More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_1459 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_1459  DNA repair protein RadC  100 
 
 		 260 aa  530  1e-149  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.734795  hitchhiker  0.00198862 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1709  DNA repair protein RadC  76.28 
 
 		 275 aa  383  1e-105  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.537978 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1511  DNA repair protein RadC  75.49 
 
 		 275 aa  380  1e-105  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2270  DNA repair protein RadC  74.23 
 
 		 278 aa  382  1e-105  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1454  DNA repair protein RadC  69.68 
 
 		 251 aa  332  5e-90  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.327679  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0335  DNA repair protein RadC  63.83 
 
 		 236 aa  316  2e-85  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.75672 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0430  DNA repair protein RadC  62.08 
 
 		 254 aa  314  9.999999999999999e-85  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0575  DNA repair protein RadC  65.33 
 
 		 242 aa  310  2e-83  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0700  DNA repair protein RadC  66.67 
 
 		 250 aa  304  9.000000000000001e-82  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6762  DNA repair protein RadC  65.07 
 
 		 247 aa  304  1.0000000000000001e-81  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  hitchhiker  0.00351119  normal  0.181603 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7509  DNA repair protein RadC  63.71 
 
 		 242 aa  304  1.0000000000000001e-81  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1283  DNA repair protein RadC  60.38 
 
 		 249 aa  303  2.0000000000000002e-81  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0949779  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1909  DNA repair protein RadC  59.62 
 
 		 249 aa  300  1e-80  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0389  DNA repair protein RadC  65.79 
 
 		 239 aa  298  5e-80  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.741641  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1246  DNA repair protein RadC  60.78 
 
 		 246 aa  298  5e-80  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.114408  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0152  DNA repair protein RadC  65.33 
 
 		 239 aa  296  2e-79  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2163  DNA repair protein RadC  61.28 
 
 		 246 aa  290  1e-77  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2483  DNA repair protein RadC  62.05 
 
 		 248 aa  285  4e-76  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.582097  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2207  DNA repair protein RadC  61.99 
 
 		 248 aa  284  1.0000000000000001e-75  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.652517  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2898  DNA repair protein RadC  56.9 
 
 		 241 aa  281  5.000000000000001e-75  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.80937  normal  0.341172 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2599  DNA repair protein RadC  57.92 
 
 		 230 aa  275  4e-73  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.129734  normal  0.187954 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0585  DNA repair protein RadC  59.66 
 
 		 248 aa  272  4.0000000000000004e-72  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.489804  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0830  RadC family DNA repair protein  56.05 
 
 		 265 aa  270  2e-71  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0533914  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1171  DNA repair protein RadC  59.62 
 
 		 254 aa  269  2.9999999999999997e-71  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2077  DNA repair protein RadC  56.84 
 
 		 238 aa  268  5e-71  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0286  DNA repair protein RadC  54.87 
 
 		 257 aa  263  3e-69  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.697565 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1043  DNA repair protein RadC  56.95 
 
 		 226 aa  262  4e-69  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.193077 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2304  DNA repair protein RadC  56.68 
 
 		 263 aa  256  3e-67  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.138327  normal  0.0504467 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0732  DNA repair protein RadC  54.31 
 
 		 243 aa  254  8e-67  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3569  DNA repair protein RadC  54.59 
 
 		 254 aa  254  1.0000000000000001e-66  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0008  DNA repair protein RadC  53.53 
 
 		 258 aa  252  5.000000000000001e-66  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0728991  normal  0.408285 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2764  DNA repair protein RadC  60.28 
 
 		 261 aa  252  5.000000000000001e-66  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.803662  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1493  DNA repair protein RadC  53.81 
 
 		 255 aa  245  4.9999999999999997e-64  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3052  DNA repair protein RadC  64.97 
 
 		 209 aa  244  9.999999999999999e-64  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.184717  normal  0.163227 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0720  DNA repair protein RadC  52.73 
 
 		 273 aa  239  2.9999999999999997e-62  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.309189  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2833  DNA repair protein RadC  60.22 
 
 		 223 aa  238  1e-61  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7387  DNA repair protein RadC  62.16 
 
 		 203 aa  234  1.0000000000000001e-60  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.21794  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1311  DNA repair protein RadC  43.85 
 
 		 245 aa  222  4e-57  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2621  DNA repair protein RadC  49.78 
 
 		 246 aa  217  1e-55  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1070  DNA repair protein RadC  46.84 
 
 		 272 aa  210  2e-53  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0324215  normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5346  DNA repair protein RadC  49.19 
 
 		 253 aa  203  2e-51  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.67199 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4476  DNA repair protein RadC  48.23 
 
 		 230 aa  202  4e-51  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.352364  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3794  DNA repair protein RadC  52.2 
 
 		 196 aa  196  4.0000000000000005e-49  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0842954  unclonable  0.000000153517 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0363  DNA repair protein RadC  42.72 
 
 		 230 aa  188  8e-47  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1362  DNA repair protein RadC  42.01 
 
 		 228 aa  186  5e-46  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0649  DNA repair protein RadC  41.78 
 
 		 230 aa  181  9.000000000000001e-45  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0301917  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0357  DNA repair protein RadC  40.38 
 
 		 224 aa  181  1e-44  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5205  DNA repair protein RadC  47.14 
 
 		 223 aa  180  2e-44  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2442  DNA repair protein RadC  43.69 
 
