More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17025_2764 on replicon NC_009428
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009428  Rsph17025_2764  DNA repair protein RadC  100 
 
 		 261 aa  523  1e-147  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.803662  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1171  DNA repair protein RadC  85.83 
 
 		 254 aa  454  1.0000000000000001e-126  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2833  DNA repair protein RadC  87.44 
 
 		 223 aa  404  1.0000000000000001e-112  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2304  DNA repair protein RadC  71.86 
 
 		 263 aa  379  1e-104  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.138327  normal  0.0504467 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3569  DNA repair protein RadC  70.59 
 
 		 254 aa  355  3.9999999999999996e-97  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0008  DNA repair protein RadC  68.22 
 
 		 258 aa  352  5e-96  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0728991  normal  0.408285 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0286  DNA repair protein RadC  70.05 
 
 		 257 aa  317  9e-86  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.697565 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2599  DNA repair protein RadC  63.23 
 
 		 230 aa  284  1.0000000000000001e-75  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.129734  normal  0.187954 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2270  DNA repair protein RadC  61.5 
 
 		 278 aa  283  2.0000000000000002e-75  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1709  DNA repair protein RadC  55.38 
 
 		 275 aa  278  5e-74  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.537978 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7509  DNA repair protein RadC  60.7 
 
 		 242 aa  274  1.0000000000000001e-72  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0720  DNA repair protein RadC  60.73 
 
 		 273 aa  273  2.0000000000000002e-72  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.309189  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6762  DNA repair protein RadC  62.16 
 
 		 247 aa  272  4.0000000000000004e-72  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  hitchhiker  0.00351119  normal  0.181603 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1511  DNA repair protein RadC  60.56 
 
 		 275 aa  271  1e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1454  DNA repair protein RadC  58.37 
 
 		 251 aa  269  2.9999999999999997e-71  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.327679  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2163  DNA repair protein RadC  59.65 
 
 		 246 aa  268  5.9999999999999995e-71  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1459  DNA repair protein RadC  60.28 
 
 		 260 aa  265  5.999999999999999e-70  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.734795  hitchhiker  0.00198862 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2483  DNA repair protein RadC  60.56 
 
 		 248 aa  264  1e-69  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.582097  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0575  DNA repair protein RadC  58.69 
 
 		 242 aa  264  1e-69  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2207  DNA repair protein RadC  60.56 
 
 		 248 aa  263  2e-69  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.652517  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0335  DNA repair protein RadC  58.69 
 
 		 236 aa  263  3e-69  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.75672 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2077  DNA repair protein RadC  54.74 
 
 		 238 aa  258  5.0000000000000005e-68  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1909  DNA repair protein RadC  56.25 
 
 		 249 aa  258  7e-68  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2898  DNA repair protein RadC  56.81 
 
 		 241 aa  258  8e-68  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.80937  normal  0.341172 
 
 
-
 
NC_004310  BR1283  DNA repair protein RadC  55.23 
 
 		 249 aa  256  2e-67  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0949779  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0430  DNA repair protein RadC  55.08 
 
 		 254 aa  256  3e-67  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1246  DNA repair protein RadC  55.46 
 
 		 246 aa  256  3e-67  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.114408  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0830  RadC family DNA repair protein  56.81 
 
 		 265 aa  254  8e-67  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0533914  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1043  DNA repair protein RadC  56.22 
 
 		 226 aa  251  7e-66  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.193077 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0732  DNA repair protein RadC  54.47 
 
 		 243 aa  250  1e-65  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0585  DNA repair protein RadC  55.42 
 
 		 248 aa  249  2e-65  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.489804  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0700  DNA repair protein RadC  56.49 
 
 		 250 aa  249  4e-65  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0152  DNA repair protein RadC  55.08 
 
 		 239 aa  243  1.9999999999999999e-63  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0389  DNA repair protein RadC  54.66 
 
 		 239 aa  241  1e-62  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.741641  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1493  DNA repair protein RadC  52.53 
 
 		 255 aa  230  2e-59  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2621  DNA repair protein RadC  51.07 
 
 		 246 aa  229  5e-59  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3052  DNA repair protein RadC  64.12 
 
 		 209 aa  223  2e-57  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.184717  normal  0.163227 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1311  DNA repair protein RadC  46.12 
 
 		 245 aa  209  3e-53  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7387  DNA repair protein RadC  58.82 
 
 		 203 aa  204  8e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.21794  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4476  DNA repair protein RadC  49.76 
 
 		 230 aa  201  8e-51  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.352364  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1070  DNA repair protein RadC  43.24 
 
 		 272 aa  201  9e-51  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0324215  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3794  DNA repair protein RadC  56.47 
 
 		 196 aa  194  1e-48  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0842954  unclonable  0.000000153517 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5346  DNA repair protein RadC  51.45 
 
 		 253 aa  194  1e-48  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.67199 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3721  DNA repair protein RadC  64.39 
 
 		 138 aa  189  4e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0768638  normal  0.946215 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0649  DNA repair protein RadC  40.09 
 
 		 230 aa  184  1.0000000000000001e-45  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0301917  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0363  DNA repair protein RadC  38.25 
 
 		 230 aa  179  4e-44  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0357  DNA repair protein RadC  38.81 
 
 		 224 aa  177  1e-43  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1362  DNA repair protein RadC  39.01 
 
 		 228 aa  176  4e-43  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5205  DNA repair protein RadC  48.29 
 
