More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_2304 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_2304  DNA repair protein RadC  100 
 
 		 263 aa  525  1e-148  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.138327  normal  0.0504467 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1171  DNA repair protein RadC  70.34 
 
 		 254 aa  370  1e-101  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2764  DNA repair protein RadC  71.86 
 
 		 261 aa  365  1e-100  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.803662  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0008  DNA repair protein RadC  71.48 
 
 		 258 aa  366  1e-100  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0728991  normal  0.408285 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3569  DNA repair protein RadC  70.93 
 
 		 254 aa  356  1.9999999999999998e-97  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2833  DNA repair protein RadC  72.41 
 
 		 223 aa  333  1e-90  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0286  DNA repair protein RadC  69.59 
 
 		 257 aa  322  3e-87  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.697565 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2599  DNA repair protein RadC  61.43 
 
 		 230 aa  286  2.9999999999999996e-76  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.129734  normal  0.187954 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6762  DNA repair protein RadC  64.52 
 
 		 247 aa  285  5.999999999999999e-76  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  hitchhiker  0.00351119  normal  0.181603 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7509  DNA repair protein RadC  60.43 
 
 		 242 aa  282  4.0000000000000003e-75  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2077  DNA repair protein RadC  59.83 
 
 		 238 aa  278  6e-74  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0720  DNA repair protein RadC  55.83 
 
 		 273 aa  273  2.0000000000000002e-72  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.309189  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0335  DNA repair protein RadC  58.53 
 
 		 236 aa  273  3e-72  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.75672 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0575  DNA repair protein RadC  57.6 
 
 		 242 aa  270  1e-71  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2898  DNA repair protein RadC  56.07 
 
 		 241 aa  270  2e-71  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.80937  normal  0.341172 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1454  DNA repair protein RadC  58.37 
 
 		 251 aa  269  2.9999999999999997e-71  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.327679  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0700  DNA repair protein RadC  62.14 
 
 		 250 aa  267  1e-70  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1709  DNA repair protein RadC  57.14 
 
 		 275 aa  267  1e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.537978 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1909  DNA repair protein RadC  60.09 
 
 		 249 aa  266  2.9999999999999995e-70  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2163  DNA repair protein RadC  57.98 
 
 		 246 aa  265  5e-70  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0430  DNA repair protein RadC  53.11 
 
 		 254 aa  265  5e-70  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2270  DNA repair protein RadC  57.55 
 
 		 278 aa  265  8e-70  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1511  DNA repair protein RadC  56.68 
 
 		 275 aa  264  8.999999999999999e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0152  DNA repair protein RadC  60.98 
 
 		 239 aa  264  1e-69  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1283  DNA repair protein RadC  60.09 
 
 		 249 aa  263  2e-69  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0949779  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2483  DNA repair protein RadC  59.91 
 
 		 248 aa  261  6e-69  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.582097  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1246  DNA repair protein RadC  60.55 
 
 		 246 aa  261  6.999999999999999e-69  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.114408  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2207  DNA repair protein RadC  59.91 
 
 		 248 aa  260  2e-68  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.652517  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0389  DNA repair protein RadC  60.5 
 
 		 239 aa  258  8e-68  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.741641  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1459  DNA repair protein RadC  56.68 
 
 		 260 aa  256  2e-67  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.734795  hitchhiker  0.00198862 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0732  DNA repair protein RadC  55.17 
 
 		 243 aa  255  6e-67  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1043  DNA repair protein RadC  56.68 
 
 		 226 aa  253  2.0000000000000002e-66  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.193077 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0585  DNA repair protein RadC  60.37 
 
 		 248 aa  246  3e-64  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.489804  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0830  RadC family DNA repair protein  53 
 
 		 265 aa  245  4.9999999999999997e-64  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0533914  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1493  DNA repair protein RadC  52.53 
 
 		 255 aa  233  2.0000000000000002e-60  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3052  DNA repair protein RadC  65.29 
 
 		 209 aa  233  2.0000000000000002e-60  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.184717  normal  0.163227 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2621  DNA repair protein RadC  48.75 
 
 		 246 aa  228  1e-58  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1311  DNA repair protein RadC  48.7 
 
 		 245 aa  222  4e-57  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4476  DNA repair protein RadC  50.43 
 
 		 230 aa  211  7.999999999999999e-54  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.352364  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7387  DNA repair protein RadC  58.24 
 
 		 203 aa  211  1e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.21794  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1070  DNA repair protein RadC  45.31 
 
 		 272 aa  209  3e-53  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0324215  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0649  DNA repair protein RadC  39.63 
 
 		 230 aa  196  2.0000000000000003e-49  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0301917  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0363  DNA repair protein RadC  39.17 
 
 		 230 aa  195  6e-49  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5346  DNA repair protein RadC  48.57 
 
 		 253 aa  195  8.000000000000001e-49  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.67199 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3794  DNA repair protein RadC  56.47 
 
 		 196 aa  191  9e-48  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0842954  unclonable  0.000000153517 
 
 
-
 
NC_002978  WD0357  DNA repair protein RadC  39.01 
 
 		 224 aa  183  2.0000000000000003e-45  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3721  DNA repair protein RadC  59.85 
 
 		 138 aa  177  2e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0768638  normal  0.946215 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1362  DNA repair protein RadC  36.82 
 
 		 228 aa  167  1e-40  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5205  DNA repair protein RadC  44.88 
 
