More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DehaBAV1_1263 on replicon NC_009455
Organism: Dehalococcoides sp. BAV1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009455  DehaBAV1_1263  DNA repair protein RadC  100 
 
 		 272 aa  562  1.0000000000000001e-159  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.94843  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1462  RadC family DNA repair protein  88.6 
 
 		 271 aa  501  1e-141  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.457457  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1240  DNA repair protein  88.97 
 
 		 275 aa  494  1e-139  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.770366  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0675  DNA repair protein RadC  45.25 
 
 		 253 aa  196  3e-49  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.461756  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0559  DNA repair protein RadC  39.64 
 
 		 232 aa  176  3e-43  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000678315  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3847  DNA repair protein RadC  42.86 
 
 		 222 aa  174  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  5.55148e-20  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03495  DNA repair protein RadC  42.38 
 
 		 222 aa  172  3.9999999999999995e-42  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0032943  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4139  DNA repair protein RadC  42.38 
 
 		 222 aa  172  3.9999999999999995e-42  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000017896  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03447  hypothetical protein  42.38 
 
 		 222 aa  172  3.9999999999999995e-42  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00415391  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5008  DNA repair protein RadC  42.38 
 
 		 222 aa  172  3.9999999999999995e-42  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.0000000900324  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3973  DNA repair protein RadC  42.38 
 
 		 222 aa  172  3.9999999999999995e-42  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00000015619  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0073  DNA repair protein RadC  41.98 
 
 		 214 aa  172  5.999999999999999e-42  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000433644  hitchhiker  0.000000188277 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0067  DNA repair protein RadC  42.38 
 
 		 222 aa  171  7.999999999999999e-42  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000216711  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4063  DNA repair protein RadC  41.9 
 
 		 222 aa  169  5e-41  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000737579  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4055  DNA repair protein RadC  40.57 
 
 		 221 aa  168  1e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.298214  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3946  DNA repair protein RadC  40.57 
 
 		 221 aa  168  1e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0929037  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3928  DNA repair protein RadC  40.57 
 
 		 221 aa  168  1e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0713663  hitchhiker  0.00154722 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4116  DNA repair protein RadC  40.57 
 
 		 221 aa  168  1e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00598559  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0757  DNA repair protein RadC  37.73 
 
 		 223 aa  167  2e-40  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1709  DNA repair protein RadC  39.66 
 
 		 275 aa  167  2e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.537978 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0257  DNA repair protein RadC  38.79 
 
 		 241 aa  166  5e-40  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1362  DNA repair protein RadC  37.83 
 
 		 228 aa  165  5.9999999999999996e-40  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4009  DNA repair protein RadC  40.09 
 
 		 221 aa  164  1.0000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.273398  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0008  DNA repair protein RadC  40.09 
 
 		 258 aa  163  3e-39  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0728991  normal  0.408285 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2621  DNA repair protein RadC  38.89 
 
 		 246 aa  162  5.0000000000000005e-39  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00653  DNA repair protein RadC  38.46 
 
 		 224 aa  162  7e-39  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2304  DNA repair protein RadC  38.25 
 
 		 263 aa  162  8.000000000000001e-39  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.138327  normal  0.0504467 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001821  DNA repair protein RadC  39.15 
 
 		 224 aa  161  1e-38  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000198963  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2077  DNA repair protein RadC  39.15 
 
 		 238 aa  161  1e-38  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1070  DNA repair protein RadC  38.75 
 
 		 272 aa  161  1e-38  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0324215  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1454  DNA repair protein RadC  40.85 
 
 		 251 aa  160  2e-38  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.327679  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1043  DNA repair protein RadC  39.09 
 
 		 226 aa  160  2e-38  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.193077 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0624  DNA repair protein RadC  35.65 
 
 		 224 aa  160  3e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000507049 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1311  DNA repair protein RadC  37.67 
 
 		 245 aa  160  3e-38  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0335  DNA repair protein RadC  37.55 
 
 		 236 aa  159  4e-38  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.75672 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1511  DNA repair protein RadC  40.09 
 
 		 275 aa  159  5e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0315  DNA repair protein RadC  39.07 
 
 		 224 aa  159  5e-38  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.220116  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0732  DNA repair protein RadC  37.71 
 
 		 243 aa  158  7e-38  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0046  DNA repair protein RadC  35.81 
 
 		 224 aa  159  7e-38  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.178856  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1428  DNA repair protein RadC  37.61 
 
 		 228 aa  157  1e-37  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00255062  normal  0.0926898 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3569  DNA repair protein RadC  35.59 
 
 		 254 aa  157  2e-37  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5539  DNA repair protein RadC  37.67 
 
 		 224 aa  157  2e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.856956  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0236  DNA repair protein RadC  37.67 
 
 		 224 aa  157  3e-37  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6762  DNA repair protein RadC  39.11 
 
 		 247 aa  156  3e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  hitchhiker  0.00351119  normal  0.181603 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1493  DNA repair protein RadC  36.24 
 
 		 255 aa  156  3e-37  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4100  DNA repair protein RadC  37.26 
 
 		 221 aa  157  3e-37  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0607652  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02940  DNA repair protein RadC  38.14 
 
 		 224 aa  156  4e-37  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2935  DNA repair protein RadC  35.62 
 
 		 227 aa  155  5.0000000000000005e-37  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.144285  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2155  DNA repair protein RadC  36.28 
 
 		 223 aa  155  9e-37  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.365065  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2597  DNA repair protein RadC  38.21 
 
