More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_1272 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007973  Rmet_1272  phage integrase  100 
 
 		 315 aa  633    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0100836 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0371  integrase family protein  43.83 
 
 		 310 aa  250  2e-65  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.366696  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5407  phage integrase family protein  42.3 
 
 		 312 aa  238  1e-61  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.114789 
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3506  phage integrase family protein  42.42 
 
 		 313 aa  229  4e-59  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.524614  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6201  phage integrase family protein  43.18 
 
 		 307 aa  228  1e-58  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2007  integrase family protein  39.74 
 
 		 313 aa  216  2.9999999999999998e-55  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.16033  normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5349  integrase family protein  39.74 
 
 		 313 aa  216  2.9999999999999998e-55  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.447665 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2229  integrase family protein  39.74 
 
 		 313 aa  216  2.9999999999999998e-55  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.73098 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5938  phage integrase family protein  41.08 
 
 		 310 aa  211  1e-53  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0422  integrase family protein  41.95 
 
 		 316 aa  209  3e-53  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3265  phage integrase family protein  40.4 
 
 		 313 aa  208  1e-52  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7459  integrase family protein  36.42 
 
 		 318 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.202368  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4898  integrase family protein  34.94 
 
 		 316 aa  183  3e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.594238  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0776  integrase family protein  37.18 
 
 		 333 aa  181  2e-44  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000202923 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0769  integrase family protein  35.13 
 
 		 326 aa  173  2.9999999999999996e-42  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000875329 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2282  integrase family protein  36.12 
 
 		 304 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3697  integrase family protein  38.69 
 
 		 303 aa  168  1e-40  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4005  integrase family protein  38.69 
 
 		 303 aa  168  1e-40  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0712  phage integrase  36.19 
 
 		 311 aa  160  4e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2983  integrase family protein  36.06 
 
 		 330 aa  152  5.9999999999999996e-36  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1216  integrase family protein  36.06 
 
 		 330 aa  152  5.9999999999999996e-36  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4358  integrase family protein  36.06 
 
 		 330 aa  152  5.9999999999999996e-36  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.922527  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4386  integrase family protein  36.06 
 
 		 330 aa  152  5.9999999999999996e-36  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6462  phage integrase family protein  34.3 
 
 		 310 aa  152  7e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.893515 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0601  phage integrase family protein  35.87 
 
 		 332 aa  145  9e-34  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8115  site-specific tyrosine recombinase XerC  34.59 
 
 		 312 aa  142  6e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  hitchhiker  0.00832586  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0439  phage integrase  33.44 
 
 		 304 aa  136  4e-31  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8260  integrase/recombinase  34.2 
 
 		 325 aa  134  1.9999999999999998e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.164193  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7594  integrase family protein  40.89 
 
 		 309 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0508  site-specific recombinase, phage integrase family  33.01 
 
 		 313 aa  125  1e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.181544  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2398  site-specific recombinase, phage integrase family  33.01 
 
 		 313 aa  125  1e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0668  integrase family protein  33.01 
 
 		 313 aa  125  1e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0834  site-specific recombinase, phage integrase family  33.01 
 
 		 313 aa  125  1e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0327  integrase family protein  33.01 
 
 		 313 aa  125  1e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.0873412 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2030  integrase family protein  33.01 
 
 		 313 aa  125  1e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6954  integrase family protein  32.05 
 
 		 325 aa  122  6e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7621  integrase family protein  31.73 
 
 		 325 aa  120  3e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0244  integrase family protein  38.83 
 
 		 449 aa  119  7e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4019  phage integrase family protein  30.26 
 
 		 322 aa  115  1.0000000000000001e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0311  Integrase  31.2 
 
 		 321 aa  97.1  3e-19  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.018395  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0031  Integrase  31.2 
 
 		 321 aa  97.1  3e-19  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.293171  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1805  Integrase  31.2 
 
 		 321 aa  97.1  3e-19  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.871906  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1334  Integrase  31.2 
 
 		 321 aa  97.1  4e-19  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.93106  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1240  phage integrase  29.54 
 
 		 330 aa  94  3e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.173806 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2242  integrase family protein  26.37 
 
 		 324 aa  89.4  7e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.435795  hitchhiker  0.000783825 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0739  site-specific recombinase XerD-like protein  26.46 
 
 		 321 aa  85.1  0.000000000000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1435  integrase family protein  25.99 
 
 		 323 aa  80.1  0.00000000000004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1412  integrase family protein  27.94 
 
 		 323 aa  74.7  0.000000000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.157207  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3693  integrase family protein  25.47 
 
 		 321 aa  69.3  0.00000000008  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3090  tyrosine recombinase XerD  29.83 
 
 		 320 aa  68.9  0.00000000009  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0818  tyrosine recombinase XerC  26.07 
 
 		 296 aa  67.8  0.0000000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.368613  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1282  tyrosine recombinase XerD  29.44 
 
 		 295 aa  67.4  0.0000000003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.63418  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10430  site-specific recombinase XerD  27.59 
 
