161 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmar_2808 on replicon NC_013502
Organism: Rhodothermus marinus DSM 4252



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013502  Rmar_2808  CRISPR-associated helicase Cas3, Anaes-subtype  100 
 
 		 933 aa  1880    Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.843003  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4850  CRISPR-associated helicase Cas3, Anaes-subtype  34.47 
 
 		 1096 aa  443  1e-123  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.829455  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4478  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  36.79 
 
 		 967 aa  446  1e-123  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2872  CRISPR-associated helicase Cas3, Anaes-subtype  29.29 
 
 		 1209 aa  253  2e-65  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.286079  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3147  CRISPR-associated helicase Cas3, Anaes-subtype  26.39 
 
 		 893 aa  193  1e-47  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0051  CRISPR-associated HD domain-containing protein  30.22 
 
 		 921 aa  154  8e-36  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2649  CRISPR-associated helicase Cas3  26.45 
 
 		 873 aa  130  1.0000000000000001e-28  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00423349  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3123  hypothetical protein  25.76 
 
 		 843 aa  128  5e-28  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.44073  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2442  hypothetical protein  27.41 
 
 		 828 aa  120  9.999999999999999e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1622  CRISPR-associated helicase Cas3  26.16 
 
 		 780 aa  115  3e-24  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0351  CRISPR-associated helicase Cas3  33.87 
 
 		 651 aa  78.2  0.0000000000007  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0262148  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1813  metal dependent phosphohydrolase  27.65 
 
 		 729 aa  77.4  0.000000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.496732  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1290  CRISPR-associated helicase Cas3  42.86 
 
 		 795 aa  75.9  0.000000000004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0759  CRISPR-associated helicase Cas3  31.62 
 
 		 948 aa  73.2  0.00000000002  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.0254151 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0940  CRISPR-associated helicase Cas3  22.03 
 
 		 800 aa  72.8  0.00000000003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0309  hypothetical protein  24.69 
 
 		 741 aa  72.4  0.00000000004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0192284  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1971  CRISPR-associated helicase Cas3  40.57 
 
 		 929 aa  71.2  0.00000000009  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.685894  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0539  CRISPR-associated helicase Cas3  25.37 
 
 		 783 aa  70.9  0.0000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0569  metal dependent phosphohydrolase  37.9 
 
 		 781 aa  70.5  0.0000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.495857 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_3020  CRISPR-associated helicase Cas3  39.52 
 
 		 899 aa  69.7  0.0000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00270264  normal  0.0711602 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4288  CRISPR-associated helicase Cas3  31.17 
 
 		 836 aa  68.9  0.0000000004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0901  CRISPR-associated helicase Cas3  31.86 
 
 		 737 aa  68.6  0.0000000005  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.656814  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02701  crispr-associated helicase Cas3 domain protein  30.3 
 
 		 722 aa  68.2  0.0000000007  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0428162  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2661  CRISPR-associated helicase Cas3  20.8 
 
 		 807 aa  67.8  0.0000000009  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1586  hypothetical protein  23.11 
 
 		 823 aa  67.4  0.000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.271584  normal  0.677902 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1186  CRISPR-associated helicase Cas3  25.19 
 
 		 799 aa  67.8  0.000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00457345 
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5079  CRISPR-associated helicase Cas3  31.01 
 
 		 804 aa  66.2  0.000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3651  CRISPR-associated helicase Cas3  22.22 
 
 		 801 aa  65.1  0.000000006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0233  CRISPR-associated helicase Cas3  21.24 
 
 		 765 aa  64.7  0.000000007  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.995838  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3301  CRISPR-associated helicase Cas3  36.8 
 
 		 779 aa  64.7  0.000000008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.733843 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1608  CRISPR-associated helicase Cas3  33.08 
 
 		 912 aa  64.7  0.000000009  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.152444  normal  0.436385 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2824  CRISPR-associated helicase Cas3  37.61 
 
 		 854 aa  64.3  0.000000009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1228  CRISPR-associated helicase Cas3  37.61 
 
 		 905 aa  63.2  0.00000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.000382234  normal  0.960844 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4095  CRISPR-associated helicase Cas3  37.61 
 
 		 887 aa  63.5  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0444  CRISPR-associated helicase Cas3  33.03 
 
 		 750 aa  63.2  0.00000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1868  CRISPR-associated helicase Cas3  34.15 
 
 		 783 aa  62  0.00000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2323  CRISPR-associated helicase Cas3  25.79 
 
 		 778 aa  62.4  0.00000004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0651  CRISPR-associated helicase Cas3  32.48 
 
 		 927 aa  62  0.00000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.522649  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3909  CRISPR-associated protein, Cse1 family  29.45 
 
 		 1540 aa  61.2  0.00000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0587749  normal  0.0865606 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0017  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  39.05 
 
 		 962 aa  60.8  0.0000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0768  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  34.65 
 
 		 820 aa  60.8  0.0000001  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3763  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  27.76 
 
 		 885 aa  60.8  0.0000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0421659 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2299  CRISPR-associated helicase Cas3  27.72 
 
 		 750 aa  60.1  0.0000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1186  CRISPR-associated helicase Cas3  33.09 
 
 		 776 aa  60.1  0.0000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1130  CRISPR-associated helicase Cas3  24.94 
 
 		 484 aa  59.7  0.0000003  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.566475  normal  0.71889 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0826  CRISPR-associated helicase Cas3  39.62 
 
 		 854 aa  59.7  0.0000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1002  metal dependent phosphohydrolase  23.95 
 
 		 731 aa  58.9  0.0000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0956  putative helicase  36.28 
 
 		 904 aa  58.5  0.0000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.38721  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3901  CRISPR-associated helicase Cas3  25.51 
 
