More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_2599 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009719  Plav_2599  DNA repair protein RadC  100 
 
 		 230 aa  469  1.0000000000000001e-131  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.129734  normal  0.187954 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6762  DNA repair protein RadC  65.61 
 
 		 247 aa  302  2.0000000000000002e-81  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  hitchhiker  0.00351119  normal  0.181603 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0335  DNA repair protein RadC  62.45 
 
 		 236 aa  302  3.0000000000000004e-81  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.75672 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7509  DNA repair protein RadC  65.04 
 
 		 242 aa  302  3.0000000000000004e-81  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0430  DNA repair protein RadC  62.45 
 
 		 254 aa  299  2e-80  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0575  DNA repair protein RadC  61.26 
 
 		 242 aa  295  3e-79  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1909  DNA repair protein RadC  62.16 
 
 		 249 aa  295  5e-79  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2163  DNA repair protein RadC  60.79 
 
 		 246 aa  288  5.0000000000000004e-77  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1283  DNA repair protein RadC  60.81 
 
 		 249 aa  288  5.0000000000000004e-77  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0949779  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2898  DNA repair protein RadC  61.06 
 
 		 241 aa  288  6e-77  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.80937  normal  0.341172 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2270  DNA repair protein RadC  59.03 
 
 		 278 aa  287  9e-77  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0732  DNA repair protein RadC  59.28 
 
 		 243 aa  286  2e-76  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2304  DNA repair protein RadC  61.43 
 
 		 263 aa  286  2e-76  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.138327  normal  0.0504467 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1171  DNA repair protein RadC  62.33 
 
 		 254 aa  285  5e-76  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1246  DNA repair protein RadC  60.27 
 
 		 246 aa  284  9e-76  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.114408  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2207  DNA repair protein RadC  59.56 
 
 		 248 aa  283  1.0000000000000001e-75  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.652517  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2077  DNA repair protein RadC  61.71 
 
 		 238 aa  283  1.0000000000000001e-75  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2483  DNA repair protein RadC  59.56 
 
 		 248 aa  283  2.0000000000000002e-75  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.582097  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0152  DNA repair protein RadC  62.45 
 
 		 239 aa  280  1e-74  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1454  DNA repair protein RadC  60.09 
 
 		 251 aa  280  2e-74  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.327679  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0585  DNA repair protein RadC  60.81 
 
 		 248 aa  278  4e-74  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.489804  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1709  DNA repair protein RadC  59.73 
 
 		 275 aa  277  8e-74  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.537978 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0008  DNA repair protein RadC  58.53 
 
 		 258 aa  276  1e-73  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0728991  normal  0.408285 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0389  DNA repair protein RadC  62.28 
 
 		 239 aa  276  2e-73  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.741641  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1459  DNA repair protein RadC  57.92 
 
 		 260 aa  276  3e-73  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.734795  hitchhiker  0.00198862 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1511  DNA repair protein RadC  58.04 
 
 		 275 aa  275  6e-73  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0700  DNA repair protein RadC  61.84 
 
 		 250 aa  274  1.0000000000000001e-72  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3569  DNA repair protein RadC  61.29 
 
 		 254 aa  273  1.0000000000000001e-72  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0286  DNA repair protein RadC  58.93 
 
 		 257 aa  273  2.0000000000000002e-72  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.697565 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2764  DNA repair protein RadC  63.23 
 
 		 261 aa  271  9e-72  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.803662  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1043  DNA repair protein RadC  56.25 
 
 		 226 aa  259  2e-68  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.193077 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2833  DNA repair protein RadC  64.06 
 
 		 223 aa  251  5.000000000000001e-66  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0830  RadC family DNA repair protein  52.49 
 
 		 265 aa  249  3e-65  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0533914  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0720  DNA repair protein RadC  54.13 
 
 		 273 aa  248  6e-65  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.309189  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1493  DNA repair protein RadC  49.79 
 
 		 255 aa  236  3e-61  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3052  DNA repair protein RadC  61.71 
 
 		 209 aa  226  2e-58  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.184717  normal  0.163227 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2621  DNA repair protein RadC  49.54 
 
 		 246 aa  221  8e-57  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7387  DNA repair protein RadC  60 
 
 		 203 aa  219  1.9999999999999999e-56  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.21794  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4476  DNA repair protein RadC  50.49 
 
 		 230 aa  218  5e-56  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.352364  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1070  DNA repair protein RadC  45.7 
 
 		 272 aa  216  2e-55  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0324215  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1311  DNA repair protein RadC  42.01 
 
 		 245 aa  197  9e-50  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0363  DNA repair protein RadC  41.28 
 
 		 230 aa  192  3e-48  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5346  DNA repair protein RadC  50.5 
 
 		 253 aa  191  1e-47  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.67199 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3794  DNA repair protein RadC  54.02 
 
 		 196 aa  189  2e-47  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0842954  unclonable  0.000000153517 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0649  DNA repair protein RadC  41.7 
 
 		 230 aa  189  2.9999999999999997e-47  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0301917  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5205  DNA repair protein RadC  47.06 
 
 		 223 aa  188  5.999999999999999e-47  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD0357  DNA repair protein RadC  38.99 
 
 		 224 aa  186  3e-46  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3721  DNA repair protein RadC  62.88 
 
 		 138 aa  186  3e-46  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0768638  normal  0.946215 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1428  DNA repair protein RadC  42.27 
 
 		 228 aa  181  1e-44  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00255062  normal  0.0926898 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0054  DNA repair protein RadC  40.91 
 
 		 226 aa  180  2e-44  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  unclonable  0.00000000185738  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3086  DNA repair protein RadC  43.44 
 
