More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Caul_5346 on replicon NC_010333
Organism: Caulobacter sp. K31



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010333  Caul_5346  DNA repair protein RadC  100 
 
 
253 aa  508  1e-143  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.67199 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2270  DNA repair protein RadC  53.99 
 
 
278 aa  214  9e-55  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1459  DNA repair protein RadC  53.99 
 
 
260 aa  212  3.9999999999999995e-54  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.734795  hitchhiker  0.00198862 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7509  DNA repair protein RadC  51.02 
 
 
242 aa  209  2e-53  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6762  DNA repair protein RadC  54.46 
 
 
247 aa  208  6e-53  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  hitchhiker  0.00351119  normal  0.181603 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1171  DNA repair protein RadC  51.12 
 
 
254 aa  208  7e-53  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2163  DNA repair protein RadC  48.4 
 
 
246 aa  208  7e-53  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0700  DNA repair protein RadC  52.91 
 
 
250 aa  206  2e-52  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0430  DNA repair protein RadC  50.7 
 
 
254 aa  206  3e-52  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2304  DNA repair protein RadC  48.57 
 
 
263 aa  206  3e-52  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.138327  normal  0.0504467 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0335  DNA repair protein RadC  50.7 
 
 
236 aa  206  4e-52  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.75672 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0575  DNA repair protein RadC  49.77 
 
 
242 aa  206  4e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1043  DNA repair protein RadC  52.43 
 
 
226 aa  204  9e-52  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.193077 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2483  DNA repair protein RadC  52.58 
 
 
248 aa  204  1e-51  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.582097  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2207  DNA repair protein RadC  52.58 
 
 
248 aa  204  1e-51  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.652517  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1709  DNA repair protein RadC  53.66 
 
 
275 aa  202  5e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.537978 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0389  DNA repair protein RadC  53.17 
 
 
239 aa  201  7e-51  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.741641  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0152  DNA repair protein RadC  50.97 
 
 
239 aa  201  9e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2599  DNA repair protein RadC  50.5 
 
 
230 aa  200  9.999999999999999e-51  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.129734  normal  0.187954 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1909  DNA repair protein RadC  53.96 
 
 
249 aa  201  9.999999999999999e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1511  DNA repair protein RadC  52.86 
 
 
275 aa  201  9.999999999999999e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1454  DNA repair protein RadC  50.7 
 
 
251 aa  199  5e-50  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.327679  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5205  DNA repair protein RadC  51.43 
 
 
223 aa  196  3e-49  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1283  DNA repair protein RadC  52.97 
 
 
249 aa  196  4.0000000000000005e-49  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0949779  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2764  DNA repair protein RadC  51.45 
 
 
261 aa  191  7e-48  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.803662  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1246  DNA repair protein RadC  52.79 
 
 
246 aa  191  9e-48  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.114408  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0585  DNA repair protein RadC  47.45 
 
 
248 aa  191  1e-47  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.489804  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0286  DNA repair protein RadC  45.85 
 
 
257 aa  190  2e-47  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.697565 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0008  DNA repair protein RadC  49.33 
 
 
258 aa  189  2.9999999999999997e-47  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0728991  normal  0.408285 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3569  DNA repair protein RadC  45.15 
 
 
254 aa  189  2.9999999999999997e-47  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2898  DNA repair protein RadC  46.95 
 
 
241 aa  188  8e-47  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.80937  normal  0.341172 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0830  RadC family DNA repair protein  49.5 
 
 
265 aa  186  2e-46  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0533914  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2077  DNA repair protein RadC  45.49 
 
 
238 aa  184  2.0000000000000003e-45  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2833  DNA repair protein RadC  52.08 
 
 
223 aa  177  2e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1311  DNA repair protein RadC  41.42 
 
 
245 aa  173  2.9999999999999996e-42  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3794  DNA repair protein RadC  51.98 
 
 
196 aa  171  7.999999999999999e-42  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0842954  unclonable  0.000000153517 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0732  DNA repair protein RadC  46.77 
 
 
243 aa  171  1e-41  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0720  DNA repair protein RadC  45.45 
 
 
273 aa  170  2e-41  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.309189  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2621  DNA repair protein RadC  43.3 
 
 
246 aa  166  5e-40  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1493  DNA repair protein RadC  44.6 
 
 
255 aa  164  1.0000000000000001e-39  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4476  DNA repair protein RadC  44.76 
 
 
230 aa  163  3e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.352364  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3721  DNA repair protein RadC  58.46 
 
 
138 aa  159  4e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0768638  normal  0.946215 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3052  DNA repair protein RadC  51.81 
 
 
209 aa  156  4e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.184717  normal  0.163227 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1070  DNA repair protein RadC  40.1 
 
 
272 aa  152  7e-36  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0324215  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD0357  DNA repair protein RadC  36.87 
 
 
224 aa  146  4.0000000000000006e-34  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0208  DNA repair protein RadC  46.2 
 
 
221 aa  144  2e-33  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.0478736 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1542  DNA repair protein RadC  47.26 
 
 
162 aa  139  4.999999999999999e-32  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.0350169 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0159  DNA repair protein RadC  40.29 
 
 
221 aa  139  6e-32  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.130887  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3960  DNA repair protein RadC  41.15 
 
 
221 aa  135  5e-31  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0193359  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7387  DNA repair protein RadC  45.18 
 
