113 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_1657 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011060  Ppha_1657  CRISPR-associated helicase Cas3  100 
 
 
739 aa  1541    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1971  CRISPR-associated helicase Cas3  43.4 
 
 
740 aa  563  1.0000000000000001e-159  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_2978  metal dependent phosphohydrolase  43.46 
 
 
745 aa  552  1e-156  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0475  CRISPR-associated helicase Cas3 domain-containing protein  43.63 
 
 
717 aa  540  9.999999999999999e-153  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1002  metal dependent phosphohydrolase  40.97 
 
 
731 aa  521  1e-146  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0601  metal dependent phosphohydrolase  40.13 
 
 
745 aa  512  1e-143  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.186068 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3970  metal dependent phosphohydrolase  40.66 
 
 
792 aa  511  1e-143  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0826  CRISPR-associated helicase Cas3  42.47 
 
 
753 aa  509  1e-143  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.650204  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1476  metal dependent phosphohydrolase  39.3 
 
 
728 aa  496  1e-139  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0102234  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0657  CRISPR-associated helicase Cas3  41.67 
 
 
732 aa  491  1e-137  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.354251  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1064  metal dependent phosphohydrolase  41.4 
 
 
722 aa  491  1e-137  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.121674 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31630  CRISPR-associated helicase Cas3  43.59 
 
 
661 aa  484  1e-135  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1979  metal dependent phosphohydrolase  39.97 
 
 
732 aa  483  1e-135  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  decreased coverage  0.0000184282  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1436  CRISPR-associated helicase Cas3  40.45 
 
 
667 aa  449  1e-125  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1626  metal dependent phosphohydrolase  38.14 
 
 
782 aa  449  1e-125  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.869451  normal  0.728835 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02701  crispr-associated helicase Cas3 domain protein  38.48 
 
 
722 aa  442  1e-123  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0428162  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0828  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  38.79 
 
 
752 aa  441  9.999999999999999e-123  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1295  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  38.27 
 
 
692 aa  434  1e-120  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1941  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  38.76 
 
 
744 aa  429  1e-119  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.557598  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1161  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  37.22 
 
 
794 aa  426  1e-118  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0498  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  37.65 
 
 
724 aa  412  1e-113  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3901  CRISPR-associated helicase Cas3  33.21 
 
 
825 aa  361  2e-98  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4335  CRISPR-associated helicase Cas3  32.1 
 
 
904 aa  316  9.999999999999999e-85  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0995159  decreased coverage  0.00193959 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1489  metal dependent phosphohydrolase  32.72 
 
 
1078 aa  312  2e-83  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.0565561 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1010  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  30.81 
 
 
824 aa  308  2.0000000000000002e-82  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3519  metal dependent phosphohydrolase  34.91 
 
 
829 aa  308  3e-82  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.102828  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3341  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  31.72 
 
 
751 aa  307  5.0000000000000004e-82  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.127091  normal  0.741402 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3582  CRISPR-associated helicase Cas3  29.83 
 
 
759 aa  298  3e-79  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3651  CRISPR-associated helicase Cas3  31.44 
 
 
801 aa  296  1e-78  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0850  hypothetical protein  31.29 
 
 
834 aa  295  2e-78  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3385  CRISPR-associated protein Cas5  32.02 
 
 
1084 aa  288  2e-76  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.335684  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0239  metal dependent phosphohydrolase  31.85 
 
 
772 aa  279  1e-73  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0233  CRISPR-associated helicase Cas3  26.78 
 
 
765 aa  192  1e-47  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.995838  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15220  CRISPR-associated helicase Cas3  29.12 
 
 
822 aa  187  4e-46  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.280278  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2428  CRISPR-associated helicase Cas3  29.26 
 
 
858 aa  187  7e-46  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0641  CRISPR-associated helicase Cas3  31.22 
 
 
804 aa  181  2.9999999999999997e-44  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.674824  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0940  CRISPR-associated helicase Cas3  32.02 
 
 
800 aa  182  2.9999999999999997e-44  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1186  CRISPR-associated helicase Cas3  29.26 
 
 
776 aa  179  2e-43  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0621  CRISPR-associated helicase Cas3  35.24 
 
 
784 aa  178  3e-43  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2186  CRISPR-associated HD domain protein  27.47 
 
 
729 aa  176  1.9999999999999998e-42  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2518  helicases-like protein  29.59 
 
 
781 aa  174  3.9999999999999995e-42  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0267  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  26.86 
 
 
821 aa  174  6.999999999999999e-42  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2323  CRISPR-associated helicase Cas3  27.89 
 
 
778 aa  174  6.999999999999999e-42  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0308  CRISPR-associated helicase Cas3  26.79 
 
 
777 aa  172  2e-41  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0975  CRISPR-associated helicase Cas3  26.39 
 
 
821 aa  172  2e-41  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1021  CRISPR-associated HD domain-containing protein  27.43 
 
 
721 aa  171  5e-41  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2661  CRISPR-associated helicase Cas3  29.31 
 
 
807 aa  169  2e-40  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4288  CRISPR-associated helicase Cas3  27.84 
 
 
836 aa  169  2e-40  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1879  CRISPR-associated helicase Cas3  27.13 
 
 
730 aa  165  2.0000000000000002e-39  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3204  CRISPR-associated helicase Cas3  27.35 
 
 
800 aa  164  8.000000000000001e-39  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1070  CRISPR-associated helicase Cas3  25.61 
 
