118 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_3901 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_3901  CRISPR-associated helicase Cas3  100 
 
 		 825 aa  1715    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3519  metal dependent phosphohydrolase  48.31 
 
 		 829 aa  761    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.102828  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4335  CRISPR-associated helicase Cas3  48.09 
 
 		 904 aa  741    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0995159  decreased coverage  0.00193959 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1010  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  39.08 
 
 		 824 aa  575  1.0000000000000001e-162  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3651  CRISPR-associated helicase Cas3  39.71 
 
 		 801 aa  560  1e-158  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0850  hypothetical protein  36.65 
 
 		 834 aa  524  1e-147  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0601  metal dependent phosphohydrolase  35.69 
 
 		 745 aa  380  1e-104  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.186068 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0657  CRISPR-associated helicase Cas3  35.32 
 
 		 732 aa  374  1e-102  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.354251  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1971  CRISPR-associated helicase Cas3  34.77 
 
 		 740 aa  366  1e-100  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3970  metal dependent phosphohydrolase  34.63 
 
 		 792 aa  363  1e-98  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1657  CRISPR-associated helicase Cas3  33.21 
 
 		 739 aa  361  2e-98  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1064  metal dependent phosphohydrolase  33.17 
 
 		 722 aa  359  9.999999999999999e-98  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.121674 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1476  metal dependent phosphohydrolase  32.58 
 
 		 728 aa  359  9.999999999999999e-98  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0102234  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1002  metal dependent phosphohydrolase  33.37 
 
 		 731 aa  347  4e-94  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0826  CRISPR-associated helicase Cas3  34.4 
 
 		 753 aa  347  5e-94  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.650204  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0475  CRISPR-associated helicase Cas3 domain-containing protein  32.97 
 
 		 717 aa  337  7.999999999999999e-91  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1626  metal dependent phosphohydrolase  33.46 
 
 		 782 aa  336  1e-90  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.869451  normal  0.728835 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1436  CRISPR-associated helicase Cas3  32.46 
 
 		 667 aa  332  2e-89  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_2978  metal dependent phosphohydrolase  34.47 
 
 		 745 aa  325  2e-87  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1161  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  37.33 
 
 		 794 aa  322  1.9999999999999998e-86  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02701  crispr-associated helicase Cas3 domain protein  32.87 
 
 		 722 aa  320  9e-86  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0428162  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1941  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  33.17 
 
 		 744 aa  317  4e-85  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.557598  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0498  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  32.01 
 
 		 724 aa  316  9.999999999999999e-85  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31630  CRISPR-associated helicase Cas3  34.39 
 
 		 661 aa  313  6.999999999999999e-84  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1979  metal dependent phosphohydrolase  32.29 
 
 		 732 aa  312  1e-83  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  decreased coverage  0.0000184282  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0828  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  36 
 
 		 752 aa  309  1.0000000000000001e-82  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3582  CRISPR-associated helicase Cas3  36.75 
 
 		 759 aa  304  5.000000000000001e-81  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3341  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  32.04 
 
 		 751 aa  302  2e-80  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.127091  normal  0.741402 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1295  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  32.27 
 
 		 692 aa  298  2e-79  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0239  metal dependent phosphohydrolase  31.53 
 
 		 772 aa  266  1e-69  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3385  CRISPR-associated protein Cas5  31.44 
 
 		 1084 aa  266  1e-69  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.335684  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1489  metal dependent phosphohydrolase  32.41 
 
 		 1078 aa  263  8.999999999999999e-69  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.0565561 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2323  CRISPR-associated helicase Cas3  26.78 
 
 		 778 aa  197  7e-49  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1186  CRISPR-associated helicase Cas3  29.58 
 
 		 776 aa  196  2e-48  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3204  CRISPR-associated helicase Cas3  26.1 
 
 		 800 aa  195  3e-48  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0940  CRISPR-associated helicase Cas3  25.78 
 
 		 800 aa  189  2e-46  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15220  CRISPR-associated helicase Cas3  27.06 
 
 		 822 aa  188  3e-46  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.280278  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0641  CRISPR-associated helicase Cas3  30.12 
 
 		 804 aa  187  1.0000000000000001e-45  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.674824  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0621  CRISPR-associated helicase Cas3  31.51 
 
 		 784 aa  186  1.0000000000000001e-45  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2661  CRISPR-associated helicase Cas3  28.14 
 
 		 807 aa  187  1.0000000000000001e-45  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0308  CRISPR-associated helicase Cas3  28.09 
 
 		 777 aa  186  2.0000000000000003e-45  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0975  CRISPR-associated helicase Cas3  28.37 
 
 		 821 aa  185  3e-45  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2836  putative helicase  28.74 
 
 		 856 aa  182  2e-44  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.329885  normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1070  CRISPR-associated helicase Cas3  25.86 
 
 		 772 aa  181  2.9999999999999997e-44  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.894632  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0233  CRISPR-associated helicase Cas3  26.07 
 
 		 765 aa  180  8e-44  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.995838  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1021  CRISPR-associated HD domain-containing protein  31.58 
 
 		 721 aa  173  9e-42  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2428  CRISPR-associated helicase Cas3  31.82 
 
 		 858 aa  171  5e-41  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0768  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  25.98 
 
 		 820 aa  170  8e-41  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1290  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  30.56 
 
 		 724 aa  167  9e-40  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1879  CRISPR-associated helicase Cas3  26.42 
 
 		 730 aa  166  1.0000000000000001e-39  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0267  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  27.88 
 
 		 821 aa  164  5.0000000000000005e-39  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1451  putative helicase  28.29 
 
