More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_2270 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_2270  DNA repair protein RadC  100 
 
 		 278 aa  571  1.0000000000000001e-162  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1709  DNA repair protein RadC  81.27 
 
 		 275 aa  408  1e-113  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.537978 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1511  DNA repair protein RadC  75.82 
 
 		 275 aa  397  1e-109  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1459  DNA repair protein RadC  73.46 
 
 		 260 aa  374  1e-103  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.734795  hitchhiker  0.00198862 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1454  DNA repair protein RadC  71.93 
 
 		 251 aa  347  1e-94  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.327679  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0430  DNA repair protein RadC  65.69 
 
 		 254 aa  332  5e-90  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0575  DNA repair protein RadC  64.54 
 
 		 242 aa  330  2e-89  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0335  DNA repair protein RadC  66.07 
 
 		 236 aa  327  1.0000000000000001e-88  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.75672 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7509  DNA repair protein RadC  66.96 
 
 		 242 aa  318  9e-86  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1283  DNA repair protein RadC  70.14 
 
 		 249 aa  317  2e-85  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0949779  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2163  DNA repair protein RadC  63.71 
 
 		 246 aa  316  3e-85  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6762  DNA repair protein RadC  66.52 
 
 		 247 aa  311  5.999999999999999e-84  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  hitchhiker  0.00351119  normal  0.181603 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1909  DNA repair protein RadC  68.78 
 
 		 249 aa  310  1e-83  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1246  DNA repair protein RadC  68.95 
 
 		 246 aa  310  2e-83  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.114408  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2483  DNA repair protein RadC  64.73 
 
 		 248 aa  309  4e-83  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.582097  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2207  DNA repair protein RadC  61.32 
 
 		 248 aa  306  2.0000000000000002e-82  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.652517  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2898  DNA repair protein RadC  60.58 
 
 		 241 aa  306  2.0000000000000002e-82  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.80937  normal  0.341172 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0152  DNA repair protein RadC  66.07 
 
 		 239 aa  306  3e-82  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0389  DNA repair protein RadC  64.61 
 
 		 239 aa  305  4.0000000000000004e-82  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.741641  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0700  DNA repair protein RadC  66.82 
 
 		 250 aa  305  5.0000000000000004e-82  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0585  DNA repair protein RadC  59.68 
 
 		 248 aa  291  1e-77  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.489804  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2077  DNA repair protein RadC  62.44 
 
 		 238 aa  290  2e-77  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2599  DNA repair protein RadC  59.03 
 
 		 230 aa  287  1e-76  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.129734  normal  0.187954 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0830  RadC family DNA repair protein  60.54 
 
 		 265 aa  279  4e-74  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0533914  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1171  DNA repair protein RadC  56.95 
 
 		 254 aa  275  8e-73  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2764  DNA repair protein RadC  61.5 
 
 		 261 aa  269  4e-71  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.803662  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1043  DNA repair protein RadC  56.5 
 
 		 226 aa  267  1e-70  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.193077 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2304  DNA repair protein RadC  57.55 
 
 		 263 aa  265  8e-70  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.138327  normal  0.0504467 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0286  DNA repair protein RadC  53.68 
 
 		 257 aa  259  5.0000000000000005e-68  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.697565 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0008  DNA repair protein RadC  55.11 
 
 		 258 aa  258  7e-68  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0728991  normal  0.408285 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3569  DNA repair protein RadC  52.16 
 
 		 254 aa  258  1e-67  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3052  DNA repair protein RadC  58.22 
 
 		 209 aa  253  4.0000000000000004e-66  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.184717  normal  0.163227 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2833  DNA repair protein RadC  59.49 
 
 		 223 aa  250  1e-65  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0732  DNA repair protein RadC  54.63 
 
 		 243 aa  247  1e-64  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1493  DNA repair protein RadC  56.42 
 
 		 255 aa  245  6.999999999999999e-64  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0720  DNA repair protein RadC  52 
 
 		 273 aa  243  1.9999999999999999e-63  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.309189  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7387  DNA repair protein RadC  62.64 
 
 		 203 aa  236  3e-61  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.21794  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2621  DNA repair protein RadC  52.34 
 
 		 246 aa  229  4e-59  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1311  DNA repair protein RadC  48.17 
 
 		 245 aa  227  2e-58  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4476  DNA repair protein RadC  47.81 
 
 		 230 aa  209  4e-53  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.352364  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1070  DNA repair protein RadC  48.17 
 
 		 272 aa  209  4e-53  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0324215  normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5346  DNA repair protein RadC  53.99 
 
 		 253 aa  201  9e-51  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.67199 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0363  DNA repair protein RadC  42.66 
 
 		 230 aa  197  1.0000000000000001e-49  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1362  DNA repair protein RadC  44.09 
 
 		 228 aa  194  1e-48  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3794  DNA repair protein RadC  54.24 
 
 		 196 aa  194  1e-48  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0842954  unclonable  0.000000153517 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0649  DNA repair protein RadC  43.58 
 
 		 230 aa  191  1e-47  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0301917  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5205  DNA repair protein RadC  46.98 
 
 		 223 aa  188  7e-47  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD0357  DNA repair protein RadC  38.99 
 
 		 224 aa  178  7e-44  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2442  DNA repair protein RadC  43.06 
 
