More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnuc_1165 on replicon NC_009379
Organism: Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009379  Pnuc_1165  diguanylate cyclase  100 
 
 
517 aa  1051    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0232  response regulator receiver:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase A, N-terminal  39.59 
 
 
738 aa  229  8e-59  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5691  diguanylate cyclase  29.39 
 
 
512 aa  190  4e-47  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2785  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  48.89 
 
 
648 aa  181  2e-44  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2637  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  53.33 
 
 
678 aa  179  1e-43  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.5465  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1306  diguanylate cyclase  35.64 
 
 
532 aa  178  2e-43  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1864  putative diguanylate cyclase  45.75 
 
 
882 aa  177  5e-43  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.327534  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3241  diguanylate cyclase  51.81 
 
 
572 aa  176  6e-43  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0207551  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0336  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  49.42 
 
 
319 aa  175  9.999999999999999e-43  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.208046  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3975  GGDEF  45.69 
 
 
523 aa  169  9e-41  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.456822  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1509  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.18 
 
 
571 aa  169  1e-40  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.44121  normal  0.0349148 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0717  hypothetical protein  42.33 
 
 
1245 aa  169  1e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07500  hypothetical protein  41.86 
 
 
1245 aa  168  2e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.411522  normal  0.391796 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2281  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  48.33 
 
 
450 aa  167  2.9999999999999998e-40  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3743  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.57 
 
 
722 aa  167  2.9999999999999998e-40  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.265049 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1329  diguanylate cyclase  46.81 
 
 
565 aa  168  2.9999999999999998e-40  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2487  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  42.41 
 
 
735 aa  167  4e-40  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2682  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  41.55 
 
 
790 aa  167  5.9999999999999996e-40  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0410  diguanylate cyclase  30.04 
 
 
516 aa  167  5.9999999999999996e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0675  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.47 
 
 
925 aa  166  8e-40  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2634  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  51.48 
 
 
768 aa  166  8e-40  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3275  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  47.4 
 
 
1094 aa  166  8e-40  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.393091 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4948  sensory box protein  44.57 
 
 
921 aa  166  1.0000000000000001e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0718  diguanylate cyclase  47.77 
 
 
169 aa  166  1.0000000000000001e-39  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1931  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.36 
 
 
1289 aa  166  1.0000000000000001e-39  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0959119  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3139  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.8 
 
 
764 aa  166  1.0000000000000001e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.423173 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4816  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  45.45 
 
 
1247 aa  166  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.201907  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0386  sensory box protein  37.55 
 
 
1247 aa  165  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.298787  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2120  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.9 
 
 
791 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00275819  normal  0.0440432 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0420  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  37.55 
 
 
1247 aa  165  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.285216  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3140  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  45.79 
 
 
754 aa  165  2.0000000000000002e-39  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0417  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.81 
 
 
1247 aa  165  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4321  diguanylate cyclase  28.84 
 
 
534 aa  164  4.0000000000000004e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5471  sensory box/GGDEF family protein  43.26 
 
 
814 aa  164  4.0000000000000004e-39  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00599956  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2972  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  47.65 
 
 
761 aa  164  4.0000000000000004e-39  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.542463  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4029  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  39.27 
 
 
1244 aa  164  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3626  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  51.48 
 
 
840 aa  164  5.0000000000000005e-39  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1160  diguanylate cyclase/cyclic diguanylate phosphodiesterase  28.69 
 
 
772 aa  163  6e-39  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1151  diguanylate cyclase/cyclic diguanylate phosphodiesterase  28.69 
 
 
772 aa  163  6e-39  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2221  EAL/GGDEF domain-containing protein  28.69 
 
 
786 aa  163  6e-39  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0706  EAL/GGDEF domain-containing protein  28.69 
 
 
786 aa  163  6e-39  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1311  hypothetical protein  28.69 
 
 
786 aa  163  6e-39  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.432908  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1077  sensory box/GGDEF family protein  43.5 
 
 
808 aa  163  6e-39  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2540  EAL/GGDEF domain-containing protein  28.69 
 
 
786 aa  163  6e-39  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.477872  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2074  EAL/GGDEF domain-containing protein  28.69 
 
 
786 aa  163  6e-39  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.257022  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3492  diguanylate cyclase  46.45 
 
 
474 aa  163  7e-39  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0113  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  45.14 
 
 
721 aa  163  8.000000000000001e-39  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.881722  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5481  sensory box/GGDEF family protein  43.26 
 