 		 864 aa  164  9e-39  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4288  CRISPR-associated helicase Cas3  24.45 
 
 		 836 aa  160  6e-38  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2518  helicases-like protein  27.11 
 
 		 781 aa  160  7e-38  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1422  CRISPR-associated helicase Cas3 domain-containing protein  26.8 
 
 		 733 aa  160  1e-37  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0408027  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0351  CRISPR-associated helicase Cas3  24.86 
 
 		 651 aa  151  4e-35  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0262148  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0539  CRISPR-associated helicase Cas3  25.97 
 
 		 783 aa  147  5e-34  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2186  CRISPR-associated HD domain protein  27.07 
 
 		 729 aa  139  1e-31  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3933  CRISPR-associated helicase Cas3  29.26 
 
 		 805 aa  134  6.999999999999999e-30  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0794  helicase-like protein  28.05 
 
 		 747 aa  127  6e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.850322  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1125  CRISPR-associated helicase Cas3  25.66 
 
 		 880 aa  107  8e-22  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00422902  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0663  CRISPR-associated helicase Cas3 domain-containing protein  22.37 
 
 		 738 aa  102  4e-20  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.98376  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1805  hypothetical protein  26.49 
 
 		 794 aa  95.1  5e-18  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0396  CRISPR-associated helicase Cas3 domain-containing protein  23.03 
 
 		 792 aa  92.4  3e-17  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.514257  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0444  CRISPR-associated helicase Cas3  24.93 
 
 		 750 aa  85.5  0.000000000000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0309  hypothetical protein  23.09 
 
 		 741 aa  84.7  0.000000000000006  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0192284  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3002  CRISPR-associated helicase Cas3  25.32 
 
 		 794 aa  84.3  0.000000000000008  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.201013  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2299  CRISPR-associated helicase Cas3  25.19 
 
 		 750 aa  75.9  0.000000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3509  hypothetical protein  25.42 
 
 		 850 aa  73.2  0.00000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.30369 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1868  CRISPR-associated helicase Cas3  23.24 
 
 		 783 aa  72  0.00000000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012030  Hlac_3329  putative helicase  29.12 
 
 		 939 aa  69.7  0.0000000002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6018  CRISPR-associated helicase Cas3  25.73 
 
 		 762 aa  69.3  0.0000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0478884  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2005  CRISPR-associated helicase Cas3  23.82 
 
 		 726 aa  69.3  0.0000000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3301  CRISPR-associated helicase Cas3  22.93 
 
 		 779 aa  67.8  0.0000000007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.733843 
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5079  CRISPR-associated helicase Cas3  24.29 
 
 		 804 aa  66.2  0.000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2024  CRISPR-associated helicase Cas3  22.74 
 
 		 741 aa  65.5  0.000000004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1813  metal dependent phosphohydrolase  23.58 
 
 		 729 aa  65.1  0.000000006  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.496732  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0569  metal dependent phosphohydrolase  22.77 
 
 		 781 aa  63.9  0.00000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.495857 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0901  CRISPR-associated helicase Cas3  21.05 
 
 		 737 aa  63.2  0.00000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.656814  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2649  CRISPR-associated helicase Cas3  22.44 
 
 		 873 aa  61.6  0.00000005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00423349  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1390  CRISPR-associated helicase Cas3  22.86 
 
 		 811 aa  61.6  0.00000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_3020  CRISPR-associated helicase Cas3  26.11 
 
 		 899 aa  60.5  0.0000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00270264  normal  0.0711602 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1141  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  25.2 
 
 		 492 aa  59.7  0.0000002  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.607397  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1171  CRISPR-associated HD domain-containing protein  22.89 
 
 		 316 aa  60.1  0.0000002  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  0.159368 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0671  CRISPR-associated helicase Cas3  26.35 
 
 		 729 aa  59.7  0.0000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1525  CRISPR-associated helicase Cas3  23.41 
 
 		 582 aa  59.3  0.0000003  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013502  Rmar_2808  CRISPR-associated helicase Cas3, Anaes-subtype  25.51 
 
 		 933 aa  58.5  0.0000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.843003  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17170  CRISPR-associated helicase Cas3, core  29.82 
 
 		 901 aa  58.5  0.0000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.908442  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1290  CRISPR-associated helicase Cas3  23.81 
 
 		 795 aa  57.8  0.0000008  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3123  hypothetical protein  31.67 
 
 		 843 aa  57  0.000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.44073  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0922  CRISPR-associated helicase Cas3 domain-containing protein  21.77 
 
 		 736 aa  57.4  0.000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.013511  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2824  CRISPR-associated helicase Cas3  24.22 
 
 		 854 aa  57  0.000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0935  metal dependent phosphohydrolase  22.42 
 
 		 1027 aa  56.6  0.000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1622  CRISPR-associated helicase Cas3  26.62 
 
 		 780 aa  55.8  0.000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1186  CRISPR-associated helicase Cas3  23.12 
 
 		 799 aa  55.1  0.000006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00457345 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1087  DEAD/H associated domain protein  23.19 
 
 		 875 aa  53.9  0.00001  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.414576  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2725  hypothetical protein  29.13 
 
 		 157 aa  54.3  0.00001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1268  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  27.56 
 
 		 488 aa  53.5  0.00002  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.0968245 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1228  CRISPR-associated helicase Cas3  25.99 
 
 		 905 aa  52.4  0.00003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.000382234  normal  0.960844 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2442  hypothetical protein  24.44 
 
 		 828 aa  52.8  0.00003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>