 
772 aa  163  1e-38  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.894632  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0768  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  25.99 
 
 
820 aa  150  8e-35  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0539  CRISPR-associated helicase Cas3  25.8 
 
 
783 aa  146  1e-33  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0794  helicase-like protein  28.01 
 
 
747 aa  144  5e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.850322  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2836  putative helicase  28.79 
 
 
856 aa  143  9.999999999999999e-33  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.329885  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1451  putative helicase  26.77 
 
 
864 aa  141  4.999999999999999e-32  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1290  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  27.37 
 
 
724 aa  139  3.0000000000000003e-31  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0351  CRISPR-associated helicase Cas3  26.65 
 
 
651 aa  138  4e-31  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0262148  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1422  CRISPR-associated helicase Cas3 domain-containing protein  27.26 
 
 
733 aa  134  3.9999999999999996e-30  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0408027  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3933  CRISPR-associated helicase Cas3  26.33 
 
 
805 aa  134  5e-30  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1125  CRISPR-associated helicase Cas3  26.54 
 
 
880 aa  115  2.0000000000000002e-24  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00422902  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1805  hypothetical protein  22.83 
 
 
794 aa  110  9.000000000000001e-23  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0396  CRISPR-associated helicase Cas3 domain-containing protein  28.04 
 
 
792 aa  101  4e-20  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.514257  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3002  CRISPR-associated helicase Cas3  22.12 
 
 
794 aa  99.4  2e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.201013  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2005  CRISPR-associated helicase Cas3  25.99 
 
 
726 aa  93.6  1e-17  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0901  CRISPR-associated helicase Cas3  22.96 
 
 
737 aa  91.3  7e-17  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.656814  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1813  metal dependent phosphohydrolase  24.08 
 
 
729 aa  84.7  0.000000000000006  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.496732  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0663  CRISPR-associated helicase Cas3 domain-containing protein  22.28 
 
 
738 aa  81.3  0.00000000000006  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.98376  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1868  CRISPR-associated helicase Cas3  23.41 
 
 
783 aa  79.3  0.0000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3301  CRISPR-associated helicase Cas3  23.33 
 
 
779 aa  77.8  0.0000000000006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.733843 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0444  CRISPR-associated helicase Cas3  24.31 
 
 
750 aa  77  0.000000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3509  hypothetical protein  26.18 
 
 
850 aa  75.1  0.000000000004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.30369 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2024  CRISPR-associated helicase Cas3  24.62 
 
 
741 aa  74.7  0.000000000006  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5079  CRISPR-associated helicase Cas3  24.92 
 
 
804 aa  74.3  0.000000000008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2299  CRISPR-associated helicase Cas3  25.07 
 
 
750 aa  73.2  0.00000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1290  CRISPR-associated helicase Cas3  21.47 
 
 
795 aa  72.8  0.00000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0125  CRISPR-associated helicase Cas3  26.47 
 
 
775 aa  72.8  0.00000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0309  hypothetical protein  26.28 
 
 
741 aa  72.4  0.00000000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0192284  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6018  CRISPR-associated helicase Cas3  26.06 
 
 
762 aa  72.4  0.00000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0478884  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0569  metal dependent phosphohydrolase  21.51 
 
 
781 aa  71.2  0.00000000006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.495857 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1001  CRISPR-associated helicase Cas3  23.29 
 
 
801 aa  70.1  0.0000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012030  Hlac_3329  putative helicase  28.65 
 
 
939 aa  69.7  0.0000000002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1084  CRISPR-associated helicase Cas3  23.2 
 
 
763 aa  66.6  0.000000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0922  CRISPR-associated helicase Cas3 domain-containing protein  24.27 
 
 
736 aa  65.5  0.000000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.013511  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0917  CRISPR-associated helicase Cas3  22.11 
 
 
744 aa  63.9  0.00000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000123408 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1437  hypothetical protein  50.77 
 
 
83 aa  61.2  0.00000007  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1228  CRISPR-associated helicase Cas3  25.61 
 
 
905 aa  60.1  0.0000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.000382234  normal  0.960844 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1141  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  24.16 
 
 
492 aa  60.8  0.0000001  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.607397  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0671  CRISPR-associated helicase Cas3  24.32 
 
 
729 aa  60.1  0.0000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2442  hypothetical protein  23.28 
 
 
828 aa  60.5  0.0000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1622  CRISPR-associated helicase Cas3  24.36 
 
 
780 aa  56.6  0.000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013502  Rmar_2808  CRISPR-associated helicase Cas3, Anaes-subtype  23.88 
 
 
933 aa  55.1  0.000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.843003  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_3020  CRISPR-associated helicase Cas3  24.72 
 
 
899 aa  54.7  0.000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00270264  normal  0.0711602 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1186  CRISPR-associated helicase Cas3  25 
 
 
799 aa  55.1  0.000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00457345 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1354  CRISPR-associated helicase Cas3  24.61 
 
 
566 aa  52.8  0.00002  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.245938  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0759  CRISPR-associated helicase Cas3  23.37 
 
 
948 aa  53.1  0.00002  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.0254151 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1390  CRISPR-associated helicase Cas3  22.07 
 
 
811 aa  53.1  0.00002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1656  hypothetical protein  47.06 
 
 
84 aa  53.5  0.00002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3123  hypothetical protein  24.81 
 
 
843 aa  52.4  0.00003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.44073  normal 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1171  CRISPR-associated HD domain-containing protein  25.16 
 
 
316 aa  52.4  0.00003  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal  0.159368 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>