More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dole_0675 on replicon NC_009943
Organism: Desulfococcus oleovorans Hxd3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009943  Dole_0675  DNA repair protein RadC  100 
 
 		 253 aa  523  1e-147  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.461756  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1263  DNA repair protein RadC  45.25 
 
 		 272 aa  208  6e-53  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.94843  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1240  DNA repair protein  42.11 
 
 		 275 aa  204  1e-51  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.770366  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1462  RadC family DNA repair protein  42.54 
 
 		 271 aa  203  2e-51  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.457457  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1043  DNA repair protein RadC  40.79 
 
 		 226 aa  186  4e-46  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.193077 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0732  DNA repair protein RadC  43.32 
 
 		 243 aa  185  7e-46  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1709  DNA repair protein RadC  42.45 
 
 		 275 aa  185  7e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.537978 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1511  DNA repair protein RadC  41.51 
 
 		 275 aa  181  7e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6762  DNA repair protein RadC  44.81 
 
 		 247 aa  181  1e-44  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  hitchhiker  0.00351119  normal  0.181603 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1454  DNA repair protein RadC  41.51 
 
 		 251 aa  180  2e-44  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.327679  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1070  DNA repair protein RadC  41.41 
 
 		 272 aa  179  2.9999999999999997e-44  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0324215  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2270  DNA repair protein RadC  40.57 
 
 		 278 aa  179  4e-44  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1311  DNA repair protein RadC  40.18 
 
 		 245 aa  178  9e-44  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2077  DNA repair protein RadC  40.65 
 
 		 238 aa  177  2e-43  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2898  DNA repair protein RadC  41.51 
 
 		 241 aa  175  7e-43  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.80937  normal  0.341172 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0575  DNA repair protein RadC  40.09 
 
 		 242 aa  174  8e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0008  DNA repair protein RadC  40.09 
 
 		 258 aa  175  8e-43  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0728991  normal  0.408285 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0430  DNA repair protein RadC  40.57 
 
 		 254 aa  174  9e-43  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1493  DNA repair protein RadC  39.19 
 
 		 255 aa  174  9e-43  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7509  DNA repair protein RadC  42.92 
 
 		 242 aa  174  9.999999999999999e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0335  DNA repair protein RadC  40.09 
 
 		 236 aa  173  1.9999999999999998e-42  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.75672 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2621  DNA repair protein RadC  40.64 
 
 		 246 aa  174  1.9999999999999998e-42  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2304  DNA repair protein RadC  39.63 
 
 		 263 aa  173  1.9999999999999998e-42  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.138327  normal  0.0504467 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1362  DNA repair protein RadC  37.56 
 
 		 228 aa  170  2e-41  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1283  DNA repair protein RadC  41.51 
 
 		 249 aa  170  2e-41  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0949779  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1246  DNA repair protein RadC  41.51 
 
 		 246 aa  170  2e-41  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.114408  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2163  DNA repair protein RadC  40.09 
 
 		 246 aa  170  2e-41  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1909  DNA repair protein RadC  40.83 
 
 		 249 aa  169  3e-41  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1171  DNA repair protein RadC  38.71 
 
 		 254 aa  168  8e-41  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2483  DNA repair protein RadC  39.15 
 
 		 248 aa  167  1e-40  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.582097  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1459  DNA repair protein RadC  39.62 
 
 		 260 aa  167  1e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.734795  hitchhiker  0.00198862 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2207  DNA repair protein RadC  39.62 
 
 		 248 aa  167  2e-40  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.652517  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0720  DNA repair protein RadC  38.21 
 
 		 273 aa  166  2.9999999999999998e-40  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.309189  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2764  DNA repair protein RadC  42.86 
 
 		 261 aa  166  4e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.803662  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4476  DNA repair protein RadC  40.89 
 
 		 230 aa  165  8e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.352364  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3569  DNA repair protein RadC  38.25 
 
 		 254 aa  163  2.0000000000000002e-39  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2599  DNA repair protein RadC  39.45 
 
 		 230 aa  164  2.0000000000000002e-39  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.129734  normal  0.187954 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0585  DNA repair protein RadC  40.57 
 
 		 248 aa  162  5.0000000000000005e-39  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.489804  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0830  RadC family DNA repair protein  36.65 
 
 		 265 aa  159  3e-38  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0533914  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2935  DNA repair protein RadC  36.82 
 
 		 227 aa  159  5e-38  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.144285  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0357  DNA repair protein RadC  36.28 
 
 		 224 aa  158  8e-38  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0286  DNA repair protein RadC  35.94 
 
 		 257 aa  156  2e-37  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.697565 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0700  DNA repair protein RadC  40.09 
 
 		 250 aa  156  3e-37  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0152  DNA repair protein RadC  39.62 
 
 		 239 aa  156  3e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0757  DNA repair protein RadC  36.99 
 
 		 223 aa  154  2e-36  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0363  DNA repair protein RadC  36.32 
 
 		 230 aa  154  2e-36  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0559  DNA repair protein RadC  35 
 
 		 232 aa  153  2.9999999999999998e-36  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000678315  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0389  DNA repair protein RadC  39.15 
 
 		 239 aa  152  4e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.741641  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2138  DNA repair protein RadC  37.67 
 
 		 224 aa  150  2e-35  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.574311  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0649  DNA repair protein RadC  34.43 
 
 		 230 aa  149  4e-35  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0301917  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3784  DNA repair protein RadC  36.77 
 
