More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_3620 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009485  BBta_2884  putative branched-chain amino acid ABC transporter (substrate-binding protein)  87.44 
 
 
414 aa  718    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.144097 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3620  twin-arginine translocation pathway signal  100 
 
 
416 aa  851    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.963637  normal  0.598514 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1665  extracellular ligand-binding receptor  88.19 
 
 
414 aa  733    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.910877  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1847  twin-arginine translocation pathway signal  95.67 
 
 
416 aa  822    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.477463  normal  0.553437 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1948  Extracellular ligand-binding receptor  93.51 
 
 
415 aa  801    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.61677  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2126  extracellular ligand-binding receptor  68.04 
 
 
416 aa  602  1.0000000000000001e-171  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.105916  normal  0.201717 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1098  Extracellular ligand-binding receptor  67.31 
 
 
416 aa  592  1e-168  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0210365  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1502  extracellular ligand-binding receptor  68.27 
 
 
418 aa  566  1e-160  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.23648  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3400  extracellular ligand-binding receptor  33.1 
 
 
436 aa  242  7.999999999999999e-63  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.41623  normal  0.0330149 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0004  extracellular ligand-binding receptor  34.09 
 
 
417 aa  211  2e-53  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000538672 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1620  extracellular ligand-binding receptor  33.58 
 
 
408 aa  194  2e-48  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.294267  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1706  extracellular ligand-binding receptor  31.04 
 
 
434 aa  187  3e-46  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0138275 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1562  extracellular ligand-binding receptor  33.73 
 
 
406 aa  186  8e-46  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.775767  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2279  extracellular ligand-binding receptor  30.2 
 
 
448 aa  183  4.0000000000000006e-45  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.208973 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2827  extracellular ligand-binding receptor  29.16 
 
 
458 aa  174  1.9999999999999998e-42  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.11004  normal  0.674457 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1561  extracellular ligand-binding receptor  31.69 
 
 
402 aa  172  1e-41  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0641  extracellular ligand-binding receptor  28.08 
 
 
418 aa  168  1e-40  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.0197785 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0400  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  29.29 
 
 
387 aa  164  3e-39  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0363  extracellular ligand-binding receptor  29.97 
 
 
413 aa  155  9e-37  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0895  extracellular ligand-binding receptor  28.16 
 
 
421 aa  154  2e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5995  putative leucine-, isoleucine-, valine-, threonine-, and alanine-binding protein precursor  28.67 
 
 
407 aa  151  2e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.524183  normal  0.0200525 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0392  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  29.59 
 
 
403 aa  151  3e-35  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.224611  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0861  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  29.61 
 
 
401 aa  147  4.0000000000000006e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00284433  normal  0.49325 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3748  Extracellular ligand-binding receptor  29.68 
 
 
401 aa  145  1e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.253584  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1927  extracellular ligand-binding receptor  31.08 
 
 
406 aa  144  3e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.195593  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0792  Extracellular ligand-binding receptor  27.88 
 
 
400 aa  142  9.999999999999999e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1580  Extracellular ligand-binding receptor  27.78 
 
 
394 aa  140  6e-32  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1455  extracellular ligand-binding receptor  29.67 
 
 
402 aa  138  2e-31  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.179211  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2005  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  28.75 
 
 
385 aa  137  3.0000000000000003e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.635473  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2424  ABC branched chain amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  28.57 
 
 
383 aa  130  4.0000000000000003e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.806831  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1439  Extracellular ligand-binding receptor  27.69 
 
 
383 aa  128  2.0000000000000002e-28  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.249756  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1534  Extracellular ligand-binding receptor  27.69 
 
 
383 aa  128  2.0000000000000002e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.688038  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1904  extracellular ligand-binding receptor  27.98 
 
 
400 aa  124  4e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.4347 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0314  extracellular ligand-binding receptor  26.15 
 
 
397 aa  119  9.999999999999999e-26  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.568066  normal  0.496718 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5642  extracellular ligand-binding receptor  27.54 
 
 
411 aa  117  3.9999999999999997e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.324496  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1972  extracellular ligand-binding receptor  24.52 
 
 
403 aa  115  2.0000000000000002e-24  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0853  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  27.34 
 
 
381 aa  114  4.0000000000000004e-24  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.18061  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2140  extracellular ligand-binding receptor  27.55 
 
 
407 aa  114  5e-24  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.285517 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3401  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  28.88 
 
 
396 aa  108  2e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.232513  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3994  extracellular ligand-binding receptor  27.27 
 
 
339 aa  106  9e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.0000070067  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0219  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  27.42 
 
 
376 aa  104  3e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00187981  normal 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0549  extracellular ligand-binding receptor  25.86 
 
 
453 aa  103  4e-21  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.183642  hitchhiker  0.0000167924 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1830  Extracellular ligand-binding receptor  26.73 
 
 
381 aa  102  1e-20  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  unclonable  0.000000559355  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0393  Extracellular ligand-binding receptor  26.48 
 
 
381 aa  102  2e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4327  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.99 
 
 
402 aa  101  3e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0141  extracellular ligand-binding receptor  26.35 
 
 
406 aa  100  4e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.202322  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1092  Extracellular ligand-binding receptor  25.91 
 
 
434 aa  100  5e-20  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.629609  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0192  extracellular ligand-binding receptor  27.64 
 
 
380 aa  100  5e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1524  extracellular ligand-binding receptor  25.62 
 
