More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_0757 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009012  Cthe_0757  DNA repair protein RadC  100 
 
 		 223 aa  459  9.999999999999999e-129  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0559  DNA repair protein RadC  58.82 
 
 		 232 aa  268  4e-71  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000678315  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0257  DNA repair protein RadC  51.35 
 
 		 241 aa  241  9e-63  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3283  DNA repair protein RadC  46.82 
 
 		 225 aa  194  1e-48  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1240  DNA repair protein  39.27 
 
 		 275 aa  174  9.999999999999999e-43  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.770366  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1462  RadC family DNA repair protein  39.45 
 
 		 271 aa  171  5.999999999999999e-42  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.457457  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1362  DNA repair protein RadC  40.09 
 
 		 228 aa  169  3e-41  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1263  DNA repair protein RadC  37.73 
 
 		 272 aa  167  2e-40  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.94843  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1709  DNA repair protein RadC  42.01 
 
 		 275 aa  164  1.0000000000000001e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.537978 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1511  DNA repair protein RadC  41.1 
 
 		 275 aa  162  5.0000000000000005e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1454  DNA repair protein RadC  42.23 
 
 		 251 aa  161  6e-39  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.327679  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1493  DNA repair protein RadC  36.24 
 
 		 255 aa  155  5.0000000000000005e-37  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2270  DNA repair protein RadC  40.18 
 
 		 278 aa  154  8e-37  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2621  DNA repair protein RadC  35.29 
 
 		 246 aa  154  9e-37  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1311  DNA repair protein RadC  36.7 
 
 		 245 aa  154  1e-36  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1043  DNA repair protein RadC  36.82 
 
 		 226 aa  152  5e-36  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.193077 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1909  DNA repair protein RadC  38.64 
 
 		 249 aa  151  7e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2442  DNA repair protein RadC  36.82 
 
 		 225 aa  150  1e-35  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1283  DNA repair protein RadC  38.83 
 
 		 249 aa  150  2e-35  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0949779  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1246  DNA repair protein RadC  38.83 
 
 		 246 aa  149  2e-35  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.114408  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0830  RadC family DNA repair protein  37.85 
 
 		 265 aa  149  3e-35  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0533914  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1459  DNA repair protein RadC  39.27 
 
 		 260 aa  149  4e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.734795  hitchhiker  0.00198862 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0054  DNA repair protein RadC  37.16 
 
 		 226 aa  147  9e-35  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  unclonable  0.00000000185738  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0315  DNA repair protein RadC  38.36 
 
 		 224 aa  147  1.0000000000000001e-34  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.220116  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0008  DNA repair protein RadC  38.25 
 
 		 258 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0728991  normal  0.408285 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3086  DNA repair protein RadC  39.09 
 
 		 225 aa  147  2.0000000000000003e-34  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.599972 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2163  DNA repair protein RadC  38.36 
 
 		 246 aa  145  4.0000000000000006e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4055  DNA repair protein RadC  38.68 
 
 		 221 aa  145  4.0000000000000006e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.298214  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4116  DNA repair protein RadC  38.68 
 
 		 221 aa  145  4.0000000000000006e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00598559  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2304  DNA repair protein RadC  38.25 
 
 		 263 aa  145  4.0000000000000006e-34  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.138327  normal  0.0504467 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3928  DNA repair protein RadC  38.68 
 
 		 221 aa  145  4.0000000000000006e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0713663  hitchhiker  0.00154722 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3946  DNA repair protein RadC  38.68 
 
 		 221 aa  145  4.0000000000000006e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0929037  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1171  DNA repair protein RadC  37.79 
 
 		 254 aa  145  5e-34  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4033  DNA repair protein RadC  39.78 
 
 		 225 aa  145  6e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0675  DNA repair protein RadC  36.99 
 
 		 253 aa  144  8.000000000000001e-34  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.461756  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0732  DNA repair protein RadC  37.27 
 
 		 243 aa  144  8.000000000000001e-34  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1625  DNA repair protein RadC  36.24 
 
 		 229 aa  144  9e-34  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2588  DNA repair protein RadC  35.85 
 
 		 224 aa  144  1e-33  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.16454 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0236  DNA repair protein RadC  37.21 
 
 		 224 aa  144  1e-33  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2935  DNA repair protein RadC  35.59 
 
 		 227 aa  143  2e-33  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.144285  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001821  DNA repair protein RadC  34.43 
 
 		 224 aa  143  2e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000198963  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0430  DNA repair protein RadC  36.53 
 
 		 254 aa  143  2e-33  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1070  DNA repair protein RadC  36.36 
 
 		 272 aa  143  2e-33  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0324215  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00653  DNA repair protein RadC  34.43 
 
 		 224 aa  143  2e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0192  DNA repair protein RadC  35.98 
 
 		 224 aa  143  3e-33  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000306509  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0046  DNA repair protein RadC  35.81 
 
 		 224 aa  142  3e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.178856  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4009  DNA repair protein RadC  38.21 
 
 		 221 aa  142  3e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.273398  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0335  DNA repair protein RadC  36.53 
 
 		 236 aa  142  4e-33  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.75672 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2138  DNA repair protein RadC  35.81 
 
 		 224 aa  142  5e-33  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.574311  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6762  DNA repair protein RadC  38.81 
 