 		 225 aa  172  5.999999999999999e-42  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1428  DNA repair protein RadC  41.26 
 
 		 228 aa  163  3e-39  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00255062  normal  0.0926898 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3086  DNA repair protein RadC  43.98 
 
 		 225 aa  161  8.000000000000001e-39  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.599972 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3721  DNA repair protein RadC  54.76 
 
 		 138 aa  160  2e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0768638  normal  0.946215 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0054  DNA repair protein RadC  39.73 
 
 		 226 aa  158  8e-38  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  unclonable  0.00000000185738  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0675  DNA repair protein RadC  39.62 
 
 		 253 aa  157  2e-37  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.461756  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0208  DNA repair protein RadC  46.71 
 
 		 221 aa  155  5.0000000000000005e-37  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0478736 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0757  DNA repair protein RadC  39.27 
 
 		 223 aa  149  6e-35  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3283  DNA repair protein RadC  42.7 
 
 		 225 aa  149  6e-35  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0559  DNA repair protein RadC  36.45 
 
 		 232 aa  148  1.0000000000000001e-34  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000678315  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1864  DNA repair protein RadC  41.82 
 
 		 225 aa  146  4.0000000000000006e-34  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1263  DNA repair protein RadC  37.28 
 
 		 272 aa  145  9e-34  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.94843  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1240  DNA repair protein  36.36 
 
 		 275 aa  144  1e-33  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.770366  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1462  RadC family DNA repair protein  38.21 
 
 		 271 aa  144  1e-33  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.457457  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0229  DNA repair protein RadC  36.45 
 
 		 236 aa  144  2e-33  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.0416143  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1542  DNA repair protein RadC  50 
 
 		 162 aa  142  4e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0350169 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0257  DNA repair protein RadC  39.42 
 
 		 241 aa  139  3.9999999999999997e-32  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2935  DNA repair protein RadC  36.15 
 
 		 227 aa  139  7e-32  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.144285  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0210  DNA repair protein RadC  36.84 
 
 		 244 aa  136  3.0000000000000003e-31  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.567078  normal  0.0524973 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1541  DNA repair protein RadC  37.85 
 
 		 232 aa  135  5e-31  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  decreased coverage  0.00000897994  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1625  DNA repair protein RadC  37.96 
 
 		 229 aa  135  6.0000000000000005e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2135  DNA repair protein RadC  35.38 
 
 		 236 aa  130  2.0000000000000002e-29  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00000438114  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6095  DNA repair protein RadC  40.19 
 
 		 224 aa  129  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.872274  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2732  DNA repair protein RadC  37.13 
 
 		 228 aa  129  5.0000000000000004e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1412  DNA repair protein RadC  34.88 
 
 		 227 aa  128  8.000000000000001e-29  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0818  DNA repair protein RadC  34.29 
 
 		 253 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.84629 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70230  DNA repair protein RadC  39.71 
 
 		 224 aa  127  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3148  DNA repair protein RadC  35.41 
 
 		 259 aa  124  2e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.886628  normal  0.925448 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0144  DNA repair protein RadC  35.44 
 
 		 222 aa  123  2e-27  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00783617  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3340  DNA repair protein RadC  35.05 
 
 		 233 aa  122  6e-27  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000661948  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02940  DNA repair protein RadC  39.02 
 
 		 224 aa  122  7e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0159  DNA repair protein RadC  34.47 
 
 		 221 aa  122  8e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.130887  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2712  DNA repair protein RadC  34.31 
 
 		 224 aa  121  9.999999999999999e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1642  DNA repair protein RadC  36.2 
 
 		 235 aa  121  9.999999999999999e-27  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.000000389911  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2444  DNA repair protein RadC  36.45 
 
 		 224 aa  120  1.9999999999999998e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.418589  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5539  DNA repair protein RadC  36.59 
 
 		 224 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.856956  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0585  DNA repair protein RadC  33.99 
 
 		 242 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.92591 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1761  DNA repair protein RadC  37.14 
 
 		 223 aa  120  3e-26  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2138  DNA repair protein RadC  35.41 
 
 		 224 aa  119  7e-26  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.574311  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0281  DNA repair protein RadC  36.49 
 
 		 234 aa  119  7e-26  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.257156  normal  0.0922067 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0086  DNA repair protein RadC  35.98 
 
 		 224 aa  118  7.999999999999999e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3847  DNA repair protein RadC  31.55 
 
 		 222 aa  118  9e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  5.55148e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0315  DNA repair protein RadC  34.76 
 
 		 224 aa  118  9e-26  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.220116  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03495  DNA repair protein RadC  31.07 
 
 		 222 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0032943  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4376  DNA repair protein RadC  37.26 
 
 		 224 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0839768 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03447  hypothetical protein  31.07 
 
 		 222 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00415391  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0948  DNA repair protein RadC  36.57 
 
 		 244 aa  117  1.9999999999999998e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.455823  normal  0.486956 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2322  DNA repair protein RadC  33.33 
 
 		 224 aa  117  1.9999999999999998e-25  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0102136 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2262  DNA repair proteins  35.9 
 
 		 206 aa  117  1.9999999999999998e-25  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.195306  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1465  DNA repair protein RadC  32.37 
 
 		 222 aa  117  1.9999999999999998e-25  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0222  DNA repair protein RadC  36.1 
 
 		 224 aa  116  3e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3928  DNA repair protein RadC  32.04 
 
 		 221 aa  117  3e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0713663  hitchhiker  0.00154722 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>