128 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dred_1002 on replicon NC_009253
Organism: Desulfotomaculum reducens MI-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008346  Swol_0475  CRISPR-associated helicase Cas3 domain-containing protein  48.21 
 
 		 717 aa  665    Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1002  metal dependent phosphohydrolase  100 
 
 		 731 aa  1526    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1476  metal dependent phosphohydrolase  45.33 
 
 		 728 aa  605  9.999999999999999e-173  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0102234  n/a   
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_2978  metal dependent phosphohydrolase  45.11 
 
 		 745 aa  595  1e-168  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1971  CRISPR-associated helicase Cas3  44.41 
 
 		 740 aa  575  1.0000000000000001e-162  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1979  metal dependent phosphohydrolase  43.44 
 
 		 732 aa  560  1e-158  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  decreased coverage  0.0000184282  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3970  metal dependent phosphohydrolase  41.12 
 
 		 792 aa  536  1e-151  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0601  metal dependent phosphohydrolase  42.13 
 
 		 745 aa  526  1e-148  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.186068 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1064  metal dependent phosphohydrolase  42.95 
 
 		 722 aa  523  1e-147  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.121674 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1657  CRISPR-associated helicase Cas3  40.97 
 
 		 739 aa  521  1e-146  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0657  CRISPR-associated helicase Cas3  42.26 
 
 		 732 aa  513  1e-144  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.354251  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1941  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  41.27 
 
 		 744 aa  515  1e-144  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.557598  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0826  CRISPR-associated helicase Cas3  41.45 
 
 		 753 aa  511  1e-143  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.650204  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31630  CRISPR-associated helicase Cas3  43.85 
 
 		 661 aa  501  1e-140  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1436  CRISPR-associated helicase Cas3  42.2 
 
 		 667 aa  495  9.999999999999999e-139  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1295  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  41.12 
 
 		 692 aa  492  1e-137  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1626  metal dependent phosphohydrolase  38.99 
 
 		 782 aa  479  1e-134  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.869451  normal  0.728835 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0828  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  38.78 
 
 		 752 aa  469  1.0000000000000001e-131  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02701  crispr-associated helicase Cas3 domain protein  39.81 
 
 		 722 aa  469  1.0000000000000001e-131  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0428162  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1161  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  38.35 
 
 		 794 aa  468  9.999999999999999e-131  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0498  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  37.09 
 
 		 724 aa  414  1e-114  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1489  metal dependent phosphohydrolase  33.94 
 
 		 1078 aa  365  2e-99  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.0565561 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4335  CRISPR-associated helicase Cas3  34.24 
 
 		 904 aa  360  4e-98  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0995159  decreased coverage  0.00193959 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3901  CRISPR-associated helicase Cas3  33.37 
 
 		 825 aa  347  4e-94  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1010  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  31.57 
 
 		 824 aa  343  5.999999999999999e-93  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3385  CRISPR-associated protein Cas5  32.82 
 
 		 1084 aa  342  1e-92  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.335684  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0239  metal dependent phosphohydrolase  34.12 
 
 		 772 aa  342  2e-92  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3341  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  34 
 
 		 751 aa  333  5e-90  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.127091  normal  0.741402 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3519  metal dependent phosphohydrolase  31.42 
 
 		 829 aa  325  2e-87  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.102828  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3651  CRISPR-associated helicase Cas3  31.09 
 
 		 801 aa  321  3e-86  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3582  CRISPR-associated helicase Cas3  31.31 
 
 		 759 aa  313  7.999999999999999e-84  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0850  hypothetical protein  31.55 
 
 		 834 aa  300  8e-80  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0940  CRISPR-associated helicase Cas3  34.2 
 
 		 800 aa  198  2.0000000000000003e-49  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0768  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  27.41 
 
 		 820 aa  192  2e-47  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0233  CRISPR-associated helicase Cas3  27.82 
 
 		 765 aa  192  2e-47  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.995838  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2323  CRISPR-associated helicase Cas3  26.49 
 
 		 778 aa  189  1e-46  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3204  CRISPR-associated helicase Cas3  28.3 
 
 		 800 aa  186  1.0000000000000001e-45  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2518  helicases-like protein  29.54 
 
 		 781 aa  181  5.999999999999999e-44  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1186  CRISPR-associated helicase Cas3  28.59 
 
 		 776 aa  180  8e-44  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0621  CRISPR-associated helicase Cas3  33.06 
 
 		 784 aa  180  8e-44  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4288  CRISPR-associated helicase Cas3  28.41 
 
 		 836 aa  177  5e-43  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0267  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  25.45 
 
 		 821 aa  177  7e-43  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15220  CRISPR-associated helicase Cas3  27.84 
 
 		 822 aa  174  3.9999999999999995e-42  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.280278  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1879  CRISPR-associated helicase Cas3  27.67 
 
 		 730 aa  171  5e-41  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2186  CRISPR-associated HD domain protein  26.48 
 
 		 729 aa  170  1e-40  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1451  putative helicase  32.5 
 
 		 864 aa  169  2e-40  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0641  CRISPR-associated helicase Cas3  31.09 
 
 		 804 aa  167  4e-40  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.674824  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2836  putative helicase  32.52 
 
 		 856 aa  167  6.9999999999999995e-40  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.329885  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0308  CRISPR-associated helicase Cas3  30.9 
 
 		 777 aa  166  1.0000000000000001e-39  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0975  CRISPR-associated helicase Cas3  29 
 
 		 821 aa  165  3e-39  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2428  CRISPR-associated helicase Cas3  35.07 
 
 		 858 aa  159  1e-37  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0794  helicase-like protein  28.91 
 