 		 223 aa  167  2e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1462  RadC family DNA repair protein  39.27 
 
 		 271 aa  164  1.0000000000000001e-39  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.457457  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0675  DNA repair protein RadC  39.63 
 
 		 253 aa  163  2.0000000000000002e-39  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.461756  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1240  DNA repair protein  38.39 
 
 		 275 aa  163  3e-39  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.770366  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1263  DNA repair protein RadC  38.25 
 
 		 272 aa  162  7e-39  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.94843  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0208  DNA repair protein RadC  47.95 
 
 		 221 aa  160  2e-38  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0478736 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1542  DNA repair protein RadC  56.55 
 
 		 162 aa  160  2e-38  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0350169 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0229  DNA repair protein RadC  37.5 
 
 		 236 aa  159  4e-38  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.0416143  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1428  DNA repair protein RadC  41.26 
 
 		 228 aa  159  5e-38  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00255062  normal  0.0926898 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0054  DNA repair protein RadC  39.63 
 
 		 226 aa  156  3e-37  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  unclonable  0.00000000185738  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2442  DNA repair protein RadC  39.63 
 
 		 225 aa  151  8e-36  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3283  DNA repair protein RadC  44.09 
 
 		 225 aa  146  3e-34  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0757  DNA repair protein RadC  38.25 
 
 		 223 aa  145  5e-34  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4116  DNA repair protein RadC  38.21 
 
 		 221 aa  145  6e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00598559  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3928  DNA repair protein RadC  38.21 
 
 		 221 aa  145  6e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0713663  hitchhiker  0.00154722 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4055  DNA repair protein RadC  38.21 
 
 		 221 aa  145  6e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.298214  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3946  DNA repair protein RadC  38.21 
 
 		 221 aa  145  6e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0929037  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4009  DNA repair protein RadC  38.21 
 
 		 221 aa  145  6e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.273398  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1541  DNA repair protein RadC  40.81 
 
 		 232 aa  144  1e-33  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  decreased coverage  0.00000897994  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3086  DNA repair protein RadC  39.82 
 
 		 225 aa  142  5e-33  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.599972 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4155  DNA repair protein RadC  36.79 
 
 		 222 aa  142  6e-33  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000385869  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0055  DNA repair protein RadC  36.79 
 
 		 222 aa  142  6e-33  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00110117  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0061  DNA repair protein RadC  36.79 
 
 		 222 aa  142  6e-33  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.0000000803057  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03495  DNA repair protein RadC  35.85 
 
 		 222 aa  140  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0032943  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3847  DNA repair protein RadC  35.85 
 
 		 222 aa  140  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  5.55148e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4063  DNA repair protein RadC  35.85 
 
 		 222 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000737579  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02940  DNA repair protein RadC  39.72 
 
 		 224 aa  140  1.9999999999999998e-32  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03447  hypothetical protein  35.85 
 
 		 222 aa  140  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00415391  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3960  DNA repair protein RadC  37.74 
 
 		 221 aa  140  1.9999999999999998e-32  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0193359  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4139  DNA repair protein RadC  35.85 
 
 		 222 aa  139  3e-32  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000017896  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5008  DNA repair protein RadC  35.85 
 
 		 222 aa  139  3e-32  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.0000000900324  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3973  DNA repair protein RadC  35.85 
 
 		 222 aa  139  3e-32  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00000015619  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0067  DNA repair protein RadC  35.85 
 
 		 222 aa  139  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000216711  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0818  DNA repair protein RadC  38.1 
 
 		 253 aa  139  3.9999999999999997e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.84629 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0073  DNA repair protein RadC  35.85 
 
 		 214 aa  139  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000433644  hitchhiker  0.000000188277 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4842  DNA repair protein RadC  38.25 
 
 		 227 aa  138  7.999999999999999e-32  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000109613  hitchhiker  0.0000409278 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0559  DNA repair protein RadC  33.64 
 
 		 232 aa  138  1e-31  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000678315  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5539  DNA repair protein RadC  35.51 
 
 		 224 aa  137  1e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.856956  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1864  DNA repair protein RadC  37.75 
 
 		 225 aa  138  1e-31  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1825  DNA repair protein RadC  38.99 
 
 		 233 aa  137  2e-31  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0159  DNA repair protein RadC  37.26 
 
 		 221 aa  137  2e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.130887  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3148  DNA repair protein RadC  35.22 
 
 		 259 aa  137  2e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.886628  normal  0.925448 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0257  DNA repair protein RadC  36.7 
 
 		 241 aa  135  5e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0101  DNA repair protein RadC  36.32 
 
 		 221 aa  135  6.0000000000000005e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.0000716823  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2444  DNA repair protein RadC  36.79 
 
 		 224 aa  135  7.000000000000001e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.418589  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3582  DNA repair protein RadC  39.17 
 
 		 229 aa  135  9e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0585  DNA repair protein RadC  37.14 
 
 		 242 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.92591 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0144  DNA repair protein RadC  35.85 
 
 		 222 aa  134  9.999999999999999e-31  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00783617  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1625  DNA repair protein RadC  39.23 
 
 		 229 aa  134  9.999999999999999e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0624  DNA repair protein RadC  35.98 
 
 		 224 aa  133  1.9999999999999998e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000507049 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2135  DNA repair protein RadC  33.95 
 
 		 236 aa  134  1.9999999999999998e-30  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00000438114  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2322  DNA repair protein RadC  34.91 
 
 		 224 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0102136 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>