231 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3272 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_3272  rhomboid-like protein  100 
 
 		 375 aa  727    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00126234 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2152  rhomboid-like protein  92.09 
 
 		 279 aa  405  1.0000000000000001e-112  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0896724  normal  0.106216 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3129  rhomboid-like protein  85.59 
 
 		 276 aa  405  1.0000000000000001e-112  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0489424  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3898  Rhomboid family protein  82.97 
 
 		 256 aa  373  1e-102  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1648  rhomboid-like protein  80.87 
 
 		 262 aa  346  3e-94  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5215  hypothetical protein  70.08 
 
 		 264 aa  328  9e-89  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.593577  normal  0.0537832 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1320  rhomboid-like protein  77.68 
 
 		 264 aa  315  9.999999999999999e-85  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2361  rhomboid family protein  50 
 
 		 266 aa  201  1.9999999999999998e-50  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2053  Rhomboid family protein  41.5 
 
 		 263 aa  167  4e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1853  Rhomboid family protein  38.72 
 
 		 263 aa  157  2e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0140086 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2202  hypothetical protein  37.83 
 
 		 263 aa  153  5.9999999999999996e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5125  Rhomboid family protein  36.69 
 
 		 273 aa  146  6e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.881605  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0940  rhomboid family protein  39.22 
 
 		 265 aa  138  2e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2260  rhomboid family protein  32.98 
 
 		 274 aa  135  8e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.145597 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2535  Rhomboid family protein  32.53 
 
 		 274 aa  135  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.87171 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2217  Rhomboid family protein  32.75 
 
 		 274 aa  133  5e-30  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0928322 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3232  rhomboid family protein  35.23 
 
 		 273 aa  132  7.999999999999999e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0778349  normal  0.366363 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0559  S54 family peptidase  33.06 
 
 		 240 aa  131  2.0000000000000002e-29  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000000568046  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1218  rhomboid family protein  35.32 
 
 		 253 aa  131  2.0000000000000002e-29  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1256  rhomboid family protein  34.92 
 
 		 253 aa  129  7.000000000000001e-29  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.391814  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4634  rhomboid family protein  33.45 
 
 		 273 aa  129  8.000000000000001e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.248838  normal  0.0634854 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2653  rhomboid family protein  36.84 
 
 		 266 aa  128  2.0000000000000002e-28  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.541803  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1045  rhomboid family protein  36.11 
 
 		 243 aa  121  1.9999999999999998e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.899807  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0720  Rhomboid family protein  41.76 
 
 		 256 aa  117  3e-25  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1937  rhomboid family protein  34.91 
 
 		 226 aa  117  3.9999999999999997e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1723  rhomboid-like protein  36.32 
 
 		 243 aa  98.6  2e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.351673  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0953  Rhomboid family protein  36.45 
 
 		 218 aa  85.1  0.000000000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.00030487  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1970  rhomboid family protein  30.45 
 
 		 246 aa  82.8  0.00000000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1050  Rhomboid family protein  33.33 
 
 		 220 aa  77.8  0.0000000000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1165  rhomboid family protein  31.28 
 
 		 228 aa  77.4  0.0000000000004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  decreased coverage  0.00020927  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3096  rhomboid family protein  30.53 
 
 		 231 aa  77  0.0000000000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.654608 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0999  Rhomboid family protein  31.09 
 
 		 247 aa  76.3  0.0000000000009  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.46711  normal  0.0183621 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2942  rhomboid family protein  31.34 
 
 		 231 aa  75.1  0.000000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00611341 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0326  Rhomboid family protein  30.04 
 
 		 218 aa  75.1  0.000000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1300  Rhomboid family protein  31.9 
 
 		 239 aa  73.6  0.000000000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1446  rhomboid family protein  27.6 
 
 		 248 aa  73.2  0.000000000007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.154997  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2298  Rhomboid family protein  32.92 
 
 		 230 aa  72.4  0.00000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2531  rhomboid family protein  34.78 
 
 		 263 aa  72  0.00000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.751924 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2900  rhomboid family protein  32.4 
 
 		 215 aa  70.5  0.00000000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.28632  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0916  rhomboid-like protein  29.24 
 
 		 223 aa  70.1  0.00000000006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1727  rhomboid family protein  28.71 
 
 		 324 aa  69.7  0.00000000007  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0331  rhomboid family protein  30.3 
 
 		 227 aa  69.3  0.00000000009  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1885  rhomboid family protein  31.55 
 
 		 246 aa  68.2  0.0000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0593974  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1299  serine protease  35.08 
 
 		 234 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.342347  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4172  Rhomboid family protein  26.75 
 
 		 236 aa  67.8  0.0000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7801  hypothetical protein  26.67 
 
 		 245 aa  67.8  0.0000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.990932  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3565  rhomboid-like protein  32.5 
 
 		 252 aa  67.4  0.0000000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1657  rhomboid family protein  27.9 
 
 		 222 aa  67  0.0000000005  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.000000000107341  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4331  rhomboid family protein  28.83 
 
 		 232 aa  66.2  0.0000000009  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0787  Rhomboid family protein  40.52 
 
 		 291 aa  66.2  0.0000000009  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.565548  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2616  rhomboid family protein  32.93 
 