 		 225 aa  174  1.9999999999999998e-42  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1428  DNA repair protein RadC  42.59 
 
 		 228 aa  170  3e-41  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00255062  normal  0.0926898 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0675  DNA repair protein RadC  40.57 
 
 		 253 aa  169  5e-41  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.461756  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3086  DNA repair protein RadC  44.44 
 
 		 225 aa  164  1.0000000000000001e-39  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.599972 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0054  DNA repair protein RadC  38.67 
 
 		 226 aa  159  7e-38  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  unclonable  0.00000000185738  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3721  DNA repair protein RadC  51.97 
 
 		 138 aa  157  3e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0768638  normal  0.946215 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0559  DNA repair protein RadC  38.79 
 
 		 232 aa  155  9e-37  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000678315  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0757  DNA repair protein RadC  40.18 
 
 		 223 aa  154  1e-36  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1462  RadC family DNA repair protein  37.13 
 
 		 271 aa  154  1e-36  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.457457  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1864  DNA repair protein RadC  43.98 
 
 		 225 aa  154  1e-36  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3283  DNA repair protein RadC  44.92 
 
 		 225 aa  154  2e-36  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1240  DNA repair protein  38.16 
 
 		 275 aa  153  4e-36  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.770366  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1263  DNA repair protein RadC  39.15 
 
 		 272 aa  152  8e-36  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.94843  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0208  DNA repair protein RadC  43.37 
 
 		 221 aa  150  2e-35  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0478736 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0229  DNA repair protein RadC  35.87 
 
 		 236 aa  147  2.0000000000000003e-34  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.0416143  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0257  DNA repair protein RadC  37.56 
 
 		 241 aa  146  3e-34  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1542  DNA repair protein RadC  49.24 
 
 		 162 aa  142  7e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0350169 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2935  DNA repair protein RadC  36.62 
 
 		 227 aa  141  9.999999999999999e-33  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.144285  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1625  DNA repair protein RadC  36.84 
 
 		 229 aa  137  1e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0210  DNA repair protein RadC  39.11 
 
 		 244 aa  135  8e-31  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.567078  normal  0.0524973 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0818  DNA repair protein RadC  36.68 
 
 		 253 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.84629 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2135  DNA repair protein RadC  37.26 
 
 		 236 aa  133  3.9999999999999996e-30  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00000438114  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3148  DNA repair protein RadC  36.68 
 
 		 259 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.886628  normal  0.925448 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2732  DNA repair protein RadC  37.13 
 
 		 228 aa  130  2.0000000000000002e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0948  DNA repair protein RadC  38.32 
 
 		 244 aa  130  3e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.455823  normal  0.486956 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2712  DNA repair protein RadC  36.27 
 
 		 224 aa  128  1.0000000000000001e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2262  DNA repair proteins  39.47 
 
 		 206 aa  127  2.0000000000000002e-28  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.195306  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2322  DNA repair protein RadC  35.78 
 
 		 224 aa  125  5e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0102136 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3339  DNA repair protein RadC  36.92 
 
 		 224 aa  125  5e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0155907  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1541  DNA repair protein RadC  35.89 
 
 		 232 aa  125  6e-28  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  decreased coverage  0.00000897994  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5539  DNA repair protein RadC  36.14 
 
 		 224 aa  125  8.000000000000001e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.856956  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2444  DNA repair protein RadC  36.95 
 
 		 224 aa  125  1e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.418589  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00653  DNA repair protein RadC  37.19 
 
 		 224 aa  124  1e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0086  DNA repair protein RadC  35.64 
 
 		 224 aa  124  2e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2138  DNA repair protein RadC  36.95 
 
 		 224 aa  124  2e-27  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.574311  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3340  DNA repair protein RadC  35.89 
 
 		 233 aa  123  3e-27  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000661948  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4009  DNA repair protein RadC  33.98 
 
 		 221 aa  124  3e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.273398  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14250  DNA repair protein RadC  34.15 
 
 		 228 aa  123  3e-27  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000326992  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0159  DNA repair protein RadC  34.17 
 
 		 221 aa  123  3e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.130887  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4055  DNA repair protein RadC  33.98 
 
 		 221 aa  123  4e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.298214  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3928  DNA repair protein RadC  33.98 
 
 		 221 aa  123  4e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0713663  hitchhiker  0.00154722 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0176  DNA repair protein RadC  37.21 
 
 		 225 aa  122  4e-27  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.260187  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4116  DNA repair protein RadC  33.98 
 
 		 221 aa  123  4e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00598559  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3946  DNA repair protein RadC  33.98 
 
 		 221 aa  123  4e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0929037  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1412  DNA repair protein RadC  35.71 
 
 		 227 aa  123  4e-27  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02940  DNA repair protein RadC  36.63 
 
 		 224 aa  122  6e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001821  DNA repair protein RadC  37.19 
 
 		 224 aa  122  7e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000198963  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3847  DNA repair protein RadC  33.81 
 
 		 222 aa  122  7e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  5.55148e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0585  DNA repair protein RadC  34.98 
 
 		 242 aa  122  7e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.92591 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4842  DNA repair protein RadC  35.32 
 
 		 227 aa  122  8e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000109613  hitchhiker  0.0000409278 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6095  DNA repair protein RadC  37.13 
 
 		 224 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.872274  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4376  DNA repair protein RadC  37.62 
 
 		 224 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0839768 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>