More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rleg_1709 on replicon NC_012850
Organism: Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012850  Rleg_1709  DNA repair protein RadC  100 
 
 
275 aa  556  1e-157  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.537978 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1511  DNA repair protein RadC  92.36 
 
 
275 aa  499  1e-140  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2270  DNA repair protein RadC  81.27 
 
 
278 aa  408  1e-113  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1459  DNA repair protein RadC  82.35 
 
 
260 aa  376  1e-103  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.734795  hitchhiker  0.00198862 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1454  DNA repair protein RadC  69.06 
 
 
251 aa  327  9e-89  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.327679  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1283  DNA repair protein RadC  71.04 
 
 
249 aa  321  9.999999999999999e-87  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0949779  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1909  DNA repair protein RadC  70.14 
 
 
249 aa  318  7.999999999999999e-86  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0430  DNA repair protein RadC  65.5 
 
 
254 aa  317  1e-85  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1246  DNA repair protein RadC  71.3 
 
 
246 aa  315  3e-85  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.114408  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0335  DNA repair protein RadC  64.19 
 
 
236 aa  315  6e-85  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.75672 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0575  DNA repair protein RadC  65.25 
 
 
242 aa  314  9e-85  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7509  DNA repair protein RadC  65 
 
 
242 aa  311  9e-84  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6762  DNA repair protein RadC  68.33 
 
 
247 aa  304  1.0000000000000001e-81  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  hitchhiker  0.00351119  normal  0.181603 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2163  DNA repair protein RadC  63.18 
 
 
246 aa  303  2.0000000000000002e-81  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2207  DNA repair protein RadC  60.16 
 
 
248 aa  296  3e-79  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.652517  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2483  DNA repair protein RadC  60.82 
 
 
248 aa  295  5e-79  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.582097  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2898  DNA repair protein RadC  59.09 
 
 
241 aa  295  7e-79  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.80937  normal  0.341172 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0700  DNA repair protein RadC  65.5 
 
 
250 aa  293  3e-78  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0152  DNA repair protein RadC  66.06 
 
 
239 aa  289  4e-77  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0830  RadC family DNA repair protein  59.66 
 
 
265 aa  288  5.0000000000000004e-77  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0533914  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0389  DNA repair protein RadC  66.52 
 
 
239 aa  285  4e-76  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.741641  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0585  DNA repair protein RadC  63.35 
 
 
248 aa  280  2e-74  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.489804  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2077  DNA repair protein RadC  61.54 
 
 
238 aa  279  3e-74  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2599  DNA repair protein RadC  59.73 
 
 
230 aa  277  1e-73  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.129734  normal  0.187954 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1171  DNA repair protein RadC  60.09 
 
 
254 aa  269  4e-71  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2304  DNA repair protein RadC  57.14 
 
 
263 aa  267  2e-70  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.138327  normal  0.0504467 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0286  DNA repair protein RadC  55.46 
 
 
257 aa  266  2.9999999999999995e-70  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.697565 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0008  DNA repair protein RadC  57.6 
 
 
258 aa  265  5.999999999999999e-70  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0728991  normal  0.408285 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2764  DNA repair protein RadC  55.38 
 
 
261 aa  265  8.999999999999999e-70  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.803662  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3569  DNA repair protein RadC  58.22 
 
 
254 aa  261  8e-69  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1043  DNA repair protein RadC  55.5 
 
 
226 aa  258  9e-68  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.193077 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0732  DNA repair protein RadC  52.07 
 
 
243 aa  252  6e-66  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2833  DNA repair protein RadC  56.54 
 
 
223 aa  245  4.9999999999999997e-64  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0720  DNA repair protein RadC  53.64 
 
 
273 aa  243  1.9999999999999999e-63  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.309189  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1493  DNA repair protein RadC  56.88 
 
 
255 aa  242  6e-63  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3052  DNA repair protein RadC  63.19 
 
 
209 aa  239  4e-62  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.184717  normal  0.163227 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7387  DNA repair protein RadC  61.29 
 
 
203 aa  232  6e-60  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.21794  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2621  DNA repair protein RadC  53.27 
 
 
246 aa  227  1e-58  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1311  DNA repair protein RadC  47.25 
 
 
245 aa  223  2e-57  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1070  DNA repair protein RadC  45.42 
 
 
272 aa  204  9e-52  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0324215  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4476  DNA repair protein RadC  48.17 
 
 
230 aa  196  4.0000000000000005e-49  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.352364  normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1362  DNA repair protein RadC  45.07 
 
 
228 aa  194  1e-48  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3794  DNA repair protein RadC  54.02 
 
 
196 aa  193  3e-48  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0842954  unclonable  0.000000153517 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5346  DNA repair protein RadC  53.66 
 
 
253 aa  192  6e-48  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.67199 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5205  DNA repair protein RadC  48.37 
 
 
223 aa  191  1e-47  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0363  DNA repair protein RadC  40.81 
 
 
230 aa  187  1e-46  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0649  DNA repair protein RadC  43.12 
 
 
230 aa  186  4e-46  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0301917  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2442  DNA repair protein RadC  41.63 
 
 
225 aa  175  8e-43  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0675  DNA repair protein RadC  42.45 
 
 
253 aa  174  1.9999999999999998e-42  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.461756  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0357  DNA repair protein RadC  36.32 
 
