More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dbac_0054 on replicon NC_013173
Organism: Desulfomicrobium baculatum DSM 4028



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013173  Dbac_0054  DNA repair protein RadC  100 
 
 		 226 aa  462  1e-129  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  unclonable  0.00000000185738  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1428  DNA repair protein RadC  52 
 
 		 228 aa  247  1e-64  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00255062  normal  0.0926898 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3086  DNA repair protein RadC  50.91 
 
 		 225 aa  205  4e-52  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.599972 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1625  DNA repair protein RadC  46.12 
 
 		 229 aa  202  4e-51  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1864  DNA repair protein RadC  50.67 
 
 		 225 aa  199  3e-50  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2442  DNA repair protein RadC  47.27 
 
 		 225 aa  198  7e-50  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2599  DNA repair protein RadC  40.91 
 
 		 230 aa  180  2e-44  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.129734  normal  0.187954 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0830  RadC family DNA repair protein  43.44 
 
 		 265 aa  177  1e-43  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0533914  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1909  DNA repair protein RadC  40 
 
 		 249 aa  177  1e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0335  DNA repair protein RadC  41.96 
 
 		 236 aa  176  3e-43  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.75672 
 
 
-
 
NC_004310  BR1283  DNA repair protein RadC  40 
 
 		 249 aa  172  2.9999999999999996e-42  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0949779  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0430  DNA repair protein RadC  41.96 
 
 		 254 aa  172  5e-42  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1246  DNA repair protein RadC  40.45 
 
 		 246 aa  172  5e-42  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.114408  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2898  DNA repair protein RadC  41.33 
 
 		 241 aa  171  5.999999999999999e-42  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.80937  normal  0.341172 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2077  DNA repair protein RadC  42.53 
 
 		 238 aa  171  7.999999999999999e-42  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0575  DNA repair protein RadC  41.07 
 
 		 242 aa  169  2e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1454  DNA repair protein RadC  40.72 
 
 		 251 aa  168  6e-41  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.327679  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6762  DNA repair protein RadC  42.15 
 
 		 247 aa  167  2e-40  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  hitchhiker  0.00351119  normal  0.181603 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3569  DNA repair protein RadC  42.29 
 
 		 254 aa  164  8e-40  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0732  DNA repair protein RadC  38.67 
 
 		 243 aa  163  2.0000000000000002e-39  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7509  DNA repair protein RadC  41.26 
 
 		 242 aa  163  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2163  DNA repair protein RadC  39.56 
 
 		 246 aa  162  5.0000000000000005e-39  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1070  DNA repair protein RadC  39.91 
 
 		 272 aa  161  7e-39  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0324215  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1493  DNA repair protein RadC  41.28 
 
 		 255 aa  159  3e-38  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1171  DNA repair protein RadC  39.63 
 
 		 254 aa  159  4e-38  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1709  DNA repair protein RadC  40.27 
 
 		 275 aa  159  4e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.537978 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2270  DNA repair protein RadC  38.67 
 
 		 278 aa  159  5e-38  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1459  DNA repair protein RadC  39.73 
 
 		 260 aa  158  5e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.734795  hitchhiker  0.00198862 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2483  DNA repair protein RadC  38.67 
 
 		 248 aa  158  8e-38  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.582097  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1511  DNA repair protein RadC  39.37 
 
 		 275 aa  158  8e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2207  DNA repair protein RadC  38.67 
 
 		 248 aa  157  1e-37  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.652517  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2304  DNA repair protein RadC  39.63 
 
 		 263 aa  156  2e-37  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.138327  normal  0.0504467 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0152  DNA repair protein RadC  41.09 
 
 		 239 aa  156  3e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0389  DNA repair protein RadC  41.58 
 
 		 239 aa  155  4e-37  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.741641  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0700  DNA repair protein RadC  41.09 
 
 		 250 aa  155  5.0000000000000005e-37  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0257  DNA repair protein RadC  39.09 
 
 		 241 aa  155  5.0000000000000005e-37  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1362  DNA repair protein RadC  37.67 
 
 		 228 aa  154  9e-37  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2764  DNA repair protein RadC  43.32 
 
 		 261 aa  153  2e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.803662  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1043  DNA repair protein RadC  36.32 
 
 		 226 aa  152  2.9999999999999998e-36  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.193077 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0008  DNA repair protein RadC  38.25 
 
 		 258 aa  152  4e-36  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0728991  normal  0.408285 
 
 
-
 
NC_002936  DET1462  RadC family DNA repair protein  39.91 
 
 		 271 aa  151  7e-36  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.457457  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3283  DNA repair protein RadC  39.91 
 
 		 225 aa  150  1e-35  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1240  DNA repair protein  39.45 
 
 		 275 aa  150  2e-35  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.770366  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0585  DNA repair protein RadC  36.56 
 
 		 248 aa  149  4e-35  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.489804  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1311  DNA repair protein RadC  39.11 
 
 		 245 aa  148  8e-35  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0757  DNA repair protein RadC  37.16 
 
 		 223 aa  147  9e-35  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1263  DNA repair protein RadC  38.99 
 
 		 272 aa  147  1.0000000000000001e-34  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.94843  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0363  DNA repair protein RadC  35.62 
 
 		 230 aa  145  5e-34  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0286  DNA repair protein RadC  37.39 
 
 		 257 aa  145  5e-34  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.697565 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2621  DNA repair protein RadC  37.61 
 
 		 246 aa  144  1e-33  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0315  DNA repair protein RadC  35.81 
 