 		 231 aa  146  3e-34  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3837  DNA repair protein RadC  35.85 
 
 		 225 aa  144  1e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00013144  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0315  DNA repair protein RadC  35.81 
 
 		 224 aa  144  1e-33  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.220116  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2444  DNA repair protein RadC  36.28 
 
 		 224 aa  143  2e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.418589  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2712  DNA repair protein RadC  35.35 
 
 		 224 aa  143  2e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2833  DNA repair protein RadC  39.78 
 
 		 223 aa  143  2e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2588  DNA repair protein RadC  36.92 
 
 		 224 aa  143  3e-33  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.16454 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2322  DNA repair protein RadC  35.35 
 
 		 224 aa  142  6e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0102136 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1428  DNA repair protein RadC  38.68 
 
 		 228 aa  141  9e-33  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00255062  normal  0.0926898 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001821  DNA repair protein RadC  37.26 
 
 		 224 aa  141  9.999999999999999e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000198963  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3283  DNA repair protein RadC  38.43 
 
 		 225 aa  141  9.999999999999999e-33  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2442  DNA repair protein RadC  35.19 
 
 		 225 aa  140  1.9999999999999998e-32  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4138  DNA repair protein RadC  34.1 
 
 		 228 aa  140  1.9999999999999998e-32  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.592557  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00653  DNA repair protein RadC  36.32 
 
 		 224 aa  139  3e-32  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5833  DNA repair protein RadC  36.74 
 
 		 257 aa  139  3.9999999999999997e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.727825 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3868  DNA repair protein RadC  35.43 
 
 		 231 aa  139  3.9999999999999997e-32  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.956659 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0086  DNA repair protein RadC  36.74 
 
 		 224 aa  139  4.999999999999999e-32  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02940  DNA repair protein RadC  36.28 
 
 		 224 aa  139  4.999999999999999e-32  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2526  DNA repair protein RadC  36.82 
 
 		 257 aa  138  8.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1890  DNA repair protein RadC  36.82 
 
 		 257 aa  138  8.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0281  DNA repair protein RadC  37.16 
 
 		 234 aa  138  8.999999999999999e-32  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.257156  normal  0.0922067 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2501  DNA repair protein RadC  36.82 
 
 		 257 aa  138  8.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.970207  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0257  DNA repair protein RadC  34.84 
 
 		 241 aa  137  1e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3481  DNA repair protein RadC  34.91 
 
 		 233 aa  137  2e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000421033  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4561  DNA repair protein RadC  34.43 
 
 		 225 aa  136  3.0000000000000003e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000169917  hitchhiker  0.00000617306 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0514  DNA repair protein RadC  31.63 
 
 		 241 aa  135  4e-31  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.120777  hitchhiker  0.000000000242554 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3450  DNA repair protein RadC  37 
 
 		 238 aa  135  5e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.268052  normal  0.632907 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2597  DNA repair protein RadC  37.74 
 
 		 224 aa  135  6.0000000000000005e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.00000000000000367988  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0899  DNA repair protein RadC  34.11 
 
 		 226 aa  135  7.000000000000001e-31  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5539  DNA repair protein RadC  33.95 
 
 		 224 aa  135  7.000000000000001e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.856956  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0055  DNA repair protein RadC  34.91 
 
 		 222 aa  135  8e-31  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00110117  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4155  DNA repair protein RadC  34.91 
 
 		 222 aa  135  8e-31  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000385869  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0061  DNA repair protein RadC  34.91 
 
 		 222 aa  135  8e-31  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.0000000803057  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0192  DNA repair protein RadC  34.11 
 
 		 224 aa  133  1.9999999999999998e-30  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000306509  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2777  DNA repair protein RadC  36.56 
 
 		 238 aa  134  1.9999999999999998e-30  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0327  DNA repair protein RadC  35.68 
 
 		 225 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000320995  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0984  DNA repair protein RadC  39.62 
 
 		 278 aa  133  3e-30  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.299924  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0979  DNA repair protein RadC  39.62 
 
 		 278 aa  133  3e-30  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2230  DNA repair protein RadC  39.62 
 
 		 278 aa  133  3e-30  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0222  DNA repair protein RadC  35.35 
 
 		 224 aa  133  3e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1139  DNA repair protein RadC  39.62 
 
 		 278 aa  133  3e-30  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.437404  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0054  DNA repair protein RadC  35.09 
 
 		 226 aa  133  3e-30  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  unclonable  0.00000000185738  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0948  DNA repair protein RadC  37.85 
 
 		 244 aa  133  3e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.455823  normal  0.486956 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2646  DNA repair protein RadC  39.62 
 
 		 278 aa  133  3e-30  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1020  DNA repair protein RadC  39.62 
 
 		 278 aa  133  3e-30  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.569834  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2099  DNA repair protein RadC  39.62 
 
 		 278 aa  133  3e-30  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.208076  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3086  DNA repair protein RadC  35.56 
 
 		 225 aa  132  3.9999999999999996e-30  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.599972 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3340  DNA repair protein RadC  34.43 
 
 		 233 aa  132  3.9999999999999996e-30  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000661948  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2553  DNA repair protein RadC  33.18 
 
 		 227 aa  132  6e-30  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3678  DEAD/DEAH box helicase-like  33.95 
 
 		 224 aa  132  6e-30  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00158019  normal  0.0453807 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>