More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nwi_0335 on replicon NC_007406
Organism: Nitrobacter winogradskyi Nb-255



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007406  Nwi_0335  DNA repair protein RadC  100 
 
 		 236 aa  483  1e-135  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.75672 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0430  DNA repair protein RadC  94.92 
 
 		 254 aa  464  9.999999999999999e-131  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0575  DNA repair protein RadC  83.4 
 
 		 242 aa  414  9.999999999999999e-116  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0152  DNA repair protein RadC  84.52 
 
 		 239 aa  406  1.0000000000000001e-112  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0389  DNA repair protein RadC  87.22 
 
 		 239 aa  396  1e-109  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.741641  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0700  DNA repair protein RadC  82.01 
 
 		 250 aa  393  1e-108  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1454  DNA repair protein RadC  68.33 
 
 		 251 aa  333  1e-90  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.327679  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6762  DNA repair protein RadC  68.44 
 
 		 247 aa  328  3e-89  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  hitchhiker  0.00351119  normal  0.181603 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2270  DNA repair protein RadC  66.07 
 
 		 278 aa  327  9e-89  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2163  DNA repair protein RadC  63.83 
 
 		 246 aa  324  6e-88  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7509  DNA repair protein RadC  67.56 
 
 		 242 aa  323  1e-87  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2898  DNA repair protein RadC  65.77 
 
 		 241 aa  322  3e-87  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.80937  normal  0.341172 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2077  DNA repair protein RadC  65.78 
 
 		 238 aa  318  3.9999999999999996e-86  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1709  DNA repair protein RadC  64.19 
 
 		 275 aa  315  5e-85  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.537978 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2483  DNA repair protein RadC  64.29 
 
 		 248 aa  314  7e-85  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.582097  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1459  DNA repair protein RadC  64.73 
 
 		 260 aa  313  9.999999999999999e-85  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.734795  hitchhiker  0.00198862 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1511  DNA repair protein RadC  65.04 
 
 		 275 aa  313  9.999999999999999e-85  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1283  DNA repair protein RadC  65.18 
 
 		 249 aa  313  1.9999999999999998e-84  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0949779  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2207  DNA repair protein RadC  64.41 
 
 		 248 aa  311  5.999999999999999e-84  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.652517  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1909  DNA repair protein RadC  61.07 
 
 		 249 aa  308  5.9999999999999995e-83  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1246  DNA repair protein RadC  65.3 
 
 		 246 aa  307  9e-83  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.114408  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0585  DNA repair protein RadC  66.07 
 
 		 248 aa  306  3e-82  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.489804  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2599  DNA repair protein RadC  62.45 
 
 		 230 aa  302  3.0000000000000004e-81  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.129734  normal  0.187954 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7387  DNA repair protein RadC  75.13 
 
 		 203 aa  301  5.000000000000001e-81  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.21794  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3052  DNA repair protein RadC  71.11 
 
 		 209 aa  279  3e-74  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.184717  normal  0.163227 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0286  DNA repair protein RadC  56.28 
 
 		 257 aa  278  7e-74  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.697565 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0830  RadC family DNA repair protein  57.47 
 
 		 265 aa  275  3e-73  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0533914  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2304  DNA repair protein RadC  58.53 
 
 		 263 aa  273  2.0000000000000002e-72  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.138327  normal  0.0504467 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3569  DNA repair protein RadC  55.02 
 
 		 254 aa  269  2.9999999999999997e-71  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1043  DNA repair protein RadC  56 
 
 		 226 aa  264  8.999999999999999e-70  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.193077 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0732  DNA repair protein RadC  57.27 
 
 		 243 aa  262  4e-69  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1171  DNA repair protein RadC  53.25 
 
 		 254 aa  258  5.0000000000000005e-68  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0008  DNA repair protein RadC  55.05 
 
 		 258 aa  254  1.0000000000000001e-66  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0728991  normal  0.408285 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2764  DNA repair protein RadC  58.69 
 
 		 261 aa  249  2e-65  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.803662  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1493  DNA repair protein RadC  55.5 
 
 		 255 aa  249  4e-65  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0720  DNA repair protein RadC  51.56 
 
 		 273 aa  243  1.9999999999999999e-63  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.309189  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2833  DNA repair protein RadC  55.12 
 
 		 223 aa  234  1.0000000000000001e-60  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2621  DNA repair protein RadC  51.16 
 
 		 246 aa  222  4e-57  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1070  DNA repair protein RadC  47.58 
 
 		 272 aa  220  9.999999999999999e-57  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0324215  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0363  DNA repair protein RadC  44.5 
 
 		 230 aa  210  1e-53  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1311  DNA repair protein RadC  43.46 
 
 		 245 aa  207  2e-52  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3794  DNA repair protein RadC  55.11 
 
 		 196 aa  204  1e-51  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0842954  unclonable  0.000000153517 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0649  DNA repair protein RadC  42.66 
 
 		 230 aa  202  5e-51  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0301917  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4476  DNA repair protein RadC  43.84 
 
 		 230 aa  196  4.0000000000000005e-49  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.352364  normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5346  DNA repair protein RadC  50.7 
 
 		 253 aa  195  5.000000000000001e-49  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.67199 
 
 
-
 
NC_002978  WD0357  DNA repair protein RadC  40.83 
 
 		 224 aa  189  2e-47  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5205  DNA repair protein RadC  45.97 
 
 		 223 aa  189  2.9999999999999997e-47  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1362  DNA repair protein RadC  40.18 
 
 		 228 aa  184  1.0000000000000001e-45  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0054  DNA repair protein RadC  41.96 
 
