  MscS mechanosensitive ion channel  26.71 
 
 
550 aa  110  5e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1746  mechanosensitive ion channel family protein  29.32 
 
 
531 aa  110  6e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3145  mechanosensitive ion channel  28.04 
 
 
544 aa  110  6e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.187903  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1797  mechanosensitive ion channel  26.54 
 
 
561 aa  110  7.000000000000001e-23  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.433096  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1709  small conductance mechanosensitive channel  31.07 
 
 
494 aa  109  1e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.0466336 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3521  MscS mechanosensitive ion channel  27.01 
 
 
547 aa  109  1e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1486  MscS Mechanosensitive ion channel  28.51 
 
 
272 aa  108  1e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0390  MscS mechanosensitive ion channel  29.43 
 
 
274 aa  108  1e-22  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.855015  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1074  MscS mechanosensitive ion channel  28.06 
 
 
360 aa  108  2e-22  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.287098  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0108  MscS mechanosensitive ion channel  28.73 
 
 
304 aa  107  4e-22  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002898  small-conductance mechanosensitive channel  27.68 
 
 
532 aa  107  5e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.341732  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2000  MscS Mechanosensitive ion channel  27.49 
 
 
302 aa  107  5e-22  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.03582 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1552  MscS mechanosensitive ion channel  28.19 
 
 
359 aa  106  9e-22  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal  0.101944 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4338  MscS mechanosensitive ion channel  26.84 
 
 
533 aa  106  9e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0015  MscS mechanosensitive ion channel  26.16 
 
 
287 aa  105  2e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03062  hypothetical protein  26.94 
 
 
563 aa  105  2e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1533  MscS Mechanosensitive ion channel  28.57 
 
 
276 aa  105  2e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2465  putative small-conductance mechanosensitive channel  28.01 
 
 
275 aa  104  4e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.404234  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2355  MscS mechanosensitive ion channel  28.52 
 
 
295 aa  103  6e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0549147  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3620  MscS mechanosensitive ion channel  27.7 
 
 
277 aa  102  1e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.812148  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3333  MscS mechanosensitive ion channel  27.8 
 
 
275 aa  102  1e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1496  MscS Mechanosensitive ion channel  25.09 
 
 
295 aa  102  1e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1062  MscS Mechanosensitive ion channel  29.03 
 
 
310 aa  101  2e-20  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.771269  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3012  MscS mechanosensitive ion channel  28.63 
 
 
297 aa  101  3e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0407  MscS mechanosensitive ion channel  31.34 
 
 
315 aa  101  3e-20  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.323817  normal  0.0164618 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02755  mechanosensitive channel  26.56 
 
 
286 aa  100  4e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0769  MscS Mechanosensitive ion channel  26.56 
 
 
286 aa  100  4e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3251  mechanosensitive channel MscS  26.56 
 
 
286 aa  100  4e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0786  mechanosensitive channel MscS  26.56 
 
 
286 aa  100  4e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3082  mechanosensitive channel MscS  26.56 
 
 
286 aa  100  4e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3061  mechanosensitive channel MscS  26.56 
 
 
291 aa  100  4e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.397816  normal  0.219365 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02718  hypothetical protein  26.56 
 
 
286 aa  100  4e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4221  mechanosensitive channel MscS  26.56 
 
 
286 aa  100  4e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3349  mechanosensitive channel MscS  26.56 
 
 
286 aa  100  4e-20  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0812  small-conductance mechanosensitive channel  26.64 
 
 
274 aa  100  6e-20  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03290  MscS Mechanosensitive ion channel  25.17 
 
 
280 aa  100  6e-20  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0360  MscS mechanosensitive ion channel  30 
 
 
393 aa  99.8  8e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13183  putative mechanosensitive channel protein (MscS family)  25.33 
 
 
316 aa  99.8  9e-20  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00921  small conductance mechanosensitive ion channel  26.74 
 
 
322 aa  99.8  9e-20  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.230623  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1342  MscS Mechanosensitive ion channel  26.69 
 
 
266 aa  99.4  1e-19  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00293598  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0797  MscS Mechanosensitive ion channel  28.14 
 
 
268 aa  99.4  1e-19  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3392  MscS Mechanosensitive ion channel  25.23 
 
 
833 aa  99.4  1e-19  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1350  hypothetical protein  27.05 
 
 
292 aa  98.6  2e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.136839  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1856  hypothetical protein  27.85 
 
 
281 aa  99  2e-19  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.130527  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2402  hypothetical protein  31.79 
 
 
279 aa  99  2e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.267781  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0514  MscS Mechanosensitive ion channel  26.46 
 
 
288 aa  99  2e-19  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1140  MscS mechanosensitive ion channel  26.79 
 
 
274 aa  99  2e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.15609  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0444  MscS mechanosensitive ion channel  28 
 
 
540 aa  98.6  2e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0091  MscS Mechanosensitive ion channel  28.43 
 
 
297 aa  97.8  3e-19  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0452  MscS mechanosensitive ion channel  27.66 
 
 
283 aa  98.2  3e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  decreased coverage  0.00426986  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1674  MscS mechanosensitive ion channel  26.21 
 
 
270 aa  97.4  4e-19  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.702305  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0661  MscS Mechanosensitive ion channel  31.25 
 
 
295 aa  97.4  5e-19  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2296  MscS mechanosensitive ion channel  26.88 
 
 
270 aa  96.7  7e-19  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2381  MscS mechanosensitive ion channel  28.29 
 
 
287 aa  96.7  8e-19  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.42777  hitchhiker  0.00000285336 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0949  MscS Mechanosensitive ion channel  24.91 
 
 
273 aa  96.3  9e-19  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2981  hypothetical protein  27.38 
 
 
298 aa  96.3  1e-18  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0759175  normal  0.0858863 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3627  MscS mechanosensitive ion channel  25.95 
 
 
268 aa  95.5  2e-18  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.143912 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3778  MscS mechanosensitive ion channel  23.43 
 
 
276 aa  95.5  2e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.981923 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>