 		 747 aa  158  4e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.850322  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0351  CRISPR-associated helicase Cas3  26.43 
 
 		 651 aa  157  6e-37  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0262148  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1422  CRISPR-associated helicase Cas3 domain-containing protein  30.48 
 
 		 733 aa  157  6e-37  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0408027  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1021  CRISPR-associated HD domain-containing protein  29.59 
 
 		 721 aa  154  7e-36  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1070  CRISPR-associated helicase Cas3  28.94 
 
 		 772 aa  153  8.999999999999999e-36  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.894632  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1290  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  26.96 
 
 		 724 aa  148  3e-34  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0539  CRISPR-associated helicase Cas3  26.85 
 
 		 783 aa  144  5e-33  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2661  CRISPR-associated helicase Cas3  30.4 
 
 		 807 aa  144  6e-33  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1125  CRISPR-associated helicase Cas3  28.25 
 
 		 880 aa  141  4.999999999999999e-32  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00422902  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3933  CRISPR-associated helicase Cas3  24.11 
 
 		 805 aa  134  3.9999999999999996e-30  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0396  CRISPR-associated helicase Cas3 domain-containing protein  27.85 
 
 		 792 aa  125  3e-27  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.514257  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1805  hypothetical protein  24.2 
 
 		 794 aa  114  8.000000000000001e-24  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3002  CRISPR-associated helicase Cas3  24.2 
 
 		 794 aa  112  3e-23  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.201013  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0663  CRISPR-associated helicase Cas3 domain-containing protein  23.17 
 
 		 738 aa  104  6e-21  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.98376  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1813  metal dependent phosphohydrolase  24.92 
 
 		 729 aa  86.7  0.000000000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.496732  n/a   
 
 
-
 
NC_012030  Hlac_3329  putative helicase  25 
 
 		 939 aa  87  0.000000000000001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0309  hypothetical protein  25.29 
 
 		 741 aa  86.3  0.000000000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0192284  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0901  CRISPR-associated helicase Cas3  25.38 
 
 		 737 aa  86.7  0.000000000000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.656814  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1868  CRISPR-associated helicase Cas3  21.87 
 
 		 783 aa  84.7  0.000000000000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0444  CRISPR-associated helicase Cas3  25.5 
 
 		 750 aa  85.1  0.000000000000005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6018  CRISPR-associated helicase Cas3  27.73 
 
 		 762 aa  82.8  0.00000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0478884  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0125  CRISPR-associated helicase Cas3  28.46 
 
 		 775 aa  80.9  0.00000000000008  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2005  CRISPR-associated helicase Cas3  25.86 
 
 		 726 aa  80.5  0.0000000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2299  CRISPR-associated helicase Cas3  27.22 
 
 		 750 aa  77.8  0.0000000000007  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3301  CRISPR-associated helicase Cas3  23.77 
 
 		 779 aa  77.8  0.0000000000007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.733843 
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5079  CRISPR-associated helicase Cas3  25 
 
 		 804 aa  75.1  0.000000000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0671  CRISPR-associated helicase Cas3  27.38 
 
 		 729 aa  74.3  0.000000000008  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0569  metal dependent phosphohydrolase  23.44 
 
 		 781 aa  73.6  0.00000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.495857 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1084  CRISPR-associated helicase Cas3  25.06 
 
 		 763 aa  71.6  0.00000000005  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3509  hypothetical protein  25.94 
 
 		 850 aa  70.5  0.0000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.30369 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2024  CRISPR-associated helicase Cas3  24.65 
 
 		 741 aa  68.9  0.0000000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0922  CRISPR-associated helicase Cas3 domain-containing protein  23.56 
 
 		 736 aa  64.3  0.000000007  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.013511  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0917  CRISPR-associated helicase Cas3  24.87 
 
 		 744 aa  63.2  0.00000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000123408 
 
 
-
 
NC_013502  Rmar_2808  CRISPR-associated helicase Cas3, Anaes-subtype  23.95 
 
 		 933 aa  59.3  0.0000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.843003  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_3020  CRISPR-associated helicase Cas3  25.68 
 
 		 899 aa  58.9  0.0000004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00270264  normal  0.0711602 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2725  hypothetical protein  39.66 
 
 		 157 aa  58.5  0.0000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1228  CRISPR-associated helicase Cas3  25.78 
 
 		 905 aa  57.4  0.0000009  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.000382234  normal  0.960844 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1290  CRISPR-associated helicase Cas3  22.58 
 
 		 795 aa  57.4  0.000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0935  metal dependent phosphohydrolase  23.01 
 
 		 1027 aa  56.2  0.000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2279  CRISPR-associated helicase Cas3  22.98 
 
 		 548 aa  55.8  0.000003  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.169007  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1437  hypothetical protein  46.3 
 
 		 83 aa  55.8  0.000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1971  CRISPR-associated helicase Cas3  22.13 
 
 		 929 aa  54.7  0.000006  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.685894  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1228  CRISPR-associated helicase Cas3  24.28 
 
 		 764 aa  54.7  0.000007  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0759  CRISPR-associated helicase Cas3  22.07 
 
 		 948 aa  53.9  0.00001  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.0254151 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2901  hypothetical protein  21.18 
 
 		 888 aa  52.8  0.00002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1001  CRISPR-associated helicase Cas3  21.78 
 
 		 801 aa  52.8  0.00003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3123  hypothetical protein  22.8 
 
 		 843 aa  51.2  0.00006  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.44073  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1729  CRISPR-associated helicase Cas3  24.32 
 
 		 917 aa  50.1  0.0001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011737  PCC7424_5524  CRISPR-associated helicase Cas3  22.61 
 
 		 827 aa  49.7  0.0002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.262681 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>