 		 247 aa  142  5e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  hitchhiker  0.00351119  normal  0.181603 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2599  DNA repair protein RadC  35.45 
 
 		 230 aa  140  9.999999999999999e-33  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.129734  normal  0.187954 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2483  DNA repair protein RadC  36.53 
 
 		 248 aa  140  9.999999999999999e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.582097  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2597  DNA repair protein RadC  37.26 
 
 		 224 aa  140  1.9999999999999998e-32  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.00000000000000367988  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3678  DEAD/DEAH box helicase-like  36.11 
 
 		 224 aa  140  1.9999999999999998e-32  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00158019  normal  0.0453807 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3847  DNA repair protein RadC  36.32 
 
 		 222 aa  140  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  5.55148e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02940  DNA repair protein RadC  34.88 
 
 		 224 aa  140  1.9999999999999998e-32  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2077  DNA repair protein RadC  35.32 
 
 		 238 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2207  DNA repair protein RadC  36.53 
 
 		 248 aa  139  3e-32  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.652517  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2898  DNA repair protein RadC  36.41 
 
 		 241 aa  139  3e-32  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.80937  normal  0.341172 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7509  DNA repair protein RadC  37.9 
 
 		 242 aa  139  3.9999999999999997e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0067  DNA repair protein RadC  35.85 
 
 		 222 aa  138  4.999999999999999e-32  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000216711  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03495  DNA repair protein RadC  35.85 
 
 		 222 aa  138  6e-32  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0032943  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3973  DNA repair protein RadC  35.85 
 
 		 222 aa  138  6e-32  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00000015619  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4139  DNA repair protein RadC  35.85 
 
 		 222 aa  138  6e-32  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000017896  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5008  DNA repair protein RadC  35.85 
 
 		 222 aa  138  6e-32  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.0000000900324  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03447  hypothetical protein  35.85 
 
 		 222 aa  138  6e-32  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00415391  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0286  DNA repair protein RadC  35.02 
 
 		 257 aa  138  6e-32  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.697565 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0073  DNA repair protein RadC  35.85 
 
 		 214 aa  138  6e-32  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000433644  hitchhiker  0.000000188277 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1428  DNA repair protein RadC  33.49 
 
 		 228 aa  138  6e-32  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00255062  normal  0.0926898 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0086  DNA repair protein RadC  34.88 
 
 		 224 aa  138  7e-32  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0575  DNA repair protein RadC  35.16 
 
 		 242 aa  137  1e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3569  DNA repair protein RadC  35.48 
 
 		 254 aa  137  1e-31  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2646  DNA repair protein RadC  36.79 
 
 		 278 aa  137  2e-31  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2230  DNA repair protein RadC  36.79 
 
 		 278 aa  137  2e-31  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0979  DNA repair protein RadC  36.79 
 
 		 278 aa  137  2e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2732  DNA repair protein RadC  35.35 
 
 		 228 aa  136  2e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1139  DNA repair protein RadC  36.79 
 
 		 278 aa  137  2e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.437404  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0984  DNA repair protein RadC  36.79 
 
 		 278 aa  137  2e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.299924  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2301  DNA repair protein RadC  35.81 
 
 		 224 aa  137  2e-31  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2099  DNA repair protein RadC  36.79 
 
 		 278 aa  137  2e-31  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.208076  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1020  DNA repair protein RadC  36.79 
 
 		 278 aa  137  2e-31  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.569834  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0222  DNA repair protein RadC  33.95 
 
 		 224 aa  135  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0781  DNA repair protein RadC  35.85 
 
 		 262 aa  134  8e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.527544  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4063  DNA repair protein RadC  35.38 
 
 		 222 aa  134  8e-31  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000737579  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1890  DNA repair protein RadC  33.49 
 
 		 257 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0144  DNA repair protein RadC  35.24 
 
 		 222 aa  134  9.999999999999999e-31  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00783617  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2526  DNA repair protein RadC  33.49 
 
 		 257 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2501  DNA repair protein RadC  33.49 
 
 		 257 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.970207  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5539  DNA repair protein RadC  34.88 
 
 		 224 aa  132  3e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.856956  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0281  DNA repair protein RadC  34.86 
 
 		 234 aa  132  3e-30  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.257156  normal  0.0922067 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0818  DNA repair protein RadC  35.24 
 
 		 253 aa  132  3e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.84629 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4100  DNA repair protein RadC  35.85 
 
 		 221 aa  132  3e-30  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0607652  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0585  DNA repair protein RadC  36.99 
 
 		 248 aa  132  3.9999999999999996e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.489804  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3148  DNA repair protein RadC  36.67 
 
 		 259 aa  132  6e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.886628  normal  0.925448 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4390  DNA repair protein RadC  35.85 
 
 		 221 aa  131  6e-30  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00436549  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2764  DNA repair protein RadC  38.25 
 
 		 261 aa  131  6.999999999999999e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.803662  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3142  DNA repair protein RadC  39.37 
 
 		 226 aa  131  7.999999999999999e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.00442306  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3252  DNA repair protein RadC  34.38 
 
 		 234 aa  130  1.0000000000000001e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0363  DNA repair protein RadC  33.49 
 
 		 230 aa  129  2.0000000000000002e-29  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1654  DNA repair protein RadC  33.33 
 
 		 237 aa  130  2.0000000000000002e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0794365  normal  0.385806 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>