 
224 aa  172  6.999999999999999e-42  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3086  DNA repair protein RadC  45.25 
 
 
225 aa  168  9e-41  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.599972 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1263  DNA repair protein RadC  39.66 
 
 
272 aa  167  2e-40  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.94843  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1462  RadC family DNA repair protein  40.83 
 
 
271 aa  166  2.9999999999999998e-40  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.457457  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1240  DNA repair protein  39.57 
 
 
275 aa  166  5e-40  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.770366  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1428  DNA repair protein RadC  42.59 
 
 
228 aa  165  6.9999999999999995e-40  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00255062  normal  0.0926898 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0757  DNA repair protein RadC  42.01 
 
 
223 aa  164  2.0000000000000002e-39  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3721  DNA repair protein RadC  55.12 
 
 
138 aa  162  4.0000000000000004e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0768638  normal  0.946215 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0054  DNA repair protein RadC  40.27 
 
 
226 aa  159  6e-38  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  unclonable  0.00000000185738  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0559  DNA repair protein RadC  40.19 
 
 
232 aa  157  2e-37  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000678315  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3283  DNA repair protein RadC  44.86 
 
 
225 aa  154  1e-36  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0208  DNA repair protein RadC  43.27 
 
 
221 aa  150  2e-35  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.0478736 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1864  DNA repair protein RadC  42.99 
 
 
225 aa  150  2e-35  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0257  DNA repair protein RadC  40.38 
 
 
241 aa  148  8e-35  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2935  DNA repair protein RadC  37.09 
 
 
227 aa  146  4.0000000000000006e-34  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.144285  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0229  DNA repair protein RadC  36.92 
 
 
236 aa  145  1e-33  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.0416143  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0086  DNA repair protein RadC  38.79 
 
 
224 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1625  DNA repair protein RadC  37.61 
 
 
229 aa  139  3.9999999999999997e-32  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0818  DNA repair protein RadC  36.89 
 
 
253 aa  136  3.0000000000000003e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.84629 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0222  DNA repair protein RadC  38.54 
 
 
224 aa  136  4e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2732  DNA repair protein RadC  37.62 
 
 
228 aa  135  5e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0159  DNA repair protein RadC  35.44 
 
 
221 aa  136  5e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.130887  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1542  DNA repair protein RadC  49.24 
 
 
162 aa  136  5e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.0350169 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3847  DNA repair protein RadC  35.44 
 
 
222 aa  135  6.0000000000000005e-31  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  5.55148e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00653  DNA repair protein RadC  38.35 
 
 
224 aa  135  9e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0315  DNA repair protein RadC  36.74 
 
 
224 aa  134  9.999999999999999e-31  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.220116  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0210  DNA repair protein RadC  38.36 
 
 
244 aa  134  9.999999999999999e-31  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.567078  normal  0.0524973 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03495  DNA repair protein RadC  34.95 
 
 
222 aa  134  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0032943  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0067  DNA repair protein RadC  34.95 
 
 
222 aa  134  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000216711  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03447  hypothetical protein  34.95 
 
 
222 aa  134  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00415391  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0073  DNA repair protein RadC  34.95 
 
 
214 aa  134  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000433644  hitchhiker  0.000000188277 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3973  DNA repair protein RadC  34.95 
 
 
222 aa  134  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00000015619  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1541  DNA repair protein RadC  38.28 
 
 
232 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  decreased coverage  0.00000897994  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5008  DNA repair protein RadC  34.95 
 
 
222 aa  134  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.0000000900324  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4139  DNA repair protein RadC  34.95 
 
 
222 aa  134  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000017896  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4063  DNA repair protein RadC  34.95 
 
 
222 aa  133  3e-30  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000737579  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2712  DNA repair protein RadC  36.76 
 
 
224 aa  133  3e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0948  DNA repair protein RadC  37.85 
 
 
244 aa  133  3e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.455823  normal  0.486956 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3148  DNA repair protein RadC  37.38 
 
 
259 aa  133  3e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.886628  normal  0.925448 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2138  DNA repair protein RadC  36.74 
 
 
224 aa  132  5e-30  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.574311  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001821  DNA repair protein RadC  38.35 
 
 
224 aa  132  6e-30  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000198963  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2322  DNA repair protein RadC  36.76 
 
 
224 aa  132  6e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0102136 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4155  DNA repair protein RadC  36.41 
 
 
222 aa  130  2.0000000000000002e-29  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000385869  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0061  DNA repair protein RadC  36.41 
 
 
222 aa  130  2.0000000000000002e-29  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.0000000803057  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2444  DNA repair protein RadC  38.42 
 
 
224 aa  130  2.0000000000000002e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.418589  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4009  DNA repair protein RadC  34.95 
 
 
221 aa  130  2.0000000000000002e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.273398  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4055  DNA repair protein RadC  34.95 
 
 
221 aa  130  2.0000000000000002e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.298214  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3928  DNA repair protein RadC  34.95 
 
 
221 aa  130  2.0000000000000002e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0713663  hitchhiker  0.00154722 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3946  DNA repair protein RadC  34.95 
 
 
221 aa  130  2.0000000000000002e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0929037  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4116  DNA repair protein RadC  34.95 
 
 
221 aa  130  2.0000000000000002e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00598559  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0055  DNA repair protein RadC  36.41 
 
 
222 aa  130  2.0000000000000002e-29  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00110117  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>