57 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_1828 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007925  RPC_1828  putative glycohydrolase  100 
 
 
269 aa  543  1e-153  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0427119  normal  0.338649 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3456  putative glycohydrolase  70.3 
 
 
266 aa  364  1e-100  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.562067  normal  0.342093 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2124  chitinase-like protein  68.08 
 
 
253 aa  348  5e-95  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.166993  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1995  putative glycohydrolase  68.46 
 
 
245 aa  338  4e-92  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.853738 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1429  putative glycohydrolase  74.38 
 
 
220 aa  325  5e-88  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0276  glycoside hydrolase family 19  42.69 
 
 
208 aa  128  8.000000000000001e-29  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0358  glycoside hydrolase family 19  41.67 
 
 
207 aa  117  1.9999999999999998e-25  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2255  glycoside hydrolase family 19  34.34 
 
 
197 aa  107  2e-22  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.617607  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2430  lytic enzyme  35.23 
 
 
209 aa  104  1e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3679  lytic enzyme  38.86 
 
 
203 aa  104  1e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0686  lytic enzyme  36.52 
 
 
204 aa  102  6e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000553014 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1679  glycoside hydrolase family 19  32.53 
 
 
197 aa  100  2e-20  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1414  glycoside hydrolase family 19  32.43 
 
 
204 aa  100  2e-20  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1295  glycoside hydrolase family 19  32.53 
 
 
197 aa  100  2e-20  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.398122  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1096  lytic enzyme  34.62 
 
 
204 aa  99.4  6e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.0104377 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4457  lytic enzyme  33.67 
 
 
204 aa  99  8e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.867562  hitchhiker  0.0000000252296 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5850  chitinase  42.28 
 
 
211 aa  97.4  2e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08160  putative lytic enzyme  34.93 
 
 
209 aa  97.1  3e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000097217  hitchhiker  0.000261863 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2272  lytic enzyme  36.93 
 
 
204 aa  94.4  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.880896  normal  0.0970884 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4051  hypothetical protein  48.33 
 
 
290 aa  92.8  5e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0773  hypothetical protein  36.57 
 
 
209 aa  92.8  5e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.64739  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0199  putative endolysin  34.27 
 
 
212 aa  92.8  6e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3658  glycoside hydrolase family protein  31.77 
 
 
220 aa  92.4  6e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2437  chitinase-like protein  33.02 
 
 
335 aa  88.2  1e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.333601 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01355  phage-related lytic enzyme  36.08 
 
 
213 aa  88.6  1e-16  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.225253  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2093  lysozyme, putative  35.36 
 
 
177 aa  87.4  2e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.372072  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4037  lysozyme, putative  35.36 
 
 
177 aa  87.4  2e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2990  chitinase-like protein  49.49 
 
 
286 aa  86.7  3e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0509931  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6478  hypothetical protein  50.51 
 
 
311 aa  86.3  5e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2767  glycoside hydrolase family protein  35.08 
 
 
177 aa  85.5  8e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.32693  normal  0.0234553 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3389  lysozyme, putative  32.57 
 
 
181 aa  79.3  0.00000000000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.101115  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3933  lysozyme, putative  31.71 
 
 
177 aa  79  0.00000000000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.481436  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2746  glycoside hydrolase family protein  32.54 
 
 
196 aa  77.4  0.0000000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2238  glycoside hydrolase family 19  34.2 
 
 
181 aa  77  0.0000000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3652  chitinase-like protein  28.06 
 
 
875 aa  73.6  0.000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4583  glycoside hydrolase family protein  30.21 
 
 
181 aa  73.2  0.000000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0192783  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2608  glycoside hydrolase family protein  27.43 
 
 
789 aa  67  0.0000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.657392  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3066  pyocin R2_PP, lytic enzyme  31.49 
 
 
183 aa  65.1  0.000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.291573 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000427  hypothetical protein  26.63 
 
 
743 aa  64.7  0.000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.111385  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1219  glycoside hydrolase family protein  30.89 
 
 
189 aa  63.2  0.000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.324918  hitchhiker  0.000139257 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1172  Pyocin R2_PP, lytic enzyme  29.05 
 
 
187 aa  60.5  0.00000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.350599 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1863  glycoside hydrolase family protein  31.87 
 
 
190 aa  60.5  0.00000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00000377059  hitchhiker  0.0000000000000241474 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5204  EF hand domain protein  28.75 
 
 
674 aa  57.8  0.0000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0015  hypothetical protein  27.19 
 
 
776 aa  56.6  0.0000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3780  peptidoglycan binding domain-containing protein  29.75 
 
 
264 aa  53.5  0.000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.173597  hitchhiker  0.000222577 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3452  putative lysozyme  32.22 
 
 
183 aa  53.1  0.000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.172669  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3606  peptidoglycan binding domain-containing protein  29.8 
 
 
264 aa  51.6  0.00001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2261  peptidase M23B  50 
 
 
787 aa  49.3  0.00006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0130083  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1434  lytic enzyme  34.94 
 
 
95 aa  48.5  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.197668  normal  0.284456 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5898  chitinase-like protein  40.91 
 
 
1297 aa  47.4  0.0002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2021  lytic enzyme  33.73 
 
 
95 aa  47  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.697599 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4033  glycoside hydrolase family protein  26.26 
 
 
182 aa  47  0.0004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.148282  unclonable  0.0000000000000260373 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0261  hypothetical protein  31.4 
 
 
239 aa  46.6  0.0005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3040  hypothetical protein  27.78 
 
 
187 aa  45.8  0.0007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00105479  unclonable  0.0000015212 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1484  chitinase-like protein  29.21 
 
 
323 aa  45.1  0.001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02039  EF hand domain protein  24.12 
 
 
964 aa  45.4  0.001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.115818  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7027  hypothetical protein  30.18 
 
 
264 aa  42  0.01  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>