 		 226 aa  176  4e-43  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  unclonable  0.00000000185738  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2442  DNA repair protein RadC  40.55 
 
 		 225 aa  172  5.999999999999999e-42  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1428  DNA repair protein RadC  41.01 
 
 		 228 aa  170  2e-41  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00255062  normal  0.0926898 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0675  DNA repair protein RadC  40.09 
 
 		 253 aa  163  3e-39  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.461756  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1462  RadC family DNA repair protein  38.53 
 
 		 271 aa  160  2e-38  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.457457  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3086  DNA repair protein RadC  41.28 
 
 		 225 aa  160  2e-38  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.599972 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1240  DNA repair protein  37.02 
 
 		 275 aa  160  2e-38  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.770366  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1263  DNA repair protein RadC  37.55 
 
 		 272 aa  159  3e-38  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.94843  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0229  DNA repair protein RadC  39.25 
 
 		 236 aa  159  4e-38  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.0416143  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3721  DNA repair protein RadC  51.91 
 
 		 138 aa  155  3e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0768638  normal  0.946215 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3283  DNA repair protein RadC  41.75 
 
 		 225 aa  154  1e-36  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1542  DNA repair protein RadC  51.52 
 
 		 162 aa  150  2e-35  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0350169 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1864  DNA repair protein RadC  40.72 
 
 		 225 aa  148  6e-35  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0257  DNA repair protein RadC  36.53 
 
 		 241 aa  147  1.0000000000000001e-34  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0559  DNA repair protein RadC  34.58 
 
 		 232 aa  145  6e-34  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000678315  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1625  DNA repair protein RadC  37.79 
 
 		 229 aa  143  2e-33  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0757  DNA repair protein RadC  36.53 
 
 		 223 aa  142  4e-33  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2712  DNA repair protein RadC  37.75 
 
 		 224 aa  142  5e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1541  DNA repair protein RadC  37.32 
 
 		 232 aa  139  3e-32  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  decreased coverage  0.00000897994  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2935  DNA repair protein RadC  34.74 
 
 		 227 aa  139  3e-32  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.144285  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0208  DNA repair protein RadC  43.11 
 
 		 221 aa  139  4.999999999999999e-32  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0478736 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2322  DNA repair protein RadC  36.76 
 
 		 224 aa  138  7.999999999999999e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0102136 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2444  DNA repair protein RadC  37.44 
 
 		 224 aa  137  2e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.418589  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2732  DNA repair protein RadC  38.94 
 
 		 228 aa  136  3.0000000000000003e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0210  DNA repair protein RadC  36.94 
 
 		 244 aa  135  8e-31  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.567078  normal  0.0524973 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2135  DNA repair protein RadC  35.38 
 
 		 236 aa  133  3e-30  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00000438114  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3148  DNA repair protein RadC  35.56 
 
 		 259 aa  133  3e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.886628  normal  0.925448 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4009  DNA repair protein RadC  33.01 
 
 		 221 aa  132  3.9999999999999996e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.273398  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3946  DNA repair protein RadC  33.01 
 
 		 221 aa  132  6e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0929037  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4055  DNA repair protein RadC  33.01 
 
 		 221 aa  132  6e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.298214  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4116  DNA repair protein RadC  33.01 
 
 		 221 aa  132  6e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00598559  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3928  DNA repair protein RadC  33.01 
 
 		 221 aa  132  6e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0713663  hitchhiker  0.00154722 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0585  DNA repair protein RadC  36.95 
 
 		 242 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.92591 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00653  DNA repair protein RadC  37.19 
 
 		 224 aa  131  1.0000000000000001e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0948  DNA repair protein RadC  37.38 
 
 		 244 aa  130  1.0000000000000001e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.455823  normal  0.486956 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0818  DNA repair protein RadC  35.32 
 
 		 253 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.84629 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3340  DNA repair protein RadC  35.41 
 
 		 233 aa  130  1.0000000000000001e-29  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000661948  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2303  DNA repair protein RadC  36.19 
 
 		 229 aa  130  2.0000000000000002e-29  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.432419  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0046  DNA repair protein RadC  38.61 
 
 		 224 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.178856  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2549  DNA repair protein RadC  34.45 
 
 		 227 aa  129  3e-29  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5539  DNA repair protein RadC  37.13 
 
 		 224 aa  129  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.856956  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2550  DNA repair protein RadC  34.45 
 
 		 226 aa  129  5.0000000000000004e-29  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.727412  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001821  DNA repair protein RadC  37.25 
 
 		 224 aa  129  5.0000000000000004e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000198963  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1642  DNA repair protein RadC  35.98 
 
 		 235 aa  129  6e-29  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.000000389911  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0899  DNA repair protein RadC  33.49 
 
 		 226 aa  128  7.000000000000001e-29  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1825  DNA repair protein RadC  33.33 
 
 		 233 aa  128  8.000000000000001e-29  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0144  DNA repair protein RadC  33.98 
 
 		 222 aa  128  8.000000000000001e-29  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00783617  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3339  DNA repair protein RadC  38 
 
 		 224 aa  127  1.0000000000000001e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0155907  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6095  DNA repair protein RadC  38.12 
 
 		 224 aa  127  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.872274  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1467  DNA repair protein RadC  36.62 
 
 		 230 aa  126  3e-28  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2138  DNA repair protein RadC  36.36 
 
 		 224 aa  126  3e-28  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.574311  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0315  DNA repair protein RadC  37.25 
 
 		 224 aa  126  3e-28  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.220116  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>