More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A0732 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007643  Rru_A0732  DNA repair protein RadC  100 
 
 		 243 aa  491  9.999999999999999e-139  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2599  DNA repair protein RadC  59.28 
 
 		 230 aa  286  2.9999999999999996e-76  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.129734  normal  0.187954 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6762  DNA repair protein RadC  60.18 
 
 		 247 aa  267  1e-70  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  hitchhiker  0.00351119  normal  0.181603 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1909  DNA repair protein RadC  57.01 
 
 		 249 aa  265  2.9999999999999995e-70  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7509  DNA repair protein RadC  57.63 
 
 		 242 aa  264  8e-70  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0575  DNA repair protein RadC  56.44 
 
 		 242 aa  263  1e-69  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1283  DNA repair protein RadC  53.5 
 
 		 249 aa  262  4e-69  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0949779  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0335  DNA repair protein RadC  57.27 
 
 		 236 aa  262  4.999999999999999e-69  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.75672 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0008  DNA repair protein RadC  57.14 
 
 		 258 aa  261  8e-69  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0728991  normal  0.408285 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1246  DNA repair protein RadC  53.78 
 
 		 246 aa  260  1e-68  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.114408  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0430  DNA repair protein RadC  57.14 
 
 		 254 aa  259  2e-68  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3569  DNA repair protein RadC  55.07 
 
 		 254 aa  256  2e-67  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1171  DNA repair protein RadC  55.32 
 
 		 254 aa  256  2e-67  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2304  DNA repair protein RadC  55.17 
 
 		 263 aa  255  5e-67  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.138327  normal  0.0504467 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1459  DNA repair protein RadC  55.2 
 
 		 260 aa  253  2.0000000000000002e-66  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.734795  hitchhiker  0.00198862 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1709  DNA repair protein RadC  52.07 
 
 		 275 aa  252  5.000000000000001e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.537978 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1454  DNA repair protein RadC  54.3 
 
 		 251 aa  251  9.000000000000001e-66  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.327679  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1511  DNA repair protein RadC  55.2 
 
 		 275 aa  248  5e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0286  DNA repair protein RadC  50.42 
 
 		 257 aa  247  1e-64  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.697565 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2898  DNA repair protein RadC  52.86 
 
 		 241 aa  247  1e-64  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.80937  normal  0.341172 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2270  DNA repair protein RadC  54.63 
 
 		 278 aa  247  1e-64  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0700  DNA repair protein RadC  54.66 
 
 		 250 aa  246  2e-64  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0152  DNA repair protein RadC  56.89 
 
 		 239 aa  246  2e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2163  DNA repair protein RadC  54.24 
 
 		 246 aa  245  4e-64  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0389  DNA repair protein RadC  56.5 
 
 		 239 aa  243  1.9999999999999999e-63  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.741641  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1070  DNA repair protein RadC  52.52 
 
 		 272 aa  243  1.9999999999999999e-63  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0324215  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2207  DNA repair protein RadC  55.41 
 
 		 248 aa  242  3.9999999999999997e-63  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.652517  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2483  DNA repair protein RadC  55.41 
 
 		 248 aa  242  5e-63  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.582097  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2077  DNA repair protein RadC  51.98 
 
 		 238 aa  242  5e-63  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0585  DNA repair protein RadC  55.56 
 
 		 248 aa  241  7.999999999999999e-63  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.489804  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1493  DNA repair protein RadC  53.88 
 
 		 255 aa  236  2e-61  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2764  DNA repair protein RadC  54.47 
 
 		 261 aa  235  4e-61  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.803662  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2621  DNA repair protein RadC  51.38 
 
 		 246 aa  235  5.0000000000000005e-61  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0720  DNA repair protein RadC  52.38 
 
 		 273 aa  235  5.0000000000000005e-61  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.309189  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0830  RadC family DNA repair protein  49.32 
 
 		 265 aa  233  2.0000000000000002e-60  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0533914  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2833  DNA repair protein RadC  56.86 
 
 		 223 aa  226  3e-58  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7387  DNA repair protein RadC  61.71 
 
 		 203 aa  221  7e-57  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.21794  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1311  DNA repair protein RadC  47.49 
 
 		 245 aa  209  3e-53  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3052  DNA repair protein RadC  59.43 
 
 		 209 aa  209  4e-53  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.184717  normal  0.163227 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1043  DNA repair protein RadC  47.51 
 
 		 226 aa  204  8e-52  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.193077 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4476  DNA repair protein RadC  49.27 
 
 		 230 aa  199  5e-50  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.352364  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0363  DNA repair protein RadC  39.91 
 
 		 230 aa  198  7e-50  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0357  DNA repair protein RadC  40.27 
 
 		 224 aa  194  2e-48  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0649  DNA repair protein RadC  39.91 
 
 		 230 aa  190  2e-47  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0301917  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3794  DNA repair protein RadC  54.02 
 
 		 196 aa  183  2.0000000000000003e-45  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0842954  unclonable  0.000000153517 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1428  DNA repair protein RadC  42.15 
 
 		 228 aa  172  3.9999999999999995e-42  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00255062  normal  0.0926898 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0675  DNA repair protein RadC  43.32 
 
 		 253 aa  171  1e-41  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.461756  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1362  DNA repair protein RadC  38.36 
 
 		 228 aa  168  6e-41  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0229  DNA repair protein RadC  40 
 