 
735 aa  163  8.000000000000001e-39  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0242915  hitchhiker  1.94028e-17 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5693  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.28 
 
 
730 aa  163  9e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3727  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.64 
 
 
748 aa  162  1e-38  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0925  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.65 
 
 
778 aa  162  1e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.326102 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0689  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  42.27 
 
 
723 aa  162  1e-38  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.452404 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5479  sensory box/GGDEF family protein  42.7 
 
 
892 aa  162  1e-38  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3448  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  41.58 
 
 
696 aa  162  1e-38  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2656  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  41.58 
 
 
696 aa  162  1e-38  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0948  EAL/GGDEF domain-containing protein  28.06 
 
 
786 aa  162  1e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.239012  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0247  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  44.39 
 
 
890 aa  161  2e-38  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2511  sensory box/GGDEF family protein  41.1 
 
 
873 aa  162  2e-38  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.064044  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02019  Putative signal protein with GGDEF domain  29.68 
 
 
494 aa  161  2e-38  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3800  diguanylate cyclase  28.08 
 
 
553 aa  162  2e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.223141 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5150  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  46.59 
 
 
1248 aa  162  2e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0094  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  45.14 
 
 
721 aa  162  2e-38  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000375041 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0202  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  46.03 
 
 
1054 aa  162  2e-38  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1835  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  53.75 
 
 
654 aa  162  2e-38  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0773497  normal  0.315507 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4026  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  46.45 
 
 
1508 aa  161  3e-38  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1311  hypothetical protein  47.93 
 
 
792 aa  161  3e-38  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1308  hypothetical protein  47.93 
 
 
792 aa  161  3e-38  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3950  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  46.93 
 
 
1508 aa  161  3e-38  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1593  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  45.93 
 
 
706 aa  161  3e-38  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4145  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  46.45 
 
 
1508 aa  161  3e-38  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4052  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  46.93 
 
 
1508 aa  161  3e-38  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2725  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  44.08 
 
 
717 aa  161  3e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.172089 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3610  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.09 
 
 
583 aa  160  4e-38  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0558  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  45.51 
 
 
683 aa  160  4e-38  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3370  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  43.58 
 
 
860 aa  160  4e-38  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.742202  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1116  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.91 
 
 
494 aa  160  5e-38  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.464201 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2937  signal transduction protein  46.41 
 
 
1141 aa  160  5e-38  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000239358  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0424  PAS:GGDEF  44.69 
 
 
715 aa  160  6e-38  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000000207007  hitchhiker  0.00445241 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1346  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  45.4 
 
 
947 aa  160  7e-38  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3606  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.17 
 
 
757 aa  160  7e-38  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3991  diguanylate cyclase  29.28 
 
 
505 aa  159  8e-38  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.613369 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3298  sensory box protein  46.86 
 
 
1494 aa  159  8e-38  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.217559 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4104  diguanylate cyclase  29.28 
 
 
505 aa  159  8e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.340706 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3258  sensory box protein  37.6 
 
 
1206 aa  159  9e-38  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0802  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  45.05 
 
 
1070 aa  159  9e-38  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1557  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  47.67 
 
 
292 aa  159  1e-37  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.24573  hitchhiker  0.000000000880766 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3327  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  47.49 
 
 
693 aa  159  1e-37  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.166514  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0645  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  42.19 
 
 
1082 aa  159  1e-37  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4649  diguanylate cyclase  30.31 
 
 
510 aa  159  1e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3714  diguanylate cyclase  30.31 
 
 
510 aa  159  1e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.28391  normal  0.0412955 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0782  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  43.09 
 
 
736 aa  159  1e-37  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0987  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  44.51 
 
 
739 aa  159  1e-37  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000757549  decreased coverage  0.00276789 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2629  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  45.25 
 
 
821 aa  159  1e-37  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000585262  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0617  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  46.95 
 
 
830 aa  159  1e-37  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2354  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.05 
 
 
790 aa  159  1e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2534  sensory box/response regulator  48.12 
 
 
452 aa  158  2e-37  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0510  hypothetical protein  45.65 
 
 
701 aa  158  2e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0522945 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5146  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  42.13 
 
 
892 aa  158  2e-37  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0536  sensory box/GGDEF domain/EAL domain protein  41.88 
 
 
829 aa  158  2e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2375  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.05 
 
 
790 aa  159  2e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>