 		 224 aa  143  3e-33  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.220116  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0559  DNA repair protein RadC  33.49 
 
 		 232 aa  142  6e-33  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000678315  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2833  DNA repair protein RadC  39.78 
 
 		 223 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2935  DNA repair protein RadC  37.44 
 
 		 227 aa  136  3.0000000000000003e-31  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.144285  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2444  DNA repair protein RadC  39.9 
 
 		 224 aa  135  4e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.418589  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0720  DNA repair protein RadC  33.94 
 
 		 273 aa  135  4e-31  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.309189  normal  1 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5205  DNA repair protein RadC  37.75 
 
 		 223 aa  134  8e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1254  DNA repair protein RadC  39.27 
 
 		 225 aa  134  8e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.700963  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0357  DNA repair protein RadC  36.53 
 
 		 224 aa  134  1.9999999999999998e-30  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0649  DNA repair protein RadC  32.89 
 
 		 230 aa  133  1.9999999999999998e-30  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0301917  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2291  DNA repair protein RadC  36.7 
 
 		 242 aa  132  5e-30  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0121519 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0100  DNA repair protein RadC  38.53 
 
 		 223 aa  132  5e-30  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.234069  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7387  DNA repair protein RadC  38.83 
 
 		 203 aa  130  1.0000000000000001e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.21794  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4476  DNA repair protein RadC  36.71 
 
 		 230 aa  131  1.0000000000000001e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.352364  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1733  DNA repair protein RadC  36.82 
 
 		 239 aa  130  2.0000000000000002e-29  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.112707  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3052  DNA repair protein RadC  38.07 
 
 		 209 aa  129  3e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.184717  normal  0.163227 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2732  DNA repair protein RadC  36.28 
 
 		 228 aa  129  3e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1917  DNA repair protein RadC  34.65 
 
 		 237 aa  129  4.0000000000000003e-29  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3678  DEAD/DEAH box helicase-like  33.95 
 
 		 224 aa  129  4.0000000000000003e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00158019  normal  0.0453807 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1541  DNA repair protein RadC  33.33 
 
 		 232 aa  129  4.0000000000000003e-29  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  decreased coverage  0.00000897994  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2138  DNA repair protein RadC  35.35 
 
 		 224 aa  129  5.0000000000000004e-29  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.574311  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1467  DNA repair protein RadC  31.78 
 
 		 230 aa  129  5.0000000000000004e-29  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2664  DNA repair protein RadC  37.16 
 
 		 224 aa  129  5.0000000000000004e-29  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.649783  hitchhiker  0.0000127675 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0144  DNA repair protein RadC  34.27 
 
 		 222 aa  128  7.000000000000001e-29  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00783617  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0948  DNA repair protein RadC  37.38 
 
 		 244 aa  128  9.000000000000001e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.455823  normal  0.486956 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3847  DNA repair protein RadC  34.06 
 
 		 222 aa  126  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  5.55148e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2322  DNA repair protein RadC  35.68 
 
 		 224 aa  127  2.0000000000000002e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0102136 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03495  DNA repair protein RadC  34.06 
 
 		 222 aa  125  4.0000000000000003e-28  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0032943  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03447  hypothetical protein  34.06 
 
 		 222 aa  125  4.0000000000000003e-28  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00415391  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4139  DNA repair protein RadC  34.06 
 
 		 222 aa  125  5e-28  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000017896  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5008  DNA repair protein RadC  34.06 
 
 		 222 aa  125  5e-28  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.0000000900324  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3973  DNA repair protein RadC  34.06 
 
 		 222 aa  125  5e-28  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00000015619  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0624  DNA repair protein RadC  34.65 
 
 		 224 aa  125  5e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000507049 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2712  DNA repair protein RadC  35.68 
 
 		 224 aa  125  7e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0236  DNA repair protein RadC  34.88 
 
 		 224 aa  125  7e-28  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0067  DNA repair protein RadC  35.27 
 
 		 222 aa  124  1e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000216711  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4116  DNA repair protein RadC  33.48 
 
 		 221 aa  124  1e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00598559  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2588  DNA repair protein RadC  34.42 
 
 		 224 aa  124  1e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.16454 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4055  DNA repair protein RadC  33.48 
 
 		 221 aa  124  1e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.298214  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3946  DNA repair protein RadC  33.48 
 
 		 221 aa  124  1e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0929037  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4009  DNA repair protein RadC  33.48 
 
 		 221 aa  124  1e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.273398  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0073  DNA repair protein RadC  35.27 
 
 		 214 aa  124  1e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000433644  hitchhiker  0.000000188277 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3928  DNA repair protein RadC  33.48 
 
 		 221 aa  124  1e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0713663  hitchhiker  0.00154722 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3773  DNA repair protein RadC  36.12 
 
 		 237 aa  123  2e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3794  DNA repair protein RadC  41.95 
 
 		 196 aa  124  2e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0842954  unclonable  0.000000153517 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1789  DNA repair protein  32.56 
 
 		 224 aa  123  2e-27  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.582251  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0376  DNA repair protein RadC  33.83 
 
 		 225 aa  124  2e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.000147811  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1319  DNA repair protein RadC  32.74 
 
 		 228 aa  122  4e-27  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.00000567698  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3339  DNA repair protein RadC  35.81 
 
 		 224 aa  121  7e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0155907  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00653  DNA repair protein RadC  34.26 
 
 		 224 aa  121  8e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>