 		 236 aa  167  1e-40  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.0416143  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0054  DNA repair protein RadC  38.67 
 
 		 226 aa  163  2.0000000000000002e-39  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  unclonable  0.00000000185738  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3721  DNA repair protein RadC  52.67 
 
 		 138 aa  163  2.0000000000000002e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0768638  normal  0.946215 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5346  DNA repair protein RadC  46.77 
 
 		 253 aa  160  2e-38  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.67199 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1240  DNA repair protein  37.55 
 
 		 275 aa  160  2e-38  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.770366  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1263  DNA repair protein RadC  37.71 
 
 		 272 aa  158  6e-38  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.94843  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1462  RadC family DNA repair protein  37.55 
 
 		 271 aa  158  8e-38  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.457457  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5205  DNA repair protein RadC  42.93 
 
 		 223 aa  157  1e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3086  DNA repair protein RadC  41.18 
 
 		 225 aa  151  1e-35  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.599972 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2442  DNA repair protein RadC  37.56 
 
 		 225 aa  146  3e-34  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0757  DNA repair protein RadC  37.27 
 
 		 223 aa  144  9e-34  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1542  DNA repair protein RadC  52.24 
 
 		 162 aa  144  2e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0350169 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1625  DNA repair protein RadC  37.96 
 
 		 229 aa  140  9.999999999999999e-33  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3148  DNA repair protein RadC  37.96 
 
 		 259 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.886628  normal  0.925448 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3283  DNA repair protein RadC  42.93 
 
 		 225 aa  137  2e-31  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0559  DNA repair protein RadC  33.18 
 
 		 232 aa  134  9.999999999999999e-31  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000678315  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2712  DNA repair protein RadC  39.15 
 
 		 224 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0585  DNA repair protein RadC  39.81 
 
 		 242 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.92591 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1864  DNA repair protein RadC  39.37 
 
 		 225 aa  134  1.9999999999999998e-30  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD0625  DNA repair protein RadC, putative  32.84 
 
 		 218 aa  131  1.0000000000000001e-29  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.42242  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001821  DNA repair protein RadC  37.27 
 
 		 224 aa  131  1.0000000000000001e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000198963  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0624  DNA repair protein RadC  38.97 
 
 		 224 aa  130  1.0000000000000001e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000507049 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2488  DNA repair protein RadC  45.51 
 
 		 354 aa  130  1.0000000000000001e-29  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.386498  normal  0.835222 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2322  DNA repair protein RadC  38.21 
 
 		 224 aa  130  2.0000000000000002e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0102136 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2444  DNA repair protein RadC  39.62 
 
 		 224 aa  130  2.0000000000000002e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.418589  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0948  DNA repair protein RadC  40.93 
 
 		 244 aa  129  3e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.455823  normal  0.486956 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3773  DNA repair protein RadC  38.6 
 
 		 237 aa  129  4.0000000000000003e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4155  DNA repair protein RadC  38.19 
 
 		 222 aa  129  5.0000000000000004e-29  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000385869  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0055  DNA repair protein RadC  38.19 
 
 		 222 aa  129  5.0000000000000004e-29  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00110117  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2301  DNA repair protein RadC  40.19 
 
 		 224 aa  129  5.0000000000000004e-29  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0061  DNA repair protein RadC  38.19 
 
 		 222 aa  129  5.0000000000000004e-29  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.0000000803057  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0281  DNA repair protein RadC  41.4 
 
 		 234 aa  128  7.000000000000001e-29  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.257156  normal  0.0922067 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0257  DNA repair protein RadC  37.56 
 
 		 241 aa  128  8.000000000000001e-29  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00653  DNA repair protein RadC  36.36 
 
 		 224 aa  128  9.000000000000001e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1412  DNA repair protein RadC  37.64 
 
 		 227 aa  127  1.0000000000000001e-28  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0101  DNA repair protein RadC  35.68 
 
 		 221 aa  127  2.0000000000000002e-28  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.0000716823  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2230  DNA repair protein RadC  42.38 
 
 		 278 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1139  DNA repair protein RadC  42.38 
 
 		 278 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.437404  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3946  DNA repair protein RadC  35.68 
 
 		 221 aa  127  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0929037  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3928  DNA repair protein RadC  35.68 
 
 		 221 aa  127  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0713663  hitchhiker  0.00154722 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2099  DNA repair protein RadC  42.38 
 
 		 278 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.208076  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1020  DNA repair protein RadC  42.38 
 
 		 278 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.569834  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0984  DNA repair protein RadC  42.38 
 
 		 278 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.299924  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2646  DNA repair protein RadC  42.38 
 
 		 278 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2935  DNA repair protein RadC  32.73 
 
 		 227 aa  127  2.0000000000000002e-28  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.144285  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0210  DNA repair protein RadC  35.39 
 
 		 244 aa  127  2.0000000000000002e-28  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.567078  normal  0.0524973 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4055  DNA repair protein RadC  35.68 
 
 		 221 aa  127  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.298214  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0979  DNA repair protein RadC  42.38 
 
 		 278 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4009  DNA repair protein RadC  35.68 
 
 		 221 aa  127  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.273398  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4116  DNA repair protein RadC  35.68 
 
 		 221 aa  127  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00598559  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0208  DNA repair protein RadC  41.28 
 
 		 221 aa  126  3e-28  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0478736 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2597  DNA repair protein RadC  39.09 
 
 		 224 aa  126  3e-28  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.00000000000000367988  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>