 		 224 aa  155  1e-36  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.00000000000000367988  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5833  DNA repair protein RadC  36.49 
 
 		 257 aa  154  1e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.727825 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2898  DNA repair protein RadC  36.8 
 
 		 241 aa  154  1e-36  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.80937  normal  0.341172 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0430  DNA repair protein RadC  38.68 
 
 		 254 aa  154  1e-36  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2163  DNA repair protein RadC  36.96 
 
 		 246 aa  154  2e-36  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0575  DNA repair protein RadC  38.21 
 
 		 242 aa  154  2e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7509  DNA repair protein RadC  39.62 
 
 		 242 aa  153  2.9999999999999998e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0101  DNA repair protein RadC  37.74 
 
 		 221 aa  152  4e-36  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.0000716823  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0585  DNA repair protein RadC  34.84 
 
 		 242 aa  152  4e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.92591 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2599  DNA repair protein RadC  37.61 
 
 		 230 aa  152  4e-36  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.129734  normal  0.187954 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4390  DNA repair protein RadC  35.85 
 
 		 221 aa  152  5.9999999999999996e-36  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00436549  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0830  RadC family DNA repair protein  36.94 
 
 		 265 aa  152  5.9999999999999996e-36  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0533914  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3678  DEAD/DEAH box helicase-like  34.88 
 
 		 224 aa  152  7e-36  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00158019  normal  0.0453807 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2270  DNA repair protein RadC  39.15 
 
 		 278 aa  152  8e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0948  DNA repair protein RadC  35.98 
 
 		 244 aa  152  8e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.455823  normal  0.486956 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0192  DNA repair protein RadC  36.92 
 
 		 224 aa  152  8e-36  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000306509  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2444  DNA repair protein RadC  36.74 
 
 		 224 aa  151  1e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.418589  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2712  DNA repair protein RadC  35.81 
 
 		 224 aa  151  1e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2664  DNA repair protein RadC  35.81 
 
 		 224 aa  151  1e-35  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.649783  hitchhiker  0.0000127675 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3481  DNA repair protein RadC  36.79 
 
 		 233 aa  150  2e-35  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000421033  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1789  DNA repair protein  35.35 
 
 		 224 aa  150  2e-35  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.582251  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3340  DNA repair protein RadC  37.09 
 
 		 233 aa  149  3e-35  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000661948  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4842  DNA repair protein RadC  34.43 
 
 		 227 aa  149  5e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000109613  hitchhiker  0.0000409278 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3960  DNA repair protein RadC  33.02 
 
 		 221 aa  149  5e-35  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0193359  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1909  DNA repair protein RadC  34.71 
 
 		 249 aa  149  6e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1283  DNA repair protein RadC  37.26 
 
 		 249 aa  148  8e-35  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0949779  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1246  DNA repair protein RadC  37.26 
 
 		 246 aa  148  8e-35  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.114408  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3148  DNA repair protein RadC  35.71 
 
 		 259 aa  148  8e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.886628  normal  0.925448 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4376  DNA repair protein RadC  36.74 
 
 		 224 aa  148  9e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0839768 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3339  DNA repair protein RadC  35.98 
 
 		 224 aa  147  1.0000000000000001e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0155907  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0363  DNA repair protein RadC  35.32 
 
 		 230 aa  148  1.0000000000000001e-34  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6095  DNA repair protein RadC  36.28 
 
 		 224 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.872274  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2322  DNA repair protein RadC  34.88 
 
 		 224 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0102136 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0054  DNA repair protein RadC  38.99 
 
 		 226 aa  147  2.0000000000000003e-34  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  unclonable  0.00000000185738  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0100  DNA repair protein RadC  33.19 
 
 		 223 aa  147  2.0000000000000003e-34  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.234069  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0159  DNA repair protein RadC  32.55 
 
 		 221 aa  147  2.0000000000000003e-34  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.130887  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0144  DNA repair protein RadC  35.24 
 
 		 222 aa  147  2.0000000000000003e-34  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00783617  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0281  DNA repair protein RadC  35.48 
 
 		 234 aa  146  3e-34  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.257156  normal  0.0922067 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1890  DNA repair protein RadC  33.88 
 
 		 257 aa  147  3e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2526  DNA repair protein RadC  33.88 
 
 		 257 aa  147  3e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2501  DNA repair protein RadC  33.88 
 
 		 257 aa  147  3e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.970207  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0528  DNA repair protein RadC  37.56 
 
 		 224 aa  146  4.0000000000000006e-34  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.204187  unclonable  0.0000000000301239 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0358  DNA repair protein RadC  37.56 
 
 		 224 aa  146  4.0000000000000006e-34  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0732931  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0649  DNA repair protein RadC  35.32 
 
 		 230 aa  145  5e-34  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0301917  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0781  DNA repair protein RadC  37.26 
 
 		 262 aa  145  5e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.527544  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2301  DNA repair protein RadC  33.95 
 
 		 224 aa  145  5e-34  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1171  DNA repair protein RadC  36.41 
 
 		 254 aa  145  6e-34  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2483  DNA repair protein RadC  35.84 
 
 		 248 aa  145  6e-34  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.582097  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0056  DNA repair protein RadC  34.39 
 
 		 225 aa  145  6e-34  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.183755  normal  0.0623388 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0055  DNA repair protein RadC  36.32 
 
 		 222 aa  145  7.0000000000000006e-34  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00110117  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4155  DNA repair protein RadC  36.32 
 
 		 222 aa  145  7.0000000000000006e-34  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000385869  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>