 		 825 aa  58.9  0.0000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_17360  CRISPR-associated helicase Cas3  41.18 
 
 		 943 aa  58.9  0.0000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0475  CRISPR-associated helicase Cas3 domain-containing protein  27.2 
 
 		 717 aa  58.5  0.0000006  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1084  CRISPR-associated helicase Cas3  34.65 
 
 		 763 aa  58.5  0.0000006  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1384  hypothetical protein  29.75 
 
 		 883 aa  58.2  0.0000007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2629  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  32.58 
 
 		 971 aa  57.8  0.0000009  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.174712  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1354  CRISPR-associated helicase Cas3  38.05 
 
 		 566 aa  57.4  0.000001  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.245938  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0850  hypothetical protein  23.79 
 
 		 834 aa  57.8  0.000001  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0922  CRISPR-associated helicase Cas3  32.23 
 
 		 860 aa  57.4  0.000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.226971  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0396  CRISPR-associated helicase Cas3 domain-containing protein  22.34 
 
 		 792 aa  57.8  0.000001  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.514257  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1971  CRISPR-associated helicase Cas3  25.32 
 
 		 740 aa  57.4  0.000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1010  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  24.53 
 
 		 824 aa  57  0.000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17170  CRISPR-associated helicase Cas3, core  35.09 
 
 		 901 aa  56.6  0.000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.908442  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1125  CRISPR-associated helicase Cas3  22.59 
 
 		 880 aa  57  0.000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00422902  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0428  CRISPR-associated helicase Cas3  37.14 
 
 		 897 aa  57  0.000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00752021  normal  0.154756 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2228  CRISPR-associated helicase Cas3  27.11 
 
 		 876 aa  56.2  0.000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.229037  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1390  CRISPR-associated helicase Cas3  35.71 
 
 		 811 aa  55.8  0.000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1879  CRISPR-associated helicase Cas3  22.06 
 
 		 730 aa  55.5  0.000004  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0657  CRISPR-associated helicase Cas3  27.17 
 
 		 732 aa  55.5  0.000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.354251  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1729  CRISPR-associated helicase Cas3  32.09 
 
 		 917 aa  55.1  0.000006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1657  CRISPR-associated helicase Cas3  23.88 
 
 		 739 aa  55.1  0.000006  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0239  metal dependent phosphohydrolase  34.19 
 
 		 772 aa  54.7  0.000007  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0922  CRISPR-associated helicase Cas3 domain-containing protein  27.08 
 
 		 736 aa  54.7  0.000007  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.013511  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1895  CRISPR-associated helicase Cas3  38.1 
 
 		 944 aa  55.1  0.000007  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  unclonable  0.0000000246489  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1290  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  26.23 
 
 		 724 aa  54.7  0.000007  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0935  metal dependent phosphohydrolase  27.66 
 
 		 1027 aa  55.1  0.000007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1601  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  35.04 
 
 		 970 aa  54.7  0.000008  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0436721  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3519  metal dependent phosphohydrolase  30.09 
 
 		 829 aa  54.7  0.000008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.102828  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0951  hypothetical protein  31.36 
 
 		 888 aa  54.7  0.000008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.324 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2670  CRISPR-associated helicase Cas3 domain-containing protein  25.54 
 
 		 837 aa  54.3  0.000009  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1422  CRISPR-associated helicase Cas3 domain-containing protein  27.39 
 
 		 733 aa  54.7  0.000009  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0408027  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1979  metal dependent phosphohydrolase  34.29 
 
 		 732 aa  54.3  0.000009  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  decreased coverage  0.0000184282  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0927  CRISPR-associated helicase Cas3  26.67 
 
 		 888 aa  53.9  0.00001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.732097  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2518  helicases-like protein  28.07 
 
 		 781 aa  53.9  0.00001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1268  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  24.16 
 
 		 488 aa  54.3  0.00001  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.0968245 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31630  CRISPR-associated helicase Cas3  25.28 
 
 		 661 aa  53.9  0.00001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2279  CRISPR-associated helicase Cas3  30.97 
 
 		 548 aa  53.1  0.00002  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.169007  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5415  CRISPR-associated helicase Cas3  41.18 
 
 		 897 aa  53.5  0.00002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0593  CRISPR-associated helicase Cas3  30.83 
 
 		 921 aa  53.1  0.00003  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.834864  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1021  CRISPR-associated HD domain-containing protein  23.42 
 
 		 721 aa  53.1  0.00003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0671  CRISPR-associated helicase Cas3  23.39 
 
 		 729 aa  52.8  0.00003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1419  CRISPR-associated helicase Cas3  38.46 
 
 		 860 aa  52.8  0.00003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.144597 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1001  CRISPR-associated helicase Cas3  43.9 
 
 		 801 aa  52.4  0.00004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2679  CRISPR-associated helicase Cas3  29.58 
 
 		 965 aa  52  0.00005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000878559  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1134  CRISPR-associated helicase Cas3  32.23 
 
 		 566 aa  52  0.00005  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.0626867  hitchhiker  0.000000190446 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2480  CRISPR-associated helicase Cas3  33.67 
 
 		 906 aa  52.4  0.00005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0397  CRISPR-associated helicase Cas3  33.93 
 
 		 907 aa  51.6  0.00006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0215688  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2983  CRISPR-associated helicase Cas3  23.91 
 
 		 899 aa  52  0.00006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0621  CRISPR-associated helicase Cas3  28 
 
 		 784 aa  52  0.00006  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5312  hypothetical protein  30.85 
 
 		 625 aa  51.6  0.00006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.211703  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4335  CRISPR-associated helicase Cas3  40.68 
 
 		 904 aa  51.6  0.00007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0995159  decreased coverage  0.00193959 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2901  hypothetical protein  29.66 
 
 		 888 aa  51.6  0.00007  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>