 		 313 aa  67  0.0000000004  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.00129547  unclonable  0.000000000966981 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0704  integrase family protein  30 
 
 		 305 aa  66.6  0.0000000005  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.000000143659  unclonable  0.0000000274126 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1839  integrase family protein  27.71 
 
 		 310 aa  64.7  0.000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3715  integrase family protein  26.97 
 
 		 298 aa  64.3  0.000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0367  site-specific tyrosine recombinase XerD  28.02 
 
 		 298 aa  65.1  0.000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1982  tyrosine recombinase XerC  26.61 
 
 		 298 aa  64.7  0.000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0026523  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0842  hypothetical protein  25.76 
 
 		 290 aa  63.9  0.000000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2440  tyrosine recombinase XerD  29.18 
 
 		 332 aa  63.5  0.000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.691328  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1585  site-specific recombinase XerD-like  27.78 
 
 		 332 aa  63.5  0.000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.264485  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2640  hypothetical protein  39.25 
 
 		 240 aa  63.2  0.000000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00286282  hitchhiker  0.00560989 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1668  tyrosine recombinase XerD subunit  24.32 
 
 		 295 aa  62.8  0.000000007  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.179488  normal  0.0195248 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1320  tyrosine recombinase XerD  30.17 
 
 		 302 aa  62.8  0.000000008  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7575  tyrosine recombinase XerD subunit  28.57 
 
 		 308 aa  62.8  0.000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.440547  normal  0.271837 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2257  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.59 
 
 		 299 aa  62  0.00000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.977256  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1225  integrase family protein  28.1 
 
 		 301 aa  61.6  0.00000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.103765  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1312  tyrosine recombinase XerC  24.41 
 
 		 298 aa  61.2  0.00000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.199373  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1337  tyrosine recombinase XerC  24.41 
 
 		 298 aa  61.2  0.00000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0149085  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0676  tyrosine recombinase XerD subunit  29 
 
 		 296 aa  61.6  0.00000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1457  integrase family protein  31.62 
 
 		 326 aa  61.2  0.00000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1099  tyrosine recombinase XerD  24.83 
 
 		 296 aa  61.2  0.00000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1687  tyrosine recombinase XerD subunit  30.68 
 
 		 314 aa  60.8  0.00000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11080  phage integrase family protein  22.13 
 
 		 310 aa  60.8  0.00000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0105178  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0863  phage integrase family protein  28.39 
 
 		 313 aa  60.5  0.00000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2169  tyrosine recombinase XerD  30.68 
 
 		 298 aa  60.8  0.00000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.167772  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1082  integrase family protein  22.22 
 
 		 290 aa  60.8  0.00000003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0222  integrase/recombinase XerC  28.7 
 
 		 299 aa  60.5  0.00000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0452  tyrosine recombinase XerC subunit  25.2 
 
 		 335 aa  60.1  0.00000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.577676  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1847  integrase family protein  29.03 
 
 		 314 aa  60.1  0.00000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.475025 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3108  integrase family protein  24.9 
 
 		 292 aa  59.7  0.00000007  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000000512092  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2038  tyrosine recombinase XerD  28.19 
 
 		 311 aa  59.3  0.00000008  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.487981  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0530  tyrosine recombinase XerD  27.34 
 
 		 320 aa  59.3  0.00000008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.931339  normal  0.0955198 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3407  integrase family protein  29.32 
 
 		 325 aa  59.3  0.00000008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.155435 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0435  integrase family protein  24.79 
 
 		 299 aa  59.3  0.00000009  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2512  tyrosine recombinase XerD  27.84 
 
 		 328 aa  58.9  0.0000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.234856 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1383  integrase family protein  28.57 
 
 		 307 aa  58.5  0.0000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1751  tyrosine recombinase XerD  28.21 
 
 		 294 aa  58.9  0.0000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2844  integrase family protein  24.12 
 
 		 329 aa  58.9  0.0000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2735  tyrosine recombinase XerD  27.95 
 
 		 328 aa  58.9  0.0000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.206607 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5117  tyrosine recombinase XerD  28.86 
 
 		 327 aa  58.9  0.0000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.843466 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2271  phage integrase family protein  26.32 
 
 		 321 aa  58.2  0.0000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1347  tyrosine recombinase XerD  26.04 
 
 		 306 aa  58.2  0.0000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.816733  normal  0.74121 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0762  phage integrase family protein  25 
 
 		 287 aa  58.5  0.0000002  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0626  site-specific tyrosine recombinase XerC  28.09 
 
 		 315 aa  57.8  0.0000003  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1028  tyrosine recombinase XerD subunit  28.81 
 
 		 313 aa  57.4  0.0000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00856798  unclonable  0.00000000634873 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1619  phage integrase family protein  29.18 
 
 		 286 aa  57.4  0.0000003  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0063  tyrosine recombinase XerC  29.82 
 
 		 304 aa  57.4  0.0000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0880  phage integrase family protein  27.37 
 
 		 291 aa  57.4  0.0000003  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.0027577 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0184  site-specific tyrosine recombinase XerC  27.31 
 
 		 303 aa  57.4  0.0000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.72736  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>