 		 253 aa  65.9  0.000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2713  Rhomboid family protein  24.77 
 
 		 227 aa  65.1  0.000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1812  Rhomboid family protein  28.22 
 
 		 237 aa  64.7  0.000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00264176  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3526  Rhomboid family protein  33.54 
 
 		 232 aa  65.5  0.000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1579  rhomboid family protein  29.28 
 
 		 252 aa  65.1  0.000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.279558  hitchhiker  0.00570549 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1572  S54 family peptidase  35.93 
 
 		 260 aa  65.1  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.013038  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1730  rhomboid family protein  29.19 
 
 		 222 aa  64.7  0.000000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0105821  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1084  rhomboid family protein  29.71 
 
 		 225 aa  63.9  0.000000004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0579357  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2277  Rhomboid family protein  29.09 
 
 		 283 aa  63.9  0.000000004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1485  S54 family peptidase  35.33 
 
 		 260 aa  63.9  0.000000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0631033  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2536  Rhomboid family protein  25.6 
 
 		 273 aa  63.2  0.000000008  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.237379  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0913  Rhomboid family protein  29.45 
 
 		 247 aa  63.2  0.000000008  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0106896 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3032  rhomboid-like protein  33.33 
 
 		 237 aa  62.8  0.000000009  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.646386  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0228  Rhomboid family protein  26.26 
 
 		 237 aa  62.4  0.00000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.844894  normal  0.611688 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0073  peptidase  35.33 
 
 		 229 aa  62.4  0.00000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.104712  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1335  Rhomboid family protein  26.34 
 
 		 224 aa  62.4  0.00000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.931204  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2160  rhomboid family protein  33.33 
 
 		 243 aa  62  0.00000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.251589  normal  0.196437 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4278  Rhomboid family protein  29.88 
 
 		 234 aa  62.8  0.00000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2108  rhomboid-like protein  28.66 
 
 		 239 aa  62  0.00000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.813228  normal  0.21449 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3067  Rhomboid family protein  29.03 
 
 		 248 aa  61.6  0.00000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00769632  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1039  serine protease  48.19 
 
 		 202 aa  61.2  0.00000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.224714  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0021  S54 family peptidase  48.19 
 
 		 202 aa  61.2  0.00000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0391  S54 family peptidase  48.19 
 
 		 202 aa  61.2  0.00000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1192  S54 family peptidase  48.19 
 
 		 202 aa  61.2  0.00000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.970208  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2049  uncharacterized membrane protein  30.86 
 
 		 222 aa  59.7  0.00000007  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0892  Rhomboid family protein  32.31 
 
 		 211 aa  59.7  0.00000007  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.736144  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3560  Rhomboid family protein  31.48 
 
 		 265 aa  60.1  0.00000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.27249 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3255  rhomboid-like protein  28.88 
 
 		 284 aa  59.7  0.00000009  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.709043  normal  0.549561 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1225  regulatory proteins, IclR  28.15 
 
 		 249 aa  59.7  0.00000009  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0542278  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2516  Rhomboid family protein  27.33 
 
 		 276 aa  58.9  0.0000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.258607  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5920  rhomboid family protein  42.35 
 
 		 197 aa  59.3  0.0000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.144977  normal  0.337945 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2835  hypothetical protein  28.93 
 
 		 227 aa  58.2  0.0000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.00353062  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2907  Rhomboid family protein  27.06 
 
 		 273 aa  58.9  0.0000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1502  rhomboid family protein  27.57 
 
 		 237 aa  57.8  0.0000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.175521  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3232  protein tyrosine phosphatase  31.65 
 
 		 225 aa  57.8  0.0000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1066  rhomboid-like protein  30.15 
 
 		 225 aa  57.4  0.0000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.206905  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3853  Rhomboid family protein  30.63 
 
 		 261 aa  57.4  0.0000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.629137 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2337  rhomboid family protein  30 
 
 		 238 aa  57.4  0.0000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.218198  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0736  hypothetical protein  27.88 
 
 		 362 aa  57.4  0.0000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0043  hypothetical protein  25.45 
 
 		 264 aa  57  0.0000005  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0498442  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4665  rhomboid-like protein  30.41 
 
 		 285 aa  57.4  0.0000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.545556 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2735  rhomboid family protein  24.7 
 
 		 278 aa  56.2  0.0000008  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.77359  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0479  Rhomboid family protein  39.33 
 
 		 254 aa  55.8  0.000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000451425 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1200  rhomboid family protein  27.27 
 
 		 258 aa  56.2  0.000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.302256  normal  0.536903 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1658  rhomboid family protein  29.17 
 
 		 444 aa  55.8  0.000001  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.598011  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0941  Rhomboid family protein  30.3 
 
 		 360 aa  55.1  0.000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0276  Rhomboid family protein  37.5 
 
 		 220 aa  55.1  0.000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.285023  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0165  Rhomboid family protein  26.79 
 
 		 292 aa  55.1  0.000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.335904 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0950  rhomboid family protein  30.3 
 
 		 360 aa  55.1  0.000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0686  rhomboid family protein  26.4 
 
 		 231 aa  55.1  0.000002  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    hitchhiker  0.0078809 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>