 
459 aa  100  5e-20  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.0533175  normal  0.466259 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2285  extracellular ligand-binding receptor  26.97 
 
 
417 aa  100  6e-20  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1095  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  24.38 
 
 
406 aa  99.8  7e-20  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1193  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  24.38 
 
 
406 aa  99.8  8e-20  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.31768  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0205  extracellular ligand-binding receptor  27.64 
 
 
380 aa  99.4  1e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0906  extracellular ligand-binding receptor  23.62 
 
 
439 aa  99  2e-19  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0848  extracellular ligand-binding receptor  25.74 
 
 
470 aa  98.6  2e-19  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.762199 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4867  extracellular ligand-binding receptor  27.2 
 
 
378 aa  98.2  3e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0924005  hitchhiker  0.00865323 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4923  extracellular ligand-binding receptor  27.2 
 
 
378 aa  98.2  3e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000164326 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1598  Extracellular ligand-binding receptor  25 
 
 
414 aa  97.8  3e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5995  extracellular ligand-binding receptor  30.25 
 
 
373 aa  97.8  3e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.814001  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4745  extracellular ligand-binding receptor  27.2 
 
 
378 aa  98.2  3e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000119526 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2901  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  27.37 
 
 
376 aa  97.4  4e-19  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.971399  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2829  extracellular ligand-binding receptor  27.1 
 
 
391 aa  97.4  4e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.617546  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0278  extracellular ligand-binding receptor  27.1 
 
 
391 aa  97.4  4e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.730585  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2962  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  27.37 
 
 
380 aa  97.1  5e-19  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.49524  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1639  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  27.37 
 
 
380 aa  97.1  5e-19  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.516456  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1661  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  29.23 
 
 
373 aa  97.1  5e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00010868  normal  0.0729717 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3407  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  27.37 
 
 
380 aa  97.1  5e-19  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.251793  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4261  ABC branched chain amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  26.33 
 
 
404 aa  97.1  5e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0260  extracellular ligand-binding receptor  27.1 
 
 
380 aa  97.1  5e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.962079 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4659  extracellular ligand-binding receptor  26.94 
 
 
378 aa  97.1  6e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00580673 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4416  extracellular ligand-binding receptor  26.79 
 
 
402 aa  97.1  6e-19  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.859568  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3912  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  27.37 
 
 
380 aa  96.7  7e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0051  outative extracellular ligand binding protein  27.37 
 
 
380 aa  96.7  7e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0186  extracellular ligand-binding receptor  27.37 
 
 
380 aa  96.7  7e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000207737 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0112  extracellular ligand-binding receptor  26.74 
 
 
381 aa  96.7  7e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3831  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  27.37 
 
 
380 aa  96.7  7e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3017  extracellular ligand-binding receptor  26.92 
 
 
382 aa  96.7  8e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4359  extracellular ligand-binding receptor  28.14 
 
 
373 aa  95.5  1e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.466638  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4008  extracellular ligand-binding receptor  28.14 
 
 
373 aa  95.5  1e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.746913  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0014  branched-chain amino acid ABC transporter, perisplasmic amino acid-binding protein, putative  27.33 
 
 
368 aa  95.1  2e-18  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0635  Extracellular ligand-binding receptor  29.76 
 
 
378 aa  95.1  2e-18  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.0000043194  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4395  Extracellular ligand-binding receptor  26.75 
 
 
404 aa  94.4  3e-18  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.817669  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0012  putative branched-chain amino acid ABC transporter, perisplasmic amino acid-binding protein  27.62 
 
 
368 aa  94.4  4e-18  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.318461  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0117  extracellular ligand-binding receptor  25.45 
 
 
414 aa  93.6  5e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5337  Extracellular ligand-binding receptor  26.05 
 
 
383 aa  93.6  6e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.958288  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4416  Extracellular ligand-binding receptor  26.49 
 
 
404 aa  93.6  6e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1730  extracellular ligand-binding receptor  28.21 
 
 
393 aa  93.2  7e-18  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.145058  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1136  twin-arginine translocation pathway signal  23.81 
 
 
414 aa  93.2  7e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.206863 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0270  extracellular ligand-binding receptor  25.86 
 
 
460 aa  93.2  8e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.186259  normal  0.56965 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0404  extracellular ligand-binding receptor  27.89 
 
 
409 aa  92.8  9e-18  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0168747  normal  0.259327 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5833  extracellular ligand-binding receptor  28.29 
 
 
382 aa  92.8  9e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00373072 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3339  extracellular ligand-binding receptor  26.09 
 
 
383 aa  92.4  1e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0137407  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0042  extracellular ligand-binding receptor  27.7 
 
 
368 aa  92.4  1e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.538449  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3158  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  26.56 
 
 
380 aa  92.8  1e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2166  extracellular ligand-binding receptor  25.33 
 
 
376 aa  92.4  1e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.179903  normal  0.0643115 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1741  Extracellular ligand-binding receptor  26.34 
 
 
375 aa  92.4  1e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.734186  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0645  extracellular ligand-binding receptor  28.98 
 
 
386 aa  91.7  2e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4549  Extracellular ligand-binding receptor  23.96 
 
 
393 aa  91.3  3e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4261  extracellular ligand-binding receptor  27.76 
 
 
373 aa  91.3  3e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3381  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.56 
 
 
380 aa  90.5  5e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>