 		 225 aa  179  4e-44  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.599972 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1362  DNA repair protein RadC  38.99 
 
 		 228 aa  178  5.999999999999999e-44  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2442  DNA repair protein RadC  40.99 
 
 		 225 aa  174  8e-43  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0229  DNA repair protein RadC  39.55 
 
 		 236 aa  167  1e-40  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.0416143  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1625  DNA repair protein RadC  41.43 
 
 		 229 aa  162  4.0000000000000004e-39  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0208  DNA repair protein RadC  46.78 
 
 		 221 aa  159  2e-38  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0478736 
 
 
-
 
NC_002936  DET1462  RadC family DNA repair protein  39.29 
 
 		 271 aa  159  3e-38  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.457457  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1240  DNA repair protein  38.81 
 
 		 275 aa  157  1e-37  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.770366  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1864  DNA repair protein RadC  41.89 
 
 		 225 aa  155  5.0000000000000005e-37  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1263  DNA repair protein RadC  37.61 
 
 		 272 aa  152  2.9999999999999998e-36  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.94843  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1542  DNA repair protein RadC  48.77 
 
 		 162 aa  152  5e-36  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0350169 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0675  DNA repair protein RadC  39.45 
 
 		 253 aa  151  7e-36  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.461756  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3283  DNA repair protein RadC  43.32 
 
 		 225 aa  149  4e-35  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0757  DNA repair protein RadC  35.45 
 
 		 223 aa  140  1.9999999999999998e-32  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0559  DNA repair protein RadC  34.55 
 
 		 232 aa  139  3.9999999999999997e-32  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000678315  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2935  DNA repair protein RadC  34.82 
 
 		 227 aa  134  9e-31  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.144285  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0624  DNA repair protein RadC  36.57 
 
 		 224 aa  134  9.999999999999999e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000507049 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0159  DNA repair protein RadC  36.79 
 
 		 221 aa  134  9.999999999999999e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.130887  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1541  DNA repair protein RadC  38.28 
 
 		 232 aa  133  3e-30  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  decreased coverage  0.00000897994  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4100  DNA repair protein RadC  36.32 
 
 		 221 aa  132  3.9999999999999996e-30  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0607652  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2135  DNA repair protein RadC  33.49 
 
 		 236 aa  130  1.0000000000000001e-29  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00000438114  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2444  DNA repair protein RadC  36.36 
 
 		 224 aa  130  2.0000000000000002e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.418589  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00653  DNA repair protein RadC  36.2 
 
 		 224 aa  130  2.0000000000000002e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4116  DNA repair protein RadC  33.49 
 
 		 221 aa  129  3e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00598559  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3928  DNA repair protein RadC  33.49 
 
 		 221 aa  129  3e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0713663  hitchhiker  0.00154722 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4009  DNA repair protein RadC  33.49 
 
 		 221 aa  129  3e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.273398  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4055  DNA repair protein RadC  33.49 
 
 		 221 aa  129  3e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.298214  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3946  DNA repair protein RadC  33.49 
 
 		 221 aa  129  3e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0929037  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4390  DNA repair protein RadC  35.85 
 
 		 221 aa  129  4.0000000000000003e-29  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00436549  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5335  DNA repair protein RadC  37.21 
 
 		 226 aa  129  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00550179 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1642  DNA repair protein RadC  35.16 
 
 		 235 aa  129  5.0000000000000004e-29  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.000000389911  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0061  DNA repair protein RadC  35.38 
 
 		 222 aa  128  7.000000000000001e-29  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.0000000803057  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4155  DNA repair protein RadC  35.38 
 
 		 222 aa  128  7.000000000000001e-29  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000385869  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0055  DNA repair protein RadC  35.38 
 
 		 222 aa  128  7.000000000000001e-29  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00110117  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5539  DNA repair protein RadC  34.88 
 
 		 224 aa  128  8.000000000000001e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.856956  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001821  DNA repair protein RadC  36.77 
 
 		 224 aa  128  8.000000000000001e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000198963  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2664  DNA repair protein RadC  38.14 
 
 		 224 aa  128  9.000000000000001e-29  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.649783  hitchhiker  0.0000127675 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02940  DNA repair protein RadC  37.21 
 
 		 224 aa  127  1.0000000000000001e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0186  DNA repair protein RadC  36.28 
 
 		 226 aa  127  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.953222  hitchhiker  0.000000662884 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4842  DNA repair protein RadC  33.96 
 
 		 227 aa  127  1.0000000000000001e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000109613  hitchhiker  0.0000409278 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2712  DNA repair protein RadC  34.93 
 
 		 224 aa  127  1.0000000000000001e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3960  DNA repair protein RadC  34.43 
 
 		 221 aa  127  1.0000000000000001e-28  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0193359  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0257  DNA repair protein RadC  33.03 
 
 		 241 aa  127  1.0000000000000001e-28  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0046  DNA repair protein RadC  36.74 
 
 		 224 aa  126  3e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.178856  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0086  DNA repair protein RadC  34.42 
 
 		 224 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1319  DNA repair protein RadC  36.53 
 
 		 228 aa  125  4.0000000000000003e-28  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.00000567698  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4376  DNA repair protein RadC  36.74 
 
 		 224 aa  125  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0839768 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6095  DNA repair protein RadC  35.81 
 
 		 224 aa  125  5e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.872274  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3678  DEAD/DEAH box helicase-like  36.28 
 
 		 224 aa  125  6e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00158019  normal  0.0453807 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0210  DNA repair protein RadC  35.45 
 
 		 244 aa  125  8.000000000000001e-28  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.567078  normal  0.0524973 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>