 
203 aa  134  9.999999999999999e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.21794  normal 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0649  DNA repair protein RadC  33.64 
 
 
230 aa  132  6e-30  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0301917  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6095  DNA repair protein RadC  40.78 
 
 
224 aa  132  7.999999999999999e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.872274  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0675  DNA repair protein RadC  40 
 
 
253 aa  129  6e-29  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.461756  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70230  DNA repair protein RadC  39.32 
 
 
224 aa  128  8.000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1541  DNA repair protein RadC  41 
 
 
232 aa  128  1.0000000000000001e-28  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  decreased coverage  0.00000897994  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1362  DNA repair protein RadC  35.92 
 
 
228 aa  127  2.0000000000000002e-28  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0363  DNA repair protein RadC  34.27 
 
 
230 aa  127  2.0000000000000002e-28  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4376  DNA repair protein RadC  41.75 
 
 
224 aa  126  3e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0839768 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0186  DNA repair protein RadC  40.48 
 
 
226 aa  126  3e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.953222  hitchhiker  0.000000662884 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02940  DNA repair protein RadC  40.95 
 
 
224 aa  125  7e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3359  DNA repair protein RadC  50.39 
 
 
158 aa  125  8.000000000000001e-28  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4100  DNA repair protein RadC  37.98 
 
 
221 aa  124  1e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0607652  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0222  DNA repair protein RadC  39.52 
 
 
224 aa  124  1e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2732  DNA repair protein RadC  40.28 
 
 
228 aa  124  1e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2444  DNA repair protein RadC  40.1 
 
 
224 aa  124  2e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.418589  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0192  DNA repair protein RadC  36.89 
 
 
224 aa  123  2e-27  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000306509  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0308  RadC family DNA repair protein  52.63 
 
 
159 aa  123  3e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00747747  hitchhiker  0.00434898 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0101  DNA repair protein RadC  37.02 
 
 
221 aa  123  3e-27  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.0000716823  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1032  DNA repair protein RadC  52.63 
 
 
160 aa  123  4e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0086  DNA repair protein RadC  39.05 
 
 
224 aa  122  4e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4116  DNA repair protein RadC  37.5 
 
 
221 aa  122  4e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00598559  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3928  DNA repair protein RadC  37.5 
 
 
221 aa  122  4e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0713663  hitchhiker  0.00154722 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4055  DNA repair protein RadC  37.5 
 
 
221 aa  122  4e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.298214  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3946  DNA repair protein RadC  37.5 
 
 
221 aa  122  4e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0929037  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4009  DNA repair protein RadC  37.5 
 
 
221 aa  122  6e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.273398  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1428  DNA repair protein RadC  41.41 
 
 
228 aa  121  8e-27  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00255062  normal  0.0926898 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5539  DNA repair protein RadC  38.14 
 
 
224 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.856956  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4390  DNA repair protein RadC  38.76 
 
 
221 aa  121  9.999999999999999e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00436549  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00049  DNA repair protein RadC  35.71 
 
 
225 aa  120  1.9999999999999998e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00103184  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4842  DNA repair protein RadC  36.89 
 
 
227 aa  120  3e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000109613  hitchhiker  0.0000409278 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00653  DNA repair protein RadC  36.89 
 
 
224 aa  119  3e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5194  DNA repair protein RadC  37.7 
 
 
235 aa  119  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0102732  normal  0.30357 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0281  DNA repair protein RadC  42.51 
 
 
234 aa  119  4.9999999999999996e-26  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.257156  normal  0.0922067 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3847  DNA repair protein RadC  34.47 
 
 
222 aa  119  4.9999999999999996e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  5.55148e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4896  RadC family DNA repair protein  49.61 
 
 
158 aa  119  6e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5284  DNA repair protein RadC  39.91 
 
 
226 aa  118  7.999999999999999e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3773  DNA repair protein RadC  40.37 
 
 
237 aa  118  7.999999999999999e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0067  DNA repair protein RadC  34.47 
 
 
222 aa  118  9e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000216711  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3410  RadC family DNA repair protein  49.61 
 
 
158 aa  118  9e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4680  DNA repair protein, RadC family  49.61 
 
 
158 aa  117  9.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4804  RadC family DNA repair protein  49.61 
 
 
158 aa  117  9.999999999999999e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0270  DNA repair protein RadC  31.36 
 
 
211 aa  117  9.999999999999999e-26  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0073  DNA repair protein RadC  34.47 
 
 
214 aa  118  9.999999999999999e-26  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000433644  hitchhiker  0.000000188277 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3973  DNA repair protein RadC  34.47 
 
 
222 aa  118  9.999999999999999e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00000015619  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5008  DNA repair protein RadC  34.47 
 
 
222 aa  118  9.999999999999999e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.0000000900324  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4139  DNA repair protein RadC  34.47 
 
 
222 aa  118  9.999999999999999e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000017896  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3678  DEAD/DEAH box helicase-like  38.65 
 
 
224 aa  118  9.999999999999999e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00158019  normal  0.0453807 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001821  DNA repair protein RadC  35.4 
 
 
224 aa  117  9.999999999999999e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000198963  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2972  DNA repair protein RadC  39.9 
 
 
224 aa  117  1.9999999999999998e-25  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0458817  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3209  RadC family DNA repair protein  49.61 
 
 
158 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>