 		 223 aa  173  2.9999999999999996e-42  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0675  DNA repair protein RadC  42.86 
 
 		 253 aa  167  1e-40  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.461756  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0054  DNA repair protein RadC  43.32 
 
 		 226 aa  166  2e-40  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  unclonable  0.00000000185738  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1542  DNA repair protein RadC  57.14 
 
 		 162 aa  161  1e-38  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0350169 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1240  DNA repair protein  39.27 
 
 		 275 aa  159  4e-38  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.770366  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1428  DNA repair protein RadC  42.15 
 
 		 228 aa  157  1e-37  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00255062  normal  0.0926898 
 
 
-
 
NC_002936  DET1462  RadC family DNA repair protein  38.81 
 
 		 271 aa  157  2e-37  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.457457  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0229  DNA repair protein RadC  38.25 
 
 		 236 aa  157  2e-37  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.0416143  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1263  DNA repair protein RadC  38.25 
 
 		 272 aa  154  2e-36  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.94843  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2442  DNA repair protein RadC  41.4 
 
 		 225 aa  153  2.9999999999999998e-36  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0559  DNA repair protein RadC  37.79 
 
 		 232 aa  151  1e-35  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000678315  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0208  DNA repair protein RadC  47.46 
 
 		 221 aa  150  2e-35  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0478736 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0757  DNA repair protein RadC  38.25 
 
 		 223 aa  143  2e-33  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0257  DNA repair protein RadC  37.16 
 
 		 241 aa  143  3e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0818  DNA repair protein RadC  38.39 
 
 		 253 aa  142  7e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.84629 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1625  DNA repair protein RadC  40.19 
 
 		 229 aa  141  9e-33  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2935  DNA repair protein RadC  33.94 
 
 		 227 aa  139  3e-32  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.144285  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3086  DNA repair protein RadC  40.55 
 
 		 225 aa  140  3e-32  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.599972 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0061  DNA repair protein RadC  36.79 
 
 		 222 aa  139  3e-32  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.0000000803057  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4155  DNA repair protein RadC  36.79 
 
 		 222 aa  139  3e-32  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000385869  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0055  DNA repair protein RadC  36.79 
 
 		 222 aa  139  3e-32  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00110117  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0585  DNA repair protein RadC  36.05 
 
 		 242 aa  138  8.999999999999999e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.92591 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1864  DNA repair protein RadC  38.73 
 
 		 225 aa  137  2e-31  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3148  DNA repair protein RadC  37.73 
 
 		 259 aa  136  3.0000000000000003e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.886628  normal  0.925448 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2732  DNA repair protein RadC  40.47 
 
 		 228 aa  136  4e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2322  DNA repair protein RadC  36.74 
 
 		 224 aa  135  7.000000000000001e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0102136 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2444  DNA repair protein RadC  38.6 
 
 		 224 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.418589  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02940  DNA repair protein RadC  39.07 
 
 		 224 aa  133  1.9999999999999998e-30  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3283  DNA repair protein RadC  39.04 
 
 		 225 aa  134  1.9999999999999998e-30  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2712  DNA repair protein RadC  36.74 
 
 		 224 aa  133  3e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1541  DNA repair protein RadC  39.71 
 
 		 232 aa  132  3.9999999999999996e-30  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  decreased coverage  0.00000897994  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0210  DNA repair protein RadC  35.83 
 
 		 244 aa  132  5e-30  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.567078  normal  0.0524973 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3828  DNA repair protein RadC  35.65 
 
 		 225 aa  132  5e-30  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.760529  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0794  DNA repair protein RadC  38.21 
 
 		 256 aa  132  7.999999999999999e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.132133 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2588  DNA repair protein RadC  39.91 
 
 		 224 aa  131  9e-30  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.16454 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2526  DNA repair protein RadC  38.6 
 
 		 257 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1890  DNA repair protein RadC  38.6 
 
 		 257 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2501  DNA repair protein RadC  38.6 
 
 		 257 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.970207  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4842  DNA repair protein RadC  34.53 
 
 		 227 aa  129  7.000000000000001e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000109613  hitchhiker  0.0000409278 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3928  DNA repair protein RadC  33.49 
 
 		 221 aa  128  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0713663  hitchhiker  0.00154722 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4116  DNA repair protein RadC  33.49 
 
 		 221 aa  128  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00598559  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2135  DNA repair protein RadC  33.8 
 
 		 236 aa  128  1.0000000000000001e-28  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00000438114  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3678  DEAD/DEAH box helicase-like  36.28 
 
 		 224 aa  128  1.0000000000000001e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00158019  normal  0.0453807 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4055  DNA repair protein RadC  33.49 
 
 		 221 aa  128  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.298214  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3946  DNA repair protein RadC  33.49 
 
 		 221 aa  128  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0929037  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4009  DNA repair protein RadC  33.49 
 
 		 221 aa  128  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.273398  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0624  DNA repair protein RadC  37.44 
 
 		 224 aa  127  2.0000000000000002e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000507049 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3481  DNA repair protein RadC  35.85 
 
 		 233 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000421033  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5539  DNA repair protein RadC  34.88 
 
 		 224 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.856956  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0326  DNA repair protein RadC  34.91 
 
 		 225 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0170314  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0327  DNA repair protein RadC  36.79 
 
 		 225 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000320995  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4376  DNA repair protein RadC  38.6 
 
 		 224 aa  127  3e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0839768 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>